 | retСоздайте аккаунт или войдите, чтобы отправить личное сообщение этому пользователю и увидеть его полные контактные данные |
Последние 30 сообщений retТема: ДНК-генеалогия
25.11.2005, 22:01
Да, Скорецкий (сам он врач-нефролог) и сподвиг Хаммера на это дело.
|
Тема: ДНК-генеалогия
1.10.2005, 19:46
Сразу оговорюсь - кое-что журналисты добавили от себя или по крайней мере пытались пересказать своими словами.
|
Тема: ДНК-генеалогия
28.09.2005, 19:05
вот небольшая статья о нашей лаборатории<p>http://www.kommersant.ru/k-vlast/get_page.asp?page_id=20053854-16.htm<p>кстати там есть список фамилий, правда он общий по всем исследованным областям. В действительности регионы очень сильно различаются по частотам.
|
Тема: ДНК-генеалогия
4.07.2005, 19:58
Людмила, я повторяю что вопрос о родстве со свиньей мягко говоря .. НЕ СТОИТ  )<p>>То есть, вы хотите сказать, что сходство хромосом может быть случайным, то есть, если действительно у людей и свиней более схожие хромосомы, чем у людей <p>ну хорошо, несколько белков. Но это не повод чтобы говорить "хромосомы сходны".<p>>Может ли генетика выступить как независимый эксперт и только на основании собственных исследований, не принимая в расчет чужие результаты, выявить наиболее статистически вероятные варианты происхождения видов? <p>может. результаты конечно будут несколько отличаться от того что дает морфология но не так чтобы возвести человека к свинье. Различия между теориями возможны но в очень маленьких пределах типа считать неандера за наш вид или нет.<p>А теперь мой вопрос к вам, генеалогический)<p>Допустим, в европейцах есть примесь от неандера. Скажем 10%. Кого мы будем считать предком европейцев - Африканского сапиенса (пусть от него мы имеем 90%) или Неандертальца? Можно ли на этот вопрос ответить ДА или НЕТ?
|
Тема: ДНК-генеалогия
4.07.2005, 19:48
да, теперь неандертальцами называют только людей с очень типичной морфологией.
|
Тема: ДНК-генеалогия
4.07.2005, 19:13
почему - не позволяет? я просто хотел подчеркнуть что пока этот вопрос лучше решать совместно с другими разделами биологии. Но результат все равно ОДИНАКОВ, иначе можно было бы считать что одна из наук ЛЖЕТ.<br> <br>А чем вам простите за любопытство Свинья милее Обезьянки? И почему вы полагаете что сходство не может быть случайным, вторичным? Таких случайностей полно по всему эволюционному древу.
|
Тема: ДНК-генеалогия
4.07.2005, 11:58
>Теперь то, что я поняла, скорее всего, неправильно. То есть при анализе с целью поиска общего предка зверя А и зверя Б для начала предполагается, что этот общий предок Г был, причем какой у него был ген заранее неизвестно, а потом производится подсчет числа изменений которые нужно было проделать с А и Б, чтобы они превратились в одинаковое Г. При этом предполагается, что скоростьь мутаций у А и Б была одинаковая. Так? То есть у меня это получается вообще чисто умозрительное построение, полностью основанное на предположениях, так что при этом у разных исследователей может получиться разное число поколений до общего предка. <br>Что именно я не так поняла? <p>а здесь все правильно. Только значение гена (может быть просто "мусора", некодирующего участка а не гена) совершенно не важно. Это предковая линия и больше ничего.
|
Тема: ДНК-генеалогия
4.07.2005, 11:55
>А возможно это будет только тогда, когда будет понятно, какая часть гена что значит <p>возможно. <p>
|
Тема: ДНК-генеалогия
4.07.2005, 11:53
кажется я вас запутал подробностями )<p>>То есть, я правильно поняла, что генетики пока не могут, сравнивая гены всех существующих сейчас зверей и людей, построить генеалогическое древо жизни на земле, не сверяясь с уже существующими теориями о происхождении видов? А возможно это будет только тогда, когда будет понятно, какая часть гена что значит<p>а что есть древо жизни? ведь у живых существ размножающихся половым способом 2^N предков в N-м поколении. По каким-то линиям будут ближе виды A и B скажем по другим A и C. А решать какие линии важнее для реконструкции т.е. дают более достоверную картину - это вопрос всей биологии а не генетики. Но реконструкция РОДСТВА ПО ОДНОМУ ЛОКУСУ (которому обязательно соответствуют какие-то реальные предковые линии!) - это делает генетика без помощи других наук. Когда мы говорим о предковых линиях то можно смело использовать "генеалогическую" интуицию, но если речь заходит о ВИДАХ - здесь уже все сложнее.<p>вот вам аналогия. Вы исследуете генеалогию смешанной русско-немецкой семьи. Видите русские и германские линии скажем с 18 века. Чтобы построить дерево вам ничего кроме генеалогии и не требуется. А теперь возник вопрос - когда семья обрусела. Как его решить одной только генеалогией? Любой ответ вызовет массу споров.
