ДНК-генеалогия

Да, ещё всё забываю спросить. Мне определили гаплогруппу как Н. Означает ли это, что недостаточно данных для дальнейшей детализации или Н - вполне окончательный вариант?

Trish написал:

[q]

Означает ли что-нибудь совпадение условно в 1-й или 10-й хромосоме в плане генеалогии? Или здесь всё совершенно непредсказуемо?

[/q]

Многие имеют совпадение по первой хромосоме возле самого центрометра (перемычечка на диаграмме). Есть подозрение, что это вызывается малой плотностью рассматриваемых снипов в этой зоне.
Т.е. может быть это вообще не родственники (в плане наличия общих предков не далее 12 поколений), или же родня более дальняя, по самой границе в 12-14 поколений.


Trish написал:

[q]

С Диаз у нас совпадение ещё по мито...

[/q]

Мито у Вас одна из самых распространенных в Европе. Так что особо не заостряйтесь.


Trish написал:

[q]

Как ей посмотреть свои данные по HVR1 и HVR2 differences from CRS?

[/q]

Логичнее попросить уважаемого парово3 непосредственно сравнить Ваши с Диаз мито. По всем 3000 рассматриваемых снипов.


Trish написал:

[q]

Даст ли в этом случае мне что-то новое тестирование моей мамы?

[/q]

Тестирование Вашей мамы по HVR1 и HVR2 ничего нового не добавит. Если же тестироваться у 23эндМи, то возможно проявятся новые родственные линии. Но по соотношению затраченные деньги / полученный результат - это вещь дорогая. Конечно, Вы сразу выясните, с какого боку (отцовского, или материнского) находится Ваша новоприобретенная дальняя родня.


Trish написал:

[q]

Мне определили гаплогруппу как Н. Означает ли это, что недостаточно данных для дальнейшей детализации или Н - вполне окончательный вариант?

[/q]

Вполне может быть просто Н.

Mich_Glitch
Боюсь, что я отстаю от Вас :(
Не понимаю :(

Мне это нужно для подсчитывания не попарных, а TMRCA кластера.

У меня есть числа, которые мне когда то дал Клесов:

6 маркеров: - 0.0096
12 маркеров: - 0.024
25 маркеров: - 0.024
37 маркеров: - 0.090
67 маркеров: - 0.145

Это правильные скорости или с тех пор как мне это давал, появилась новая информация?
Зависимость скорости от числа маркеров, которую он мне дал не линейная. Почему?
И какая будет формула для произвольного числа маркеров?

javax написал:

[q]

Mich_Glitch
Боюсь, что я отстаю от Вас :(
Не понимаю :(

Мне это нужно для подсчитывания не попарных, а TMRCA кластера.

У меня есть числа, которые мне когда то дал Клесов:

6 маркеров: - 0.0096
12 маркеров: - 0.024
25 маркеров: - 0.024
37 маркеров: - 0.090
67 маркеров: - 0.145

Это правильные скорости или с тех пор как мне это давал, появилась новая информация?
Зависимость скорости от числа маркеров, которую он мне дал не линейная. Почему?
И какая будет формула для произвольного числа маркеров?

[/q]

Я и говорю, если Вы придерживаетесь классической, а не фоменковской новохронологии (или близкой к ней), то с учетом нынешней точности расчета TMRCA (или, если Вам больше нравится, с учетом нынешнего отсутствия точности расчета TMRCA) можете использовать скорость 0.002 на маркер.

Или, если Вы используете погаплотипную скорость,
37 маркеров: - 37 х 0.002 = 0.074
67 маркеров: - 67 х 0.002 = 0.134

Ну, а меньше 37 маркеров использовать на больших генетических дистанциях (больше 2-3), по-моему, вообще смахивает на профанацию.

Не в то время мы с вами живем.
©



З.Ы. Мне тоже, например, приятнее было бы, если мои 67-маркерные приближенцы имели со мной общего предка где-то в эпоху крестовых походов. Более трезвый взгляд на вещи же говорит о том, что ближайший из них отстоит от меня никак не менее пары тысяч лет. Что представляется вполне логичным, учитывая нашу с ним гаплогруппу и что он итальянец.

javax написал:

[q]

1. Почему Клесов, калибруя по какому то Шотландскому клану получил 0.145, а у Вас получается 0.134 на 67 маркерах? Где истина?

[/q]

Я придерживаюсь того принципа, что не стоит хранить яйца в одной корзине.
Уважаемый А.Клёсов произвел проверку по шотландскому клану и еще пару-тройку по настоящему документально потвержденных.
Для 67 маркерных гаплотипов получил скорость мутаций 0.0022 на маркер.
Другие авторы ранее насчитали 0.0028 на маркер.
Потом пошел разговор о возвратных мутациях (я же это связываю просто с новыми выверками) и стали говорить о 0.0021.

