ДНК-генеалогия

На заседании «круглого стола» в здании президиума РАН химик, не имеющий научных публикаций по теме, пользующийся чужими данными и путающий научные термины, добился успеха: сорвал аплодисменты красивыми сказками по генетике. А серьезных ученых никто не слушал — спасибо, не побили.Сделайте нам красиво

Есть такая наука — популяционная генетика. Генетики ездят по нашей большой стране, собирают ДНК у представителей разных народов, выделяют различные маркеры и анализируют их в лаборатории. В результате они получают информацию об истории генофонда того или иного народа. Но популяционные генетики избегают говорить о происхождении этносов, а тем более об их «чистоте».
Потому что этнос — это не биологическое, а комплексное социокультурное понятие, а генетика изучает генофонды.

Правда, их работы бывают трудны для понимания — они оперируют такими сложными терминами, как «частота аллелей», маркеры, гаплогруппы и пр.

Но появилась новая «наука» — ДНК-генеалогия, создатель которой — Анатолий Клёсов — может ответить на все вопросы,

к которым популяционная генетика относится очень осторожно. И для каждого народа представить красивую картину его происхождения.
Эти два течения схлестнулись на «круглом столе» по обсуждению происхождения карачаево-балкарского народа. Больше половины аудитории составляли представители Кавказа. «Мы хотим услышать про происхождение своего народа!» — настойчиво звучало после каждого выступления генетиков и антропологов.

Генетики и антропологи представляли результаты своих исследований популяций кавказских народов. Например, Олег Балановский, доктор биологических наук, заведующий лабораторией геномной географии Института общей генетики РАН, рассказал про анализ гаплогрупп Y-хромосомы у балкарцев, осетин и карачаевцев. Но сегодня еще нет данных по полному секвенированию Y-хромосомы у этих популяций.

Поэтому ученые честно говорят, что не могут сделать однозначный вывод об их происхождении.

Но для Анатолия Клёсова это не проблема. Он выступает и говорит то, что аудитория ожидает от него услышать. В частности, о радикальном различии по гаплогруппам балкарцев и осетин. В его презентации расписаны родственные связи между разными кавказскими популяциями, и все выглядит очень красиво, вызывая бурные продолжительные аплодисменты.
Химик нахимичил в генетике

Для поклонников Анатолия Клёсова не имеет значения, что вообще-то он вовсе не генетик, а доктор химических наук, специалист в области полимерных композиционных материалов.

Что у него нет ни одной публикации в рецензированном международном научном журнале по заявленной теме.

Интернет указывает на несколько публикаций в журнале Advances in Anthropology, но этот журнал, как объяснил «Газете.Ru» Олег Балановский, имеет претензию на научность, но не индексируется и не имеет импакт-фактора, а «среди тысяч журналов, индексируемых в наукометрических базах данных, опубликованы лишь статьи с критикой чужих работ и единственная собственная статья в журнале «Биохимия». С 1990 году Клёсов живет в США и является профессором биохимии Гарвардского университета.

Клёсов не добывает данные в экспедициях и в лабораториях, а пользуется уже готовыми — выложенными на коммерческих сайтах. Ведь сейчас собрана уже большая база по гаплотипам, и часть этих данных находится в свободном доступе. «ДНК-генеалогия эксплуатирует информацию, собранную генетиками», — подчеркивает Елена Балановская, , доктор биологических наук, заведующий лабораторией популяционной генетики человека Медико-генетического научного центра РАМН. Он эту информацию обрабатывает своим, одному ему известным методом и получает красивые результаты на потребу публике.
Славяне — это арии

Самое, пожалуй, громкое достижение ДНК-генеалогии — это исследование происхождения славян и утверждение, что славяне — это есть настоящие арии. Посвященная этому книга Анатолия Клёсова «Происхождение славян. ДНК-генеалогия» вышла в прошлом году. В ней утверждается, что славяне — это арии (самоназвание исторических народов Древнего Ирана и Древней Индии), а на генетическом языке — носители гаплогруппы R1a на Y-хромосоме. Утверждается, что эта гаплогруппа была распространена по всей Европе, потом ее представители были уничтожены врагами — носителями другой гаплогруппы — и сохранились лишь на Русской равнине, откуда потом мигрировали в Индию и Иран, принеся туда индоевропейский — то есть славянский язык. Да, и, кстати, Рюрик был славянином.