|
Тема: ДНК-генеалогия
4.07.2005, 1:29
>". Так что "мито-Ева" и "Y-Адам" - то ли неандертальцы, то ли очень древние кроманьонцы<p>известно порядка 10 неандерских сиквенсов, все они довольно далеки от нашей Евы. Все они выделены из материала с европейских участков за исключением Мезмайского ребенка. Последняя публикация с новым сиквенсом была где-то в январе, это Испания. <p>кроманьонских сиквенса мне известно только два. Оба - западноевразийские варианты мтднк. Или, говоря менее политкорректным но более понятным языком - европеоидные. Вообще и неандер и кроманьонец - весьма локальные типы, если судить по географии.
|
Тема: ДНК-генеалогия
4.07.2005, 1:10
>восемь миллионов лет назад от "общего предка" образовались "предки людей и шимпанзе" и "предки горилл", а шесть миллионов лет назад от "предков людей и шимпанзе" <p>образовались отдельные "предки людей" и "предки шимпанзе"? <p>Да, абсолютно верно. <p><br>>А неандерталец тут где? Он и есть тот самый "общий предок" людей, горилл и шимпанзе, <p>или он вовсе тупиковая ветвь? <p>неандерталец сидит почти рядом с человеком, по мтднк мы с ним расходимся примерно на <p>полмиллиона лет.<p>Единственное что можно еще раз уточнить - это природа этого "общего предка", может быть это даже будет ответом на ваш последний вопрос. Когда мы говорим об общем предке <br>по генеалогическим записям то имеется в виду ЛЮБОЙ ОБЩИЙ ПРЕДОК, или даже ПОСЛЕДНИЙ общий предок. В генетике это понимается точно так же различие лишь в том что вместо архивных записей смотрят днк. Но здесь все сильно зависит от локуса по которому этого предка ищут. Скажем, все человеческие группы крови, т.е. аллели локуса abo, происходят от общего предка который жил где-то 5 млн лет назад и накопил пецифический набор мутаций отличающий его локус abo от соответствующего локуса обезьян (гомолога) и все мы носим варианты групп крови восходящие к его предковому abo. Серологически мы 0,A и B но все эти современные аллели (а молекулярно их выделяют еще больше чем серологически) - потомки того самого аллеля. Мы не можем знать сколько ДРУГИХ вариантов abo было в то время даже у ЧЕЛОВЕКА (у гоминид-но-уже-не-предков-обезьян) быть может даже этот основатель - у которого возникла последняя мутация разделяемая всеми нами - может даже он имел на гомологичной хромосоме другой, обезьяний вариант, - но ФАКТ: сейчас ВСЕ наши варианты abo - потомки ТОГО варианта и все прочие варианты ДАВНО ИСЧЕЗЛИ (не важно по каким причинам - дрейф, отбор...). Итак, этот человек (мы условно его называем человеком - ему еще и до <br>австралопитека далеко) - ПОСЛЕДНИЙ ОБЩИЙ ПРЕДОК всех людей по локусу abo.<p>А если взять мтднк или У хромосому то общие предки окажутся совсем недавними - до 200 тыс лет. Почему такая разница? это связано с особенностями наследования когда локус целиком передается только от отца или только от матери, здесь вероятность потери типа огромна. Все здесь зависит от структуры популяции: чем больше было эпох когда общая численность вида снижалась тем меньше разнообразие (=ближе общий предок) по локусам наследуемым от <br>одного родителя (мт, У) Но в то же время эти два участка очень ценны: они столь чувствительны что "помнят" события которые трудно сейчас обнаружить каким-либо иным образом. Вот например группы крови abo распределены достаточно сложным образом, на частоты повлиял отбор и множество других факторов. Вы можете встретить близкие типы и в Африке и в Европе и в Азии. Или еще более классический пример - ген дистрофина <br>(такой белок в составе миокарда) у него множество аллелей и все они распределены по земному шару практически равномерно. А вот африканские и не-африканские варианты мтднк различаются: неафриканские - это только две группы внутри одной из африканской подгрупп. Не-африканские бывают и в Африке но только на севере и в точности там где распространились семито-хамитские языки (которые вероятно принесли европеоиды) И <br>африканские бывают на Бл Востоке и в Европе но очень редко и в основном там где была известна работорговля. Итак, другой классический пример: мтднк - локус с относительно недавней историей, очень зависимый от размера популяции, дрейфа. Любое сокращение <br>численности (например при исходе из африки) влечет потерю много большего количества линий мтднк чем вариантов аутосомных (двуродительских) генов. <p>А У-хромосома склонна к еще большему дрейфу: прибавьте ко всему что сказано про мт еще и особенности нашего патриархального общества, различия в общественном положении <br>кланов (=Y-аллелей!!!) а значит неравные условия продолжения рода (=Y-аллеля!)<p><br>Все эти пространные примеры я привел с одной целью - показать что вопрос об общем предке вида нельзя решить только одной генетикой он сводится к более общему вопросу ВИДООБРАЗОВАНИЯ который беспредельно сложен. Генетика еще не в состоянии его решать так как мы еще не понимаем СМЫСЛА генома. Мы можем легко находить участки кода которые кодируют белки читать с них транскрипты и даже понимать какими свойствами обладают белки с такой последовательностью аминокислот. мы находим некоторые виды "служебных" последовательностей например тех что транслируют код и еще много других видов последовательностей в днк. Но ПОЛНОСТЬЮ понять как эта машинка работает человек наверное сможет очень не скоро (если сможет). Мы с вами разбирали ФИЛОГЕНИЮ, СИСТЕМАТИКУ а это такая область что не требует знания о том ЧТО ДЕЛАЕТ код - ведь вы как специалист по генеалогии тоже не всегда знаете чем занимались предки вычисленные <br>по тончайшим намекам опискам и недоговоркам старых записей? <p>Итак каким локусам доверять - древним или молодым если речь о виде? Ни тем ни другим. Это вопрос ПОКА еще не к генетикам а к морфологам, палеоантропологам. они считают что <br>неандерталец - это такой ЧЕЛОВЕК, Хомо Сапиенс. Мы не знаем о его генофонде ничего кроме мтднк которая кодирует крохотную часть нашего организма. И неандер отличается от нас по мт меньше чем две среднестатистических шимпанзе друг от друга. Но в то же время <br> по морфологии все шимпанзе (сейчас я не беру карликового шимпа - это другой вид) - могут спариваться и давать полноценное потомство что есть очень важный критерий на <br>практике. А могли ли люди спариваться с неандером и есть ли в нас его "примесь" - вопрос открытый. Мы не знаем насколько наши с ним геномы совместимы. Так что видите, здесь важна согласованность полная "гомологичность" двух генофондов чтобы считать что мы один вид. А ответа на этот вопрос у нас нет - если бы мы имели хоть одну живую <br>неандертальскую клетку то можно было б поэкспериментировать в пробирке, какие белки <p>производит неандер и как они живут с нашими. Например заменить ядро в нашей клетке на <p>неандерское и посмотреть сколь долго такая клетка протянет. <p>Так что МОЖЕТ БЫТЬ мы даже с неандером НЕ один вид пусть даже имеем общего предка <p>всего-навсего пол миллиона лет назад - когда у самого человека есть локусы 5-6<br>миллионной давности! <p><br>>А отдельные "предки людей" это кроманьолец? <p>Нет. кроманьонский тип известен только в западной евразии. Можно считать что это одна <br>из предковых линий европеоидов и даже не единственная. Никаких кроманьонцев в Вост Азии не найдено. <p>>А если это так, то "мито-Ева" и "Y-Адам" были у кого-то вроде улитки? <p>о да! и с такими же трудностями и загадками в филогении. Только вот Y-хромосома бывает <p>только у млекопитающих - у прочих хордовых пол не наследуется генетически а определяется во время внутриутробного развития. Специфическая мутация SRY возникла у какого-то предка млекопитающих и привела к разделению половых хромосом. это наш Y-Адам - общий с волком и котом )<p>(Сообщение отредактировал ret 4 июля 2005 1:19)
|
Тема: ДНК-генеалогия
3.07.2005, 21:48
сравните например с 400 поколениями со времени последнего оледенения - того времени когда "расовая" карта мира стала приобретать современный вид. 400 - это много или мало? По сравнению с обычной генеалогией которая знает от силы 20 поколений - уже много. А сравнить с мито-Евой которой под 200 тыс лет (8000 поколений) - это мало. И даже если сравнить с Y-Адамом который более чем в 2 раза моложе Евы - все равно мало.
|
Тема: ДНК-генеалогия
3.07.2005, 21:41
Людмила, конечно пробовали. Вопрос совсем не идиотский. Рассказ увы получится длинный. Дело в том что скорость мутаций в различных участках генома разная (была бы всюду одинаковая - давно бы ее вычислили раз и навсегда). Поэтому для "калибровки" пользуются данными со стороны - например палеоантропологическими. Сама по себе днк ничего не может рассказать об абсолютной скорости с которой она меняется. Если надо оценить "молекулярные" расстояния больших порядков, например между видами приматов то и скорость выбирают оглядываясь на то что думают палеонтологи по поводу "временных" расстояний между видами. А вот сроки более близкие к нашему времени лучше измерять сообразно археологическим находкам. Это новый подход, так поступили авторы одной интересной статьи 2000г по эскимосам. Скорость мутаций для мтДНК которую они получили "зажав" молекулярный промежуток между двумя событиями датированными радиоуглеродом совпала с известной нам по расхождению видов приматов, что очень радует. <p>Морфологи говорят что дата расхождения двух ветвей гоминид - Шимпанзе и Хомо - примерно 6 млн лет, с Гориллой чуть больше - порядка 8 млн. Это цифры достаточно условные, вычисленные с большим значением стандартной ошибки но наверно недалекие от истины. Как они помогают узнать скорость мутаций у человека? Берется некий участок днк с условием чтобы он не рекомбинировал (т.е. его разнообразие должно быть связано только с мутациями а не с рекомбинацией родительских участков при половом делении) и был достаточно разнообразен (иначе наши вычисления будут статистически недостоверны за малостью различий) Это может быть какой угодно локус - и Y годится и мтднк и аутосомные участки лишь бы они были так малы чтобы не рекомбинировали. Сама природа этого локуса, то за что он отвечает или вообще ни за что не отвечает - нам она безразлична, важны только молекулярные особенности мутации как случайного процесса - ну представьте себе книжку у которой от старости желтеют страницы, буквы сложно различать и зависит это от качества бумаги, от того где хранят ее но никак не от того "Война и мир" это или еще что. Далее, на этом участке выбираются только мутации одного вида наиболее частые скорость которых должна быть постоянна у приматов. Далее, смотрим что на этом участке у человека и что у шимпанзе - и считаем среднее число различий. Делим на 6 млн лет (или иную цифру предоставленную морфологами) - и получаем нужную скорость со всеми оговорками что она действительна только на данном участке только для мутаций определенного вида итд. Этого достаточно: зная величину скорости можно применять ее и к датировке расхождений внутри нашего вида, например исхода из Африки или заселения Америки. <p>Другой способ о котором я говорил - это археология: если нам точно известно что территориально популяция обособилась скажем 10 тыс лет назад и не испытывала с тех пор никакого постороннего влияния то например можно предположить что наблюдаемое в популяции разнообразие данного локуса возникло из нескольких предковых форм и по разнообразию каждой клады можно косвенно установить скорость мутаций. Впервые этот метод для мтднк предложили 5 лет назад и результаты неплохо совпали с обезьянней датировкой. Поэтому можно сказать и так: сейчас уже молекулярные вычисления независимы от того что делают палеоантропологи. Если бы не второй метод, археологический, то утверждение "по днк время расхождения человека и обезьяны - столько-то лет" - тавтология: ведь раньше скорость мутаций считали исходя из этого самого "времени расхождения". <p>Все что я говорил касалось только одного локуса, с очень хорошо известной историей - мтднк. Но есть очень неплохие работы по расхождению аутосомных генов гоминид, например групп крови abo. Они тоже указывают на что-то в промежутке 6-5 млн лет назад.<p><br>Итак, мораль: чтобы посчитать число поколений, совсем не обязательно лезть в днк. Возьмите хорошо и давно известную цифру 5 млн лет и делите на длину поколения. Чаще всего брали 25 лет но сейчас палеодемографы говорят что это скорее 28 лет, причем длины мужского и женского поколений разные. Много поколений получится, много. о медведях и улитках я и заикаться не буду.
