Genotek
dearthfu Сообщений: 576 На сайте с 2019 г. Рейтинг: 1087 | Наверх ##
18 января 2024 15:40 Lesla написал: [q] Нет. YFull не принимает vcf из Генотека. Только из ФТДНА.[/q]
А почему тогда на сайте yfull написано следующее? [q] * Включает БЕСПЛАТНЫЙ апгрейд анализа .VCF в .BAM Big Y700[/q]
Или у Генотека VCF какой-то кривой? | | |
| georgf I1-Y132166/BY35301
Москва
Сообщений: 195
На сайте с 2022 г.
Рейтинг: 138 | Наверх ##
18 января 2024 15:44 Wjolf написал: [q]
Есть ли какие то варианты что можно сделать с базовым VCF файлом, или куда его выгрузить можно хоть...[/q]
грузите на gedmatch там есть калькуляторы, более общенаучные, узнаете, насколько вы индеец ;-) и можете встретить дальних родственников из других баз. конвертация в формат 23andmeV5 возможно становится все более бессмысленной, так как ftdna и myheritage все более огораживаются от приема таких файлов, мимикрирующей под оригинал. интерпретации там нормальные. в других базах вы получите результат уровня "Вы из Восточной Европы" для более глубокого анализа ваших данных вы, скорее всего, не готовы. вопросов будет больше, чем ответов. | | Лайк (3) |
| georgf I1-Y132166/BY35301
Москва
Сообщений: 195
На сайте с 2022 г.
Рейтинг: 138 | Наверх ##
18 января 2024 15:48 dearthfu написал: [q]
Lesla написал:
[q]
Нет. YFull не принимает vcf из Генотека. Только из ФТДНА.
[/q]
А почему тогда на сайте yfull написано следующее?
[q]
* Включает БЕСПЛАТНЫЙ апгрейд анализа .VCF в .BAM Big Y700
[/q]
Или у Генотека VCF какой-то кривой?[/q]
нет, это ftdna запихивает почти полный анализ Y хромосомы в формат vcf (но вы за это и платите 400$). можете еще в bam заказать конвертацию, если деньги руки жгут и вы не знаете зачем вам это надо. ftdna myheritage как и генотек в vcf вам отдают результаты поверхностного теста всех хромосом. тестовый чип у них один и тот же (на 99%) | | Лайк (1) |
LeslaМодератор раздела R1a-VK05  Санкт-Петербург Сообщений: 2497 На сайте с 2006 г. Рейтинг: 2180 | Наверх ##
18 января 2024 16:07 dearthfu написал: [q] Или у Генотека VCF какой-то кривой?[/q]
VCF - это просто более-менее стандартного вида способ выдать информацию о снипах. А уж что запихнуть в него решает каждая компания самостоятельно. ФТДНА в него пихает инфу о снипах Y-хромосомы, полученные в ходе тестирования BigY. Генотек пихает туда аутосомные снипы, немножко снипов по Y-хромосоме, немного по мито-хромосоме. Это если делали Происхождение. Если делали Полный Геном, Генотек в этот файл еще напихает кучу снипов по медицине (но не кучу снипов по Y-хромосоме, как ни странно). В итоге VCF от Генотека для YFull не информативный вовсе. | | Лайк (1) |
| Wjolf Новичок
Сообщений: 9
На сайте с 2024 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
18 января 2024 16:11 dearthfu написал: [q]
dearthfu написал:
[q]
Вопрос такой, это и есть полногеномный тест от Генотек? Или я что не понял, ибо там есть просто происхождение за 6к, потом за 9к паспорт который я сдавал, и полный тест всего типа организма за 100к.
[/q]
Как я понял вы делали полногеномный тест на Генотеке?
[/q]
Там 3 теста которые включают происхождение: 1) Происхождение за 6к 2) Генетический паспорт за 9к (иногда за 8к) 3) Полный геном за 100к где то Я так понял 1 и 2 это одно и тоже и поверхностная информация. Мне просто важно понять, не перепутали ли они мой образец с пробирки или просто так от балды написали и ничего не высчитывали. Может интерпретация у них неправильная. Написали 88% русский, 12% беларус, чего быть не может, ибо корни с Балкан. Вы получается сначала сдали в 23andme образец и там та же гаплогруппа что и генотек показал? | | |
| Wjolf Новичок
Сообщений: 9
На сайте с 2024 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
18 января 2024 16:24 georgf написал: [q]
Wjolf написал:
[q]
Есть ли какие то варианты что можно сделать с базовым VCF файлом, или куда его выгрузить можно хоть...
[/q]
грузите на gedmatch
там есть калькуляторы, более общенаучные, узнаете, насколько вы индеец ;-)
и можете встретить дальних родственников из других баз.
конвертация в формат 23andmeV5 возможно становится все более бессмысленной, так как ftdna и myheritage все более огораживаются от приема таких файлов, мимикрирующей под оригинал.
