ДНК-генеалогия
Генетические методы реконструкции родословного дерева
Znalazca Polska Сообщений: 114 На сайте с 2017 г. Рейтинг: 71
| Наверх ##
20 января 2018 23:47 NathanS написал: [q] Всё очень просто. Микрочипы в разных компаниях менялись уже несколько раз. Illumina также активно работает на переход всех на чип GSA, который соответствует версии 5 у 23andme и чипу в LivingDNA. Между FTDNA (и Ancestry) и новым чипом GSA перекрывание только 150-160 000 снипов из почти 700 000 - примерно 21-22%. Когда Illumina прекратит выпуск чипа OmniExpress, который используется FTDNA и Ancestry, то возникнет проблема - как находить новые матчи? Перекрывание между чипами весьма мало, а вычисление возможных снипов сильно увеличит количество фальшивых матчей. Поэтому то и разрабатывается новый алгоритм Genesis. 23andme v. 5 и LivingDNA принимаются в Genesis, но не в старый GEDmatch.
Другой вариант, конечно, - тестировать всех снова на чипе GSA... [/q]
А что делать с умершими предками? Как я понимаю, образцы ведь хранятся в компании FTDNA в течении 25-и лет и их можно будет протестировать заново на новом чипе. 2-й вопрос: если сейчас я залью на гедмач raw data с ftdna, то матчи будут отличаться от тех, которые были бы, если бы я залил сырые данные с 23andme того же самого человека (за счет разного перекрывания)? | | |
NathanS Новичок
Сообщений: 15 На сайте с 2018 г. Рейтинг: 8 | Наверх ##
21 января 2018 0:38 21 января 2018 0:41 Znalazca написал: [q] А что делать с умершими предками? Как я понимаю, образцы ведь хранятся в компании FTDNA в течении 25-и лет и их можно будет протестировать заново на новом чипе.[/q]
Это из области гаданий, но я думаю FTDNA дадут какое-то предложение на новое тестирование. Если образцы уже собраны, то конечно они хранятся в лаборатории, но следует также подумать, что их качество со временем снижается... Дополнительная проблема - не все будут тестироваться по-новой, да и не все будут заливать результаты на GEDmatch... Znalazca написал: [q] 2-й вопрос: если сейчас я залью на гедмач raw data с ftdna, то матчи будут отличаться от тех, которые были бы, если бы я залил сырые данные с 23andme того же самого человека (за счет разного перекрывания)?[/q]
23andme v. 5 принимаются только в GEDmatch Genesis, а там не все, кто есть в старом GEDmatch. Поэтому будут отличаться. У меня есть и FTDNA, и LivingDNA (используют чип GSA) - списки матчей в Genesis разные. Пока не могу найти сколько матчей по каждому набору, но: набор LivingDNA имеет 5350 совпаденцев из 23andme, a FTDNA только 1990 из 23andme. Так что списки точно отличаются. | | |
Елена Александровна Сообщений: 1654 На сайте с 2008 г. Рейтинг: 1147 | Наверх ##
23 января 2018 20:48 Znalazca написал: [q] А что делать с умершими предками? Как я понимаю, образцы ведь хранятся в компании FTDNA в течении 25-и лет и их можно будет протестировать заново на новом чипе.