|
Тема: ДНК-генеалогия
14.04.2005, 11:28
Валентина, вчера был официальный релиз проекта Спенсера Веллса. В нем принимает участие и наша лаборатория. Правда мы занимаемся только нативными популяциями, коммерческие тесты делают американцы.<p>http://www5.nationalgeographic.com/genographic/<p>http://members.aol.com/dnacousins/genographic.doc<p>наш сайт http://genofond.ru<p>сейчас недоступен но скоро снова откроется<p>(Сообщение отредактировал ret 14 апр. 2005 11:30)
|
Тема: ДНК-генеалогия
29.03.2005, 18:22
>Между прочим, недавно, у нас был доклад в институте по исследованиям ДНК и- это симптоматично- зав. лаб обратилась к нам с просьбой ( систематикам) о помощи- без нас им не разобраться в том, что же они получили и как это использовать. <br>Вот так<p>не понял какую проблему систематики они не могли решить?
|
Тема: ДНК-генеалогия
26.03.2005, 16:23
в качестве дополнения - воспользоваться их базой нам сложно даже если будет много русских Y-ов. Ведь в отличие от основной части генофонда (и тем более от мтДНК) Yки - они очень териториальны, бегают мужчины быстрее Между зап и вост европой пересечение по набору гаплогрупп порядка трети а по набору гаплотипов еще меньше. Раз так то нужна собственная база. Здесь приоритет за коммерческим тестированием, ведь мы делаем от силы 5-6 маркеров (но определяем гаплогруппы по SNP) а они делают хоть 50 strs и по ним вычисляют гаплогруппу. Для генеалогии "коммерческий" метод идеален. <p>Иное дело мтднк она действительно "всеевропейская" и таких "клиналей" как Y не знает.<p>(Сообщение отредактировал ret 26 марта 2005 16:26)
|
Тема: ДНК-генеалогия
17.10.2004, 1:05
Федор, если я правильно понял условия, Ольга и Иван не дотягивают до двоюродных ни по числу общих предков, ни тем более - по числу общих признаков. а то, что Анна и Мария - сестры, серьезно не влияет на результат. А с близнецами обращаются как с обычными сиблингами, если только они не ОБ.
|
Тема: ДНК-генеалогия
15.10.2004, 12:06
Вас похоже занимает методика определения родства по аутосомам. Обычно выбирают до 20 участков из разных хромосом, каждый участок состоит из набора строго повторяющийся нуклеотидов, например GATAGATAGATA - 3 повтора. После типирования получится список вида "имя локуса" + "число повторов". Число могут быть большими (25-30) а все локусы - очень полиморфными, т.е. сильно различающимися у разных людей по числу повторов. Половина повторов у ребенка должна объясняться таковыми у мамы, половина - повторами папы. При достаточном количесве локусов можно достичь вероятности ошибки порядка стотысячных долей процента и даже еще ниже если речь идет о судебной идентификации. Как видите, метод тупой.
|
Тема: ДНК-генеалогия
15.10.2004, 11:58
>все половые клетки, проживающие внутри одного человека, разные, то есть обладают в некотором роде индивидуальностью<p>Да, конечно, в них - половина человеческой индивидуальности.<p>>можно предположить, что у хромосомного набора половых клеток одного человека есть какой-то общий участок<p>нет, общего нет, но не забывайте, что признаков ОЧЕНЬ много - стало быть чего-нибудь общего да перепадет) <p>и кроме того оба аллеля (т.е. варианта, от папиноой и маминой хромосом) в одном локусе могут совпадать (гомозигота) и стало быть вариант для дальнейшей передачи детям будет только один. Но указать значимый кодирующий участок в аутосомах, который будет передаваться без изменения всем - пожалуй нельзя.
