ДНК-генеалогия. Вопросы новичков
И ответы опытных ))
hikigaeru Москва Сообщений: 473 На сайте с 2014 г. Рейтинг: 192 | Наверх ##
28 февраля 2022 22:04 I_Sokka
Подскажите еще пожалуйста, вот например у одного совпаденца общая длина совпадения 45 см, а наибольший участок 10 см, а у другого 35 см общая длина и такая же длина наибольшего участка, тоже 35 см.
Гедматч считает. что первый человек более близкий родственник, чем второй.
А как на самом деле? Если общая длина и наибольший участок совпадают - это не значит, что предполагаемое родство более близкое? ---
Лауссон (Крестецкий уезд, Торбино, Эстония)
Чулковы (Моск. обл. Леонтьево)
Митрофановы (Крестецкий уезд, Торбино)
Горин (Резекне-Режица, Старая Русса) | | |
| I_Sokka
Санкт-Петербург
Сообщений: 502
На сайте с 2019 г.
Рейтинг: 461
| Наверх ##
28 февраля 2022 23:17 28 февраля 2022 23:50 evgenij-uscov написал: [q] Сдал тест Y37 в familytreedna. В минувшие выходные пришло сообщение, что результат готов.
В результатах увидел предсказанная гаплогруппа R-M198. Что за группа, что она означает?[/q]
Отпишитесь на Молгене: https://forum.molgen.org/index...rdseen#newВступите в R1a project в FTDNA: https://www.familytreedna.com/groups/r-1a/about/backgroundНапишите на Молгене номер своего набора. Можете и самостоятельно перекопировать гаплотип (полученные циверки) на Nevgen: https://www.nevgen.org/ - выберите в установках R1a/Р1а. R-М198 или R1a в Википедии: https://ru.wikipedia.org/wiki/...%9D%D0%9A), но интереснее читать про более точный субклад. evgenij-uscov написал: [q] По Y25 нашлось 19 совпаденцев с шагом 2, а по Y37 и Y12 их нет. Почему так?[/q]
Нет близкого родственника, сдавшего такой тест. На Y12, как правило, совпаденцы есть у многих. Если нет совпаденцев на Y12, то вероятно, что сильно отличаются значения "медленных" СТР-маркеров. Может указывать на очень редкий субклад и без апгрейда теста не обойтись. В любом случае - получите предсказание Nevgen, а там уже видно будет. evgenij-uscov написал: [q] Скачал файл с расширением csv, можно ли на какие то другие сайты его загрузить?[/q]
База FTDNA уникальная по Y-STR маркерам, пока их (практически) никуда не загрузить. После апгрейда до BigY или полногеномного секвенирования их можно загрузить на YFull, но их роль сильно снижается, если уже определен субклад по снипу. ---
Ищу Сокка или Сокко (Печенкин), Катала (Бондарев), Метсо (Семёнов), Тузберг. приход, и деревня, Марково (Markkova, Markowa), Мгинский или Кировский район Лен. Обл.
Ищу Никитинские, Мартыновы, Бобины, Онучины - Ракуло-Кокшенский погост, Вельский уезд, Вологодская губерния. | | |
| Olivka00 Начинающий
Берлин-Минск
Сообщений: 36
На сайте с 2022 г.
Рейтинг: 39 | Наверх ##
28 февраля 2022 23:35 Скажите, а если у меня есть исходники в форматах VCF, Fastq, Cram от nebula (делала дочке секвенирование генома на 30х), можно ли их где-то проанализировать на предмет родственных связей? | | |
| I_Sokka
Санкт-Петербург
Сообщений: 502
На сайте с 2019 г.
Рейтинг: 461
| Наверх ##
28 февраля 2022 23:42 hikigaeru написал: [q] Если общая длина и наибольший участок совпадают - это не значит, что предполагаемое родство более близкое?[/q]
В принципе, да, но... Но при очень близком родстве, да, а при более удаленном границы размываются. Чем дальше родство, тем в среднем меньше общая ДНК, но и границы размываются - от нуля до какого-то значения, соответсвуюшему родству. Тут надо еще учесть возможную вероятную генеалогию - например, браки в относительно закрытом сообществе (условно, в деревне все друг другу родня, хоть и удаленно), общие регионы происхождения (возможная передача генетического "фона") и т.д. Посмотрите схему родства по результатам аутосомного теста: https://forum.molgen.org/index...#msg504693hikigaeru написал: [q] Гедматч считает. что первый человек более близкий родственник, чем второй.[/q]
Гедматч смотрит только на общую ДНК, а тогда ближе. Смотрите также на количество общих сравниваемых снипов - чем их меньше. тем менее надежно сравнение. hikigaeru написал: [q] у одного совпаденца общая длина совпадения 45 см, а наибольший участок 10 см, а у другого 35 см общая длина и такая же длина наибольшего участка, тоже 35 см.[/q]
Оба попадают в область пяти-/шестиюродного родственника и далее. 45 сМ и 35 сМЯ бы предположил, что 35(35) сМ могут указывать на наследование по мужским линиям, так как дробление ДНК происходит чаще в женских геномах, чем в мужских. Это не 100%, но я бы обратил внимание на мужские линии в семейном дереве. ---
Ищу Сокка или Сокко (Печенкин), Катала (Бондарев), Метсо (Семёнов), Тузберг. приход, и деревня, Марково (Markkova, Markowa), Мгинский или Кировский район Лен. Обл.
