Genotek
| Wjolf Новичок
Сообщений: 9
На сайте с 2024 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
18 января 2024 14:28 I_Sokka написал: [q]
dearthfu написал:
[q]
Кстати, я загрузил данные 23&me в Генотек и мне он выдает мою мужскую гаплогруппу R1a1a1b1a2b. А у некоторых моих совпаденцев мужская гаплогруппа R1a1a1b1a2b3. Отличается что добавлена 3 в конце. Это ли не улучшенная глубина определения Y-гаплогруппы?
[/q]
Может быть, надо смотреть какой это снип. Обозначения типа R1a2b3c4d могли поменяться, ими больше не пользуются.
Если хотите более точного определения гаплогруппы, то не стоит тратиться на новые аутосомные тесты.
Делайте полногеномный тест (DanteLabs, Nebula Genomics, YSEQ, Sequencing, Генотек) и анализируйте данные в YFull. Как вариант BigY-700 в FTDNA. Это даст максимум информации о гаплогруппе сейчас, а со временем может и уточниться без дополнительных тестов.[/q]
Пришел тест который сдавал в конце октября, сдавал именно "Генетический паспорт", всё ради гаплогруппы. В итоге выявили R1a-CTS3402 (R1a1a1b1a2b3) Вопрос такой, это и есть полногеномный тест от Генотек? Или я что не понял, ибо там есть просто происхождение за 6к, потом за 9к паспорт который я сдавал, и полный тест всего типа организма за 100к. Далее, я за заплаченные 9к вижу выгрузку, только в формате VCF, который я не знаю даже куда выгружать, что бы получить нормальные интерпретации, а не как у нас "записать всех в русских", просто я не верю что компания сделала красивую обложку и так долго тянула выявление и результаты, то что делают на западе максимум за 3 недели, тут заняло 3 месяца, так еще и тест какой то просят, на основании которого вполне могут описать вкладку по здоровью. Это как написать в анкете свою фамилию, и по ней с помощью гугла нарисуют тебе твои хотелки. Ну да ладно, пропустим этот момент. Я не могу понять, почему я заплатив 9к должен доплачивать за выгрузку в формате 23andmeV5 это же просто выкачка денег. Есть ли какие то варианты что можно сделать с базовым VCF файлом, или куда его выгрузить можно хоть... | | |
dearthfu Сообщений: 580 На сайте с 2019 г. Рейтинг: 1126 | Наверх ##
18 января 2024 14:44 Wjolf написал: [q] Пришел тест который сдавал в конце октября, сдавал именно "Генетический паспорт", всё ради гаплогруппы.
В итоге выявили R1a-CTS3402 (R1a1a1b1a2b3)[/q]
У меня почти такая же гаплогруппа R1a1a1b1a2b (без 3ки в конце) в Генотеке, притом я получил её путем загрузки файла из 23&me, а слюну в Генотек я не сдавал. | | |
dearthfuСообщений: 580 На сайте с 2019 г. Рейтинг: 1126 | Наверх ##
18 января 2024 14:47 dearthfu написал: [q] Вопрос такой, это и есть полногеномный тест от Генотек? Или я что не понял, ибо там есть просто происхождение за 6к, потом за 9к паспорт который я сдавал, и полный тест всего типа организма за 100к.[/q]
Как я понял вы делали полногеномный тест на Генотеке? | | |
dearthfuСообщений: 580 На сайте с 2019 г. Рейтинг: 1126 | Наверх ##
18 января 2024 14:58 Wjolf написал: [q] Есть ли какие то варианты что можно сделать с базовым VCF файлом, или куда его выгрузить можно хоть...[/q]
Выгрузить на сайте https://www.yfull.com/Только там платно [q] Интерпретация сиквенса NextGen ₽4538 [Y+Mt]
Стоимость услуги в рублях на 18.01.2024 = 4538.00 руб. (~€45)
Расшифровка результатов генетических тестов Y-хромосомы (NGS) и размещение их в базе данных YFull
.VCF* .BAM
— Анализ и сравнение вашего NGS-сиквенса Y-хромосомы
— YОтчет: Гг и SNPs, Приватные SNPs, SNP-совпадения, STR-результаты, STR-мутации, Оценка возраста
— Апгрейды, Сравнения
— STR-совпадения x
— Все вновь найденные SNPs будут именованы и добавлены к «Y-серии»
— Постоянно актуальная терминальная позиция на дереве YTree →
— Вы можете присоединиться к группе (по субкладу, географии или фамилии)
— Апгрейд "Y>Mt" ... 0 руб. 1
— Бесплатные регулярные обновления!
