Gedmatch
сайт для интерпретации аутосомных тестов
| romaf
Сообщений: 2767
На сайте с 2018 г.
Рейтинг: 12361
| MakarPak написал: [q] Всем привет! Подскажите пожалуйста, я новичок и пытаюсь результаты Генотека загрузить в Getmatch, но почему то у загруженного файла статус "Did not pass quality check". Пробовал два раза и увы одна и а же проблема. Конвертировал vcf через DNA Kit Studio v2.9[/q]
Давно получили результат теста на Генотеке? ---
GEDmatch YA5712222 SE7262876 | | |
| MakarPak Новичок
Санкт-Петербург
Сообщений: 2
На сайте с 2025 г.
Рейтинг: 1 | romaf написал: [q]
MakarPak написал:
[q]
Всем привет! Подскажите пожалуйста, я новичок и пытаюсь результаты Генотека загрузить в Getmatch, но почему то у загруженного файла статус "Did not pass quality check". Пробовал два раза и увы одна и а же проблема. Конвертировал vcf через DNA Kit Studio v2.9
[/q]
Давно получили результат теста на Генотеке?
[/q]
в конце мая ---
деревня Меленка, Кукобойский район, Ярославская область
Корниловы, Козловы
г.Бустон (Чкаловск), Худжант, Таджикистан
Санчаров
Y-N1a2b3
N-VL73
MtDNa: W6 | | |
| romaf
Сообщений: 2767
На сайте с 2018 г.
Рейтинг: 12361
| MakarPak написал: [q]
в конце мая
[/q]
Понятно. Тогда скачивайте файл в формате 23andmeV5 с сайта Генотека (платно). Я получил тест в начале мая и промаялся )) более полумесяца с самостоятельной конвертацией и загрузкой по сайтам. Ничего не вышло. Купил файл в формате 23andmeV5 и везде он загрузился - Myheritage, GEDmatch, familio, FTDNA . Хотя файл ноября прошлого года сам конвертировал и нормально загрузил на вышеперечисленные сайты. Что то поменялось в Генотеке. ---
GEDmatch YA5712222 SE7262876 | | |
| schtein Новичок
Москва
Сообщений: 12
На сайте с 2024 г.
Рейтинг: 8 | Наверх ##
3 сентября 7:30 Здравствуйте! Помогите, пожалуйста, разобраться - отец сделал тест в Genotek’е. Один из «кандидатов на роль его отца» приходился его матери сыном брата ее бабушки. На GEDMatch’е в “Are your parents related?” совпадение 10,6 сМ (452 SNP) на 21-ой хромосоме. Это может быть показателем данного родства или это ложное совпадение? Просто где-то я читаю, что нужно умножать на 4 или на 5, где-то, что в таких случаях количество SNP должно быть не меньше 105 на 1 сМ…
И тогда сколько должно было быть сМ для такого родства? Примерно 100? | | |
Darigar Москва Сообщений: 228 На сайте с 2019 г. Рейтинг: 366 | Наверх ##
3 сентября 8:54 schtein написал: [q] Здравствуйте! Помогите, пожалуйста, разобраться - отец сделал тест в Genotek’е. Один из «кандидатов на роль его отца» приходился его матери сыном брата ее бабушки. На GEDMatch’е в “Are your parents related?” совпадение 10,6 сМ (452 SNP) на 21-ой хромосоме. Это может быть показателем данного родства или это ложное совпадение? Просто где-то я читаю, что нужно умножать на 4 или на 5, где-то, что в таких случаях количество SNP должно быть не меньше 105 на 1 сМ…
И тогда сколько должно было быть сМ для такого родства? Примерно 100?[/q]
то есть математика такова, что из общего днк между родственниками каждый передает 1/2 себя. из этой половинки только 1/2 имеют шанс пересечься. потому если мы умножим на 4 гомозиготные участки, то должны выйти на то, сколько общего днк между родителями. в вашем случае надо выйти на что то вроде 433сМ после умножения. скорее всего ваша теория родства ложная. | | |
| sailormoon Новичок
Сообщений: 5
На сайте с 2024 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
9 сентября 5:08 romaf написал: [q]
Понятно. Тогда скачивайте файл в формате 23andmeV5 с сайта Генотека (платно). Я получил тест в начале мая и промаялся )) более полумесяца с самостоятельной конвертацией и загрузкой по сайтам. Ничего не вышло. Купил файл в формате 23andmeV5 и везде он загрузился - Myheritage, GEDmatch, familio, FTDNA .
Хотя файл ноября прошлого года сам конвертировал и нормально загрузил на вышеперечисленные сайты. Что то поменялось в Генотеке.
