Gedmatch
сайт для интерпретации аутосомных тестов
tirael Подмосковье Сообщений: 932 На сайте с 2023 г. Рейтинг: 2971 | Наверх ##
3 февраля 13:27 Лёна написал: [q] Заходите на сайт. Слева вверху будут 3 полосочки горизонтальные. Нажимаете на эти полосочки. Затем на FREE TOOlS, затем на One-to-Many. Это общая база.[/q] Лёна, я правильно понимаю, что 1 ко 1 сравнить свой кит с любым другим нельзя, только в списке One-to-Many искать второй кит. Если он там есть, то возможно имеется общий предок, если его там нет, то генетически скорее всего мы не родственники, либо родство очень дальнее и оно не попало в этот список? --- Ищу сведения: Хижниковы,Хижняковы,Хижинковы (ст.Новочеркасская), Бродские (Одесса, Туркестанский край), Коломойцевы,Зоновы (Никополь,СПб,Мск) Погореловы (Воронеж. губ до1925, Крым/Кубань с1925, Ленинград с 60х), Саватеевы/Савватеевы (Владимирская губ, Москва и обл. Кулебякино), Моисеевы (Рязанская г | | |
Лёна Коротоякский уезд Сообщений: 13360 На сайте с 2010 г. Рейтинг: 7159 | Наверх ##
3 февраля 17:40 tirael написал: [q] Лёна, я правильно понимаю, что 1 ко 1 сравнить свой кит с любым другим нельзя, только в списке One-to-Many искать второй кит. Если он там есть, то возможно имеется общий предок, если его там нет, то генетически скорее всего мы не родственники, либо родство очень дальнее и оно не попало в этот список?[/q]
Почему нельзя? Можно конечно One-to-one Autosomal - это раздел для двух китов. Но там совпадения по хромосомам для двух китов, и внизу страницы указано общее количество сантиморгонов. Попробуйте, посмотрите. Я лично и в One-to-Many ввожу киты, и в One-to-one, и вот в этом разделе - match both для двух китов сравнение, но здесь выдаёт совпаденцев. И вот здесь ещё, как мне подсказали, потому что баги на гедматче бывают, и было со мной 2 раза так. У меня показывает совпадение, а у другого нет. А вот через этот раздел наглядно будет видно - 3D Chromosome Browser Вы порог пробуйте менять от 3 и выше. Возможно так и найдёте нужного вам совпаденца. One-to-one Autosomal - начиная порог от 25 и 3 минимально match both - там по 10 стоит автоматом, можно ниже или выше. | | Лайк (1) |
PedigreeResearcher Сообщений: 3917 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1078 | Наверх ##
3 февраля 18:21 И всё же. Дались вам эти участки! Понятно, когда интересно. Когда хочется разобраться, что у машинки внутри. Но если речь идёт о задачах генеалогических, то путём теста мы пытаемся выяснить, связаны две персоны общим предком, или нет. И как давно жил этот общий предок.
Как делаю попарное сравнение я:
1. Иду в One-to-one Autosomal в выкидывающимся списке Free Tools.
2. Ввожу Kit Number 1 и Kit Number 2. (Предполагается, что номера обоих сравниваемых наборов мне известны.)
3. Выставляю опцию Position Only. На что мне картинки?
4. Отмечаю квадратик Display Only Chromosomes with Matched Segments. Т.е. будут показываться только совпадающие участки хромосом.
5. Все остальные настройки оставляю по умолчанию. Лишь изредка меняю Minimum segment cM size с 7 сМ по умолчанию на 5 сМ. (Зачем это делаю, объясню в пункте 8.) 4 сМ и 3 сМ не использую никогда. Так как в этом случае не показывается TMRCA (ВБОП - Время до Ближайшего Общего Предка).
6. Жму на Compare.
7. Что меня интересует, так это именно ВБОП, измеренный в поколениях. То есть, что-то типа Estimated number of generations to MRCA = 2.8.
8. Если строка Estimated number of generations to MRCA = ... не появилась, то это значит, что по результатам теста, родство не обнаруженно. Вот тогда-то и меняю Minimum segment cM size на 5 сМ. Иногда при таких настройках показывается родство.
9. Качество сравнения оцениваю по количеству использованных снипов. Т.е. смотрю строчку SNPs used for this comparison. Чем значение там выше, тем лучше. (Максимум, что видел, это 868044 SNPs used for this comparison.)
--- Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | Лайк (2) |
PedigreeResearcher Сообщений: 3917 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1078 | Наверх ##
3 февраля 18:25 Сравнил два собственных полногеномных образца. Получил 1320974 SNPs used for this comparison.
Т.е. этот миллион с копейками снипов (1320974, если совсем точно) и полагаю за максимум максиморум. --- Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | |
Лёна Коротоякский уезд Сообщений: 13360 На сайте с 2010 г. Рейтинг: 7159 | Наверх ##
3 февраля 18:37 >> Ответ на сообщение пользователя PedigreeResearcher от 3 февраля 2026 18:21 Спасибо большое! Все мы учимся, как лучше понять. Тем более, когда в таких делах не особенно разбираешься. | | Лайк (1) |
PedigreeResearcher Сообщений: 3917 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1078 | Наверх ##
3 февраля 18:48 Напомню, как использую бесплатную опцию One-to-Many. Если выставить только три тысячи результатов и не трогать отсечку:  То последний, трёхтысячный, результат будет выглядеть, скажем так:  А вот если отсечку (т.е. Overlap Cutoff) поставить на максимальные 300000, то есть, использовать для сравнения только те образцы, в которых имеются не менее трёхсот тысяч общих снипов, то последний трёхтысячный сэмпл будет выглядеть так:  Вроде не велика разница. ВБОП в 6.67 поколения против 6.31 поколения. Но основной смысл в том, что используются только качественные образцы. *** Для того, чтобы смотреть глубже, увы, нужна платная подписка. (Я обычно подписываюсь на месяц. А потом по необходимости переподписываюсь через год-два.) Тогда будет показывать максимальных 7500 человек. И разница при изменении отсечки будет более ощутимой. --- Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | Лайк (1) |
|