Genotek
mila_khmelНовичок  Москва Сообщений: 13 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 36 | Наверх ##
19 июля 2022 14:54 Добрый день, а как корректно сконвертировать Генотек, есть какой-то работающий алгоритм конвертации? у DNA kit studio много разных вариации на тему выходного файла Raw Converter-a из VCF , темплейты разные 23andme, и потом такая же куча темплейтов для RAW-RAW... Пока все 10 попыток разных конвертаций меня приводят только к The specified file 'dna-FTDna.txt' could not be uploaded. The file contains a corrupt or invalid header. Please download the file and try again. polarbear2 написал: [q] brennda1974 написал:
[q] Прошу совета) Получила свой первый тест от Генотек. Предлагают два файла с данными для скачивания, какой из них лучше Купить? И куда лучше загрузить?
[/q]
скачайте бесплатный (VCF формат) и сконвертируйте с помощью DNA Kit Studio (https://dnagenics.com/dna-kit-studio) в какой надо.
"куда загрузить" - обычно народ советует как можно больше и во все системы, т.е. MyHeritage, 23andme, GEDmatch, ftDNA[/q] --- Мои фамилии: Солодков (Арзамасский уезд, д. Булдаково), Скворцов (Бронницкий уезд, д. Головино), Ермолаев и Федоров (Бронницкий уезд, д. Рылеево/Спас-Михнево; Коломна), Космин (Головино, с. Нащекина), Хмель (Бобринец, Елисаветградский уезд), Блинов (Москва, поиск), Куликовский (Киев, поиск) | | |
Gregarius Калуга Россия Сообщений: 168 На сайте с 2022 г. Рейтинг: 192 | Наверх ##
19 июля 2022 15:38 19 июля 2022 15:39 >> Ответ на сообщение пользователя mila_khmel от 19 июля 2022 14:54 Вот вам мои настройки. Все сработало. Выставляете все как на скрине (имена файлов на ваше усмотрение). Жмете Convert. На выходе txt.
 | | Лайк (4) |
voytishko Участник
Москва Сообщений: 64 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 29 | Наверх ##
21 июля 2022 13:23 Максим Викторович написал: [q] voytishko, все вместе (аутосомный + игрек + митоДНК), выгрузка файла есть[/q]
А "игрек" - Y-DNA в Генотеке на какую глубину? с Каким тестом в FTDNA он наиболее сопоставим - 37, 111 или 700? --- Фамилии:
Войтишкин, Войтихин, Войтишко (с. Нивки, Гомельский уезд Могилевской губерни, Хасавюрт, Кизляр, Дагестан, )
Скрибила (Гулькевич, Краснодарский край),
Богуш (Гулькевичи)
Киричук (Котельня подгородская, Брестский повет (уезд))
Зинчук (там же)
Рудко (там же + Малорита Брестского уезда) | | |
Максим Викторович Тула Сообщений: 2114 На сайте с 2017 г. Рейтинг: 1433 | Наверх ##
21 июля 2022 18:50 21 июля 2022 18:50 voytishko, не берусь утверждать категорично, но скорее 37, чем 111 --- Опочка; Кабардино-Балкария; Ленинград: ДОНДУКОВСКИЕ
Кудеверь Новоржев. у. Псковской губ.; Ленинград: БЕЛАВИНСКИЕ
Казачья слобода Чернского у. Тульской губ.: ШАТКОВЫ, ШАЦКИЕ/ШАДСКИЕ
Новосильский у. Тульской губ.: БРУСЕНЦЕВЫ (Полянки); ЗОЛОТУХИНЫ (Высокая; Мелынь; Нижняя Савина), АЛЕКСЕЕВЫ (Мелынь) | | Лайк (1) |
voytishko Участник
Москва Сообщений: 64 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 29 | Наверх ##
22 июля 2022 10:09 Максим Викторович написал: [q] voytishko, не берусь утверждать категорично, но скорее 37, чем 111[/q]
В Генотеке по итогу дали такой ответ (что бы то ни значило): «В тесте «Происхождение» мы анализируем 300 000 SNP-маркеров по этническому составу (аутосомы), 3560 SNP-маркеров по Y-хромосоме и 980 SNP-маркеров по mtDNA.» --- Фамилии:
Войтишкин, Войтихин, Войтишко (с. Нивки, Гомельский уезд Могилевской губерни, Хасавюрт, Кизляр, Дагестан, )
Скрибила (Гулькевич, Краснодарский край),
Богуш (Гулькевичи)
Киричук (Котельня подгородская, Брестский повет (уезд))
Зинчук (там же)
Рудко (там же + Малорита Брестского уезда) | | Лайк (1) |
I_Sokka Санкт-Петербург Сообщений: 502 На сайте с 2019 г. Рейтинг: 459
| Наверх ##
22 июля 2022 17:21 voytishko написал: [q] Максим Викторович написал:
[q] voytishko, не берусь утверждать категорично, но скорее 37, чем 111
[/q]
В Генотеке по итогу дали такой ответ (что бы то ни значило): «В тесте «Происхождение» мы анализируем 300 000 SNP-маркеров по этническому составу (аутосомы), 3560 SNP-маркеров по Y-хромосоме и 980 SNP-маркеров по mtDNA.»