Я же просто использую 0.002.
Во-первых, общий тренд в сторону уменьшения скорости.
Во-вторых, больше трех цифр после запятой с учетом всех допущений и апроксимаций выглядят просто смешно.


javax написал:

[q]

2. Если использовать разные скорости для разных маркеров - где их, эти скорости взять?

[/q]

Да берите на свой вкус.
Либо от ФТДНА:
var strYsearchNames = new Array("DYS393","DYS390","DYS19/394","DYS19b","DYS391","DYS385a","DYS385b","DYS426","DYS388",
"DYS439","DYS389-1","DYS392","DYS389-2","DYS458","DYS459a","DYS459b","DYS455","DYS454","DYS447","DYS437","DYS448",
"DYS449","DYS464a","DYS464b","DYS464c","DYS464d","DYS464e","DYS464f","DYS464g","DYS460","GATAH4","YCAIia","YCAIib",
"DYS456","DYS607","DYS576","DYS570","CDYa","CDYb","DYS442","DYS438","DYS425","DYS461","DYS462",
"GATAA10","DYS635","GAAT1B07","DYS441","DYS444","DYS445","DYS446","DYS452","DYS463","DYS531","DYS578","DYS395S1a",
"DYS395S1b","DYS590","DYS537",
"DYS641","DYS472","DYS406S1","DYS511","DYS413a","DYS413b","DYS557","DYS594","DYS436","DYS490","DYS534","DYS450",
"DYS481","DYS520","DYS617","DYS568",
"DYS487","DYS572","DYS640","DYS492","DYS565","DYS434","DYS435","DYS485","DYS494","DYS495","DYS505","DYS522","DYS533",
"DYS549","DYS556","DYS575",
"DYS589","DYS636","DYS638","DYS643","DYS714","DYS716","DYS717","DYS726","DXYS156-Y");

var aryFTDNA_MutRate = new Array(0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,
0.00399,0.00399,0.00399,0.00481,0.00481,
0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,
0.00481,0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,
0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);

Выдернул данные из скрипта (ссылка). ФТДНА насчитали скорость для 37 маркеров. Из первой табличке берете имя маркера, а из второй значение. Т.е., например,
для DYS393 = 0.00399

А можете взять скорости от МакДональда:
var aryMcDonald_MutRate = new Array(0.000905204,0.003263219,0.001452943,0.001453,0.002969927,0.001796941,
0.002810536,0.00025561,0.00037561,
0.004245652,0.002049329,0.001123324,0.002411602,
0.005288899,0.000845716,0.001401044,0.000276189,0.000143146,0.003265811,0.001447476,0.001899493,
0.006024892,0.002561478,0.002973977,0.003795204,0.003502946,0.003503,0.003503,0.003503,
0.003045751,0.002960012,0.000759308,0.001685843,0.00526851,0.00558426,0.007799604,0.006111277,
0.010083861,0.010276061,0.00301618,0.000859114,0.002,0.001123759,0.002510834,0.000808631,
0.002669672,0.001480508,0.001976559,0.000451882,0.00137858,0.000785697,0.003222633,0.002000343,
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);

Ну, а хотите берите от Чандлера (ссылка на первоисточник и обсуждение):
DYS385..........0.00226
DYS388..........0.00022
DYS389..........0.00186, 0.00242
DYS390..........0.00311
DYS391..........0.00265
DYS392..........0.00052
DYS393..........0.00076
DYS394..........0.00151
DYS426..........0.00009
DYS437..........0.00099
DYS438..........0.00055
DYS439..........0.00477
DYS442..........0.00324
DYS447..........0.00264
DYS448..........0.00135
DYS449..........0.00838
DYS454..........0.00016
DYS455..........0.00016
DYS456..........0.00735
DYS458..........0.00814
DYS459..........0.00132
DYS460..........0.00402
DYS464..........0.00566
DYS570..........0.00790
DYS576..........0.01022
DYS607..........0.00411
DYS724..........0.03531
YCAII..........0.00123
Y-GATA-H4..........0.00208

Заметьте, данные по одной и той же выборке у разных авторов расходятся.


javax написал:

[q]

П.С. Для Q1b, G1a - редких подгрупп часто надо использовать данные из научных статей, чтобы что то понять, а там дай бог чтобы 7 маркеров было ...

[/q]

Понять на нашем, т.е. на любительском уровне можно только на уровне топологии.
Если дип-снипы не делали, то все расчеты времен на маломаркерных гаплотипах да еще и с огромными генетическими дистанциями - пардон, полное фуфло.
Если же произведена проверка снипов для субклада, т.е мы "достоверно" знаем, что сэмплы выборки идут от одного предка, то логичным представляется просто воспользоваться калькулятором для попарных сравнений.