ДНК-генеалогия

На сайте ВГД собираются люди, увлеченные генеалогией, историей, геральдикой и т.д. Здесь вы найдете собеседников, экспертов, умелых помощников в поисках предков и родственников. Вам подскажут где искать документы о павших в боях и пропавших без вести, в какой архив обратиться при исследовании родословной своей семьи, помогут определить по старой фотографии принадлежность к воинским частям, ведомствам и чину. ВГД - поиск людей в прошлом, настоящем и будущем!

nmash написал:

[q]
Пока смогла выяснить, что у девочки гаплогруппа U4.
гаплотип 16086-16356-16519
Кто-то что-то мне, профану, рассказать об этом может??
[/q]

Начнем по порядку.
С описания гаплогруппы U4. Она древняя (около 14000-25000 лет) и очень распространенная на территории России:

Теперь по гаплотипу. Что означают 16086-16356-16519?
А означают они что в позициях митоДНК 16086, 16356 и 16519 значения Вашей приемной дочери отличаются от референтных, так называемой Кембриджской референтной последовательности - Cambridge Reference Sequence (CRS).

Судя по всему, для Вашей дочери протестировали только один быстроизменяемый регион митоДНК. Так называемый HVR1. Увы, даже полное совпадение с кем-то по этому региону дает основание предположить, что Ваша дочь имела с совпаденцем общего матриарха 1000-3000 лет тому назад.

Если бы был протестирован и регион HVR2, то случай полного совпадения означал бы общего матриарха лет 600 тому назад.

Точность, начиная с поколения, дает только тест (если мы говорим о мито) FGS (full genome sequence), это если мы говорим только о митоДНК.

Вот так выглядят, например, мои результаты:

Haplogroup - H6a1

HVR1 differences from CRS:
16362C, 16482G

HVR2 differences from CRS:
239C, 263G, 309.1C, 309.2C, 315.1C, 524.1C, 524.2A

CR differences from CRS
750G, 1438G, 3915A, 4727G, 4769G, 5302C

Наверно Вы обратили внимание, что следом за номером позиции следует именование нуклеотида A, C, G, или T.

Вам названия нуклеотидов скорее всего не дали (хотя возможно Вы их просто проигнорировали).
Ох, уж эта снобисткая научная небрежность высоколобых (надеюсь, Вы поняли о ком я сейчас?).

Понятно, что по большинству позиций возможно чередование только двух значений. Скажем, только А, или Т. Или же только А, или С.
Но для того, чтобы занести Ваши данные в базы (SMGF, mtSearch, Ancestry) для поиска приближенцев, придется просматривать по позициям все снипы на CRS и смотреть, какие же буковки у Вас имеются.

Но тест - некоммерческий, а даренному коню в зубы не смотрят. Если у Вас буковок нет, то к вечеру буду их восстанавливать и поввожу их в базы. Хотя и не вижу особого смысла с такой низкой точностью.

Ну, а если буковки имеются, то выложите их - это значительно упростит мою работу.

Mich_Glitch написал:

[q]
(хотя возможно Вы их просто проигнорировали).
[/q]

Щаса!

Mich_Glitch написал:

[q]
а если буковки имеются, то выложите их - это значительно упростит мою работу.
[/q]

Я именно без буковок и пыталась что-тто узнать, но....
Вот, что мне прислали:

"Проведено секвенирование (прямой анализ нуклеотидной последовательности) первого гипервариабельного сегмента митохондриальной ДНК в диапазоне 16000-16559, а также выборочный анализ информативных сайтов кодирующей части молекулы митохондриальной ДНК.
Секвенирование выявило отличия от эталонной кембриджской последовательности в трех позициях (указаны номера нуклеотидов): 16086, 16356, 16519, причем результаты анализы с прямого и обратного праймеров взаимно подтверждают друг друга.
Наличие характерной замены 356 позволяет предположить, что данный образец относится к гаплогруппе (группе родственных линий) обозначаемой как U4. Выборочный анализ сайтов кодирующей части молекулы митохондриальной ДНК доказал принадлежность образца к макрогаплогруппе U.