Ищу Никитинские, Мартыновы, Бобины, Онучины - Ракуло-Кокшенский погост, Вельский уезд, Вологодская губерния. | | |
| I_Sokka
Санкт-Петербург
Сообщений: 502
На сайте с 2019 г.
Рейтинг: 461
| Наверх ##
28 февраля 2022 23:50 Olivka00 написал: [q] Скажите, а если у меня есть исходники в форматах VCF, Fastq, Cram от nebula (делала дочке секвенирование генома на 30х), можно ли их где-то проанализировать на предмет родственных связей?[/q]
Женские и особенно мужские тесты следует проанализировать в YFull - перенос данных со страницы Nebula. Анализ в YFull: женская мито-гаплогруппа - примерно 25 долл, мужская Y-гаплогруппа и мито/гаплогруппа - 45$. FASTQ или CRAM можно обработать WGS Extract, их страница: https://wgsextract.github.io/Сам пока не пробовал, но слышал, что можно загрузить и на FTDNA, и на MyHeritage. GEDmatch тоже должен сьесть комбинированый набор. Olivka00 написал: [q] делала дочке секвенирование генома на 30х[/q]
Для генеалогического поиска целесообразнее тестировать как можно более старших родственников, а не детей или внуков. ---
Ищу Сокка или Сокко (Печенкин), Катала (Бондарев), Метсо (Семёнов), Тузберг. приход, и деревня, Марково (Markkova, Markowa), Мгинский или Кировский район Лен. Обл.
Ищу Никитинские, Мартыновы, Бобины, Онучины - Ракуло-Кокшенский погост, Вельский уезд, Вологодская губерния. | | Лайк (1) |
| Olivka00 Начинающий
Берлин-Минск
Сообщений: 36
На сайте с 2022 г.
Рейтинг: 39 | Наверх ##
1 марта 2022 0:20 >> Ответ на сообщение пользователя I_Sokka от 28 февраля 2022 23:50 Ну у нас просто цель тестирования совсем другая была, надо было пробить на возможную генетическую причину заболевания. А ведь я на yfull загрузила сразу как получила данные, причем бесплатно, то ли какое-то спецпредложение подарочное было, то ли что - не помню. Данные закинула, видела 2 неточных совпадения, но что с этим дальше делать так и не поняла. Пойду почитаю, спасибо | | |
| evgenij-uscov Начинающий
Киров
Сообщений: 30
На сайте с 2014 г.
Рейтинг: 15 | Наверх ##
1 марта 2022 9:22 >> Ответ на сообщение пользователя I_Sokka от 28 февраля 2022 23:17 Спасибо, буду изучать))) | | |
Наташа СМ город-герой Смоленск Сообщений: 3079 На сайте с 2012 г. Рейтинг: 2500 | Наверх ##
25 марта 2022 14:05 25 марта 2022 14:06 Доброго дня!
В семье "ходят слухи", что мой отец и его сестра были якобы рождены не от одного отца. Мой двоюродный брату (сын отцовской сестры) сделал тест.
У нас с ним следующие совпадения: общие ДНК 12,8 (906,5 сМ), общие сегменты 34, наибольший сегмент 98,4 сМ (тест MyHeritage).
Понимаю, что это гадание на кофейной гуще, но как вы думаете, можно ли по этим результатам понять, родные ли между собой мой отец и его мать?
П.С. Больше некого протестировать ---
Филимоновы - мещане г. Велижа
Вайсблит - Украина
Рейслер - Австро-Венгрия, Кишинёв
----
Работаю в архивах Смоленска с 2013г. Помогу в ваших поисках.
Мой телеграм-канал https://t.me/gen_sysk
| | |
Darigar Москва Сообщений: 225 На сайте с 2019 г. Рейтинг: 359 | Наверх ##
25 марта 2022 15:29 Наташа СМ написал: [q] Доброго дня!
[/q]
согласно статистике DNApainter у вас вполне стандартные значения для 2-юродности. 866сМ в среднем у таких. если бы было по слухам, то в среднем 449сМ. | | Лайк (1) |
Наташа СМгород-герой Смоленск Сообщений: 3079 На сайте с 2012 г. Рейтинг: 2500 | Наверх ##
25 марта 2022 15:49 Darigar написал: [q] согласно статистике DNApainter у вас вполне стандартные значения для 2-юродности. 866сМ в среднем у таких.
если бы было по слухам, то в среднем 449сМ.[/q]
Darigar, спасибо! Интересно, а возможны ли такие результаты, если мой отец и мать брата были не родные? ---
Филимоновы - мещане г. Велижа
Вайсблит - Украина
Рейслер - Австро-Венгрия, Кишинёв
----
Работаю в архивах Смоленска с 2013г. Помогу в ваших поисках.
Мой телеграм-канал https://t.me/gen_sysk
| | |
|