|
Тема: ДНК-генеалогия
15.10.2004, 11:47
>То есть, если, допустим, у меня и Volodimer найдется одинаковая мтДНК мы с ним строго однозначно произошли от одного предка по женской линии, да? <p>Да, конечно, и даже можно назвать дату (весьма приблизительную) расхождения Ваших линий. <p>>Это вот, что позволяет определить общего предка по мужской линии, оно игрек? Или оно - что-то такое, что есть и у мужчин и у женщин? <p>Людмила, к сожалению, ничего такого нет. Поэтому женщины для удовлетворения любопытства о своей мужской линии обычно тестируют отцов или братьев.<p><br>
|
Тема: ДНК-генеалогия
14.10.2004, 17:17
Но ваш вопрос про X вполне осмыслен для мтДНК. Гаплогрупп мт тоже примерно 30, причем, как и в случае с Y, все неафриканские линии являются эволюционным развитием одной из африканских ветвей. Среди европеоидов распространены только подгруппы большой евразийской гаплогруппы N, ее возраст - примерно 60 тыс лет. Если же говорить про Европу (т.е. не о европеоидах вообще а о европейцах), то здесь до 40-50% линий мт принадлежат к гаплогруппе H (одна из ветвей N), экспансия данных линий произошла после последнего оледенения в юго-западной Европе, откуда они распространились по всему континенту (хотя конечно в Передней Азии есть и более древние подгруппы H, независимые от постледникового заселения Европы)<p>(Сообщение отредактировал ret 14 окт. 2004 17:25)
|
Тема: ДНК-генеалогия
14.10.2004, 17:00
>У Марии есть XX и еще аутосомы. Кстати, эти X одинаковые или разные? <p>Разные: одна папина, другая - мамина<p>>а девочка получает оба X от матери (отцовский-то не может, да?). <p>нет девочка получает один X от папы другой от мамы, т.е. пол с формальной точки зрения определяет отцовская хромосома.<p><br>>Потом аутосомы Марии соединяются с аутосомами Петра в нечто единое целое, которое потом делится пополам, так что оказывается полноценный набор аутосом, не идентичный ни одному из исходных. Правильно? <p>Не совсем. Рекомбинация (если конкретнее применительно к данному случаю это называется кроссовер) происходит еще во время деления половых клеток. Т.е. и Мария и Петр вносят по половине своего набора и этот наследственный материал уже "перемешан". <p>Касательно отцовства. Его обычно определяют не по половым хромосомам а по большому набору аутосомных признаков (которые берут из разных хромосом) Y для определения отцовства не используют так как его нет у девочек да и к тому же ближайшие родственники по мужской линии по Y неразличимы.<p>>Раз X передается по женской линии практически неизменно, а Y по мужской, значит, предположительно, есть какое-то ограниченное число этих иксов и игреков. Их считали?<p>С X мы уже разобрались, они рекомбинируют при передаче от мамы к ребенку и потому с этой точки зрения малоинтересны. В отношении Y ваш вопрос очень разумный. Эволюционные линии Y разошлись в Африке примерно 80 тыс лет назад, конечно за это время Y стали заметно различаться. Крупные семейства находящиеся в более-менее близком родстве и несущие определенные общие мутации называются гаплогруппами (аналогично именуют и "кланы" мтДНК) Больших гаплогрупп несколько десятков. Большинство гаплогрупп Y распространенных в Европе сходится в Передней Азии в промежутке между 10 и 40 тыс лет назад, за исключением одной из африканских линий (E3b) которая происходит от последней неолитической миграции из Вост Африки примерно 10 тыс лет назад.<p>(Сообщение отредактировал ret 14 окт. 2004 17:07)
|
Тема: ДНК-генеалогия
14.10.2004, 16:21
Ну что ж, тогда это реально. С большими оговорками конечно.<p>(Сообщение отредактировал ret 14 окт. 2004 16:23)
|
Тема: ДНК-генеалогия
14.10.2004, 15:19
>ret Насколько я понял, анализ ДНК по Y позволяет определить, из какого этноса происходит родоначальник. А в перспективе - и познакомиться с другими его потомками. А mt указывает на "матриарха" рода. Так? <p>Именно так. В зависимости от частоты и разнообразия данной предковой линии у представителей разных популяций (но как правило в пределах одной расы) можно судить и о ее этническом происхождении. А для Y точность еще выше, она достигает исторического времени. <p>Где в Москве? Да в общем нигде. мтДНК - пишите мне <p>valery [at] regmed [dot] ru <p>могу устроить. Y - если большое предложение - обсудим. Если нужен сервис - список частных компаний уже дал, смотрите прайсы (они доставляют по почте, никуда не надо ездить)
|
Тема: ДНК-генеалогия
14.10.2004, 15:06
Irina <p>>был ли у меня в роду итальянец <p>нет нельзя. Но если их было много (порядка 1/4 всех ближайших предков) - тогда по аутосомной ДНК возможно будет заметна некоторая средиземноморская примесь.<p>>можно ли по крови, грубо говоря, сказать, что в роду были, скажем, поляки, инки - графья-князья всяческие?<p>Инки - да, но опять-таки если их было очень много)<p>Поляки, янки ) и князья - увы, нет<p>Если серьезно, этот вопрос ("был ли итальянец?" относится к исследованию происхождения типированием аутосом, которое в отличие от мт и Y только начинает развиваться и степень достоверности здесь пока еще невелика. Другое дело - если скажем ваш предок по прямой мужской линии был итальянец. Тогда можно взять кровь у вашего отца (или брата) - и вероятность успеха весьма велика.<p>(Сообщение отредактировал ret 14 окт. 2004 15:07)
