ДНК-генеалогия

На сайте ВГД собираются люди, увлеченные генеалогией, историей, геральдикой и т.д. Здесь вы найдете собеседников, экспертов, умелых помощников в поисках предков и родственников. Вам подскажут где искать документы о павших в боях и пропавших без вести, в какой архив обратиться при исследовании родословной своей семьи, помогут определить по старой фотографии принадлежность к воинским частям, ведомствам и чину. ВГД - поиск людей в прошлом, настоящем и будущем!

javax написал:

[q]
Mich_Glitch
Боюсь, что я отстаю от Вас :(
Не понимаю :(

Мне это нужно для подсчитывания не попарных, а TMRCA кластера.

У меня есть числа, которые мне когда то дал Клесов:

6 маркеров: - 0.0096
12 маркеров: - 0.024
25 маркеров: - 0.024
37 маркеров: - 0.090
67 маркеров: - 0.145

Это правильные скорости или с тех пор как мне это давал, появилась новая информация?
Зависимость скорости от числа маркеров, которую он мне дал не линейная. Почему?
И какая будет формула для произвольного числа маркеров?
[/q]

Я и говорю, если Вы придерживаетесь классической, а не фоменковской новохронологии (или близкой к ней), то с учетом нынешней точности расчета TMRCA (или, если Вам больше нравится, с учетом нынешнего отсутствия точности расчета TMRCA) можете использовать скорость 0.002 на маркер.

Или, если Вы используете погаплотипную скорость,
37 маркеров: - 37 х 0.002 = 0.074
67 маркеров: - 67 х 0.002 = 0.134

Ну, а меньше 37 маркеров использовать на больших генетических дистанциях (больше 2-3), по-моему, вообще смахивает на профанацию.

Не в то время мы с вами живем.
©

З.Ы. Мне тоже, например, приятнее было бы, если мои 67-маркерные приближенцы имели со мной общего предка где-то в эпоху крестовых походов. Более трезвый взгляд на вещи же говорит о том, что ближайший из них отстоит от меня никак не менее пары тысяч лет. Что представляется вполне логичным, учитывая нашу с ним гаплогруппу и что он итальянец.

Mich_Glitch

Спасибо, еще 2 вопроса:
1. Почему Клесов, калибруя по какому то Шотландскому клану получил 0.145, а у Вас получается 0.134 на 67 маркерах? Где истина?
2. Если использовать разные скорости для разных маркеров - где их, эти скорости взять?

П.С. Для Q1b, G1a - редких подгрупп часто надо использовать данные из научных статей, чтобы что то понять, а там дай бог чтобы 7 маркеров было ...

javax написал:

[q]
1. Почему Клесов, калибруя по какому то Шотландскому клану получил 0.145, а у Вас получается 0.134 на 67 маркерах? Где истина?
[/q]

Я придерживаюсь того принципа, что не стоит хранить яйца в одной корзине.
Уважаемый А.Клёсов произвел проверку по шотландскому клану и еще пару-тройку по настоящему документально потвержденных.
Для 67 маркерных гаплотипов получил скорость мутаций 0.0022 на маркер.
Другие авторы ранее насчитали 0.0028 на маркер.
Потом пошел разговор о возвратных мутациях (я же это связываю просто с новыми выверками) и стали говорить о 0.0021.

Я же просто использую 0.002.
Во-первых, общий тренд в сторону уменьшения скорости.
Во-вторых, больше трех цифр после запятой с учетом всех допущений и апроксимаций выглядят просто смешно.

javax написал:

[q]
2. Если использовать разные скорости для разных маркеров - где их, эти скорости взять?
[/q]

Да берите на свой вкус.
Либо от ФТДНА:
var strYsearchNames = new Array("DYS393","DYS390","DYS19/394","DYS19b","DYS391","DYS385a","DYS385b","DYS426","DYS388",
"DYS439","DYS389-1","DYS392","DYS389-2","DYS458","DYS459a","DYS459b","DYS455","DYS454","DYS447","DYS437","DYS448",
"DYS449","DYS464a","DYS464b","DYS464c","DYS464d","DYS464e","DYS464f","DYS464g","DYS460","GATAH4","YCAIia","YCAIib",
"DYS456","DYS607","DYS576","DYS570","CDYa","CDYb","DYS442","DYS438","DYS425","DYS461","DYS462",
"GATAA10","DYS635","GAAT1B07","DYS441","DYS444","DYS445","DYS446","DYS452","DYS463","DYS531","DYS578","DYS395S1a",
"DYS395S1b","DYS590","DYS537",
"DYS641","DYS472","DYS406S1","DYS511","DYS413a","DYS413b","DYS557","DYS594","DYS436","DYS490","DYS534","DYS450",
"DYS481","DYS520","DYS617","DYS568",
"DYS487","DYS572","DYS640","DYS492","DYS565","DYS434","DYS435","DYS485","DYS494","DYS495","DYS505","DYS522","DYS533",
"DYS549","DYS556","DYS575",
"DYS589","DYS636","DYS638","DYS643","DYS714","DYS716","DYS717","DYS726","DXYS156-Y");

var aryFTDNA_MutRate = new Array(0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,0.00399,
0.00399,0.00399,0.00399,0.00481,0.00481,
0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,0.00481,
0.00481,0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,
0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,0.00748,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);

Выдернул данные из скрипта (ссылка). ФТДНА насчитали скорость для 37 маркеров. Из первой табличке берете имя маркера, а из второй значение. Т.е., например,
для DYS393 = 0.00399

