Gedmatch
сайт для интерпретации аутосомных тестов
| ElenaFilippova77
Сообщений: 175
На сайте с 2018 г.
Рейтинг: 76
| Наверх ##
4 декабря 2025 19:14 PedigreeResearcher написал: [q] Продолжаем.
Очень важно качество секвенирования. То есть, качество самого образца. Количество использованного биологического материала. Его чистота.
ГЕДматч позволяет проверить, насколько хороши сравниваемые сэмплы.
Для этого необходимо использовать бесплатную утилиту GEDmatch DNA Kit Diagnostic Utility.[/q]
файл от Генотек, GМ утилита написал качество хорошее, второй образец от МН, да образцы от разных. Вот и я не могу не опровергнуть, не подтвердить))) Спасибо за разъяснения! ---
Андреев Петр С. (Нижегородская губерния, с.Абрамовка Симбирской губ.), Черных Андрей А. (ОКВ, станица Березинская, отряд Бородинский), Филипповы (Порховский уезд д.Сопша), Трусовы (д.Максаков Бор, Порховский уезд), Воронцовы (Порховский уезд, д.Пальцево) Алексахины, Марковы (Рязань) | | |
PedigreeResearcher Сообщений: 3745 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1040 | Наверх ##
4 декабря 2025 19:22 Ещё побубню.
По английски, предполагаемая сепень родства из Вашего примера называется half second cousins.
Если бы наследование всегда шло в пропорциях 50% на 50%, то для данной степени родства совпадение генома (% shared) составило бы 1.563%.
Тот же самый критерий нов сантиМорганах (Total cM shared half-identical (or better)) был бы равен 106.25 сМ. ---
Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | |
PedigreeResearcherСообщений: 3745 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1040 | Наверх ##
4 декабря 2025 19:24 Генотек, это такая, брат, штука, Генотек. Никому не порекомендую.
МН - суть ФТДНА. В части физического выполнения тестов. Нормально так.
Что с перекрытием (overlap)? ---
Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | |
PedigreeResearcherСообщений: 3745 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1040 | Наверх ##
4 декабря 2025 19:31 4 декабря 2025 19:33 Генотек вносит изрядную путаницу. И само секвенирование мутное (с какими-то экстраполяциями). Да и вообще...
Вот если бы это была, ну пусть, 23эндМи, то имеем сл. статистику для Вашей предполагаемой степени родства:
Half 2nd cousin 0.6% - 2.5% 45 cM - 186 cM.
У Вас 36.3 сМ. Что меньше, чем 45 сМ. Была бы нормальная лаборатория, сказал бы, что нет. Родство есть, но более далёкое.
А с путалами из Генотека - поди пойми.
*** По перекрытию вопрос снимаю. Пересмотрел Вашу картинку. Там прописано 413 750 снипов. Вполне себе приемлемо. (Я обычно использую перекрытие в 300 000 снипов и выше.) ---
Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | |
| ElenaFilippova77
Сообщений: 175
На сайте с 2018 г.
Рейтинг: 76
| Наверх ##
4 декабря 2025 19:37 PedigreeResearcher написал: [q] Генотек, это такая, брат, штука, Генотек. Никому не порекомендую.
МН - суть ФТДНА. В части физического выполнения тестов. Нормально так.
Что с перекрытием (overlap)?[/q]
в сравнении Ко многим этого КИТа нет, а больше я не знаю где посмотреть розовенькие ячейки  ---
Андреев Петр С. (Нижегородская губерния, с.Абрамовка Симбирской губ.), Черных Андрей А. (ОКВ, станица Березинская, отряд Бородинский), Филипповы (Порховский уезд д.Сопша), Трусовы (д.Максаков Бор, Порховский уезд), Воронцовы (Порховский уезд, д.Пальцево) Алексахины, Марковы (Рязань) | | |
PedigreeResearcherСообщений: 3745 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1040 | Наверх ##
4 декабря 2025 19:49 Ответил выше.
Чтобы смотреть по дальним степеням родства, отсекайте мусорные сэмплы (низкого качества). То есть, выставляйте перекрытие вместо 45000 на 300000. ---
Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | Лайк (1) |
PedigreeResearcherСообщений: 3745 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1040 | Наверх ##
4 декабря 2025 19:55 Мне попеняли как-то, что я отечественные лаборатории не люблю (точнее один лишь Генотек). И активно топлю за ФТДНА (а не на ставке ли у них).
Повторюсь. Речь идёт об обыкновенном прагматизме. И нет, не на ставке.
При всей моей зашкаливающей любви к родине из далёкого далека, печатаю на китайском компьютере. Говорю в корейский телефон. Езжу на корейской же машине. И т. д. И т. п.
Никто же в здравом уме не будет настаивать на том, что российский автопром переплюнул, ну, допустим, BMW.
С Генотеком та же история. Своё, но на полностью импортных комплектующих. И очень корявенькое. ---
Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | Лайк (3) |
| ElenaFilippova77
Сообщений: 175
На сайте с 2018 г.
Рейтинг: 76
| Наверх ##
4 декабря 2025 19:58 а где сейчас можно сдать и получить качественный тест? ---
Андреев Петр С. (Нижегородская губерния, с.Абрамовка Симбирской губ.), Черных Андрей А. (ОКВ, станица Березинская, отряд Бородинский), Филипповы (Порховский уезд д.Сопша), Трусовы (д.Максаков Бор, Порховский уезд), Воронцовы (Порховский уезд, д.Пальцево) Алексахины, Марковы (Рязань) | | |
PedigreeResearcherСообщений: 3745 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1040 | Наверх ##
4 декабря 2025 20:41 ElenaFilippova77 написал: [q] а где сейчас можно сдать и получить качественный тест?[/q]
Лучше всего - это ФТДНА. Это единственная университетская лаборатория, занимающаяся и коммерческими тестами. Биологический материал там обещают хранить 25 лет. То есть, можно делать апгрейды без нового забора и отправки слюны. Делают всю гамму тестов. Игрек, мито, аутосомы. 23эндМи - это банкрот. Да и работают они только по аутосомам. Тесты МН делаются на базе ФТДНА. И в какой-то момент, полный доступ к результатам без платной подписки может исчезнуть. Ансестри делает только аутосомы. И выходцев из России там мало. По Генотеку уже прошёлся. Вывод: ФТДНА, без вариантов. *** Лаборатория, увы, американская. Со всеми вытекающими. Трудно оплачивать. Муторно отправлять. Но всё преодолимо. См. соответствующие темы на этом форуме. ---
Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | Лайк (2) |
PedigreeResearcherСообщений: 3745 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 1040 | Наверх ##
4 декабря 2025 21:19 Ещё раз рассмотрел Вашу родственную схему. Полное название по английски: half first cousin twice removed. Или сокращённо Half 1C2R. Если исходить вот из этого источника:  то имеем несколько отличный от 23эндМи предикт. 125 сМ в среднем. (У Вас 36.3 сМ.) 16 сМ минимум. 269 сМ максимум. (Т.е. Вы как бы попадаете в вилку.) ---
Ищу родителей (девичью фамилию) Ульяны Матвеевны, жены стольника Тимофея Ивановича Лихарева | | |
|
