Gedmatch
сайт для интерпретации аутосомных тестов
Darigar Москва Сообщений: 228 На сайте с 2019 г. Рейтинг: 366 | Наверх ##
3 сентября 8:54 schtein написал: [q] Здравствуйте! Помогите, пожалуйста, разобраться - отец сделал тест в Genotek’е. Один из «кандидатов на роль его отца» приходился его матери сыном брата ее бабушки. На GEDMatch’е в “Are your parents related?” совпадение 10,6 сМ (452 SNP) на 21-ой хромосоме. Это может быть показателем данного родства или это ложное совпадение? Просто где-то я читаю, что нужно умножать на 4 или на 5, где-то, что в таких случаях количество SNP должно быть не меньше 105 на 1 сМ…
И тогда сколько должно было быть сМ для такого родства? Примерно 100?[/q]
то есть математика такова, что из общего днк между родственниками каждый передает 1/2 себя. из этой половинки только 1/2 имеют шанс пересечься. потому если мы умножим на 4 гомозиготные участки, то должны выйти на то, сколько общего днк между родителями. в вашем случае надо выйти на что то вроде 433сМ после умножения. скорее всего ваша теория родства ложная. | | |
| sailormoon Новичок
Сообщений: 5
На сайте с 2024 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
9 сентября 5:08 romaf написал: [q]
Понятно. Тогда скачивайте файл в формате 23andmeV5 с сайта Генотека (платно). Я получил тест в начале мая и промаялся )) более полумесяца с самостоятельной конвертацией и загрузкой по сайтам. Ничего не вышло. Купил файл в формате 23andmeV5 и везде он загрузился - Myheritage, GEDmatch, familio, FTDNA .
Хотя файл ноября прошлого года сам конвертировал и нормально загрузил на вышеперечисленные сайты. Что то поменялось в Генотеке.
[/q]
У меня файл генотека 2024 года за сутки обработался и статус good. А несколько тестов 2025 года зависли со статусом matchy-too many matches - слишком много совпадений, и статус с публичного изменился на приватный и никак пока его не поменять. Но там написано, что batch processing еще не завершен, поэтому есть шанс, что они в итоге станут доступны. А если нет, я открою эти текстовые файлы и посмотрю, чем они принципиально отличаются. ---
Неретин Меретин, Лифинцов Лифинцев Лихвинцев (Осетровка, Воронежская), Антоненко, Шинкаренко (Полтавская, Новые Санжары), Лобачев, Симаков (Тверская, Печетово, Сельцы), Рыбаков, (Тверская, Паскинская Клясово, Москва), Панов (Тверская, Печетово, Дуброво, Москва) | | |
| Mikl1984 Новичок
Сообщений: 4
На сайте с 2025 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
14 сентября 21:20 >> Ответ на сообщение пользователя sailormoon от 9 сентября 2025 5:08 Бесполезно ждать Качество у тестов генотека сильно упало и они сейчас выезжают только за счет импьюта в V5 Он тоже дает много туфтовых совпаденцев, но проходит тест качества Вот кстати в цифрах, почему gedmatch бракует самостоятельно конвертированные vcf файлы Это мой vcf, конвертированный в формат 23&me Number of original snps is 493304 Usable SNPS is 447218 Usable SNPS (slim) is 365734 Slimmed by 18.2 Pct. HeteroX: 0.012194 Total matches for all kits in Database: 4718681384768 Total matches with kit KH??????? = 736818 = 1.5614913148798E-5 Pct. of all matches in the entire GEDmatch database A вот импьют в V5 Number of original snps is 628790 Usable SNPS is 493233 Usable SNPS (slim) is 395157 Slimmed by 19.9 Pct. HeteroX: 0.033581 Total matches for all kits in Database: 4718681384768 Total matches with kit RJ???????? = 221630 = 4.6968629989604E-6 Pct. of all matches in the entire GEDmatch database Совпаденцев уже в 3 с лишним раза меньше Его приняли, но лжесовпаденцев все равно почти в 2 раза больше, чем дает файл ftdna Number of original snps is 615633 Usable SNPS is 487926 Usable SNPS (slim) is 382150 Slimmed by 21.7 Pct. HeteroX: 0 Total matches for all kits in Database: 4827639210496 Total matches with kit NZ????????= 125082 = 2.5909558387887E-6 Pct. of all matches in the entire GEDmatch database Итак 736818-221630-125082 лжесовпаденцев, так как все реальные родственники загружены мной (4) | | |
| sailormoon Новичок
Сообщений: 5
На сайте с 2024 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
15 сентября 2:45 Mikl1984 написал: [q] >> Ответ на сообщение пользователя sailormoon от 9 сентября 2025 5:08
Бесполезно ждать
Качество у тестов генотека сильно упало и они сейчас выезжают только за счет импьюта в V5
Он тоже дает много туфтовых совпаденцев, но проходит тест качества
[/q]
Да, пришлось купить файл v5 у генотека для 2025. Для 2024 сама сконвертировала. В итоге странности есть, например, у человека 2024 совпадение с кем-то 50 сМ, а у его матери 2025 с этим же человеком в разы меньше совпадение, типа 7 или 27. Хотя должно быть наоборот или одинаково. У меня уже была подобная странность в самом генотеке. Когда оба родителя сдали в 2025, и у человека 2024 после этого пропала часть ранее отображающихся родственников, так как они не были найдены у обоих родителей. Зато одна из исчезнувших у 2024 была найдена у его племянника в 2025. И вот думай, то ли они были ложные у 2024, то то ли в 2025 хуже тест, у родителей не нашел, а у племянника нашел. Еще есть такие варианты странные. У двух мужчин найдены родственницы конкретно по X, а у матерей этих мужчин они не найдены вообще. ---
Неретин Меретин, Лифинцов Лифинцев Лихвинцев (Осетровка, Воронежская), Антоненко, Шинкаренко (Полтавская, Новые Санжары), Лобачев, Симаков (Тверская, Печетово, Сельцы), Рыбаков, (Тверская, Паскинская Клясово, Москва), Панов (Тверская, Печетово, Дуброво, Москва) | | |
| sailormoon Новичок
Сообщений: 5
На сайте с 2024 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
15 сентября 16:13 15 сентября 16:23 Столбец Overlap красным означает, что скорее всего это ложный родственник?
