Genotek
dearthfu Сообщений: 580 На сайте с 2019 г. Рейтинг: 1126 | Наверх ##
18 января 2024 14:44 Wjolf написал: [q] Пришел тест который сдавал в конце октября, сдавал именно "Генетический паспорт", всё ради гаплогруппы.
В итоге выявили R1a-CTS3402 (R1a1a1b1a2b3)[/q]
У меня почти такая же гаплогруппа R1a1a1b1a2b (без 3ки в конце) в Генотеке, притом я получил её путем загрузки файла из 23&me, а слюну в Генотек я не сдавал. | | |
dearthfuСообщений: 580 На сайте с 2019 г. Рейтинг: 1126 | Наверх ##
18 января 2024 14:47 dearthfu написал: [q] Вопрос такой, это и есть полногеномный тест от Генотек? Или я что не понял, ибо там есть просто происхождение за 6к, потом за 9к паспорт который я сдавал, и полный тест всего типа организма за 100к.[/q]
Как я понял вы делали полногеномный тест на Генотеке? | | |
dearthfuСообщений: 580 На сайте с 2019 г. Рейтинг: 1126 | Наверх ##
18 января 2024 14:58 Wjolf написал: [q] Есть ли какие то варианты что можно сделать с базовым VCF файлом, или куда его выгрузить можно хоть...[/q]
Выгрузить на сайте https://www.yfull.com/Только там платно [q] Интерпретация сиквенса NextGen ₽4538 [Y+Mt]
Стоимость услуги в рублях на 18.01.2024 = 4538.00 руб. (~€45)
Расшифровка результатов генетических тестов Y-хромосомы (NGS) и размещение их в базе данных YFull
.VCF* .BAM
— Анализ и сравнение вашего NGS-сиквенса Y-хромосомы
— YОтчет: Гг и SNPs, Приватные SNPs, SNP-совпадения, STR-результаты, STR-мутации, Оценка возраста
— Апгрейды, Сравнения
— STR-совпадения x
— Все вновь найденные SNPs будут именованы и добавлены к «Y-серии»
— Постоянно актуальная терминальная позиция на дереве YTree →
— Вы можете присоединиться к группе (по субкладу, географии или фамилии)
— Апгрейд "Y>Mt" ... 0 руб. 1
— Бесплатные регулярные обновления!
* Включает БЕСПЛАТНЫЙ апгрейд анализа .VCF в .BAM Big Y700
* Без абонентской платы! Без предоплаты! Результаты Мт опционально
Free Mt analysis is available in your personal account only after payment for the Y[/q]
| | |
LeslaМодератор раздела R1a-VK05  Санкт-Петербург Сообщений: 2500 На сайте с 2006 г. Рейтинг: 2193 | Наверх ##
18 января 2024 15:31 dearthfu написал: [q]
Wjolf написал:
[q]
Есть ли какие то варианты что можно сделать с базовым VCF файлом, или куда его выгрузить можно хоть...
[/q]
Выгрузить на сайте https://www.yfull.com/
Только там платно
[/q]
Нет. YFull не принимает vcf из Генотека. Только из ФТДНА. YFull примет из Генотека только BAM, который Генотек сформирует по результатам прохождения Полного Генома за 99000 р. | | Лайк (1) |
dearthfuСообщений: 580 На сайте с 2019 г. Рейтинг: 1126 | Наверх ##
18 января 2024 15:40 Lesla написал: [q] Нет. YFull не принимает vcf из Генотека. Только из ФТДНА.[/q]
А почему тогда на сайте yfull написано следующее? [q] * Включает БЕСПЛАТНЫЙ апгрейд анализа .VCF в .BAM Big Y700[/q]
Или у Генотека VCF какой-то кривой? | | |
| georgf I1-Y132166/BY35301
Москва
Сообщений: 196
На сайте с 2022 г.
Рейтинг: 142 | Наверх ##
18 января 2024 15:44 Wjolf написал: [q]
Есть ли какие то варианты что можно сделать с базовым VCF файлом, или куда его выгрузить можно хоть...[/q]
грузите на gedmatch там есть калькуляторы, более общенаучные, узнаете, насколько вы индеец ;-) и можете встретить дальних родственников из других баз. конвертация в формат 23andmeV5 возможно становится все более бессмысленной, так как ftdna и myheritage все более огораживаются от приема таких файлов, мимикрирующей под оригинал. интерпретации там нормальные. в других базах вы получите результат уровня "Вы из Восточной Европы" для более глубокого анализа ваших данных вы, скорее всего, не готовы. вопросов будет больше, чем ответов. | | Лайк (3) |
| georgf I1-Y132166/BY35301
Москва
Сообщений: 196
На сайте с 2022 г.