[/q]
Ну как это понимать... Собственно на уровне вашего вопроса - вы спрашиваете "оно мягкое или теплое?", а вам ответили "товар на 90% из хлопка, а на 10% из шерсти." Тесты STR-маркеров и снипов - разные тесты, по разной технологии, разных участков ДНК и с различным применением результатов. Я согласен с Максимом Викторовичем, что это примерно уровень Y-DNA37. STR-маркеры позволяют достаточно уверенно определить вашу гаплогуппу высокого уровня (R1a, N1a1a, I1, I2 и т.д.), а иногда и предсказать ваш субклад (снип) в пределах нескольких тысяч лет. По STR-маркерам, если вы сделали тест в FamilyTreeDNA, можно посмотреть список совпаденцев - есть ли кто в базе результатов с похожими сначениями маркеров, и оценить насколько близко вы можете быть связаны. Здесь вопрос о поиске совпаденцев, выяснение близких семейных связей и оценка переспективы апгрейда теста до большего количества маркеров или до продвинутых тестов. Возможно использовать для скрининга однофамильцев - т.е. отсеивания близких однофамильцев от явно не связанных с вами. Снипы однозначно определяют ваш субклад. По простому генеалогическому генетическому тесту вам определят субклад(снип) на уровне 2000-5000 лет, что будет примерно соответствовать предсказанию на 37 STR-маркерах. Однако поиск совпадений по такому снипу не идет (я не видел такого ни в одной компании - MyHeritage, Ancestry и 23andme определяют в тестах такие снипы, 23andme их выдает в своем отчете, но для поиска они не используются). Если вы уже выяснили свой снип, то такой тест (Генотек, 23andme, даже Ancestry и MyHeritage) подойдет для скрининга однофамильцев и отсеивания возможно связанных с вами от явно не связанных. Для последней цели я все же предпочел бы анализ STR-маркеров - изначально 37, далее апгрейд до 111, а далее уже BigY или WGS (полногеномное секвенирование с анализом в YFull). Полезность того или иного теста зависит от (1) целей генетического генеалогического исследования, (2) какую информацию требуется получить, (3) какие задачи требуется решить. Если вам интересно узнать свою гаплогруппу и узнать о миграции человечества за последние пару сотен тысяч лет, то вам подойдет любой тест. Если вас интересуют связи и происхождение, которые как-то можно привязать к семейному дереву и найти утерянные связи в более современный период, то надо нацеливаться на более продвинутые тесты Y-хромосомы, т.е. BigY или WGS, а также искать дальних родственников и возможных родственников-однофамильцев, которые тоже должны сделать продвинутые тесты. Для предварительного отсеивания однофамильцев тоже подойдет любой из тестов, но тест STR-маркеров пока актуальнее на начальном этапе. Есть и другие стратегии для тестирования возможных родственников по прямой мужской линии, например тест пары снипов, которые вы уже выявили для своей мужской линии. --- Ищу Сокка или Сокко (Печенкин), Катала (Бондарев), Метсо (Семёнов), Тузберг. приход, и деревня, Марково (Markkova, Markowa), Мгинский или Кировский район Лен. Обл.
