ДНК-генеалогия
Генетические методы реконструкции родословного дерева
| Iwan82
Сообщений: 143
На сайте с 2017 г.
Рейтинг: 18
| Наверх ##
11 мая 2017 20:07 Добрый вечер! Кто-н. знает формулу скорости мутаций на маркер в 12 маркерном гаплотипе? Пример:
Гаплотип I.
14 23 15 11 11-13 11 12 10 14 14 30
Гаплотип II.
14 23 15 11 11-13 11 12 10 14 14 31
Во втором гаплотипе произошла мутация одного маркера.
Как рассчитать сколько поколений (лет)назад жил общий предок?
По моим расчётам общий предок жил примерно 1000-1250 лет назад, но думаю для 12 маркерного гаплотипа это много.
| | |
LeslaМодератор раздела R1a-VK05  Санкт-Петербург Сообщений: 2504 На сайте с 2006 г. Рейтинг: 2204 | Наверх ##
11 мая 2017 20:17 11 мая 2017 20:18 Iwan82 написал: [q] Добрый вечер! Кто-н. знает формулу скорости мутаций на маркер в 12 маркерном гаплотипе? Пример...
Как рассчитать сколько поколений (лет)назад жил общий предок?По моим расчётам общий предок жил примерно 1000-1250 лет назад, но думаю для 12 маркерного гаплотипа это много.[/q]
Во-первых, чем меньше маркеров, тем больше зависимость от случая. Одна мутация на 12 маркерах могла возникнуть как тысячу лет назад, так и в одном поколенном переходе (отец-сын). Во-вторых, не подскажу по 12 маркерам, но по 17 маркерам одна мутация, пишут, это не менее 12 поколений ( ссылка). Но так как большую вероятность случайности никто не отменял, я вообще не вижу практического смысла в сравнении двух отдельных 12маркерных гаплотипов. Попгенетики сравнивают большие массы коротких гаплотипов, тем самым понижаю влияние случайных мутаций, - это еще имеет какой-то смысл. Но отдельно сравнивать два коротких гаплотипа, повторюсь, дело бесполезное. --- Мой канал в Телеграмме, где рассказываю о применении методов ДНК-тестирования в генеалогии.
Ищу жителей и потомков жителей дд. Ручьевая Дедовического и Дубки Бежаницкого районов Псковской обл. | | |
mag55 Сообщений: 319 На сайте с 2009 г. Рейтинг: 300 | Наверх ##
11 мая 2017 20:40 11 мая 2017 20:46 Iwan82 написал: [q] Добрый вечер! Кто-н. знает формулу скорости мутаций на маркер в 12 маркерном гаплотипе?[/q]
Тупо по формуле 1 отличие - 650 лет тому назад ±700 с вероятностью 68%. (т.е от ~ 600 г. н.э. до сегодня) А с вероятностью 95% ±1400 лет. т.е. от несколько до "рождества христова" до наших дней. ---
С уважением,
Марченко Геннадий. | | |
| Iwan82
Сообщений: 143
На сайте с 2017 г.
Рейтинг: 18
| Наверх ##
11 мая 2017 20:51 Расчёты производил согласно статьям А.А. Клёсова. Но у него разные скорости мутаций: 1.33, 0,022, 0,002, 0,020, 0,17, 0,00167.
" Одна мутация на 12 маркерах могла возникнуть как тысячу лет назад, так и в одном поколенном переходе (отец-сын)."
Судя по тому, что это гпплотипы двух разных людей, тут скорее всего вариант мутации тысячи лет назад. | | |
| Iwan82
Сообщений: 143
На сайте с 2017 г.
Рейтинг: 18
| Наверх ##
11 мая 2017 20:55 mag55 написал: [q] [/q]
Тупо по формуле 1 отличие - 650 лет тому назад ±700 с вероятностью 68%. (т.е от ~ 600 г. н.э. до сегодня) А с вероятностью 95% ±1400 лет. т.е. от несколько до "рождества христова" до наших дней. Благодарю Вас! А в годах если, то приблизительно в какие годы жил общий предок? | | |
| Deusyar Начинающий
Сообщений: 44
На сайте с 2009 г.
Рейтинг: 24 | Наверх ##
12 мая 2017 9:12 Iwan82 написал: [q] Добрый вечер! Кто-н. знает формулу скорости мутаций на маркер в 12 маркерном гаплотипе? Пример:
Гаплотип I.
14 23 15 11 11-13 11 12 10 14 14 30
Гаплотип II.
14 23 15 11 11-13 11 12 10 14 14 31
Во втором гаплотипе произошла мутация одного маркера.
Как рассчитать сколько поколений (лет)назад жил общий предок?[/q]
Это так не работает! Нужно знать конкретную задачу. Это гаплотипы однофамильцев? Тогда это скорее всего родственники. Скорость мутаций в 12-маркерном гаплотипе = 0.02 (для формата ФТДНА) и формально общий предок жил 625 лет назад (примерно столько же будет погрешность, т.е. мутация могла произойти у сына, а могла и 1200 лет назад). Но если это просто гаплотипы случайным образом выдернутые из базы, то они могут принадлежать разным снипам и разойтись по времени на несколько тысяч лет. Пример тому снипы Z93 и Z280, их 12 маркерные гаплотипы бывают вообще одинаковыми, но общий предок жил более 5000 лет назад (снип Z645). Если отнесение к снипам заранее не известно, то для оценки однородности строят деревья гаплотипов и проверяют расчеты логарифмическим методом (должно совпасть с линейным в пределах погрешности). У Вас же всего 2 гаплотипа в очень коротком формате... какая у вас задача? | | |
| Iwan82
Сообщений: 143
На сайте с 2017 г.
Рейтинг: 18
| Наверх ##
12 мая 2017 18:18 Deusyar написал: [q] [/q]
Один из гаплотипов мой (второй), другой гаплотип (первый) представителя рода Кулеша от коих мы являемся ветвью данного рода. Оба гаплотипа относятся к снипу L1025 южно-балтийской ветви гаплогруппы N1c1. У представителя рода Кулеша предок жил 1510-1580 (в другой базе данных 1520-1570). Какова задача? Хочу приблизительно узнать в какое время жил наш общий предок... | | |
| Deusyar Начинающий
Сообщений: 44
На сайте с 2009 г.
Рейтинг: 24 | Наверх ##
12 мая 2017 21:45 Iwan82 написал: [q] Оба гаплотипа относятся к снипу L1025[/q]
Они оба представлены только в 12 маркерном формате? Формально оба гаплотипа могут относиться к любому из снипов L708, Z1936, VL29, L550, L1025, Y4338 (в 12 маркерном формате). Но если даже они относятся к одному снипу, погрешность слишком велика для ответа на Ваш вопрос. | | |
| Iwan82
Сообщений: 143
На сайте с 2017 г.
Рейтинг: 18
| Наверх ##
12 мая 2017 22:34 12 мая 2017 22:34 Deusyar написал: [q] Они оба представлены только в 12 маркерном формате?
Один представлен в 37 маркерном формате.
| | |
| Iwan82
Сообщений: 143
На сайте с 2017 г.
Рейтинг: 18
| Наверх ##
12 мая 2017 22:43
14 23 15 11 11 13 11 12 10 14
14 30 18 9 9 11 12 26 14 19
28 14 14 15 15 11 11 18 20 13
15 17 20 37 37 14 10 | | |
|
