ДНК-генеалогия

Если взять большинство коммерческих компаний, то по мито-ДНК они рассматривают зоны HVR1 и HVR2. Конечно можно сделать и полный анализ митохондриальной ДНК, так называемое полное секвенсирование (mtDNA Full Sequence) - FGS. Я, например, так и поступил. Но минимальная цена для такого теста 495 долларов (См., например, тут.)
Что касается Соренсона, то он бесплатно рассматривает три зоны: HVR1, HVR2 и HVR3!
Каждая дополнительная рассматриваемая зона добавляет точности при построении филогенетических деревьев. При реконструировании родословной, говоря иначе.
Например, при рассмотрении только зон HVR1 и HVR2, даже при полном совпадении у тестируемых всех маркеров это означает наличие общего матриарха (предка женщины по материнской линии) на глубине 330 лет! Да и то с вероятностью 50%.
Если есть одно различие в гаплотипах, то общая прамама с вероятностью в те же 50% была у тестируемых 800 лет назад!!! Не густо, скажем.
Дополнительная, рассматриваемая Соренсоном, зона HVR3 позволяет перевести результаты в уже интересные в генеалогическом плане интервалы начиная с глубины 100-150 лет тому назад.

Clavis, спасибо за пояснения.
То есть вероятность, что сейчас существует некто с R1a равна 0,01%?

Mich_Glitch, спасибо.
Везу в Киев (я проездом в Курске) пакетик для нашего коллеги с этого форума.
Еще один тестируемый, между прочим...

napobo3 написал:

[q]

Пришли первые результаты. Genographic оказался быстрее всех, управился за 25 дней (брутто).
Объясните, пожалуйста!
Type: mtDNA
Haplogroup: H (subclade H)
Your Mitochondrial HVR I Sequence
16362C, 16482G

[/q]

Поздравляю, с получением результатов!
Итак, что имеем?
По первой зоне мито-ДНК, т.н. HVR I, у Вас самая распространенная в Западной Европе гаплогруппа (subclade) Н.
Возможно Вы обратили внимание, она полностью совпадает с моей. (См. мою подпись на форуме www.dnatree.ru.) Что сие означает? С вероятностью в 50% около 800 лет назад мы имели общего предка.
Как понимать эти 50%. Следующим образом, для 800 лет имеем 50%, а скажем для 750 лет, уже 8%. Есть также небольшая вероятность (ну, к примеру, 0.04%), что у нас с Вами была одна бабушка.

Что можно сделать дальше? На сайте FTDNA (FamilyTreeDNA), выполняющего тесты для Genographic, заказать по льготной цене апгрейд зоны HVR II. Новый образец высылать Вам не надо, так как биологический материал (выделенная ДНК) уже там и будет храниться в лаборатории 25 лет.
Зоны HVR I и HVR II митохондриальной-ДНК являются быстромутирующими. На практике это означает, что если они, например, у нас с Вами совпадут, то с 50% вероятностью мы имеем общего матриарха 330 лет тому назад.

Можно сделать, как это сделал я, т.н. полное секвенсирование мито-ДНК. То есть помимо быстромутирующих зон HVR I и HVR II проанализировать медленномутирующую область, так называемый CR (Coding Region). Совпадение результатов FGS (это аббревиатура для полного секвенсирования) с большой вероятностью указует на общую маму.
Но я бы не рекомендовал заказывать mtFullSequence (это наименование теста, принятое на ФэмилиТриДНА) сейчас:
1) Дорого.
2) Часто бывают очень хорошие скидки - надо их дождаться.
3) Возможно даже по HVR I и HVR II у Вас будет мало совпадений. Цены на тесты обваливаются. Так что в этом случае спокойно можно подождать полгода-год.

napobo3 написал:

[q]

Какой из этих двух: mtDNARefine за 75 или mt-H за 89? Разница от меня ускользает.

[/q]

Если не ошибаюсь, то mtDNARefine за 75 сделает Вам проверку зоны HVR II.
Что до mt-H за 89, то он проверит отдельные снипы, с тем, чтобы точно определить Вашу подгруппу. (Например Н6а1, как у меня.)

Поэтому надо делать mtDNARefine, так как знание формальной подгруппы не столь пока важно.

Для каждого апгрейда есть описания, достаточно на них кликнуть.