интерпретации там нормальные. в других базах вы получите результат уровня "Вы из Восточной Европы"
для более глубокого анализа ваших данных вы, скорее всего, не готовы. вопросов будет больше, чем ответов.
[/q]
1) Gedmatch принимает VCF формат или что то придется конвертировать? 2) Интересует FamilyTreeDNA и MyHeritage в первую очередь естественно, потому думаю либо купить 23andme V5 либо залить сразу конвертированный, как я понял, есть конвертаторы DNA kit studio и еще какие то, в чем они отличаются в плане чистоты и полноценности экспорта результата в нужный формат.. | | |
| georgf I1-Y132166/BY35301
Москва
Сообщений: 195
На сайте с 2022 г.
Рейтинг: 138 | Наверх ##
18 января 2024 17:00 >> Ответ на сообщение пользователя Wjolf от 18 января 2024 16:24 1. принимал раньше точно. пробуйте https://app.gedmatch.com/dnaupload/2. конвертатор DNA kit studio вот последняя версия 2.8 из vcf https://drive.google.com/file/...p=drivesdk 2.1. НО! народ жаловался что FamilyTreeDNA и MyHeritage не принимают или из-за якобы несовместимости (а может быть видят неоригинал от 23andme и подозревают ворованное или синтетическое) ИЛИ по соображениям безопасности. Пробуйте, может что изменится. 2.2. С настройками конвертации не подскажу, не помню | | Лайк (2) |
| arbalet Участник
Сообщений: 101
На сайте с 2011 г.
Рейтинг: 37 | Наверх ##
18 января 2024 20:02 Wjolf написал: [q]
Может интерпретация у них неправильная. Написали 88% русский, 12% беларус, чего быть не может, ибо корни с Балкан.
[/q]
Корни с Балкан это что? Просто есть же разница, например отец с Балкан или только прадед. А белорусов в роду официально нет? Если так, то может и интерпретировали балканские гены как белорусов. Это конечно неправильная интерпретация, но гены могут быть похожи. Наверняка ваши балканцы из славянских народов, а не албанцев или греков? | | |
| Wjolf Новичок
Сообщений: 9
На сайте с 2024 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
19 января 2024 9:47 arbalet написал: [q]
Wjolf написал:
[q]
Может интерпретация у них неправильная. Написали 88% русский, 12% беларус, чего быть не может, ибо корни с Балкан.
[/q]
Корни с Балкан это что? Просто есть же разница, например отец с Балкан или только прадед. А белорусов в роду официально нет? Если так, то может и интерпретировали балканские гены как белорусов. Это конечно неправильная интерпретация, но гены могут быть похожи. Наверняка ваши балканцы из славянских народов, а не албанцев или греков?[/q]
У меня по отцовской линии все 100% Болгары из Бессарабии, вообще на Балканах доминирует I2a, потому я и спрашиваю себя, как так, нет, я не расстроен что R1a, это даже очень хорошо, но теперь скептически отношусь к Генотеку, ибо то что они мне нарисовали, что у меня совпадения с кемеровской, иркутской областью, чего быть не может в рамках корней, но может быть я зря гоню на них и действительно R1a и они из за замены загнивающих западных чипов на новые с востока начали по новому привыкать и задерживать результаты, может еще то что в Генотек сдают в основном и только в России, потому и совпадения по областям и сложно сделать интерпретацию по другим регионам Европы. А может они просто всем её рисуют, всем у кого образец не качественный или там где они накосячили, я потому я затревожил, а не могли ли они где то ошибиться, вот что смущает. Вообще понятно, что в других странах у людей есть возможность выбора между крупными базами и тем же Генотек, они естественно выбирают что получше, отсюда и результаты разнятся. | | |
| arbalet Участник
Сообщений: 101
На сайте с 2011 г.
Рейтинг: 37 | Наверх ##
19 января 2024 12:43 >> Ответ на сообщение пользователя Wjolf от 19 января 2024 9:47 Отвечу подробно, но с конца. Иностранные компании лучше только более обширными базами, хотя это актуально в основном для тех кто хочет найти родственников именно где-то в других странах. Что касается происхождения в процентах, то в иностранных компаниях еще хуже рисуют. Например в май херитаж всем русским рисуют большой процент Балкан, до 30 процентов. Теории заговора можете сразу отмести, рисуют не от балды, а насколько позволяют их алгоритмы. Некачественный образец заставляют пересдавать. Ожидать результатов приходится долго, но все относительно, можно и подождать пару-тройку месяцев. R1a в Болгарии 17%, тогда как I2a 20%, разница несущественная https://www.eupedia.com/europe...oups.shtmlОтдельные поздравления вам - на сайте генотека можно посмотреть исследованные ими популяции, их там свыше 500, но именно болгаров среди них пока нет. То есть их определить не могли. Странно немного, но почему-то так. Остальные все есть - сербы там, хорваты, прочие югославы, румыны, венгры, албанцы и греки... Наверняка со временем добавят и болгар, тогда ваши результаты изменятся. Насчет белорусов что? Были они в роду официально? | | |
|
