ДНК-генеалогия
Генетические методы реконструкции родословного дерева
| Mich_Glitch | Наверх ##
20 октября 2008 23:52 remsy написал: [q] а) с выходом новой спецификации?
J2b1b - это из старой номенклатуры ISOGG 2007
J2b1b = J2b1
http://isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpJ08.html [/q]
Похоже Вы правы. Используется старая номенклатура, да и то не в полном объеме:  А Вы как полагаете, дорогая Gontar? | | |
| Mich_Glitch | Наверх ##
20 октября 2008 23:55 Gontar написал: [q] Я послала кое-кому свои статьи, которые были еще в 2003-2004 году. [/q]
Кое-кому - это самое то. А еще лучше кое-куда. Не на одном форуме, ни в одной ветки я не разу не видел малейшего проблеска самостоятельной мысли у Вас. Да и вообще с мыслями у Вас туго. Вам бы философию марксизма-ленинизма преподавать. Но, увы. | | |
| remsy
Москва
Сообщений: 112
На сайте с 2005 г.
Рейтинг: 32
| Наверх ##
20 октября 2008 23:59 [q] Используется старая номенклатура, да и то не в полном объеме:[/q]
Да, странно, все что связанно с J2a* они применяют YCC2008, а с J2b* старую ISOGG2007. Компиляторы блин  Так что ваш результат полностью идентичен. А что снипы они не показывают какие тестировали? | | |
| Mich_Glitch | Наверх ##
21 октября 2008 0:05 Похоже и по мито- используется старая номенклатура:  Был я Н6а1, а стал Н6а*. | | |
| remsy
Москва
Сообщений: 112
На сайте с 2005 г.
Рейтинг: 32
| Наверх ##
21 октября 2008 0:11 [q] Был я Н6а1, а стал Н6а*.[/q]
Я уверен, что это из-за того, что они не делают FGS мутации для H6a1 находятся в CR, а они видимо сделали HVS1+HVS2 вот и записали в H6a* | | |
| татиа
Москва
Сообщений: 2741
На сайте с 2006 г.
Рейтинг: 1284
| Наверх ##
21 октября 2008 0:13 21 октября 2008 0:22 Mich_Glitch, Ваше мнение, где мне этот тест делать? ---
Ищу Есковых, Панковых, Головиных, Горяйновых, Тишиных, Пахомовых
Громницких, Робаковских, Зеленских, Сакунов, Михно, Плошенко, Плохих, Ярмак
Остапенко, Братченко, Панкратьевых
ВСЕ МОИ И МОИХ ПРЕДКОВ ДАННЫЕ РАЗМЕЩЕНЫ НА САЙТЕ ВГД ДОБРОВОЛЬНО. | | |
| Mich_Glitch | Наверх ##
21 октября 2008 0:15 remsy написал: [q] А что снипы они не показывают какие тестировали?[/q]
Показывают. Суммарный документ состоит из полумиллиона строк. Например вот фрагмент из мито: rs41531144 MT 217 T
i3002253 MT 222 C
i3002262 MT 223 T
i3002267 MT 225 G
i3000535 MT 226 T
i3000546 MT 227 A
rs41323649 MT 228 G
i3001447 MT 228 G
i3000561 MT 234 A
i4001195 MT 235 --
i3000578 MT 236 --
i3000585 MT 237 --
i4001196 MT 238 --
i3000595 MT 239 C
i3000603 MT 241 A
i3000612 MT 242 C
i4001318 MT 244 AЗакавыка в том, что я не знаю перевода из одной номенклатуры в другую Как к примеру будет М205 из Y хромосомы? Может Gontar подскажет?  Шучу, шучу... Например, когда я знаю, что в мито у меня в 239 позиции С, то найти этого не составляет труда. А вот CRS в качестве референтного образца они не приводят. То есть, я как бы имею FGS, но для того чтобы выдернуть все значения по отличиям, надо брать fasta файл для CRS и один за одним все снипы сравнивать. Все 16 с половиной тысяч!!! Это, я скажу, будут помуторнее извлечения данных из соренсоновского заменителя.  | | |
| remsy
Москва
Сообщений: 112
На сайте с 2005 г.
Рейтинг: 32
| Наверх ##
21 октября 2008 0:21 [q] Суммарный документ состоит из полумиллиона строк.[/q]
Вообще - жесть... столько всего и за 3 недели! | | |
| remsy
Москва
Сообщений: 112
На сайте с 2005 г.
Рейтинг: 32
| Наверх ##
21 октября 2008 0:25 Mich_Glitch написал: [q]
Как к примеру будет М205 из Y хромосомы?[/q]
rs2032657 (position 14096903) | | |
| Mich_Glitch | Наверх ##
21 октября 2008 0:26 remsy написал: [q] [q] Был я Н6а1, а стал Н6а*.[/q]
Я уверен, что это из-за того, что они не делают FGS мутации для H6a1 находятся в CR, а они видимо сделали HVS1+HVS2 вот и записали в H6a* [/q]
Ну, как же не делают. Очень даже делают. Где-то 80% от мито- делают. Беда в том, что большинство моих отличий от CRS в CR туда не попали. А, например, в позиции 5302 имею значение С, а у 23andMe указано А: rs28690990 MT 5294 G
i3002229 MT 5302 A
i3002231 MT 5320 A | | |
|
