ДНК-генеалогия

На сайте ВГД собираются люди, увлеченные генеалогией, историей, геральдикой и т.д. Здесь вы найдете собеседников, экспертов, умелых помощников в поисках предков и родственников. Вам подскажут где искать документы о павших в боях и пропавших без вести, в какой архив обратиться при исследовании родословной своей семьи, помогут определить по старой фотографии принадлежность к воинским частям, ведомствам и чину. ВГД - поиск людей в прошлом, настоящем и будущем!

Mich_Glitch написал:

[q]

Итак, что дает тест 23andMe в плане генеалогии?
Вернее даже не так, каким образом получить максимум информации при минимуме протестированных?
В настоящее время родство большинства людей с общими предками для российских выходцев разбито на две основные группы:
1. По ашкеназским, иными словами, европейско-еврейским линиям. В отличии от маломобильных крепостных крестьян, евреи были мещанами с развитыми международными родовыми связями и относительно большой свободой передвижения.
2. По дворянским линиям, в том числе и через незаконнорожденных.
[/q]

Да, судя по этно-портрету от парово3, и данным от Эрин (работницы 23andMe), у меня-таки есть ашкеназские корни. Но, ума не приложу, по какой линии, с какой стороны... А дама преклонного возраста Диаз знает 2 свои линии - по папе и маме - англичане...

Означает ли что-нибудь совпадение условно в 1-й или 10-й хромосоме в плане генеалогии? Или здесь всё совершенно непредсказуемо?
С Диаз у нас совпадение ещё по мито... Как ей посмотреть свои данные по HVR1 и HVR2 differences from CRS? Даст ли в этом случае мне что-то новое тестирование моей мамы?

Mich_Glitch написал:

[q]

Понятно, что когда есть 16 дальних родственников (как например у уважаемого парово3), то проверив в свою очередь их (родичей) УПСы уже можно выдернуть некоторые фамильные линии непосредственно, без архивного поиска.

В случае же когда есть всего три человека, двое из которых даже не знают имен своих дедов, то о какой-то практической пользе в плане генеалогии говорить не приходится.
Я, честно говоря, наибольшие ожидания возлагал на пожилую даму (Диаз, кажется), которая говорила о знании своих линий до 1500 года. Хотя под знанием линий многие простодушно имеют в виду одну прямую мужскую линию с братиками и сестричками.

А если вопрос задавать вообще, то можно сказать Объясните, пожалуйста, что мне даёт поиск в архивах в плане генеалогии? Я, например, несмотря на обилие ассистентов-помощников и широчайший охват (только в настоящее время работаю по 5 архивам) не могу найти данных по своим прадедам.
То есть, можем ли мы говорить обобщая, что работа в архивах, или же генетические тесты (лучший из которых в плане генеалогии - тест у 23эндМи) напрасная трата времени и денег?

Мой ответ - нет.
[/q]

Да, будем надеяться на лучшее!

А у меня проблемы с двумя прабабушками :( У одной даже не знаю девичьей фамилии...:( Боюсь, даже все возможности по поиску здесь исчерпаны...

Да, ещё всё забываю спросить. Мне определили гаплогруппу как Н. Означает ли это, что недостаточно данных для дальнейшей детализации или Н - вполне окончательный вариант?

Господа специалисты, к сожалению не хватает времени следить за дискусиями на молгене и родстве, поэтому спрашиваю тут, у вас:

1. Какие скорости мутаций на каком количевстве маркеров советуют использовать? можно ли дать формулу для любого количества маркеров (иногда приходится рабтать с 7 или 9)?
2. Насколько плохо считать усредненую скорость по всем маркерам? Если плохо - может кинете в меня скоростями для каждго из маркеров?

Спасибо!

Trish написал:

[q]
Означает ли что-нибудь совпадение условно в 1-й или 10-й хромосоме в плане генеалогии? Или здесь всё совершенно непредсказуемо?
[/q]

Многие имеют совпадение по первой хромосоме возле самого центрометра (перемычечка на диаграмме). Есть подозрение, что это вызывается малой плотностью рассматриваемых снипов в этой зоне.
Т.е. может быть это вообще не родственники (в плане наличия общих предков не далее 12 поколений), или же родня более дальняя, по самой границе в 12-14 поколений.

Trish написал:

[q]
С Диаз у нас совпадение ещё по мито...
[/q]

Мито у Вас одна из самых распространенных в Европе. Так что особо не заостряйтесь.

Trish написал:

[q]
Как ей посмотреть свои данные по HVR1 и HVR2 differences from CRS?
[/q]

Логичнее попросить уважаемого парово3 непосредственно сравнить Ваши с Диаз мито. По всем 3000 рассматриваемых снипов.

Trish написал:

[q]
Даст ли в этом случае мне что-то новое тестирование моей мамы?
[/q]

Тестирование Вашей мамы по HVR1 и HVR2 ничего нового не добавит. Если же тестироваться у 23эндМи, то возможно проявятся новые родственные линии. Но по соотношению затраченные деньги / полученный результат - это вещь дорогая. Конечно, Вы сразу выясните, с какого боку (отцовского, или материнского) находится Ваша новоприобретенная дальняя родня.