То есть Клёсов ставит знак равенства между генетическим и социокультурным понятиями: носители гаплогруппы R1a = арии = славяне.

«В ДНК-генеалогии красной нитью проходит мысль, что каждому народу, каждой археологической культуре, каждой языковой общности можно приписать ее собственную гаплогруппу, — говорит Олег Балановский. — Славяне — это гаплогруппа R1a, культура ленточной керамики — это гаплогруппа I…»
Человек не из Африки

Претензии к Клёсову предъявляют и антропологи. «Он напрямую переносит социоэтнографические категории на биологические явления, — говорит Денис Пежемский, старший научный сотрудник Института антропологии МГУ. — Носителей гаплогруппы называет родом. Уходя вглубь на несколько тысячелетий, употребляет название этноса, который тогда еще не сформировался».

А еще Клёсов отрицает происхождение современного человека из Африки. В его последней книге «Арийские народы на просторах Евразии» (которую рекомендует прочитать Михаил Задорнов, как указано на обложке) есть такая фраза:

«Теория выхода человека из Африки в настоящее время принята только как инструмент борьбы с расизмом. К науке она не имеет никакого отношения».

При том, что каждый год выходят десятки статей генетиков и антропологов, подтверждающих эту теорию.
Итак, ДНК-генеалогия легко разрешает все трудные вопросы генетики, антропологии, археологии и лингвистики и наводит порядок в этих науках.

Олег Балановский рассказывает, как он сам «подвергся генетической дискриминации — зашел на форум ДНК-генеалогии сообщить о своих данных по гаплогруппе R1a. Немедленно был спрошен, какова моя собственная гаплогруппа. Она оказалась иной, и я получил от имени всех членов «рода» запрещение изучать их гаплогруппу».
В российско-украинском конфликте виноваты генетики

Генетики говорят о сложной генетической структуре популяций, «о сложности этногенетического процесса, выносящего за грань науки все рассуждения о «чистых этносах» и «чистых культурах».

И подчеркивают, что между этносами нет генетических барьеров.

Противостояние генетики и ДНК-генеалогии недавно неожиданно приобрело политический оттенок. В своем посте «Кто делает из Украины изолированный остров» Клёсов обвинил сотрудников лаборатории популяционной генетики человека в том, что они утверждают, будто между русским, украинским и белорусским народами мало общего.

А это, по его интерпретации, вовсе не безобидно, «из-за подобных фокусов кровь порой проливается».

«Но мы показали ровно обратное, — говорит Елена Балановская, —

наши карты указывают на сходство генофондов русских, украинцев и белорусов по Y-хромосоме».

К сожалению, на «круглом столе» профессиональных генетиков и антропологов никто слушать не хотел — хорошо, хоть не побили.
--------------------------------------------

Задорнов о Клесове и его «опонентах» )))
https://www.youtube.com/watch?v=WbdiRb8IL_0

А вот что пишут о нем его «главные оппоненты» Балановский и «молгеновец» Веренич, популяционный генетик, на форуме сайта «Троицкий вариант». Фантасмагория, да и только ))