2-й вопрос: если сейчас я залью на гедмач raw data с ftdna, то матчи будут отличаться от тех, которые были бы, если бы я залил сырые данные с 23andme того же самого человека (за счет разного перекрывания)?[/q]
Многие тестированы в пару или даже трех фирмах. Есть небольшие различия в сегментах. У меня есть такие в кузенах. Но, честно, не значительные. По тестированию - я пусть на самый минимальный тест постаралась собрать побольше родни. (или 12 маркеров или FF) Потом делаю апргейты. Трое из тестированных уже умерли. Летом прошлого года сделала тест на Big Y одному из них и до 111 маркеров с 37 догнала в рождество в очень заманчивое предложение. Предварительно просила знатока английского - написать в FTDNA и спросить - хватит ли биоматериала. Мне ответили что хватит. И только после этого я заказала апрейт. Так и вам советую. Не делайте сразу все тесты одному. А собирайте больше образцов родни. Апгрейты - всегда успеете сделать в последующие скидки. --- U5a1d2a.ф-ии: Короткевич, Михаленко,Миненко, Кошлачев, Холодок, Белянский (Кубань,Украина); Правиков (Москва и Рязань - Спасский мещанин); Дробышевский (Шепотовичи, Чечерск); Картун, Анцук, Енжиевский, Ендржиевский,Сукач,Мелешкевич,Ломако,Бойкачев,Курчицкий,Щура,Галякевич. | | |
Тампио«Спасибо» и лайки не надо. Просто нажмите [+]  Санкт-Петербург Сообщений: 1791 На сайте с 2006 г. Рейтинг: 1153 | Наверх ##
31 января 2018 19:57 31 января 2018 20:42 Раз в теме наступило небольшое затишье, то напишу о ситуации, когда по аутосомному тесту FTDNA имеются генетические совпаденцы, но что с ними делать — неизвестно.
Конечно, можно писать каждому и расспрашивать их. Но отвечают люди неохотно, да и сами мало что могут мало знать.
Думаю, что на данном этапе неплохо бы рассортировать совпаденцев. В этом поможет Family Finder - Chromosome Browser. 1) сортируем совпаденцев по Relationship Range таким образом, чтобы самые близки — 2th Cousin-3th Cousin — оказались первыми. 2) ставим напротив первых галочку. Таким образом отметим пять человек. Нажимаем на верхнюю кнопочку Chromosome Browser 3) смотрим в открывшемся окне на результаты. Идеально, на мой взгляд, если на какой-нибудь хромосоме будет картинка подобная приведённой. Я предполагаю, что данные люди имеют общего предка, на что указывают общие участки. Таких участков может быть несколько на разных хромосомах. 4) создаем в EXCEL табличку с номерами хромосом (если на одной хромосоме есть несколько разных совпадающих участков, то делаем несколько столбцов для таких хромосом). Заносим Ф.И.О. Переходим в первое окно с общим списком совпаденцев и ставим галочки следующей пятёрке, смотрим совпадения по хромосомам и так далее. 5) по окончании, смотрим на получившуюся группу совпаденцев, имеющих общие участки хромосом, и копируем в другой файл EXCEL фамилии и населённые пункты, которые есть у них в столбце Ancestral Surnames 6) сортируем фамилии и названия населённых пунктов и анализируем. Если, к примеру, имеются несколько совпадающих фамилий из одного или соседних населённых пунктов, то, скорее всего, общий предок имел данную фамилию и был родом оттуда. В теории, конечно... Ведь это могло быть и 500 лет назад. Но в любом случае, есть список совпаденцев, с которыми уже можно предметно о чём-то переписываться.
Гипотетически, таким образом можно отделить совпаденцев по материнской и отцовской линиям, если тесты Family Finder им не делались. В данном случае из 90 ближайших "родственников" моей матери, 41 имеет совпадение в этом месте девятой хромосомы. Судя по уже имеющейся переписки с одним человеком из этого списка, это генетические родственники матери по её отцовской линии.
