Важной проблемой Воспитательного дома стала детская смертность, так как большинство воспитанников, попадавших сюда, были слабыми, им не хватало грудного молока, к тому же из-за слишком большого числа поступавших детей возникала сильная скученность.
Бецкой с соратниками прежде всего стремились наладить питание младенцев. В дом привлекали кормилиц, которым платилось хорошее жалование. Кроме того, были заведены коровы и козы, которых воспитатели держали на собственные средства. Вскоре Бецкой организовал молочную ферму у Дорогомиловской заставы, для которой закупал коров в Голландии.
Еще одной проблемой были эпидемии. С 1768 года, сразу после введения в России оспо- и корепрививания, всем воспитанникам стали прививать оспу.
С самого основания в Воспитательном доме заработал родильный госпиталь, называвшийся «секретным», так как дети, рождавшиеся там, были, как правило. незаконнорожденными, а матери скрывали свои имена. Новорожденный, оставленный матерью, попадал в грудное отделение, а сами женщины получали документ с указанием времени поступления, именем ребенка и его регистрационным номером. Некоторых грудничков отдавали в крестьянские семьи на вскармливание. В это время за ними следили уполномоченные Опекунским советом чиновники. В 2-3-летнем возрасте детей привозили обратно, чтобы привить оспу. С шести лет начиналось обучение грамоте и ремеслам. Все воспитанники вне зависимости от происхождения считались вольными. Бецкой следил, чтобы дети, переданные на воспитание в деревню, не становились крепостными.
Образование в Воспитательном доме
Дети, воспитывавшиеся в крестьянских семьях, обучались грамоте и арифметике. В случае болезни их привозили на лечение в Воспитательный дом. Усыновлять воспитанников могли только бездетные государственные крестьяне, имевшие свидетельство о хорошем поведении и способные содержать ребенка. При появлении в семье родных детей приемный ребенок сохранял равные с ними права.
Детей, возвращенных из деревень в дом для обучения ремеслам, с 8 лет отдавали на воспитание мастерам – мальчиков на 16, девочек на 12 лет. Воспитанники становились лесоводами, фельдшерами, садоводами, получали технические специальности.
При Воспитательном доме было открыто и ремесленное училище с 6-летним сроком обучения. Здесь преподавали алгебру, тригонометрию, практическую механику, физику, химию и черчение. После обучения шли 3 года практики, после чего ученики получали аттестаты ученых мастеров, мастеров и подмастерьев. В 1868 году училище получило статус высшего технического учебного заведения. Московское техническое училище в советское время стало МВТУ им. Н.Э. Баумана, сейчас это Московский государственный технический университет.
Среди воспитанников дома всегда были те, кто выделялся способностями к наукам и искусствам. После обучения в Воспитательном доме они могли стать домашними учителями, бухгалтерами. Наиболее способные поступали в университеты и Медико-хирургическую академию.
В самом доме были учреждены мужской и женский институты для воспитания и образования сирот чиновников и военнослужащих. Позднее мужской институт стал Сиротским кадетским корпусом, а женский – Александринским, а затем Николаевским сиротским институтом, где готовили домашних учительниц, получавших диплом Московского университета, а также домашних учительниц с правом преподавания в гимназиях.
Воспитанники дома, уже начавшие работать, еще шесть лет получали от него пособия. Потеряв работу, заболев и оказавшись на пороге одинокой старости, бывшие воспитанники могли вернуться в дом, там они имели содержание и отдельную комнату.
По инициативе И.И. Бецкого в 1770 году был открыт Петербургский Воспитательный дом. За свою деятельность Бецкой был произведен в действительного статского совета и награжден медалью «За любовь к отечеству».
В 1797 году Павел I передал управление всеми благотворительными учреждениями императрице Марии Федоровне, которая руководила преобразованиями в системе общественного призрения. В 1837 году почти все помещения Воспитательного дома занял Николаевский институт для штаб- и обер-офицерских сирот. После Октябрьской революции он был упразднен, его место занял Дом труда. С 1922 по 1962 год здесь находился НИИ педиатрии, затем вся территория отошла Академии ракетных войск стратегического назначения, которая была выведена отсюда в 2016 году.