ДНК-генеалогия

На сайте ВГД собираются люди, увлеченные генеалогией, историей, геральдикой и т.д. Здесь вы найдете собеседников, экспертов, умелых помощников в поисках предков и родственников. Вам подскажут где искать документы о павших в боях и пропавших без вести, в какой архив обратиться при исследовании родословной своей семьи, помогут определить по старой фотографии принадлежность к воинским частям, ведомствам и чину. ВГД - поиск людей в прошлом, настоящем и будущем!

Вообще лучше Соренсона про расчет времени не скажешь:

Calculating the Time to Most Recent Common Ancestor is based on probability and is not an exact science. We can identify the most likely time that a common ancestor might have lived, but there will always be a degree of uncertainly. For this reason, it is better to think of TMRCA as a range of time rather than a point in time.

Кстати, что касается генеалогических интервалов, то лучше Соренсона время никто не оценивает.

Mich_Glitch
ясно, спасибо, только печально всё это.

В еврейской истории последних 4 тысяч лет ведь как - 200-300 лет туда-сюда и уже совсем иные выводы.
Для попыток привязать ДНК к событиям истории это всё принципиально - хазары или гунны, вавилонский плен или ассирийцы, до изгнания или после изгнания ...
Эх ...

javax написал:

[q]
Mich_Glitch
ясно, спасибо, только печально всё это.

В еврейской истории последних 4 тысяч лет ведь как - 200-300 лет туда-сюда и уже совсем иные выводы.
Для попыток привязать ДНК к событиям истории это всё принципиально - хазары или гунны, вавилонский плен или ассирийцы, до изгнания или после изгнания ...
Эх ...
[/q]

Можно попытаться сделать калибровку на примере своей семьи.
Т.е. если собрать и протестировать с полтора десятка человек (Вы и Ваши отец, братья, кузены, дальние кузены) с известными предками на глубине 7-10 поколений, то получите 200-300 поколенных переходов.

Собственно калибровка персональной, семейной скорости мутаций (а если шире, то скорости мутаций для русских и украинских) - это один из важных доводов, сподвигнувший меня на геногеографические проекты по своим родовым ареалам.

Mich_Glitch
Дороговато будет боюсь собрать статистику.

А Вы считаете что скорости могут быть разными?
Зависеть от чего - национальности? места проживания?

javax написал:

[q]
Mich_Glitch
Дороговато будет боюсь собрать статистику.
[/q]

Вопрос в том насколько это интересно. А вытянуть 2-3 тысячи долларов из семейного бюджета, полагаю, может каждый из живущих на Западе.

javax написал:

[q]
А Вы считаете что скорости могут быть разными?
[/q]

Уверен просто! Все люди разные. Я надеюсь Вы не из тех поборников политкорректности, которые вопят о том, что все люди рождаются равными? Истолковывая равными в смысле одинаковыми.

javax написал:

[q]
Зависеть от чего - национальности? места проживания?
[/q]

Зависеть не только от национальности, но и от отдельного рода. От отдельной фамильной линии.
Место проживания? - Само собой!
Где-то радиационный фон выше. Где-то солнечная активность иная. Среднегодовые температуры. Влажность. Рацион питания. Геомагнитный фон. Да мало ли что еще может влиять на мутационные процессы!

Прослушала лекцию А.Клесова, о которой узнала на этих страницах. Очень рада, что попала туда. Интересно услышать и увидеть человека, со статьями которого знакома.

Дублирую с родства.ру

Я сделал набор скриптов делающих следующие вещи

1. Исходные данные - несколько csv файлов с гаплотипами надерганными из разных мест (скрипт Урасина, ФТДНА, научные статьи). Требование - все в одном формате - одинаковое количество колонок с одинаковым смыслом
2. Скрипт их объединяет, убирая повторы (используя поле ID) в один файл
3. Исходные данные - файлы со список маркеров. Я приготовил такие файлы с 12,25,37,67 маркерами из тестов ФТДНА, но можно и любые наборы сделать. В этом же файле скорость мутаций для этого набора маркеров
4. Исходные данные - файл со списками кластеров. Т.е. вы составляете список кластеров сo список id гаплотипов каждого кластера
5. На основе файлов из пунктов 2,3,4 создаётся CSV файл (для каждого набора маркеров) со списком гаплотипов соответствующей длины и гаплотипы поделены на кластеры.
6. На основе файлов из пунктов 2,3,4 создаётся файл (для каждого набора маркеров) со списком гаплотипов соответствующей длины без кластеров
7. На основе 5 создается отчет о TMRCA каждого кластера и межкластерный TMRCA
8. На основе 6 создается входной файл для neighbor.exe из пакета phyllip для построение деревьев. Не надо теперь часами ждать результатов работы YUtility.
9. Отдельный отчет - предложения для добавки в кластеры - если какой то хаплотип по 12 маркерам совпадает с другим, который уже в кластере, то первый предлагается положить в тот же кластер.

Всё это бежит на Makefile, Cygwin (или Линукс) , Руби.

Если кому то интересно - напишите - я вышлю.
Желательно чтобы хоть немного знать работу в шеле и Makefile чтобы настроить под свои задачи

ryabchenko, здорово, что Вы выбрались. А вот я не смогла из-за ситуации на службе.

Еще форум по ДНК-генеалогии (ссылка) http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?

Генетические методы реконструкции родословного дерева