[/q]
У меня файл генотека 2024 года за сутки обработался и статус good. А несколько тестов 2025 года зависли со статусом matchy-too many matches - слишком много совпадений, и статус с публичного изменился на приватный и никак пока его не поменять. Но там написано, что batch processing еще не завершен, поэтому есть шанс, что они в итоге станут доступны. А если нет, я открою эти текстовые файлы и посмотрю, чем они принципиально отличаются. ---
Неретин Меретин, Лифинцов Лифинцев Лихвинцев (Осетровка, Воронежская), Антоненко, Шинкаренко (Полтавская, Новые Санжары), Лобачев, Симаков (Тверская, Печетово, Сельцы), Рыбаков, (Тверская, Паскинская Клясово, Москва), Панов (Тверская, Печетово, Дуброво, Москва) | | |
| Mikl1984 Новичок
Сообщений: 4
На сайте с 2025 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
14 сентября 21:20 >> Ответ на сообщение пользователя sailormoon от 9 сентября 2025 5:08 Бесполезно ждать Качество у тестов генотека сильно упало и они сейчас выезжают только за счет импьюта в V5 Он тоже дает много туфтовых совпаденцев, но проходит тест качества Вот кстати в цифрах, почему gedmatch бракует самостоятельно конвертированные vcf файлы Это мой vcf, конвертированный в формат 23&me Number of original snps is 493304 Usable SNPS is 447218 Usable SNPS (slim) is 365734 Slimmed by 18.2 Pct. HeteroX: 0.012194 Total matches for all kits in Database: 4718681384768 Total matches with kit KH??????? = 736818 = 1.5614913148798E-5 Pct. of all matches in the entire GEDmatch database A вот импьют в V5 Number of original snps is 628790 Usable SNPS is 493233 Usable SNPS (slim) is 395157 Slimmed by 19.9 Pct. HeteroX: 0.033581 Total matches for all kits in Database: 4718681384768 Total matches with kit RJ???????? = 221630 = 4.6968629989604E-6 Pct. of all matches in the entire GEDmatch database Совпаденцев уже в 3 с лишним раза меньше Его приняли, но лжесовпаденцев все равно почти в 2 раза больше, чем дает файл ftdna Number of original snps is 615633 Usable SNPS is 487926 Usable SNPS (slim) is 382150 Slimmed by 21.7 Pct. HeteroX: 0 Total matches for all kits in Database: 4827639210496 Total matches with kit NZ????????= 125082 = 2.5909558387887E-6 Pct. of all matches in the entire GEDmatch database Итак 736818-221630-125082 лжесовпаденцев, так как все реальные родственники загружены мной (4) | | |
| sailormoon Новичок
Сообщений: 5
На сайте с 2024 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
15 сентября 2:45 Mikl1984 написал: [q] >> Ответ на сообщение пользователя sailormoon от 9 сентября 2025 5:08
Бесполезно ждать
Качество у тестов генотека сильно упало и они сейчас выезжают только за счет импьюта в V5
Он тоже дает много туфтовых совпаденцев, но проходит тест качества
[/q]
Да, пришлось купить файл v5 у генотека для 2025. Для 2024 сама сконвертировала. В итоге странности есть, например, у человека 2024 совпадение с кем-то 50 сМ, а у его матери 2025 с этим же человеком в разы меньше совпадение, типа 7 или 27. Хотя должно быть наоборот или одинаково. У меня уже была подобная странность в самом генотеке. Когда оба родителя сдали в 2025, и у человека 2024 после этого пропала часть ранее отображающихся родственников, так как они не были найдены у обоих родителей. Зато одна из исчезнувших у 2024 была найдена у его племянника в 2025. И вот думай, то ли они были ложные у 2024, то то ли в 2025 хуже тест, у родителей не нашел, а у племянника нашел. Еще есть такие варианты странные. У двух мужчин найдены родственницы конкретно по X, а у матерей этих мужчин они не найдены вообще. ---
Неретин Меретин, Лифинцов Лифинцев Лихвинцев (Осетровка, Воронежская), Антоненко, Шинкаренко (Полтавская, Новые Санжары), Лобачев, Симаков (Тверская, Печетово, Сельцы), Рыбаков, (Тверская, Паскинская Клясово, Москва), Панов (Тверская, Печетово, Дуброво, Москва) | | |
| sailormoon Новичок
Сообщений: 5
На сайте с 2024 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
15 сентября 16:13 15 сентября 16:23 Столбец Overlap красным означает, что скорее всего это ложный родственник?
Купила родителям платные файлы v5 у генотека. Из 3000 человек у отца в Overlap почти все красным выделены, больше половины…У мамы меньше намного. ---
Неретин Меретин, Лифинцов Лифинцев Лихвинцев (Осетровка, Воронежская), Антоненко, Шинкаренко (Полтавская, Новые Санжары), Лобачев, Симаков (Тверская, Печетово, Сельцы), Рыбаков, (Тверская, Паскинская Клясово, Москва), Панов (Тверская, Печетово, Дуброво, Москва) | | |
| romaf
Сообщений: 2767
На сайте с 2018 г.
Рейтинг: 12361
| Наверх ##
15 сентября 20:40 sailormoon написал: [q] Столбец Overlap красным означает, что скорее всего это ложный родственник?
Купила родителям платные файлы v5 у генотека. Из 3000 человек у отца в Overlap почти все красным выделены, больше половины…У мамы меньше намного.[/q]
Какие киты у Ваших родителей на GEDmatch ? У меня одна из веток предков из Беликов, которые рядом с Новыми Санжарами. Можно сравнить мой кит с китами Ваших родителей. Вдруг было пересечение. ---
GEDmatch YA5712222 SE7262876 | | Лайк (1) |
|
