ДНК-генеалогия

Дублирую с родства.ру

Я сделал набор скриптов делающих следующие вещи

1. Исходные данные - несколько csv файлов с гаплотипами надерганными из разных мест (скрипт Урасина, ФТДНА, научные статьи). Требование - все в одном формате - одинаковое количество колонок с одинаковым смыслом
2. Скрипт их объединяет, убирая повторы (используя поле ID) в один файл
3. Исходные данные - файлы со список маркеров. Я приготовил такие файлы с 12,25,37,67 маркерами из тестов ФТДНА, но можно и любые наборы сделать. В этом же файле скорость мутаций для этого набора маркеров
4. Исходные данные - файл со списками кластеров. Т.е. вы составляете список кластеров сo список id гаплотипов каждого кластера
5. На основе файлов из пунктов 2,3,4 создаётся CSV файл (для каждого набора маркеров) со списком гаплотипов соответствующей длины и гаплотипы поделены на кластеры.
6. На основе файлов из пунктов 2,3,4 создаётся файл (для каждого набора маркеров) со списком гаплотипов соответствующей длины без кластеров
7. На основе 5 создается отчет о TMRCA каждого кластера и межкластерный TMRCA
8. На основе 6 создается входной файл для neighbor.exe из пакета phyllip для построение деревьев. Не надо теперь часами ждать результатов работы YUtility.
9. Отдельный отчет - предложения для добавки в кластеры - если какой то хаплотип по 12 маркерам совпадает с другим, который уже в кластере, то первый предлагается положить в тот же кластер.

Всё это бежит на Makefile, Cygwin (или Линукс) , Руби.

Если кому то интересно - напишите - я вышлю.
Желательно чтобы хоть немного знать работу в шеле и Makefile чтобы настроить под свои задачи

Еще форум по ДНК-генеалогии (ссылка) http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?

Дорогой, remsy,
Люлбю Вас всей душой, но совершенно с Вами не согласна.
К тому же, чем больше источников, - тем лучше.

татиа написал:

[q]

Еще форум по ДНК-генеалогии (ссылка) http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?

[/q]

Да, это ресурс известный.
Мы с remsy принимали активное участие в его становлении.
Но к сожалению наметилось ярко выраженное движение от сайта по ДНК-генеалогии в сторону гаплогруппного землячества.
И дело не только в том, что всё, что находится за рамками рассмотрения основной гаплогруппы постепенно сходит на нет, речь идёт об общей заскорузлости мышления.
Из всего многообразия ДНК-генеалогических методов выбирается только один: Y-хромосомный.
Сотворили себе кумира в лице АК и активно борятся со всяким инокомыслием. А ведь Анатолий Клёсов - это блестящий популяризатор. Но его собственные наработки - минимальны. Зачастую ошибочны. А иногда концептуальные подходы просто смехотворны. И всё вместе крепко отдает нафталином. Попытки же выйти за пределы его генеральной линии; да что там выйти, просто усомниться чуть-чуть; вопрос задать - сразу трактуются как покушение на власть предержащего.
Кому-то такая атмосфера привычна (ну и что, барин, что воздух чижолый; нам оно ничего, мы привышные © ). Другие расползаются и бегут.
И эти нападки на професииональных ученых! Всё это напоминает лепет новохронологов и сталинские резолюции.
Затем уход от собственно генеалогии в сторону истории многотысячелетней глубины.
Насмешки над людьми собирающими и обрабатывающими практические данные (Балановские, Харьков и др.). Принижение их деятельности и восхваление собственного "полёта чистого разума".
Ну, и главное.
Руководит сайтом человек необразованный вся цель которого сводится к тому, как бы денег по быстрому срубить. Раньше он пытался тест по 15 тысяч втюхивать. Затем снизил цену до 12 тысяч, что всё-равно на 100 долларов дороже чем непосредственно у ФТДНА. Сто долларов за посредничество - не многовато ли будет? Открыл лавку по торговле ширпотребом с символикой. Ко всем остальным относится с подозрением и ненавистью, как к бизнес конкурентам.
Людям же занимающимся генеалогией вообще и ДНК-генеалогией в частности просто для души, за так , на указанном Вами сайте всё больше не место.
Поэтому и даю желающим возможность ознакомиться с альтернативной версией ДНК-генеалогии. Более классической и опирающейся на труды профессионалов ученых, а не только на подражательные пересказы любителей-клесовцев. Форум на молгене.орг.

Mich_Glitch, дорогой Мич, все мы (за очень редким исключением) довольно взрослые люди
и в состоянии вполне самостоятельно делать тот или иной выбор... или не делать его вообще, если нет
в том острой и задевающей нас как-то особенно болезненно специальной необходимости.
Лично у меня такой необходимости нет.

По поводу чьей бы то ни было образованности или необразованности. Полагаю, что каждый из нас в высшей степени уязвим на той или иной территории, и это дает достаточно пищи наблюдателям (особенно пристрастным) для тех или иных умозаключений. Поэтому никогда не готова, и особенно публично, обсуждать эту зыбкую и сомнительную материю, которую так просто обратить против говорящего.
Я не ищу в людях необразованности, - поэтому ее и не нахожу.

Что до финансовой тематики, которую Вы так "наотмашь" затронули, лично мне она представляется довольно отвратительным полемическим враньем, тем более мне неприятным, что исходит от человека, которого я уважаю.