Trish написал:

[q]
Мне определили гаплогруппу как Н. Означает ли это, что недостаточно данных для дальнейшей детализации или Н - вполне окончательный вариант?
[/q]

Вполне может быть просто Н.

javax написал:

[q]
Господа специалисты, к сожалению не хватает времени следить за дискусиями на молгене и родстве, поэтому спрашиваю тут, у вас:

1. Какие скорости мутаций на каком количевстве маркеров советуют использовать? можно ли дать формулу для любого количества маркеров (иногда приходится рабтать с 7 или 9)?
2. Насколько плохо считать усредненую скорость по всем маркерам? Если плохо - может кинете в меня скоростями для каждго из маркеров?

Спасибо!
[/q]

Вполне разумно использовать наименьшую среднюю скорость по всем маркерам и для любого количества маркеров - 0.002 мутации на поколение на маркер.

На топологии скорость никак не отражается. Если же Вы хотите использовать для очень грубой прикидки шкалу на построении, до берите доверительную вероятность 90%.

Если же Вы попарно просчитываете время до общего предка, при малых генетических дистанциях и совпадающих географическом и именном факторе берите доверительную вероятность 50%. Также 50% на мой взгляд можно использовать имея две потвержденные ашкеназские линии.

Если речь идет о каких-то шотландцах-ирландцах, то следует брать 90%.

Ну, а если совпадает только географический фактор, но не совпадает фактор именной (т.е. фамилия) , или национальный, то можно порезвиться с 75%.

Mich_Glitch
Боюсь, что я отстаю от Вас :(
Не понимаю :(

Мне это нужно для подсчитывания не попарных, а TMRCA кластера.

У меня есть числа, которые мне когда то дал Клесов:

6 маркеров: - 0.0096
12 маркеров: - 0.024
25 маркеров: - 0.024
37 маркеров: - 0.090
67 маркеров: - 0.145

Это правильные скорости или с тех пор как мне это давал, появилась новая информация?
Зависимость скорости от числа маркеров, которую он мне дал не линейная. Почему?
И какая будет формула для произвольного числа маркеров?

За две недели украинская почта переслала в лабораторию в Хьюстон
очередной, родственный мне, козацкий тест

.
Отправляла авиа пересылкой.

javax написал:

[q]
Mich_Glitch
Боюсь, что я отстаю от Вас :(
Не понимаю :(

Мне это нужно для подсчитывания не попарных, а TMRCA кластера.

У меня есть числа, которые мне когда то дал Клесов:

6 маркеров: - 0.0096
12 маркеров: - 0.024
25 маркеров: - 0.024
37 маркеров: - 0.090
67 маркеров: - 0.145

Это правильные скорости или с тех пор как мне это давал, появилась новая информация?
Зависимость скорости от числа маркеров, которую он мне дал не линейная. Почему?
И какая будет формула для произвольного числа маркеров?
[/q]

Я и говорю, если Вы придерживаетесь классической, а не фоменковской новохронологии (или близкой к ней), то с учетом нынешней точности расчета TMRCA (или, если Вам больше нравится, с учетом нынешнего отсутствия точности расчета TMRCA) можете использовать скорость 0.002 на маркер.

Или, если Вы используете погаплотипную скорость,
37 маркеров: - 37 х 0.002 = 0.074
67 маркеров: - 67 х 0.002 = 0.134

Ну, а меньше 37 маркеров использовать на больших генетических дистанциях (больше 2-3), по-моему, вообще смахивает на профанацию.

Не в то время мы с вами живем.
©

З.Ы. Мне тоже, например, приятнее было бы, если мои 67-маркерные приближенцы имели со мной общего предка где-то в эпоху крестовых походов. Более трезвый взгляд на вещи же говорит о том, что ближайший из них отстоит от меня никак не менее пары тысяч лет. Что представляется вполне логичным, учитывая нашу с ним гаплогруппу и что он итальянец.

Mich_Glitch

Спасибо, еще 2 вопроса:
1. Почему Клесов, калибруя по какому то Шотландскому клану получил 0.145, а у Вас получается 0.134 на 67 маркерах? Где истина?
2. Если использовать разные скорости для разных маркеров - где их, эти скорости взять?

П.С. Для Q1b, G1a - редких подгрупп часто надо использовать данные из научных статей, чтобы что то понять, а там дай бог чтобы 7 маркеров было ...

javax написал:

[q]
1. Почему Клесов, калибруя по какому то Шотландскому клану получил 0.145, а у Вас получается 0.134 на 67 маркерах? Где истина?
[/q]

Я придерживаюсь того принципа, что не стоит хранить яйца в одной корзине.
Уважаемый А.Клёсов произвел проверку по шотландскому клану и еще пару-тройку по настоящему документально потвержденных.
Для 67 маркерных гаплотипов получил скорость мутаций 0.0022 на маркер.
Другие авторы ранее насчитали 0.0028 на маркер.
Потом пошел разговор о возвратных мутациях (я же это связываю просто с новыми выверками) и стали говорить о 0.0021.