Олег Балановский:
18.01.2015 в 23:35
… Чтобы рассчитать возраст гаплогрпуппы, надо пройти 4 этапа:
1) Получить исходные данные по гаплотипам
2) Построить дерево гаплотипов в пределах гаплогруппы
2) Рассчитать возраст дерева в числе мутаций
4) Пересчитать мутации в годы (зная скорость мутирования).
1) Об исходных данных можно говорить много, но я только обращу Ваше внимание, что в популяционной генетике, начиная с 2013 года, это уже не только
1а) STR-маркеры, но и
1б) данные полного секвенирования Y-хромосомы (в этом случае анализируются в основном SNP, но их так много, что точность результатов возрастает многократно).
2) Дерево можно строить либо
2а) методами парсимонии, т.е. реконструкции наиболее вероятного дерева
2б) моделированием, в рамках байесовского подхода.
3) Рассчитать возраст можно в рамках трех подходов:
3а) Прямой подсчет числа мутаций вдоль ветвей дерева и усреднение по всем ветвям (ро-статистика, Forster et al., 1996)
3б) Расчет числа мутаций от условно реконструированного предкового гаплотипа – например, ASD-статистика (Senguptа et al., 2006), сюда же относится и логарифмический метод Клесова. Важно, что в этом случае построение древа (этап 2) необязательно, поскольку анализируется исходный массив гаплотипов
3в) подсчет наиболее вероятного среднего числа мутаций в результате моделирования. Важно, что это подход неотделим от построения дерева в рамках байесовского подхода 2б).
4) Скорость мутаций можно получить двумя подходами:
4а) на индивидуальном уровне – прямой подсчет мутаций между группами родственников. Эта скорость называется «генеалогической». Для STR-маркеров она получена многократно (для пар отец-сын), результаты находятся в очень хорошем согласии. Для полных сиквенсов Y-хромосомы она получена однажды (Xue et al., 2009).
4б) на популяционном уровне – подсчет числа мутаций, накопившихся в популяции, время формирования которой известно. Эта скорость называется «эволюционной» и это не прямое определение скорости, а калибровка. Для STR-маркеров это сделано один раз (Zhivotovsky et al,, 2004, скорость оказалась в 3 раза медленнее, чем «генеалогическая»). Для полных сиквенсов калибровка сделана уже несколько раз (Poznik et al., 2013; Francalacci et al., 2013, еще две независимые калибровки в статьях в печати). Все эти скорости для полных сиквенсов более или менее согласуются друг с другом и с «генеалогической» скоростью для полных сиквенсов.
4в) Клесов утверждает, что он тоже определил скорости (для STR-маркеров) на основе больших (в основном шотландских) родословных. Клесов называет это калибровкой, хотя возможно, точнее это считать все-таки «генеалогической» скоростью, поскольку определялось число мутаций между группами родственников, пусть и весьма далеких. Нормальным образом (с исходными данными, деревьями и прочими первичными данными) это, насколько мне известно, им не опубликовано даже в его самиздатовских журналах, НО ЛИЧНО Я ПОЛУЧЕННЫМ ИМ СКОРОСТЯМ ВЕРЮ — В ОСНОВНОМ ПОТОМУ, ЧТО ЭТИ (ПО СУТИ ГЕНЕАЛОГИЧЕСКИЕ) СКОРОСТИ ПРАКТИЧЕСКИ СОВПАДАЮТ С МНОГОКРАТНО ПОДТВЕРЖДЕННОЙ ГЕНЕАЛОГИЧЕСКОЙ СКОРОСТЬЮ НА ПАРАХ ОТЕЦ — СЫН(см 4а).
Обращу Ваше внимание, что данные, методы построения деревьев, методы расчета возраста и скорости можно использовать почти в любых комбинациях (два исключения упомянуты в 3б и 3в).
Мне кажется, что изложенная картина сама по себе является ответом на «критику» Клесова в адрес «скоростей Животовского» и на Ваш вопрос.
Впрочем, добавлю, что на мой взгляд, клесовская «критика» была возможна только как некорректная эксплуатация действительно имевшейся проблемы – трехкратной разницы между «эволюционной» (Животовского) и «генеалогической» (на парах отец-сын) скоростями для STR-маркеров. Но популяционными генетиками использовались отнюдь не только «скорости Животовского» (как утверждает Клесов), а обе скорости. Например, В СТАТЬЕ ПО КАВКАЗУ (Balanovsky et al., 2011) ПРЕДПОЧТЕНИЕ ОТДАНО ГЕНЕАЛОГИЧЕСКОЙ СКОРОСТИ, во многих статьях генетиков расчеты велись параллельно с использованием обеих скоростей. Так что с логической точки зрения «критика» Клесова некоректна – хотя бы потому, что его собственные скорости (которые он считает единственно верными) совпадают с одной из двух скоростей, используемых популяционными генетиками …
Дайте знать, удовлетворены ли Вы ответом …

• Vadim Verenich:
19.01.2015 в 0:05
ОТВЕТ, ИСЧЕРПЫВАЮЩИЙ. Только наверное стоит упоминуть что существуют и смежные с ASD-методами методы расчетов возрастов STR — например, метод кросс-дисперсии Нордтведта. В этом случае вообще проблема определения модального (предокового) гаплотипа выборки вообще снимается, т.к. расчет ведется по интеркладу, т.е между всеми гаплотипами двух или более субклад внутри выборки. В этом случае — предковый гаплотип не нужен.
Существуют и более сложные методы вычисления возрастов — например в batwing используется байесова инференция. Но здесь нет смысла подробно останавливатся на этом вопросе.