Рейтинг: 142 | Наверх ##
18 января 2024 15:48 dearthfu написал: [q]
Lesla написал:
[q]
Нет. YFull не принимает vcf из Генотека. Только из ФТДНА.
[/q]
А почему тогда на сайте yfull написано следующее?
[q]
* Включает БЕСПЛАТНЫЙ апгрейд анализа .VCF в .BAM Big Y700
[/q]
Или у Генотека VCF какой-то кривой?[/q]
нет, это ftdna запихивает почти полный анализ Y хромосомы в формат vcf (но вы за это и платите 400$). можете еще в bam заказать конвертацию, если деньги руки жгут и вы не знаете зачем вам это надо. ftdna myheritage как и генотек в vcf вам отдают результаты поверхностного теста всех хромосом. тестовый чип у них один и тот же (на 99%) | | Лайк (1) |
LeslaМодератор раздела R1a-VK05 Санкт-Петербург Сообщений: 2500 На сайте с 2006 г. Рейтинг: 2193 | Наверх ##
18 января 2024 16:07 dearthfu написал: [q] Или у Генотека VCF какой-то кривой?[/q]
VCF - это просто более-менее стандартного вида способ выдать информацию о снипах. А уж что запихнуть в него решает каждая компания самостоятельно. ФТДНА в него пихает инфу о снипах Y-хромосомы, полученные в ходе тестирования BigY. Генотек пихает туда аутосомные снипы, немножко снипов по Y-хромосоме, немного по мито-хромосоме. Это если делали Происхождение. Если делали Полный Геном, Генотек в этот файл еще напихает кучу снипов по медицине (но не кучу снипов по Y-хромосоме, как ни странно). В итоге VCF от Генотека для YFull не информативный вовсе. | | Лайк (1) |
| Wjolf Новичок
Сообщений: 9
На сайте с 2024 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
18 января 2024 16:11 dearthfu написал: [q]
dearthfu написал:
[q]
Вопрос такой, это и есть полногеномный тест от Генотек? Или я что не понял, ибо там есть просто происхождение за 6к, потом за 9к паспорт который я сдавал, и полный тест всего типа организма за 100к.
[/q]
Как я понял вы делали полногеномный тест на Генотеке?
[/q]
Там 3 теста которые включают происхождение: 1) Происхождение за 6к 2) Генетический паспорт за 9к (иногда за 8к) 3) Полный геном за 100к где то Я так понял 1 и 2 это одно и тоже и поверхностная информация. Мне просто важно понять, не перепутали ли они мой образец с пробирки или просто так от балды написали и ничего не высчитывали. Может интерпретация у них неправильная. Написали 88% русский, 12% беларус, чего быть не может, ибо корни с Балкан. Вы получается сначала сдали в 23andme образец и там та же гаплогруппа что и генотек показал? | | |
| Wjolf Новичок
Сообщений: 9
На сайте с 2024 г.
Рейтинг: 5 | Наверх ##
18 января 2024 16:24 georgf написал: [q]
Wjolf написал:
[q]
Есть ли какие то варианты что можно сделать с базовым VCF файлом, или куда его выгрузить можно хоть...
[/q]
грузите на gedmatch
там есть калькуляторы, более общенаучные, узнаете, насколько вы индеец ;-)
и можете встретить дальних родственников из других баз.
конвертация в формат 23andmeV5 возможно становится все более бессмысленной, так как ftdna и myheritage все более огораживаются от приема таких файлов, мимикрирующей под оригинал.
интерпретации там нормальные. в других базах вы получите результат уровня "Вы из Восточной Европы"
для более глубокого анализа ваших данных вы, скорее всего, не готовы. вопросов будет больше, чем ответов.
[/q]
1) Gedmatch принимает VCF формат или что то придется конвертировать? 2) Интересует FamilyTreeDNA и MyHeritage в первую очередь естественно, потому думаю либо купить 23andme V5 либо залить сразу конвертированный, как я понял, есть конвертаторы DNA kit studio и еще какие то, в чем они отличаются в плане чистоты и полноценности экспорта результата в нужный формат.. | | |
|
