Genotek
| antonr5 Участник
Москва
Сообщений: 81
На сайте с 2017 г.
Рейтинг: 64 | Наверх ##
1 июля 2024 15:01 сделали 29.06. получается три месяца и три дня | | Лайк (3) |
| pelevinmm85
Николо-Макарово
Сообщений: 274
На сайте с 2017 г.
Рейтинг: 259
| Наверх ##
4 июля 2024 10:24 5alex5 написал: [q] ... я утверждаю: бесплатно загрузить куда-либо точные данные от Генотека не получится. Неточные - да, пожалуйста. И выглядит это взимание дополнительной платы за возможность использовать данные вне Генотека не особенно красиво[/q]
Разъясню ситуацию. 1. Есть чип/аппарат для ДНК-тестирования. С него Генотек получает "сырые данные", которые без особой обработки сохраняются в VCF-файл и предлагаются вам для бесплатного скачивания. Сырые данные состоят из 600-900 тысяч прочитанных ОНП (однонуклеотидных полиморфизмов, SNP, снипов). Эти позиции у Генотековского чипа/аппарата лишь частично совпадают с позициями, используемыми в формате 23andMeV3, поэтому MyHeritage не примет такой файл. Позиции, как я понимаю, были выбраны Генотеком для лучшей медицинской диагностики славянского населения - но это не точно. 2. Генотек с помощью своих алгоритмов, с применением машинного обучения, может достаточно точно предугадать, что находится в непрочитанных позициях, используемых форматом 23andMeV3 и вписать туда свои предположения. Это называется "импьютинг" или "импьютирование". Заявляется о высокой точности этого метода. Так как вы самостоятельно вряд ли сможете выполнить аналогичный процесс - у вас только 2 выбора: - бесплатно скачать VCF, конвертировать в TXT, загрузить на GedMatch (в файле будет 900 тысяч ОНП с другими позициями, чем в 23andMeV3, но для GedMatch это не является большой проблемой, он изначально создавался для тестирования результатов из разных лабораторий с разными форматами) - заплатить 1000 рублей за импьютированный Генотеком файл в формате 23andMeV3. | | Лайк (5) |
| 5alex5 Участник
Воронеж
Сообщений: 77
На сайте с 2020 г.
Рейтинг: 98 | Наверх ##
4 июля 2024 10:49 pelevinmm85, так .TXT, полученные от Генотека и от конвертера, по определению будут разными? Что это не вселенская проблема для Гедмач - понятно. Но как видно, Гедмач для этих двух файлов выдает разные результаты. Насколько они будут разными в разных случаях, судить не берусь, но факт имеет место быть. И вот почему-то с конвертерным файлом Гедмач выдает разные результаты в разных своих инструментах. С генотековским .txt такого нет. Почему так, если данные в файле от конветрера тоже корректные, только другие?
И вы четыре раза упомянули 23andMeV3. Почему не 23andMeV5? С V5 тут что-то не так, и делать надо все в V3 - что в конвертере, что в Генотеке? Если не трудно, остановитесь на этих форматах подробнее, пожалуйста. ---
Ситников, Красников, Шеверняев, Носов, Крапивин, Трубников, Черкашенин, Хренов, Платонов, Самодуров, Баев, Антоненко.
Уезды: Лебедянский, Егорьевский, Змиевский (Охочая), Аткарский (Березовка), Казахский (Михайловка), ТКВ (Самашкинская) | | |
| georgf I1-Y132166/BY35301
Москва
Сообщений: 196
На сайте с 2022 г.
Рейтинг: 142 | Наверх ##
4 июля 2024 10:55 >> Ответ на сообщение пользователя pelevinmm85 от 4 июля 2024 10:24 Вы уверены про вычисляемость???? Сомневаюсь. Чип у генотека и ftdna/mh один и тот же, от Illumina. Генотек только выбрал адаптируемые под "дилера" 1000 позиций медицинские снипы, а ftdna/mh - "генеалогические". Насчёт 23andme точно не скажу, там петрушка с версиями чипов. У ancestry и livingdna какие-то свои чипы. Соответственно форматы и список снипов у 23andme , ancestry, livingdna отличаются и иногда не перекрываются. Генотек и mh отличаются минимально. Про вычисляемость вы наверное имели в виду, что пытаются сопоставить снипы одного чипа и другого. В принципе задачка элементарная, если есть полное соответствие, НО если информация неполная, то приходится предполагать и тут возможны ошибки. При ручном перекодировании, в отличии от автомата DNAkitstudio, наверное ошибок меньше. | | |
LeslaМодератор раздела R1a-VK05  Санкт-Петербург Сообщений: 2500 На сайте с 2006 г. Рейтинг: 2199 | Наверх ##
4 июля 2024 20:10 4 июля 2024 20:39 pelevinmm85 написал: [q] поэтому MyHeritage не примет такой файл[/q]
У меня принимал. Делал не раз. Последний в апреле загружал. pelevinmm85 написал: [q] были выбраны Генотеком для лучшей медицинской диагностики славянского населения - но это не точно[/q]
Это точно неточно. Про славянское население. | | Лайк (1) |
| Vikki4 Новичок
Сообщений: 1
На сайте с 2024 г.