• Игорь Тоноян-Беляев:
19.01.2015 в 2:54
Большое спасибо, уважаемый Олег Павлович!
После Вашего ответа многое прояснилось. Буду разбираться в деталях.
Также большое спасибо Valery и Vadim Verenich.
……………..
Очень показательна и недавняя дискуссия Клесова с еще одним аВТОРИТЕТОМ — профессором археологии Л.С. Клейном

Аnatole A. Klyosov:
21.01.2015 в 16:44
… Балановского все время приходится ловить за руку. Мало того, что его «ответы» вязки и запутанны, но к тому же содержат частокол ложной информации. Или дают третьестепенную «правду», как правило уже общепризнанную, наряду с первостепенной ложной или неполной информацией.
Вот и здесь. Цитирую: «И почему мои многократные призывы порадоваться тому, что с появлением полных сиквенсов Y-хромосомы проблема почти снимается, не уверен, что даже услышаны». И хорошо, что не услышаны, потому что это опять неправда. Она, проблема, то есть расчеты датировок, БУДЕТ снята, и к ней наука постепенно приближается, но нынешнее состояние расчетов у попгенетиков далеко от удовлетворительного и даже приемлемого. Пример – в последней статье Underhill et al (2015).
Авторы (32 человека) применили три подхода для расчета датировок.
— Один – «метод Животовского» (скорость 0.00069, безумно заниженная), и для польских R1a-M458 получили 10712±3914 лет. Я уже писал о безграмотности такой «точности», тем более при трехратной ошибке в скорости, ну да ладно, там проблема более высокого ранга.
— Другой – «генеалогические скорости», получили 2957±1080 лет. Я уже писал, что и «генеалогические скорости» взяли неверные, завышенные. Выбор их был совершенно безграмотным, почему именно 0.0025? На каком основании? А так, дали ссылку. Раньше попгенетики брали 0.002. Почему? На каком основании? А так.
— Третий – по снипам на фрагменте Y-хромосомы размером 10 Мв. Какая же там скорость (частота) появления снипов, чтобы можно было по ним вести расчеты? Авторы пишут, что данные противоречивы, по одним данным частота появления снипов раз в 100 лет, по другим в 122 года, по третьим в 151 год, по четвертым раз в 162 года. Что делают авторы? А просто выбирают раз в 122 года. Хоть одно слово в обоснование этого выбора в статье? Нет ни одного. Типичная попгенетика. Назвать это «лженаукой», следуя лексикону подписантов? Нет, элементарная безграмотность, отсутствие научной школы, принцип «и так сойдет».
Далее, поскольку нашли, что по восьми носителям гаплогруппы R1а-М417 среднее число снипов до настоящего времени равно 48, то умножили 48 на 122 и получили 5856, и округлили до 5800 лет как «возраст» субклада М417. А взяли бы 100 лет на снип, получили бы 4800 лет как возраст М417. Взяли бы 162 года, получили бы 7800 лет. Замечательно, не так ли?
Для сведения, методы ДНК-генеалогии дают 7000 лет для «возраста» R1a-M417. Желающие увидеть картину шире могут заглянуть сюда: http://r1a.org/
Иначе говоря, если принять наши данные за калибровку, то снипы образуются в среднем примерно раз в 146 лет, если там по статье действительно 48 снипов (погрешность по 8 образцам там тоже не дана). Думаю, те, кто работают с подходом YFull, с этим согласятся.
Так что фраза Балановского «с появлением полных сиквенсов Y-хромосомы проблема почти снимается» эквивалентна фразе «с дальнейшим развитием науки проблема будет решена». Но цитируемая статья опубликована сейчас, в 2015 году, и показывает уровень «решения проблемы» попгенетиками. И что важно – КАК они ее решают. «И так сойдет».
Вот почему я столько критикую расчетные «подходы» попгенетиков, и, заметьте, без переходов на личности. А виляния на тему «мы применяем разные методы расчета» — это просто виляния. ПЕРЕД НАМИ НЕСКОЛЬКО «ЭПОХАЛЬНЫХ СТАТЕЙ», КАК ИХ ПОДАЮТ ПОПГЕНЕТИКИ, С ОДНОЙ Л.КЛЕЙН УЖЕ ПРОЛЕТЕЛ, ИСКАЗИВ «ИСТОРИЮ СЛАВЯН». С ДРУГОЙ ПРОЛЕТЕЛИ И КЛЕЙН, И СЕМЕНЕНКО, И ВИКИПЕДИЯ, И ЕЩЕ МАССА ЛЮДЕЙ, ПОВЕРИВ ДАТИРОВКАМ ПО R1А ИНДИИ РАЗМЕРОМ В 14 ТЫСЯЧ ЛЕТ, И ПОСТРОИВ ЦЕЛУЮ «АВТОХТОННУЮ ТЕОРИЮ» ДЛЯ R1А ТАМ. ПО МОИМ ЖЕ ДАННЫМ — ВТОРОЕ МЕНЬШЕ, И ТОГДА ВСЕ С АРИЯМИ И ИХ МИГРАЦИЯМИ В ИНДИЮ ВСТАЕТ НА СВОИ МЕСТА.
Вот в чем большая проблема с попгенетиками. И они, подумать только, встают в обличительную позу!

