ДНК-генеалогия

Spring16 написал:

[q]

Как называется лаборатория, которая не получила вашу оплату ?

[/q]

Медицинский центр "Натамед". Москва. В 2016 заказывал Y12. Оплата прошла успешно. Заказ выполнили. Результат получил. В 2017 решил расширить с Y12 до Y37 через ту же лабораторию. Отправил им через Яндекс-деньги сумму 920 р. получил от них ответ, что деньги пришли. Потом отправил остальную сумму -6440р. Но деньги эти до них так и не дошли...

Тампио написал:

[q]

Если кто ещё не знает, gedmatch запустил новую версию своего поискового алгоритма.

[/q]

Интересно, зачем?
И похоже придется все заново загружать, все свои наборы.

Lesla написал:

[q]

Интересно, зачем?
И похоже придется все заново загружать, все свои наборы.

[/q]

Всё очень просто. Микрочипы в разных компаниях менялись уже несколько раз.
Illumina также активно работает на переход всех на чип GSA, который соответствует версии 5 у 23andme и чипу в LivingDNA.
Между FTDNA (и Ancestry) и новым чипом GSA перекрывание только 150-160 000 снипов из почти 700 000 - примерно 21-22%.
Когда Illumina прекратит выпуск чипа OmniExpress, который используется FTDNA и Ancestry, то возникнет проблема - как находить новые матчи? Перекрывание между чипами весьма мало, а вычисление возможных снипов сильно увеличит количество фальшивых матчей.
Поэтому то и разрабатывается новый алгоритм Genesis. 23andme v. 5 и LivingDNA принимаются в Genesis, но не в старый GEDmatch.

Другой вариант, конечно, - тестировать всех снова на чипе GSA...

Znalazca написал:

[q]

А что делать с умершими предками? Как я понимаю, образцы ведь хранятся в компании FTDNA в течении 25-и лет и их можно будет протестировать заново на новом чипе.

[/q]

Это из области гаданий, но я думаю FTDNA дадут какое-то предложение на новое тестирование. Если образцы уже собраны, то конечно они хранятся в лаборатории, но следует также подумать, что их качество со временем снижается... Дополнительная проблема - не все будут тестироваться по-новой, да и не все будут заливать результаты на GEDmatch...


Znalazca написал:

[q]

2-й вопрос: если сейчас я залью на гедмач raw data с ftdna, то матчи будут отличаться от тех, которые были бы, если бы я залил сырые данные с 23andme того же самого человека (за счет разного перекрывания)?

[/q]

23andme v. 5 принимаются только в GEDmatch Genesis, а там не все, кто есть в старом GEDmatch. Поэтому будут отличаться. У меня есть и FTDNA, и LivingDNA (используют чип GSA) - списки матчей в Genesis разные. Пока не могу найти сколько матчей по каждому набору, но: набор LivingDNA имеет 5350 совпаденцев из 23andme, a FTDNA только 1990 из 23andme. Так что списки точно отличаются.

Раз в теме наступило небольшое затишье, то напишу о ситуации, когда по аутосомному тесту FTDNA имеются генетические совпаденцы, но что с ними делать — неизвестно.

Конечно, можно писать каждому и расспрашивать их. Но отвечают люди неохотно, да и сами мало что могут мало знать.

Думаю, что на данном этапе неплохо бы рассортировать совпаденцев. В этом поможет Family Finder - Chromosome Browser.
1) сортируем совпаденцев по Relationship Range таким образом, чтобы самые близки — 2th Cousin-3th Cousin — оказались первыми.
2) ставим напротив первых галочку. Таким образом отметим пять человек. Нажимаем на верхнюю кнопочку Chromosome Browser
3) смотрим в открывшемся окне на результаты. Идеально, на мой взгляд, если на какой-нибудь хромосоме будет картинка подобная приведённой. Я предполагаю, что данные люди имеют общего предка, на что указывают общие участки. Таких участков может быть несколько на разных хромосомах.
4) создаем в EXCEL табличку с номерами хромосом (если на одной хромосоме есть несколько разных совпадающих участков, то делаем несколько столбцов для таких хромосом). Заносим Ф.И.О. Переходим в первое окно с общим списком совпаденцев и ставим галочки следующей пятёрке, смотрим совпадения по хромосомам и так далее.
5) по окончании, смотрим на получившуюся группу совпаденцев, имеющих общие участки хромосом, и копируем в другой файл EXCEL фамилии и населённые пункты, которые есть у них в столбце Ancestral Surnames
6) сортируем фамилии и названия населённых пунктов и анализируем. Если, к примеру, имеются несколько совпадающих фамилий из одного или соседних населённых пунктов, то, скорее всего, общий предок имел данную фамилию и был родом оттуда. В теории, конечно... Ведь это могло быть и 500 лет назад. Но в любом случае, есть список совпаденцев, с которыми уже можно предметно о чём-то переписываться.

Гипотетически, таким образом можно отделить совпаденцев по материнской и отцовской линиям, если тесты Family Finder им не делались.
В данном случае из 90 ближайших "родственников" моей матери, 41 имеет совпадение в этом месте девятой хромосомы. Судя по уже имеющейся переписки с одним человеком из этого списка, это генетические родственники матери по её отцовской линии.