|
Тема: ДНК-генеалогия
14.10.2004, 10:54
Людмила, постараюсь ответить подробно и понятно, хотя популяризатор из меня никакой) А вы уж про знак качества)<p>>кусок ДНК передается по прямой женской линии, не меняясь, из поколения в поколение<p>Да, эти "куски" изолированы как пространственно так и химически.<p>>Она рожает сына Петра и дочь Настасью и передает им этот кусок. Петр женится на Марии. У его детей уже не будет этого "женского" куска ДНК, у них будет этот кусок от Марии, да? <p>Именно так.<p>>Если бы в генах каждого человека хранилась информация обо всех его предках, величина ДНК с каждым поколением увеличивалась бы, поскольку в нее добавлялась бы дополнительная информация. Как я понимаю, она не увеличивается, ее размер остается постоянным. ДНК каждого ребенка составляется из кусков ДНК отца и матери, я правильно понимаю? И при этом мать обязательно передает ему какой-то определнный кусок своей ДНК, а отец тоже передает какой-то строго определенный кусок ДНК, а все остальное получается в результате случайного смешивания, может передаться от отца, а может - от матери. Я правильно понимаю? Но при этом в ДНК отца тоже есть женский кусок (от его матери), а в ДНК матери тоже есть мужской кусок (от ее отца). <p>Да, все правильно, за исключением того что у женщин этого самого специфически мужского "куска" нет, т.е. у мужчин генетически присутствует как прямая мужская линия так и прямая женская, а у женщин - только прямая женская. Различают половые хромосомы (X,Y) и аутосомы (все остальные). Y наследуется мальчиками от отца (у девочек нет Y) и не рекомбинирует с X (хотя когда-то они составляли пару, Y - эволюционное "приобретение" млекопитающих), X рекомбинирует с парным X при передаче от матери к ребенку. Все остальные хромосомы (аутосомы) также рекомбинируют при половом делении клетки как у отца так и у матери. Разумеется, рекомбинация - явление не случайное, это целая система поддерживаемая специальными энзимами. Благодаря ей ребенок наследует черты не 46 предков, а сотен тысяч. Если в двух словах, то рекомбинация - это обмен участками у парных хромосом при половом делении клетки: дочерняя клетка наследует половинный набор (по количеству нуклеотидов) но при этом из каждой пары "собирается" одна новая хромосома. <p>Материнская ДНК (она же митохондриальная ДНК, мтДНК, mtDNA) расположена за пределами ядра, в митохондриях, и является разновидностью т.н. плазмидных ДНК. Это кольцевая молекула относительно небольшого размера (примерно 16570 б.п.) тоже состоящая из двух прядей и также способная ко всем обычным функциям ДНК - она реплицируется (т.е. удваивается) и кодирует протеины (правда, за время эволюции у нее осталось всего 37 генов, они отвечают в основном за АТФ и дегидрогеназы, т.е. внешних видимых проявлений признаков, кодируемых в мтДНК, нет) <p>подробно о геноме мтДНК можно почитать в <p>Jan-Willem Taanman <br>The mitochondrial genome: structure, transcription, translation and replication <br>0005-2728 / 99 / 1999 Elsevier Science B.V. <p>или в докторской диссертации Финнилы<p>SAARA FINNILA<br>PHYLOGENETIC ANALYSIS OF<br>MITOCHONDRIAL DNA<br>OULUN YLIOPISTO, OULU 2000<p>- но некоторая первоначальная подготовка в генетике для такого чтения нужна.<p>>Могут ли в ребенка попасть эти всегда передаваемые по наследству куски не так, как положено, а наоборот, то есть может ли отец передать ребенку женскую часть своей ДНК, а мать - мужскую? Не нарочно, конечно, а чисто случайно? <p>Умные вопросы задаете, Людмила) Отвечу аккуратно, ничего не утаивая.<p>И спермии и ооциты содержат мтДНК, однако после оплодотворения отцовская мт по невыясненным до конца причинам погибает. Теретическая возможность рекомбинации мтДНК в литературе обсуждается с 99 года после статей Avadalla в Science. Однако математические доказательства рекомбинации которые предлагал автор были опровергнуты другими участниками дискуссии. Все имеющиеся данные по полиморфизму (т.е. разнообразию) мтДНК говорят об отсутствии какой-либо рекомбинации.<p>В 2002 году была статья Schwarz - она обнаружила пациента с митохондриальной миопатией у которого почти вся мт как и положено была материнской но в мышцах рук обнаружилась отцовская мт (в которой и произошла патологическая мутация) Открытие поначалу наделало шуму но никаких изменений в науке пожалуй не произошло. Для проверки секвенировали несколько тысяч семей но подобных фактов более не обнаружили. Использовали еще одну любопытную возможнось. У птиц помимо мтДНК есть W хромосома которая также не рекомбинирует и передается только по прямой женской линии. Изучение ее полиморфизма в птичьих популяциях показывает, что два филогенических дерева - по мт и по W - полностью совпадают. Итак, в науке данный вопрос считается решенным.<p>(Сообщение отредактировал ret 14 окт. 2004 12:21)