 --- Новг. обл, Маловишерский р-н, д. Поддубье, Горнецкое, Селищи — ЕВПЛОВЫ ИВАНОВЫ
Кировск. обл, Лузский р-н, д. Пятинская — ИГУМНОВЫ
Тамб. обл, Гавриловский р-н — ТЕРЁШКИНЫ ВОЛЧКОВЫ
Белоруссия: Бобруйск, Новогрудок — ПОТАПОВИЧИ ОСИПОВИЧИ
☦ Финны СПб ☦ | | |
Spring16 Сообщений: 160 На сайте с 2016 г. Рейтинг: 167
| Наверх ##
1 февраля 2018 15:40 Тампио, многие неспособны внести в поле больше 1-2 фамилий о предках, а у большинста вообще оно незаполнено и деревья не выложены. Поэтому лучший "метод" - написать письмо матчу. | | |
Тампио«Спасибо» и лайки не надо. Просто нажмите [+]  Санкт-Петербург Сообщений: 1791 На сайте с 2006 г. Рейтинг: 1153 | Наверх ##
1 февраля 2018 16:11 1 февраля 2018 16:32 Spring16 написал: [q] многие неспособны внести в поле больше 1-2 фамилий о предках, а у большинста вообще оно незаполнено [/q]
Случаи бывают разные. У некоторых и 2th Cousin-3th Cousin нет. Да и 4th Cousin могут отсутствовать. Им этот метод пригодится 'как слону батон'. Spring16 написал: [q] лучший "метод" - написать письмо матчу.[/q]
Завидую вам - вы пишите, и вам многие отвечают. А я вот, зачастую, не знаю что и писать... Спрашивать, нет ли у человека далёких предков, которые могли жить на 1/6 суши - несколько наивно. Это как спрашивать жителя Петербурга, могли ли его далёкие предки жить в Германии, Швеции или Финляндии... Конечно, могли. А могли ещё и в Польше жить или во Франции. Везде могли жить. --- Новг. обл, Маловишерский р-н, д. Поддубье, Горнецкое, Селищи — ЕВПЛОВЫ ИВАНОВЫ
Кировск. обл, Лузский р-н, д. Пятинская — ИГУМНОВЫ
Тамб. обл, Гавриловский р-н — ТЕРЁШКИНЫ ВОЛЧКОВЫ
Белоруссия: Бобруйск, Новогрудок — ПОТАПОВИЧИ ОСИПОВИЧИ
☦ Финны СПб ☦ | | |
Ya-nina Менск Сообщений: 739 На сайте с 2013 г. Рейтинг: 953
| Наверх ##
8 февраля 2018 19:32 --- Поисковые фамилии: Квасовец, Зенькович, Вевель, Шукайло, Скорупа, Круковский, Немира, Гось, Федорович, Карлович | | |
Znalazca Polska Сообщений: 114 На сайте с 2017 г. Рейтинг: 71
| Наверх ##
11 февраля 2018 23:46 11 февраля 2018 23:48 Подскажите, можно ли сделать так с помощью Gedmatch: я произвольно ввожу хромосому и отрезок и именно по этому участку хромосомы получаю матчей с минимальной заданной длиной совпадающего отрезка?
В Tier 1 есть Matching Segment Search - Find other kits with segments that match yours, но по описанию точно не понятно, это то, что мне нужно, или нет. | | |
Znalazca Polska Сообщений: 114 На сайте с 2017 г. Рейтинг: 71
| Наверх ##
16 февраля 2018 12:28 Znalazca написал: [q] Подскажите, можно ли сделать так с помощью Gedmatch: я произвольно ввожу хромосому и отрезок и именно по этому участку хромосомы получаю матчей с минимальной заданной длиной совпадающего отрезка?
В Tier 1 есть Matching Segment Search - Find other kits with segments that match yours, но по описанию точно не понятно, это то, что мне нужно, или нет. [/q]
Сам себе отвечу: ввожу минимальный отрезок и снипы (5см и 500 снипов) и по заданной хромосоме получаю выборку из своих 5-10 тыс (как у кого) ближайших матчей тех, кто сидит на этой хромосоме и вижу, где пересекаются отрезки. Очень удобно для разделение популяций если есть предки из разных народов. Но в идеале хотелось бы так, как я описывал сразу. | | |
Elizar Люберцы Сообщений: 278 На сайте с 2015 г. Рейтинг: 709
| Наверх ##
19 февраля 2018 11:43 Тампио написал: [q] [/q]
День добрый. Я внял Вашему совету. Произвел выборку по графе "Relaitonship Rande". У меня как раз получилось, один 2-4, и четыре 3-5. Соответственно, 2-4 дал самый длинный блок, но если я поставил условие в 1+см, то на 15-ой хромосоме, получил такой же "столбик" как и у вас. По всем пятерым. --- Ищу сведения о Шоломах, Михно, Яковенко.
Y-DNA N-Y22101, mtDNA - T2
| | |
|