Ищу Никитинские, Мартыновы, Бобины, Онучины - Ракуло-Кокшенский погост, Вельский уезд, Вологодская губерния. | | Лайк (3) |
voytishko Участник
Москва Сообщений: 64 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 29 | Наверх ##
22 июля 2022 22:07 22 июля 2022 22:11 >> Ответ на сообщение пользователя I_Sokka от 22 июля 2022 17:21 Спасибо Вам большое за столь развернутый ответ! У меня точно нет цели увидеть гаплогруппу и путь миграции. Также, возможно, я предвзято отношусь к интерпретации этнического происхождения - это прям ооочень (с моей точки зрения) большие допущения и условности. Они "красивы" с маркетинговой точки зрения, но к науке имеют опосредованное отношение. Гораздо интереснее обнаружить потерянные семейные связи, дальних родственников. Есть несколько задач, конечно ценно проследить цепочку по отцовской линии. Но есть и другая задача: моей мамы дедушка (отец ее отца) родом из Гомельского уезда (ну такое есть ничем пока не подтвержденное семейное предание). Там много до сих пор однофамильцев. Вероятность того, что, кто-то из ныне живущих однофамильцев из той местности сдал генетический тест минимальна, но все же... Ну и в принципе интересно отследить эту ветку. Следующая проблема - две родственницы уже в преклонных годах и сложность с ожиданием тестов из FTDNA побудила посмотреть в сторону Генотека... --- Фамилии:
Войтишкин, Войтихин, Войтишко (с. Нивки, Гомельский уезд Могилевской губерни, Хасавюрт, Кизляр, Дагестан, )
Скрибила (Гулькевич, Краснодарский край),
Богуш (Гулькевичи)
Киричук (Котельня подгородская, Брестский повет (уезд))
Зинчук (там же)
Рудко (там же + Малорита Брестского уезда) | | Лайк (1) |
I_Sokka Санкт-Петербург Сообщений: 502 На сайте с 2019 г. Рейтинг: 459
| Наверх ##
23 июля 2022 0:47 voytishko написал: [q] Следующая проблема - две родственницы уже в преклонных годах и сложность с ожиданием тестов из FTDNA побудила посмотреть в сторону Генотека...[/q]
В данном случае тест в Генотек вполне заменит тест FamilyFinder в FTDNA, а результаты можно перенести в FTDNA и MyHeritage для дальнейшей работы. voytishko написал: [q] Гораздо интереснее обнаружить потерянные семейные связи, дальних родственников.
Есть несколько задач, конечно ценно проследить цепочку по отцовской линии. Но есть и другая задача: моей мамы дедушка (отец ее отца) родом из Гомельского уезда (ну такое есть ничем пока не подтвержденное семейное предание). Там много до сих пор однофамильцев. Вероятность того, что, кто-то из ныне живущих однофамильцев из той местности сдал генетический тест минимальна, но все же... Ну и в принципе интересно отследить эту ветку.[/q]
Если есть прямой мужской родтсвенник по линии отца отца мамы, то ему следует сделать Family Finder + Y-DNA37 для начала и посмотреть, что это даст. Соответственно перенести результаты Family Finder куда можно. Если пытаетесь отследить по результатам мамы, то смотрите однофамильцев в списке совпаденцев, и конечно перенести результаты мамы. Что касается работы с однофамильцами, то вероятно стоимость тестирования придется взять на себя. Им либо сделать аутсомные тесты, если надеятесь на близкое родство, либо делать Family Finder + Y-DNA37 - это будет и скрининг по гаплогруппам, и попытка найти близких по аутосомам, и задел на будущее, если нужная гаплогруппа со временем будет выявлена (а тогда подходящим кандидатам можно сделать апгрейд до Y-DNA111 или Big Y). Если для своей отцовской линии - стоит сделать Y-DNA37 или Y-DNA111, а там уже и на более продвинутый тест. Полный геном для себя можно сделать в YSEQ - проблемы оплаты решаются через переводы криптовалюты, а набор для сбора образца ДНК можно купить самостоятельно и выслать в YSEQ по почте (они принимают разные наборы, вплоть до просушенных тупферов или ватных палочек). --- Ищу Сокка или Сокко (Печенкин), Катала (Бондарев), Метсо (Семёнов), Тузберг. приход, и деревня, Марково (Markkova, Markowa), Мгинский или Кировский район Лен. Обл.