Я же просто использую 0.002.
Во-первых, общий тренд в сторону уменьшения скорости.
Во-вторых, больше трех цифр после запятой с учетом всех допущений и апроксимаций выглядят просто смешно.

javax написал:

[q]
2. Если использовать разные скорости для разных маркеров - где их, эти скорости взять?
[/q]

Да берите на свой вкус.
Либо от ФТДНА:
var strYsearchNames = new Array("DYS393","DYS390","DYS19/394","DYS19b","DYS391","DYS385a","DYS385b","DYS426","DYS388",
"DYS439","DYS389-1","DYS392","DYS389-2","DYS458","DYS459a","DYS459b","DYS455","DYS454","DYS447","DYS437","DYS448",
"DYS449","DYS464a","DYS464b","DYS464c","DYS464d","DYS464e","DYS464f","DYS464g","DYS460","GATAH4","YCAIia","YCAIib",
"DYS456","DYS607","DYS576","DYS570","CDYa","CDYb","DYS442","DYS438","DYS425","DYS461","DYS462",
"GATAA10","DYS635","GAAT1B07","DYS441","DYS444","DYS445","DYS446","DYS452","DYS463","DYS531","DYS578","DYS395S1a",
"DYS395S1b","DYS590","DYS537",
"DYS641","DYS472","DYS406S1","DYS511","DYS413a","DYS413b","DYS557","DYS594","DYS436","DYS490","DYS534","DYS450",
"DYS481","DYS520","DYS617","DYS568",
"DYS487","DYS572","DYS640","DYS492","DYS565","DYS434","DYS435","DYS485","DYS494","DYS495","DYS505","DYS522","DYS533",
"DYS549","DYS556","DYS575",
"DYS589","DYS636","DYS638","DYS643","DYS714","DYS716","DYS717","DYS726","DXYS156-Y");

var aryFTDNA_MutRate = new Array(0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,
0.00399,0.00399,0.00399,0.00481,0.00481,
0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,
0.00481,0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,
0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);

Выдернул данные из скрипта (ссылка). ФТДНА насчитали скорость для 37 маркеров. Из первой табличке берете имя маркера, а из второй значение. Т.е., например,
для DYS393 = 0.00399

А можете взять скорости от МакДональда:
var aryMcDonald_MutRate = new Array(0.000905204,0.003263219,0.001452943,0.001453,0.002969927,0.001796941,
0.002810536,0.00025561,0.00037561,
0.004245652,0.002049329,0.001123324,0.002411602,
0.005288899,0.000845716,0.001401044,0.000276189,0.000143146,0.003265811,0.001447476,0.001899493,
0.006024892,0.002561478,0.002973977,0.003795204,0.003502946,0.003503,0.003503,0.003503,
0.003045751,0.002960012,0.000759308,0.001685843,0.00526851,0.00558426,0.007799604,0.006111277,
0.010083861,0.010276061,0.00301618,0.000859114,0.002,0.001123759,0.002510834,0.000808631,
0.002669672,0.001480508,0.001976559,0.000451882,0.00137858,0.000785697,0.003222633,0.002000343,
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);

Ну, а хотите берите от Чандлера (ссылка на первоисточник и обсуждение):
DYS385..........0.00226
DYS388..........0.00022
DYS389..........0.00186, 0.00242
DYS390..........0.00311
DYS391..........0.00265
DYS392..........0.00052
DYS393..........0.00076
DYS394..........0.00151
DYS426..........0.00009
DYS437..........0.00099
DYS438..........0.00055
DYS439..........0.00477
DYS442..........0.00324
DYS447..........0.00264
DYS448..........0.00135
DYS449..........0.00838
DYS454..........0.00016
DYS455..........0.00016
DYS456..........0.00735
DYS458..........0.00814
DYS459..........0.00132
DYS460..........0.00402
DYS464..........0.00566
DYS570..........0.00790
DYS576..........0.01022
DYS607..........0.00411
DYS724..........0.03531
YCAII..........0.00123
Y-GATA-H4..........0.00208

Заметьте, данные по одной и той же выборке у разных авторов расходятся.

javax написал:

[q]
П.С. Для Q1b, G1a - редких подгрупп часто надо использовать данные из научных статей, чтобы что то понять, а там дай бог чтобы 7 маркеров было ...
[/q]

Понять на нашем, т.е. на любительском уровне можно только на уровне топологии.
Если дип-снипы не делали, то все расчеты времен на маломаркерных гаплотипах да еще и с огромными генетическими дистанциями - пардон, полное фуфло.
Если же произведена проверка снипов для субклада, т.е мы "достоверно"

знаем, что сэмплы выборки идут от одного предка, то логичным представляется просто воспользоваться калькулятором для попарных сравнений.

Генетические методы реконструкции родословного дерева