ЛСК:
21.01.2015 в 17:24
Клёсов в своем репертуаре. Он страстно желает показать, что «с одной (статьей) Л. Клейн уже пролетел, исказив «историю славян». С другой пролетели и Клейн, и Семененко, и Википедия, и еще масса людей, поверив датировкам по R1a Индии размером в 14 тысяч лет (!), и построив целую «автохтонную теорию» для R1a там». Оставим в стороне «автохтонную теорию» Семененко (не для R1a, а для ариев в Индии) — ее не поддерживает никто.
Клейн явно не пролетел, поскольку в упоминаемой статье никакую «историю славян» не строил. Я просто взял даты коллектива генетиков и представил, как бы это могло выглядеть при наложении на археологические данные. Изменятся даты (а они всё время меняются) — будут другие представления.
В МОЕЙ СТАТЬЕ РАЗМЕРОМ В 12 СТРАНИЦ ВЕСЬ ЭТОТ ПАССАЖ ЗАНИМАЕТ ПОЛТОРА АБЗАЦА (НЕ СТРАНИЦ, А АБЗАЦА !) … Была только речь об истории гаплогруппы. Это Клёсов приравнивает ее к истории славян. Но я-то здесь причем?
ВСЕ ЗЛОРАДСТВО КЛЕСОВА ПОСТРОЕНО НА ТОМ, ЧТО КОЛЛЕКТИВ ГЕНЕТИКОВ СМЕНИЛ СВОИ ДАТИРОВКИ И ИХ НОВЫЕ ДАТЫ ОКАЗАЛИСЬ БЛИЖЕ К ЕГО, КЛЕСОВА, ДАТАМ. Хотя всё связано с тремя разными методами датирования, лежащими вне моей компетенции. Я не уверен, что не появится четвертый метод.
Вообще, я не раз повторял, что если бы Клёсов ограничился спорами о датах, его бы все принимали всерьез. И статья моя была вовсе не о датах, а о принципах синтеза наук.

Anatole A. Klyosov:
21.01.2015 в 19:13
Эк гражданин Клейн меняет показания… То у него «верю большому коллективу высокопрофессиональных популяционных генетиков, Клёсову не верь», то «если бы Клёсов ограничился спорами о датах, его бы все принимали всерьез».
Так датировки и есть основа ДНК-генеалогии. В этом она принципиально отличается от попгенетики. Все остальное — интерпретации, которые, естественно, последовательно адаптируются к новому знанию. Нормальное дело, так в любой науке. Из-за чего тогда весь сыр-бор? Тем более что уже всем стало ясно, что «он славян в одну гаплогруппу помещает» — это подтасовка. Не было этого. И что остается?
…………………………..
Методы расчетов ДНК- генеалогии подтвердили множество документальных генеалогий. Есть соответствуюшие научные публикации.

…. ЕСТЬ СМЫСЛ ТАКЖЕ ПОЧИТАТЬ НЕ АНГАЖИРОВАННУЮ АНГЛОЯЗЫЧНУЮ ВИКИПЕДИЮ О КЛЕСОВЕ, ЧТОБЫ ПОНЯТЬ КТО ТАКОЙ КЛЕСОВ, и не обращать внимание на всякую бездарную шушеру типа той которая на Троицком

ДНК-генеалогия

Генетические методы реконструкции родословного дерева