Ищу Никитинские, Мартыновы, Бобины, Онучины - Ракуло-Кокшенский погост, Вельский уезд, Вологодская губерния. | | Лайк (4) |
voytishko Участник
Москва Сообщений: 64 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 29 | Наверх ##
23 июля 2022 11:40 >> Ответ на сообщение пользователя I_Sokka от 23 июля 2022 0:47 [q] Если есть прямой мужской родтсвенник по линии отца отца мамы, то ему следует сделать Family Finder +[/q]
такой прямой родственник - мой двоюродный брат - сын маминого родного брата. Его тест изначально был в FTDNA FF, сейчас это уже Y-67 Аутосомные "совпаденцы" (максимум) Shared DNA 33 cM, Longest Block 25 cM Гаплогруппа I-M423. (кстати, тут же вопрос, у Генотека результат совпадает с FTDNA или в каком-то смысле это "рулетка")? --- Фамилии:
Войтишкин, Войтихин, Войтишко (с. Нивки, Гомельский уезд Могилевской губерни, Хасавюрт, Кизляр, Дагестан, )
Скрибила (Гулькевич, Краснодарский край),
Богуш (Гулькевичи)
Киричук (Котельня подгородская, Брестский повет (уезд))
Зинчук (там же)
Рудко (там же + Малорита Брестского уезда) | | |
I_Sokka Санкт-Петербург Сообщений: 502 На сайте с 2019 г. Рейтинг: 459
| Наверх ##
23 июля 2022 12:49 23 июля 2022 12:51 voytishko написал: [q] такой прямой родственник - мой двоюродный брат - сын маминого родного брата. Его тест изначально был в FTDNA FF, сейчас это уже Y-67
Аутосомные "совпаденцы" (максимум) Shared DNA 33 cM, Longest Block 25 cM[/q]
Значит главные шаги уже сделаны. 33 сМ маловато, то при проработанном дереве в 6-7 поколений можно попытаться найти генеалогическую связь. Желательно попытаться найти более близких родственников или однофамильцев, сделать им тест и далее отталкиваться от результатов. voytishko написал: [q] тут же вопрос, у Генотека результат совпадает с FTDNA или в каком-то смысле это "рулетка")?[/q]
На этот вопрос я вам уже ответил, вы снова просите сравнить мягкое с теплым. Раз есть результат Y-DNA67, то надо работать по нему, тем более, что 67 STR-маркеров уже очень хорошое начало. I-M423 это по другой терминологии I2a1b и находится под гаплогруппой I-P37. Отпишитесь в теме для новичков на Молгене: https://forum.molgen.org/index.php/board,60.0.htmlВступите в проекты в FTDNA и укажите на форуме номер кита, чтобы вам могли помочь. Если сможете сами сделать предсказание по Nevgen, то здесь: https://www.nevgen.org/ - перекопируйте значения маркеров и выберите гаплогруппу I. Возможно получите лучшее предсказание, чем I-M423. На FTDNA вступите в проекты: RussiaDNA, I2a Y-haplogroup и можно в другие в зависимости от предсказанного субклада. Если есть совпаденцы на 37 маркерах с дистанцией 0-1-2, а больше маркеров они не далали, то стоит попросить их сделать апгрейд. Если есть совпаденцы на 67 маркерах с дистанцией 0-4, то тоже стоит к нимприглядеться повнимательнее. Если у них сделано больше маркеров, то стоит "себе" сделать апгрейд. I-37 в целом сложная гаплогруппа для анализа по STR-маркерам и здесь прямая рекомендация делать Big Y или полногеномный тест (YSEQ, Nebula, Dante, но YSEQ будет более доступен в настоящих обстоятельствах). Для дальнейшего поиска искать однофамильцев и работать далее с теми, у кого дистанция по 37 STR-маркерам маленькая, а затем делать им апгрейды. --- Ищу Сокка или Сокко (Печенкин), Катала (Бондарев), Метсо (Семёнов), Тузберг. приход, и деревня, Марково (Markkova, Markowa), Мгинский или Кировский район Лен. Обл.
Ищу Никитинские, Мартыновы, Бобины, Онучины - Ракуло-Кокшенский погост, Вельский уезд, Вологодская губерния. | | Лайк (3) |
|