* Включает БЕСПЛАТНЫЙ апгрейд анализа .VCF в .BAM Big Y700
* Без абонентской платы! Без предоплаты! Результаты Мт опционально
Free Mt analysis is available in your personal account only after payment for the Y[/q]
| | |
LeslaМодератор раздела R1a-VK05  Санкт-Петербург Сообщений: 2500 На сайте с 2006 г. Рейтинг: 2193 | Наверх ##
18 января 2024 15:31 dearthfu написал: [q]
Wjolf написал:
[q]
Есть ли какие то варианты что можно сделать с базовым VCF файлом, или куда его выгрузить можно хоть...
[/q]
Выгрузить на сайте https://www.yfull.com/
Только там платно
[/q]
Нет. YFull не принимает vcf из Генотека. Только из ФТДНА. YFull примет из Генотека только BAM, который Генотек сформирует по результатам прохождения Полного Генома за 99000 р. | | Лайк (1) |
dearthfuСообщений: 580 На сайте с 2019 г. Рейтинг: 1126 | Наверх ##
18 января 2024 15:40 Lesla написал: [q] Нет. YFull не принимает vcf из Генотека. Только из ФТДНА.[/q]
А почему тогда на сайте yfull написано следующее? [q] * Включает БЕСПЛАТНЫЙ апгрейд анализа .VCF в .BAM Big Y700[/q]
Или у Генотека VCF какой-то кривой? | | |
| georgf I1-Y132166/BY35301
Москва
Сообщений: 196
На сайте с 2022 г.
Рейтинг: 142 | Наверх ##
18 января 2024 15:44 Wjolf написал: [q]
Есть ли какие то варианты что можно сделать с базовым VCF файлом, или куда его выгрузить можно хоть...[/q]
грузите на gedmatch там есть калькуляторы, более общенаучные, узнаете, насколько вы индеец ;-) и можете встретить дальних родственников из других баз. конвертация в формат 23andmeV5 возможно становится все более бессмысленной, так как ftdna и myheritage все более огораживаются от приема таких файлов, мимикрирующей под оригинал. интерпретации там нормальные. в других базах вы получите результат уровня "Вы из Восточной Европы" для более глубокого анализа ваших данных вы, скорее всего, не готовы. вопросов будет больше, чем ответов. | | Лайк (3) |
| georgf I1-Y132166/BY35301
Москва
Сообщений: 196
На сайте с 2022 г.
Рейтинг: 142 | Наверх ##
18 января 2024 15:48 dearthfu написал: [q]
Lesla написал:
[q]
Нет. YFull не принимает vcf из Генотека. Только из ФТДНА.
[/q]
А почему тогда на сайте yfull написано следующее?
[q]
* Включает БЕСПЛАТНЫЙ апгрейд анализа .VCF в .BAM Big Y700
[/q]
Или у Генотека VCF какой-то кривой?[/q]
нет, это ftdna запихивает почти полный анализ Y хромосомы в формат vcf (но вы за это и платите 400$). можете еще в bam заказать конвертацию, если деньги руки жгут и вы не знаете зачем вам это надо. ftdna myheritage как и генотек в vcf вам отдают результаты поверхностного теста всех хромосом. тестовый чип у них один и тот же (на 99%) | | Лайк (1) |
LeslaМодератор раздела R1a-VK05 Санкт-Петербург Сообщений: 2500 На сайте с 2006 г. Рейтинг: 2193 | Наверх ##
18 января 2024 16:07 dearthfu написал: [q] Или у Генотека VCF какой-то кривой?[/q]
VCF - это просто более-менее стандартного вида способ выдать информацию о снипах. А уж что запихнуть в него решает каждая компания самостоятельно. ФТДНА в него пихает инфу о снипах Y-хромосомы, полученные в ходе тестирования BigY. Генотек пихает туда аутосомные снипы, немножко снипов по Y-хромосоме, немного по мито-хромосоме. Это если делали Происхождение. Если делали Полный Геном, Генотек в этот файл еще напихает кучу снипов по медицине (но не кучу снипов по Y-хромосоме, как ни странно). В итоге VCF от Генотека для YFull не информативный вовсе. | | Лайк (1) |
| Wjolf Новичок
Сообщений: 9
На сайте с 2024 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
18 января 2024 16:11 dearthfu написал: [q]
dearthfu написал:
[q]
Вопрос такой, это и есть полногеномный тест от Генотек? Или я что не понял, ибо там есть просто происхождение за 6к, потом за 9к паспорт который я сдавал, и полный тест всего типа организма за 100к.
[/q]
Как я понял вы делали полногеномный тест на Генотеке?
[/q]
Там 3 теста которые включают происхождение: 1) Происхождение за 6к 2) Генетический паспорт за 9к (иногда за 8к) 3) Полный геном за 100к где то Я так понял 1 и 2 это одно и тоже и поверхностная информация. Мне просто важно понять, не перепутали ли они мой образец с пробирки или просто так от балды написали и ничего не высчитывали. Может интерпретация у них неправильная. Написали 88% русский, 12% беларус, чего быть не может, ибо корни с Балкан. Вы получается сначала сдали в 23andme образец и там та же гаплогруппа что и генотек показал? | | |
|