Купила родителям платные файлы v5 у генотека. Из 3000 человек у отца в Overlap почти все красным выделены, больше половины…У мамы меньше намного. ---
Неретин Меретин, Лифинцов Лифинцев Лихвинцев (Осетровка, Воронежская), Антоненко, Шинкаренко (Полтавская, Новые Санжары), Лобачев, Симаков (Тверская, Печетово, Сельцы), Рыбаков, (Тверская, Паскинская Клясово, Москва), Панов (Тверская, Печетово, Дуброво, Москва) | | |
| romaf
Сообщений: 2767
На сайте с 2018 г.
Рейтинг: 12359
| Наверх ##
15 сентября 20:40 sailormoon написал: [q] Столбец Overlap красным означает, что скорее всего это ложный родственник?
Купила родителям платные файлы v5 у генотека. Из 3000 человек у отца в Overlap почти все красным выделены, больше половины…У мамы меньше намного.[/q]
Какие киты у Ваших родителей на GEDmatch ? У меня одна из веток предков из Беликов, которые рядом с Новыми Санжарами. Можно сравнить мой кит с китами Ваших родителей. Вдруг было пересечение. ---
GEDmatch YA5712222 SE7262876 | | Лайк (1) |
| Mikl1984 Новичок
Сообщений: 4
На сайте с 2025 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
15 сентября 21:15 sailormoon написал: [q] Столбец Overlap красным означает, что скорее всего это ложный родственник?
Купила родителям платные файлы v5 у генотека. Из 3000 человек у отца в Overlap почти все красным выделены, больше половины…У мамы меньше намного.[/q]
У меня тоже половина красного на V5 Выше объяснял почему На нормальном тесте от ftdna красного нет | | Лайк (1) |
| sailormoon Новичок
Сообщений: 5
На сайте с 2024 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
16 сентября 6:06 16 сентября 6:30 romaf написал: [q]
Какие киты у Ваших родителей на GEDmatch ?
У меня одна из веток предков из Беликов, которые рядом с Новыми Санжарами. Можно сравнить мой кит с китами Ваших родителей. Вдруг было пересечение.
[/q]
Я проверила Ваши киты из подписи. Один пересекается с мамой и с отцом, второй с отцом. Напишу в лс. ---
Неретин Меретин, Лифинцов Лифинцев Лихвинцев (Осетровка, Воронежская), Антоненко, Шинкаренко (Полтавская, Новые Санжары), Лобачев, Симаков (Тверская, Печетово, Сельцы), Рыбаков, (Тверская, Паскинская Клясово, Москва), Панов (Тверская, Печетово, Дуброво, Москва) | | |
| Mikl1984 Новичок
Сообщений: 4
На сайте с 2025 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
20 сентября 20:20 sailormoon написал: [q] Столбец Overlap красным означает, что скорее всего это ложный родственник?
Купила родителям платные файлы v5 у генотека. Из 3000 человек у отца в Overlap почти все красным выделены, больше половины…У мамы меньше намного.[/q]
Вот инструкция, как смотреть совпаденцев в импьюте V5 от Генотек Итак обращаем внимание на параметр Overlap Cutoff По умолчанию он 45000 Обычно ставлю для бесплатной версии cM size 12 With this limit 3000 На моем тесте ftdna дает 693 Если увеличить Overlap до 56250 оно уменьшится до 668 72000 - 637 90000 - 573 100000 - 568 Совсем другая картина с тестом Genotek и дальнейшим заказом его импьюта в 23&me V5 На тех же установках имеем 45000 >3000 56250 - 1773 72000 - 804 90000 - 652 100000 - 652 Видно, что для этих файлов для достоверности надо ставить 72000-90000 Для оригинальных файлов от ftdna и MH можно ничего не трогать, там совпаденцев с красным Overlap почти нет | | Жалоба (1) |
|