|
Тема: ДНК-генеалогия
14.10.2004, 1:04
Как и обещал, даю ссылки на сайты коммерческих компаний. Это выдержка из одной моей статейки, так и не состоявшейся.<p><br>Предлагаю краткий обзор услуг коммерческих лабораторий, <br>предлагающих генетическое тестирование для целей генеалогии и исследования расового происхождения. <p>Последние годы популярность подобных тестов заметно выросла, главным образом за счет рекламы. Коммерческие службы предлагают вам заказать специальный набор для взятия пробы слизистой изо рта и переслать им для анализа. Возможны самые разнообразные комбинации тестов, большинство обычных исследований, проводимых генетиками в научных целях, теперь доступны и коммерчески. Некоторые из лабораторий, например Oxford Ancestors и Family Tree DNA основаны известными учеными. <p>Среди главных недостатков коммерческого тестирования я бы выделил следующие. <p>1. Как правило, не проверяют сомнительные сиквенсы mtDNA на ПДРФ. Мне неоднократно приходилось консультировать клиентов подобных компаний по поводу интерпретации их результатов. <p>2. За тщательный поиск соответствий, тем более за помещение в медианную сеть берут дополнительную плату. <p>3. Сроки: коммерческое исследование занимает (по получении образцов) 5-6 недель, хотя достаточно 2-х. <p><p><br>Family Tree DNA <br>--------------- <br>(USA) <p>Одна из старейших компаний. Работают известные генетики - Michael Hammer (основатель и руководитель), Bruce Walsh, Theodore G. Schurr. Осмелюсь утверждать, среди прочих коммерческих компаний Family Tree DNA выделяется профессионализмом и аккуратностью. В случае сомнительного результата с mtDNA делают ПДРФ. <p>mtDNA (HVS1&2) - $219 <br>Y-chr 12STR - $159 <br>Y-chr 25STR - $229 <br>Y-chr 37STR - $289 <p>Есть собственный форум (скажу честно - не лучший). <br>Страничка компании: <br>http://www.familytreedna.com/ <p><p>Oxford Ancestors <br>---------------- <br>(UK) <p>Основатель и руководитель - известный генетик Bryan Sykes, исследователь европейской mtDNA. <p>mtDNA (HVS1) - 180 англ. фунтов <br>Y-chr (сколько STR’s не знаю, но есть дополнительные опции) - 180 англ. фунтов <p>Очень даже пристойный форум. <br>Страничка компании: <br>http://www.oxfordancestors.com/ <p><p><p>Relative Genetics <br>----------------- <br>(USA) <p>mtDNA (HVS1&2) - $245 <br>Y-chr 24STR - $155 <br>Y-chr 37STR - $195 <br>Множество опций для фамильных проектов. <p>Страничка компании: <br>http://www.relativegenetics.com/index.jsp <p><p><p>Gene Tree <br>--------- <br>(USA) <p>Коммерческое ответвление известной лаборатории Sorenson Genomics. <p>mtDNA (HVS1) -$245 <br>Y-chr 26STR - $225 <p>Страничка компании: <br>http://www.genetree.com <p><p><p>DNA Heritage <br>------------ <br>(UK) <p>mtDNA (HVS1&2) -$219 <br>Y-chr 23STR - $137.77 <br>+ за каждый STR $5.99 ))) <br>до 43STR - $199 <p>Страничка компании: <br>http://www.dnaheritage.com/ <p><p><p><br>DNA Print genomics <br>------------------ <br>(USA) <p>Руководство: Richard Gabriel, Tony Frudakis, Hector J. Gomez <p>DNA Print занимается типированием аутосом (SNPs) для выяснения расового происхождения индивида и относительной доли европейских, вост-азиатских, нативноамериканских и африканских признаков. <p>Ancestry By DNY 2.0 (71 marker test)- $158 <br>Ancestry By DNY 2.5 (175 marker test)- $219 <p>Предполагется, что используемые маркеры различают Вост Азию и нативную Америку. Однако иногда клиенты жалуются, см например запись в одном из логов: <p>Guest: Alexander Y. Klimenkov <br>Date-Time: Tuesday, August 12, 2003 at 12:39:59 (CDT) <br>My Expected Results for IE,EA,NA,SA Population Groups: 100, 0, 0, 0 <br>My Actual DNAPrint Results for IE,EA,NA,SA Population Groups: 95, 0, 5, 0 <br>Date DNAPrint Test Was Ordered: 24 June 2003 <br>Comments: Mr. Klimenkov is from European Russia (Smolensk). His father and grandfather were also born in Russia as was his mother. His haplogroup is J1b1, Y-DNA pending. If anything other than European, he was expecting some East Asian as when you «Scratch a Russian, (you) find a Tartar,» but instead, we find Native American. We have seen reports of expectations of Native American, but receiving East Asian instead. Possibly, the «Native American» is from one of the descendants of the Siberian peoples (ALeuts, Eskimos, etc.) who crossed the land bridge to the Western Hemisphere some 8,000-10,000 years ago. Perhaps other people with Russian ancestry have <br>received a similar result. <p><br>Странички компании: <br>http://www.ancestrybydna.com <br>http://www.dnaprint.com <p><p><p>
|
Тема: ДНК-генеалогия
14.10.2004, 0:51
