Gedmatch
сайт для интерпретации аутосомных тестов
PedigreeResearcher Сообщений: 3776 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1040 | Наверх ##
4 декабря 2025 18:45 Следующее соображение, ГЕДматч указывает только наиболее вероятную степень родства. На деле же, имеем вероятностное распределение. То есть, набор разных вероятностей для разных степеней родства. Типа, вот такого: --- Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | |
PedigreeResearcher Сообщений: 3776 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1040 | Наверх ##
4 декабря 2025 18:54 Дальше.
ГЕДматч использует кроссплатформенное сравнение. Говоря иначе, результаты от разных лабораторий.
Хорошо, когда сравниваются два сэмпла (образца) из "достойной" (заслуживающей доверия) компании, типа, ФТДНА.
Ну, а когда имеем что-то от необременённых опытом и квалификацией (какой-нибудь Генотек, скажем), то обязательно надо смотреть на т.н. "перекрытие" (overlap). По меньшей мере, это значение не должно быть выделено красным цветом при настройках по умолчанию. Как вот тут в примере:
 --- Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | |
PedigreeResearcher Сообщений: 3776 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1040 | Наверх ##
4 декабря 2025 18:58 Продолжаем.
Очень важно качество секвенирования. То есть, качество самого образца. Количество использованного биологического материала. Его чистота.
ГЕДматч позволяет проверить, насколько хороши сравниваемые сэмплы. Для этого необходимо использовать бесплатную утилиту GEDmatch DNA Kit Diagnostic Utility. --- Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | |
PedigreeResearcher Сообщений: 3776 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1040 | Наверх ##
4 декабря 2025 19:00 4 декабря 2025 19:01 Ну, а теперь подходим к не очень обнадёживающему выводу:
Результаты теста не опровергли, но и не подтвердили на 100% предполагаемую степень родства.
Увы. --- Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | |
| ElenaFilippova77 Сообщений: 175 На сайте с 2018 г. Рейтинг: 76
| Наверх ##
4 декабря 2025 19:14 PedigreeResearcher написал: [q] Продолжаем.
Очень важно качество секвенирования. То есть, качество самого образца. Количество использованного биологического материала. Его чистота.
ГЕДматч позволяет проверить, насколько хороши сравниваемые сэмплы. Для этого необходимо использовать бесплатную утилиту GEDmatch DNA Kit Diagnostic Utility.[/q]
файл от Генотек, GМ утилита написал качество хорошее, второй образец от МН, да образцы от разных. Вот и я не могу не опровергнуть, не подтвердить))) Спасибо за разъяснения! --- Андреев Петр С. (Нижегородская губерния, с.Абрамовка Симбирской губ.), Черных Андрей А. (ОКВ, станица Березинская, отряд Бородинский), Филипповы (Порховский уезд д.Сопша), Трусовы (д.Максаков Бор, Порховский уезд), Воронцовы (Порховский уезд, д.Пальцево) Алексахины, Марковы (Рязань) | | |
PedigreeResearcher Сообщений: 3776 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1040 | Наверх ##
4 декабря 2025 19:22 Ещё побубню.
По английски, предполагаемая сепень родства из Вашего примера называется half second cousins.
Если бы наследование всегда шло в пропорциях 50% на 50%, то для данной степени родства совпадение генома (% shared) составило бы 1.563%.
Тот же самый критерий нов сантиМорганах (Total cM shared half-identical (or better)) был бы равен 106.25 сМ. --- Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | |
PedigreeResearcher Сообщений: 3776 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1040 | Наверх ##
4 декабря 2025 19:24 Генотек, это такая, брат, штука, Генотек. Никому не порекомендую.
МН - суть ФТДНА. В части физического выполнения тестов. Нормально так.
Что с перекрытием (overlap)? --- Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | |
PedigreeResearcher Сообщений: 3776 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1040 | Наверх ##
4 декабря 2025 19:31 4 декабря 2025 19:33 Генотек вносит изрядную путаницу. И само секвенирование мутное (с какими-то экстраполяциями). Да и вообще...
Вот если бы это была, ну пусть, 23эндМи, то имеем сл. статистику для Вашей предполагаемой степени родства:
Half 2nd cousin 0.6% - 2.5% 45 cM - 186 cM.
У Вас 36.3 сМ. Что меньше, чем 45 сМ. Была бы нормальная лаборатория, сказал бы, что нет. Родство есть, но более далёкое. А с путалами из Генотека - поди пойми.
*** По перекрытию вопрос снимаю. Пересмотрел Вашу картинку. Там прописано 413 750 снипов. Вполне себе приемлемо. (Я обычно использую перекрытие в 300 000 снипов и выше.) --- Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | |
| ElenaFilippova77 Сообщений: 175 На сайте с 2018 г. Рейтинг: 76
| Наверх ##
4 декабря 2025 19:37 PedigreeResearcher написал: [q] Генотек, это такая, брат, штука, Генотек. Никому не порекомендую.
МН - суть ФТДНА. В части физического выполнения тестов. Нормально так.
Что с перекрытием (overlap)?[/q]
в сравнении Ко многим этого КИТа нет, а больше я не знаю где посмотреть розовенькие ячейки --- Андреев Петр С. (Нижегородская губерния, с.Абрамовка Симбирской губ.), Черных Андрей А. (ОКВ, станица Березинская, отряд Бородинский), Филипповы (Порховский уезд д.Сопша), Трусовы (д.Максаков Бор, Порховский уезд), Воронцовы (Порховский уезд, д.Пальцево) Алексахины, Марковы (Рязань) | | |
PedigreeResearcher Сообщений: 3776 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1040 | Наверх ##
4 декабря 2025 19:49 Ответил выше.
Чтобы смотреть по дальним степеням родства, отсекайте мусорные сэмплы (низкого качества). То есть, выставляйте перекрытие вместо 45000 на 300000. --- Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | Лайк (1) |
|