На этих основаниях результат анализа формулируется:
Гаплогруппа U4, гаплотип 16086-16356-16519"

Далее - только разъяснения, что такое U4 - карта и т.п....

Ладно, не беда. Дам Вам буковки:
Position (rCRS) Versions Genotypes Ваше значение
16086..................C or T.......С.................Т
16356..................C or T.......С.................Т
16519..................C or T.......Т.................С

Итак, для Вашей дочери Вы можете писать следующее:

Haplogroup - U4

HVR1 differences from CRS:
16086Т, 16356Т, 16519С

Сейчас проверю Вас по Соренсону и митоСёч.

Mich_Glitch написал:

[q]
Ладно, не беда. Дам Вам буковки:
[/q]

I'm

Ну ничего я не понимаю в этом....у-у-уу

Откуда ее предки родом?
Что НЕ из Америк или Австралии - это я поняла (U4), а вот поточнее....

Проблема-то в том, что она подкидыш - хочет, естественно, хоть как-то себя "привязать".

Внешне антропологи ее определяли как "рязанская ветвь средиземноморской ветви европеидной расы".

Итак.
Соренсон не дал ни одного полного совпаденца.
С разницей в один шаг 20 человек:

Оно и понятно. У Соренсона - сплошь американы. Ну, а россияне пока тестируются.
Если мы в калькулятор расчета времени до общего предка введем 565 (количество рассматриваемых снипов в HVR1), далее 564 (количество совпавших значений с одношаговыми приближенцами) и 0.00002 (скорость мутаций для HVR1), то для 90% вероятности (эту вероятность я использую при отсутствии совпадения географического и именного факторов) имеем:
Tr. Event. Probability Cumulative
344 0.00090 0.900

То есть 344 переходных события. Или 344 / 2 = 172 поколения. (Каждое поколение условно состоит из двух переходных событий - зачатия и рождения. То есть таких событий, когда возможны мутации.)

Простым русским языком. С 90% вероятностью Ваша приемная дочь имела общего предка с каждым лицом из приведенного списка не ранее 4300 лет тому назад.
Кх-кх...
Даже если бы они были полными совпаденцами по HVR1 (565 из 565) и россиянами (взяли бы вероятность 75%), то и тогда расстояние до общего предка было более 1500 лет.

Вывод: тест по одной только HVR1 для генеалогических нужд не пригоден.

Увы.

Минимальная точность - это HVR1 + HVR2.

Мда....
Тогда ждем конца апреля. Что даст 23andme....

nmash, Trish, как создадите профиль (можно не обязательно дожидаясь результатов генотипирования), в секции Genome Sharing шлите мне приглашения сравнить геномы (поиск моего профиля можно осуществить либо по нику - Mich Glitch, либо по учетному имени - Michael Temosh).

В своем листе пользователей (на сегодня около 400 персон и постоянно увеличиваю) я поищу ваших приближенцев.

Очень оперативно выслали первое приглашение. Принял!

Коллеги, хотел напомнить, что тесты на www.23andMe.com позволяют для любой пары протестированных выявить общего предка до где-то 1700 г.р. включительно.
Вы можете создать свой аккаунт на сайте, даже если не планируете тестироваться в обозримом будущем. Это поможет вам участвовать в дискуссиях и рассмотреть всю кухню изнутри. Кроме того, есть очень много интересных общих сведений.

Все коренные французы имеют пересечение хотя бы по одной из фамильных линий не далее чем 23 поколения тому назад.
Я думаю, что для русских эта цифра не далее 30 поколений.
Для выходцев из одного региона (скажем, ограниченного областью) - поколений 15-20.
Что до еврейской генеалогии, то почти все носители ашкеназских фамилий находят на www.23andMe.com своих родичей с общими предками не далее 10 поколений.

Количество русских имен и русскоязычных фамилий на www.23andMe.com уже достаточно велико.

Так что, не стесняйтесь - заходите!

Хочу особо отметить, что данный сервис сделан по задумке и под патронажем создателя Гугла. То есть можно рассчитывать на то, что это всерьез и надолго.

Mich_Glitch
я считал, что они только тестируют на очень много снипов.
как на основании этой информации они определяют когда был общий предок?

Генетические методы реконструкции родословного дерева