Николай, постараюсь ответить вам подробно, общение с профессионалами в генеалогии нам очень интересно.<p>>Заруливаете в смежные науки, а терминология всё темнее.<p>видите ли, я говорил с Валентиной и не следует вырывать слова из контекста. Валентина высказала предположение, которое никак не может быть верным - ибо тогда дурь все чем мы занимаемся ) А именно, изучение (более чем 20-летнее!!!) ДНК-полиморфизма в популяциях говорит о том, что большинство границ установилось в очень отдаленный период. И если вам режут слух эти "кривичи" - могу сказать, что это не предел "разрешающей способности" анализа, а скорее нижняя граница. Многие, очень многие генетические признаки, составляющие основу межпопуляционных различий закладывались десятки тысяч лет назад. <p>Про фамилии как-нибудь в следующий раз, тут много придется говорить. В принципе есть статья Е.В.Балановской (МГНЦ РАМН), но не уверен что она доступна в сети. Если в двух словах - фамилии паспортные и собирались в нескольких областях России, далее обрабатывались методами компонентного анализа, как и принято при изучени полиморфизма. Карта совпала с картой 2й компоненты полиморфизма по классическим маркерам. <p>Кстати, фамилии - не смежная область, их можно рассматривать как квазигенетический маркер.<p>>И что это случилось со словенами новгородскими? Это у Вас тоже генетическая информация (по костям из археологических раскопок) или другой какой источник<p>Другой. <p>>Вот это дело очень интригует. В принципе тут есть параллелизм с конечной целью ВГД, то есть с идеей, заложенной в основе нашего сайта. <br>А может, выборку участников форума подключить к Вашей филогении? Я бы с большим интересом кровь сдал. <p>Николай, судя по Вашим репликам, с темой Вы знакомы в лучшем случае отдаленно. Генетическое типирование как коммерческая практика в генеалогии существует только 4 года однако завоевало очень большую популярность. Но прежде коммерции была просто наука, упорно год за годом собирающая факты. Исследованию мтДНК уже 23 года, Y - чуть меньше, аутосомное типирование значительно старше. <p>Про "проект". Ну начнем с того, что это не сборище волонтеров, а академическая наука, часть эволюционной биологии. Исследования оплачивает государство, а не частные спонсоры. Поэтому и ограничены средства: ну никак не получится типировать всех желающих. Если вы подходите по некоторым параметрам на роль пробанда - тогда возможно, но результата ждать придется очень долго. Если какое-либо исследование вам интересно в частном порядке - я могу помочь вам, указать лабораторию, где это будет дешевле всего. А если речь об мтДНК - тогда можно и в Москве, даже совсем дешево, так как фореграмму буду читать я сам, бесплатно, вам потребуется оплачивать только выделение ДНК и сиквенс. Никаких коммерческих услуг мы не оказываем. Я дам вам ссылки на сайты иностранных лабораторий, там много попсовых материалов - и если вам что-либо интересно, можем поговорить подробнее. <p>Последнее - и самое главное - что это за "дерево" которое вас так соблазнило) Их два - поскольку научному изучению поддаются только две линии - прямая мужская и прямая женская, так как Y-хромосома (передающаяся мальчику от отца) и мтДНК (передающаяся и мальчику и девочке от мамы) не способны к рекомбинации. Т.е. данные участки ДНК "не смешиваются" а только мутируют в течении тысячелетий. Какая из линий вам интереснее (или обе) - решайте сами. <p>Все прочие предковые линии человека также доступны для изучения, но здесь даже в ближайших поколениях абсолютно неизвестно по какой из них вы получили тот или иной признак - по причине рекомбинации. Т.е. например нельзя узнать, от какого дедушки или бабушки вам достались два аллеля ABO - для того чтобы это узнать прийдется типировать их всех - тогда как для Y и мтДНК вы и ваши прямые предки "неразличимы".<p>(Сообщение отредактировал ret 14 окт. 2004 0:53)
|
Тема: ДНК-генеалогия
13.10.2004, 17:37
Кстати, в том что войны и переселения изменили что-то - вы ошибаетесь. Только крупные города. Недавно было закончено исследование 50000 русских фамилий - СПЕЦИАЛИСТАМ ПО ГЕНЕАЛОГИИ ИНТЕРЕСНО БУДЕТ - так вот, первая компонента изменчивости по фамилиям прекрасно совпадает со второй компонентой по классическим маркерам (почти по всем). Т.е. люди почти везде в глубинке не только выглядят как сотни лет лет назад но даже называются со строгими региональными различиями.<p>Хотя все же за 1000 лет есть и некоторые жертвы - полностью исчезли с лица земли новгородские словене. Как тип - а потомки их похоже по всей России. А кривичи, вятичи etc до сих пор живут. Радикально отличаются от остальных русских только поморы (сближаются с финнами, хотя и отдаленно) и русские Башкирии (некоторый крен в восточную сторону). Кроме того, резко различны вост. и западные украинцы: первые похожи на южных русских, а у вторых скорее всего ближайшие родственники живут на Балканах.<p>(Сообщение отредактировал ret 13 окт. 2004 18:13)
|
Тема: ДНК-генеалогия
13.10.2004, 17:30
>Где вы найдете сейчас славян в 3 поколении-разве только в глубинке. так вы ведь туда не ездите<p>Простите, чушь. Современные горожане - такие же русские как и в деревне, просто смешаны области (а профиль почти каждого региона уникален!) <p>А берем только в глубинке. Ошибаетесь вы.<p>
|
|
|