А можете взять скорости от МакДональда:
var aryMcDonald_MutRate = new Array(0.000905204,0.003263219,0.001452943,0.001453,0.002969927,0.001796941,
0.002810536,0.00025561,0.00037561,
0.004245652,0.002049329,0.001123324,0.002411602,
0.005288899,0.000845716,0.001401044,0.000276189,0.000143146,0.003265811,0.001447476,0.001899493,
0.006024892,0.002561478,0.002973977,0.003795204,0.003502946,0.003503,0.003503,0.003503,
0.003045751,0.002960012,0.000759308,0.001685843,0.00526851,0.00558426,0.007799604,0.006111277,
0.010083861,0.010276061,0.00301618,0.000859114,0.002,0.001123759,0.002510834,0.000808631,
0.002669672,0.001480508,0.001976559,0.000451882,0.00137858,0.000785697,0.003222633,0.002000343,
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);

Ну, а хотите берите от Чандлера (ссылка на первоисточник и обсуждение):
DYS385..........0.00226
DYS388..........0.00022
DYS389..........0.00186, 0.00242
DYS390..........0.00311
DYS391..........0.00265
DYS392..........0.00052
DYS393..........0.00076
DYS394..........0.00151
DYS426..........0.00009
DYS437..........0.00099
DYS438..........0.00055
DYS439..........0.00477
DYS442..........0.00324
DYS447..........0.00264
DYS448..........0.00135
DYS449..........0.00838
DYS454..........0.00016
DYS455..........0.00016
DYS456..........0.00735
DYS458..........0.00814
DYS459..........0.00132
DYS460..........0.00402
DYS464..........0.00566
DYS570..........0.00790
DYS576..........0.01022
DYS607..........0.00411
DYS724..........0.03531
YCAII..........0.00123
Y-GATA-H4..........0.00208

Заметьте, данные по одной и той же выборке у разных авторов расходятся.

javax написал:

[q]
П.С. Для Q1b, G1a - редких подгрупп часто надо использовать данные из научных статей, чтобы что то понять, а там дай бог чтобы 7 маркеров было ...
[/q]

Понять на нашем, т.е. на любительском уровне можно только на уровне топологии.
Если дип-снипы не делали, то все расчеты времен на маломаркерных гаплотипах да еще и с огромными генетическими дистанциями - пардон, полное фуфло.
Если же произведена проверка снипов для субклада, т.е мы "достоверно"

знаем, что сэмплы выборки идут от одного предка, то логичным представляется просто воспользоваться калькулятором для попарных сравнений.

Вообще лучше Соренсона про расчет времени не скажешь:

Calculating the Time to Most Recent Common Ancestor is based on probability and is not an exact science. We can identify the most likely time that a common ancestor might have lived, but there will always be a degree of uncertainly. For this reason, it is better to think of TMRCA as a range of time rather than a point in time.

Кстати, что касается генеалогических интервалов, то лучше Соренсона время никто не оценивает.

Mich_Glitch
ясно, спасибо, только печально всё это.

В еврейской истории последних 4 тысяч лет ведь как - 200-300 лет туда-сюда и уже совсем иные выводы.
Для попыток привязать ДНК к событиям истории это всё принципиально - хазары или гунны, вавилонский плен или ассирийцы, до изгнания или после изгнания ...
Эх ...

javax написал:

[q]
Mich_Glitch
ясно, спасибо, только печально всё это.

В еврейской истории последних 4 тысяч лет ведь как - 200-300 лет туда-сюда и уже совсем иные выводы.
Для попыток привязать ДНК к событиям истории это всё принципиально - хазары или гунны, вавилонский плен или ассирийцы, до изгнания или после изгнания ...
Эх ...
[/q]

Можно попытаться сделать калибровку на примере своей семьи.
Т.е. если собрать и протестировать с полтора десятка человек (Вы и Ваши отец, братья, кузены, дальние кузены) с известными предками на глубине 7-10 поколений, то получите 200-300 поколенных переходов.

Собственно калибровка персональной, семейной скорости мутаций (а если шире, то скорости мутаций для русских и украинских) - это один из важных доводов, сподвигнувший меня на геногеографические проекты по своим родовым ареалам.

Mich_Glitch
Дороговато будет боюсь собрать статистику.

А Вы считаете что скорости могут быть разными?
Зависеть от чего - национальности? места проживания?

javax написал:

[q]
Mich_Glitch
Дороговато будет боюсь собрать статистику.
[/q]

Вопрос в том насколько это интересно. А вытянуть 2-3 тысячи долларов из семейного бюджета, полагаю, может каждый из живущих на Западе.

javax написал:

[q]
А Вы считаете что скорости могут быть разными?
[/q]

Уверен просто! Все люди разные. Я надеюсь Вы не из тех поборников политкорректности, которые вопят о том, что все люди рождаются равными? Истолковывая равными в смысле одинаковыми.

javax написал:

[q]
Зависеть от чего - национальности? места проживания?
[/q]

Зависеть не только от национальности, но и от отдельного рода. От отдельной фамильной линии.
Место проживания? - Само собой!
Где-то радиационный фон выше. Где-то солнечная активность иная. Среднегодовые температуры. Влажность. Рацион питания. Геомагнитный фон. Да мало ли что еще может влиять на мутационные процессы!

Прослушала лекцию А.Клесова, о которой узнала на этих страницах. Очень рада, что попала туда. Интересно услышать и увидеть человека, со статьями которого знакома.

Генетические методы реконструкции родословного дерева