ДНК-генеалогия. Вопросы новичков

В Gedmatch интересующие пары лучше проверять сравнением 1:1. Алгоритмы сравнения они часто совершенстуют, исправляют ошибки. Все пары по всей базе они при этом не пересчитывают. Кроме того, при массовом сравнении, когда таблица заполняется данными о сравнении со множеством других, они могут использовать более упрощённые алгоритмы. При сравнении 1:1 используется полная версия (хотя вроде была ещё более крутая, платная).
Та таблица, что я привёл, никак не учитывает особенности лаборатории. Она показывает зависимость родства от совпавших участков ДНК в их природном состоянии и не учитывает возможных недостатков или неполноты тестов. Там, где есть хотя бы 100 общих SNP/cM, все алгоритмы должны давать приблизительно одинаковые результаты.
Разница в алгоритмах может быть в способе учёта участков ДНК, не очень плотно покрытых SNP, которые удалось протестировать в обоих тестах. В Gedmatch 1:1 для этого есть дополнительные настройки, а как это делают алгоритмы FTDNA и MyHeritage - остаётся только догадываться. Кроме того, Gedmatch обязательно указывает, какое число SNP по позициям совпало в двух тестах и могло в принципе быть использовано для сравнения (overlap). FTDNA даёт это число только для совпавших участков и часто округляет его по не очень понятным причинам.
Те участки, которые не анализировались, и Gedmatch, и FTDNA ("спам" ?) отмечают особым цветом/штриховкой.

Петр_СПб написал:

[q]

Кроме того, Gedmatch обязательно указывает, какое число SNP по позициям совпало в двух тестах и могло в принципе быть использовано для сравнения (overlap)

[/q]

Да, кстати, насколько важен overlap? С одними совпаденцами может быть общий участок длиннее, чем с другими, но зато overlap розовым или красным цветом маркирован. Что важнее: largest seg, total seg или overlap? Или всё вместе?

Тампио написал:

[q]

Мой кит в новой версии PC6133025

[/q]

Проверила, с Вами совпадения нет

Кстати, у меня есть одна совпаденка на myheritage (у меня с ней общих 19,9 сМ на 3 участках, larg.seg. - 7,3 cM). Она также зарегистрирована на FTDNA, но там её нет среди моих совпаденцев. Как такое может быть? Совпадение настолько незначительное, что на FTDNA оно не учитывается или почему её там нет среди моих matches?

Петр_СПб, спасибо вам огромное за такое подробное сообщение! Изучаю.

Gedmatch - вообще не лаборатория, хотя может, конечно, по происхождению теста учесть какие-то его особенности, но, я думаю, выводы всё же делаются не из происхождения, а из содержания теста. При сравнении 1:1 в Gedmatch можно выбрать любую минимальную длину, большую 3, но по умолчанию - 7, а в FTDNA - 5. MyHeritage, как писали, вообще использует ту же лабораторию, только алгоритмы сравнения результата дургие. Да, мне уже хочется самому написать функцию сравнения, чтобы понять, у кого как на самом деле.
У Вас, Тампио, видно, что результат сравнения себя с собой уменьшился по сравнению с прошлогодним, значит какие-то участки при текущих настройках по умолчанию выводятся из сравнения за недостаточностью достоверных данных. Или это уже новый тест? Мой новый тест уже тоже на пути в FTDNA, и я с нетерпением жду возможности сравнить их между собой (в сырых данных), понять, насколько результат зависит от лаборатории и случайностей.

Bones, overlap показывает объём данных, количество общих SNP, на которых возможно провести сравнение, и если он низкий, ниже 100000, то результаты будут не слишком надёжными, помечены розовым или красным. Оба показателя длины совпадения важны, и вывод лучше делать по обоим. В таблице, которую я привёл, можно помотреть, оба они соответствуют примерно одной степени родства, или отличаются. Максимальная длина совпавшего участка всё же больше подвержена случайности: этот участок с вероятностью 0.5 мог передаться или не передаться от родителя, причём каждому из вас. Когда он единственный совпавший, это уже совсем рулетка.
FTDNA в сумму длин совпавших участков включает даже самые короткие, от 1 cM, совпадения, к которым не нужно относиться серьёзно. Я в свою таблицу включал сумму совпадений только по участкам от 5 cM.

Bones, мне китайцы сделали бесплатно несколько лет назад почти полный аутосомный геном (20 млн. SNP), покрытие типовых тестов FTDNA - около 85% получилось. Но это тест я смог только на Gedmatch использовать, на FTDNA загрузил в формате 23&me, но он уже месяца два висит в ожидании результата, возможно, что-то не так я всё-таки изобразил.