ДНК-генеалогия

Lesla написал:

[q]

Я лично больше 20 наборов (своих и знакомых) отправлял из СПб и ни разу пока проблем не было.

[/q]

Скажите, а у Вас была когда-нибудь задержка треккода по Питеру? Я имею ввиду такую ситуацию...

"Посылка в пути 7 дней

17 апреля
08:22 В пути - Покинула промежуточный пункт
197349 Санкт-Петербург 349
15 апреля
15:44 Посылка принята
197349 Санкт-Петербург 349"

7 дней в пути и ни алё! Могли покрасть?

Lesla написал:

[q]

sergey_m написал:

[q]

у меня именно там самое высокое совпадение по cM.

[/q]

По моим впечатлениям, у них какие-то через чур завышенное количество близкой родни.
Опять-таки, из моего опыта, все совпаденцы, что ниже 90-100 сМ (по общему количеству) - это седьмая вода на киселе, если вообще не ложноположительная.

[/q]

Из моего опыта:
Мне удалось выделить 4 хромосомы от одной из моих пра-пра-бабушек.
Эти хромосомы достались мне почти в целом виде, а не в виде кусков.

Отсюда я сделал такой вывод:
Если процент совпадения большой, но общие участки относительно небольшие, то это уровень родства суммарный, по нескольким родственникам. Они просто "варились" вместе. Например ваши предки из одного села с "приближенцем".
Возможно уровень родства можно оценивать по длине отдельных совпадающих кусков ДНК. Т.е. для каждого общего предка с этим "приближенцем".

Iwan82 написал:

[q]

Добрый вечер! Кто-н. знает формулу скорости мутаций на маркер в 12 маркерном гаплотипе? Пример...
Как рассчитать сколько поколений (лет)назад жил общий предок?По моим расчётам общий предок жил примерно 1000-1250 лет назад, но думаю для 12 маркерного гаплотипа это много.

[/q]

Во-первых, чем меньше маркеров, тем больше зависимость от случая. Одна мутация на 12 маркерах могла возникнуть как тысячу лет назад, так и в одном поколенном переходе (отец-сын).
Во-вторых, не подскажу по 12 маркерам, но по 17 маркерам одна мутация, пишут, это не менее 12 поколений (ссылка).
Но так как большую вероятность случайности никто не отменял, я вообще не вижу практического смысла в сравнении двух отдельных 12маркерных гаплотипов.
Попгенетики сравнивают большие массы коротких гаплотипов, тем самым понижаю влияние случайных мутаций, - это еще имеет какой-то смысл. Но отдельно сравнивать два коротких гаплотипа, повторюсь, дело бесполезное.

Расчёты производил согласно статьям А.А. Клёсова. Но у него разные скорости мутаций: 1.33, 0,022, 0,002, 0,020, 0,17, 0,00167.
" Одна мутация на 12 маркерах могла возникнуть как тысячу лет назад, так и в одном поколенном переходе (отец-сын)."

Судя по тому, что это гпплотипы двух разных людей, тут скорее всего вариант мутации тысячи лет назад.

Iwan82 написал:

[q]

Добрый вечер! Кто-н. знает формулу скорости мутаций на маркер в 12 маркерном гаплотипе? Пример:
Гаплотип I.
14 23 15 11 11-13 11 12 10 14 14 30

Гаплотип II.
14 23 15 11 11-13 11 12 10 14 14 31

Во втором гаплотипе произошла мутация одного маркера.
Как рассчитать сколько поколений (лет)назад жил общий предок?

[/q]

Это так не работает! Нужно знать конкретную задачу. Это гаплотипы однофамильцев? Тогда это скорее всего родственники. Скорость мутаций в 12-маркерном гаплотипе = 0.02 (для формата ФТДНА) и формально общий предок жил 625 лет назад (примерно столько же будет погрешность, т.е. мутация могла произойти у сына, а могла и 1200 лет назад). Но если это просто гаплотипы случайным образом выдернутые из базы, то они могут принадлежать разным снипам и разойтись по времени на несколько тысяч лет. Пример тому снипы Z93 и Z280, их 12 маркерные гаплотипы бывают вообще одинаковыми, но общий предок жил более 5000 лет назад (снип Z645). Если отнесение к снипам заранее не известно, то для оценки однородности строят деревья гаплотипов и проверяют расчеты логарифмическим методом (должно совпасть с линейным в пределах погрешности). У Вас же всего 2 гаплотипа в очень коротком формате... какая у вас задача?