Наверх ##
3 февраля 18:21 И всё же. Дались вам эти участки!
Понятно, когда интересно. Когда хочется разобраться, что у машинки внутри.
Но если речь идёт о задачах генеалогических, то путём теста мы пытаемся выяснить, связаны две персоны общим предком, или нет. И как давно жил этот общий предок.
Как делаю попарное сравнение я:
1. Иду в One-to-one Autosomal в выкидывающимся списке Free Tools.
2. Ввожу Kit Number 1 и Kit Number 2. (Предполагается, что номера обоих сравниваемых наборов мне известны.)
3. Выставляю опцию Position Only. На что мне картинки?
4. Отмечаю квадратик Display Only Chromosomes with Matched Segments. Т.е. будут показываться только совпадающие участки хромосом.
5. Все остальные настройки оставляю по умолчанию. Лишь изредка меняю Minimum segment cM size с 7 сМ по умолчанию на 5 сМ. (Зачем это делаю, объясню в пункте 8.) 4 сМ и 3 сМ не использую никогда. Так как в этом случае не показывается TMRCA (ВБОП - Время до Ближайшего Общего Предка).
6. Жму на Compare.
7. Что меня интересует, так это именно ВБОП, измеренный в поколениях. То есть, что-то типа Estimated number of generations to MRCA = 2.8.
8. Если строка Estimated number of generations to MRCA = ... не появилась, то это значит, что по результатам теста, родство не обнаруженно. Вот тогда-то и меняю Minimum segment cM size на 5 сМ. Иногда при таких настройках показывается родство.
9. Качество сравнения оцениваю по количеству использованных снипов. Т.е. смотрю строчку SNPs used for this comparison. Чем значение там выше, тем лучше. (Максимум, что видел, это 868044 SNPs used for this comparison.)
| 
