Genotek

[q]

вот что писал в одном из чатов в телеге директор по продукту Генотека Александр Ракитько, комментируя отличие их услуги по подготовке файла в альтернативном формате от бесплатной конвертации сторонними приложениями:

В Genotek услуга конвертации предполагает фазирование + импьютирование с большой референсной панелью . Благодаря этому удаётся из 600т получить , например, 900т для 23&meV3. Такие алгоритмы работают по 5-6 часов на 80тиядерных виртуальных машинах.

[/q]

[q]

Добрый день!

Сконвертировал полученный в Генотек vcf с помощью DNA Kit studio в формат 23andMe (впрочем другие форматы тоже пробовал). gedmatch пишет ошибку Less than 1000 SNPs. в чем может быть проблема?
MyHeritage нормально прогрузил, не ругался. Впрочем на следующий день тоже написал "Неверный комплект"
Наверное стоит воспользоваться другим конвертором?
Кажется понял - для VCF нужная версия 2.8

[/q]

[q]

phatnom написал:

[q]

странно у меня конвертер программа не видит файлы от гентоека, не могу их загрузить для конвертации

[/q]

нужно именно версию 2.8
из 2.9 вырезали работу с vcf (это теперь отдельная платная утилита)

https://forum.vgd.ru/post/1693/69244/p5031211.htm#pp5031211

[/q]

[q]

По совпаденцам определяюсь "по древу". То есть у сына в совпадениях есть человек. Смотрю этого совпаденца у себя и у жены. В зависимости от этого смотрю его у своей мамы или у тещи. Если нет у них то совпадения по дедам. С учетом первой проверки.

Дальше "раскладываю" совпаденцев по своему древу. И тут уже дело в том насколько проработаны родословные у вас и совпаденца. От этого в основном и будет зависеть вероятность нахождения общего предка.

[/q]