Рейтинг: 0 | Наверх ##
12 июля 2024 20:36 12 июля 2024 20:36 Подскажите пожалуйста а для мак есть какие то программы чтоб из формата Генотек перенести в 23andmeV3 ? Где можно скачать нужную версию ? | | |
| pelevinmm85
Николо-Макарово
Сообщений: 274
На сайте с 2017 г.
Рейтинг: 259
| Наверх ##
13 июля 2024 13:03 13 июля 2024 13:08 >> Ответ на сообщение пользователя 5alex5 от 4 июля 2024 10:49 Что V3, что V5 - в обоих случаях список позиций отличается от используемого Генотеком. И недостающие позиции импьютируются, а не читаются. Отличия в результатах GedMatch будут по очевидным причинам: снипы частично другие. Будут ли результаты одного формата точнее, лучше, правильнее, чем другого - я не знаю. По моему мнению будет замена "шило на мыло" или "хрена на редьку", то есть будут и преимущества и недостатки. @georgf насчёт импьютирования - я уверен, если Вы имели в виду вопрос "действительно ли Генотек использует импьютирование для получения результата в формате 23andMe V3 / V5". @Lesla спасибо, принял к сведению. | | Лайк (1) |
| MVM
Санкт-Петербург
Сообщений: 757
На сайте с 2007 г.
Рейтинг: 360
| Наверх ##
16 июля 2024 13:53 Добрый день. Получила файл VCF. Выделение ДНК от 12 апреля.
Скажите, пожалуйста, DNA Kit Studio - хорошая альтернатива файлам Генотека за 1000 р? | | |
| Karel_Bel
Санкт-Петербург
Сообщений: 1447
На сайте с 2020 г.
Рейтинг: 3141
| Наверх ##
16 июля 2024 18:42 Здравствуйте!
Не понимаю результат теста митохондриальной ДНК, сделанный в Генотеке, по выявлению сходства ДНК с жителями регионов. Тест делала моя двоюродная племянница по материнской линии.
У нас на протяжении многих поколений (3-х веков) предки её прабабушки (моей бабушки) проживали в Москве. Браки совершались из числа таких же крепостных дворовых людей города Москвы.
В Москве до настоящего времени проживают потомки многочисленных ветвей наших предков (отцовская линия прабабушки). Прабабушка также родилась в Москве (по паспорту, но метрика пока не найдена).
Однако в число регионов, где выявлено сходство по ДНК, Москва и Московская область не вошли вообще.
Что это может означать?
Отец прабабушки, его родители и родственники были московскими цеховыми живописного цеха. Художественные способности также проявились и у прабабушки, и у её среднего брата, поэтому версия об удочерении прабабушки кажется маловероятной.
Материнская линия прабабушки (моей бабушки) уходит корнями (на 2 века точно) в западную часть Тверской губернии, то есть, к Москве не имела отношения.
В перспективе я тоже хотела бы сделать такой же анализ ДНК, чтобы можно было сравнить, но теперь сомневаюсь в точности представленных результатов.
Как считаете, произошла ошибка в результатах?
С уважением, Елена.
| | |
| georgf I1-Y132166/BY35301
Москва
Сообщений: 196
На сайте с 2022 г.
Рейтинг: 142 | Наверх ##
16 июля 2024 20:54 >> Ответ на сообщение пользователя Karel_Bel от 16 июля 2024 18:42 Если у вас генетический паспорт, попросите сразу консультацию генетика, он немного разъяснит и по вашим предкам. Если кратко, то область определяют не по митохондриям, а по аутосомам. И то, москва уже лет 150 проходной двор и Вавилон, поэтому надеяться, что вам что-то напишут со 100% гарантией как национальность в паспорте по одному тесту дальней родственницы просто оптимистично. Вы в самом начале пути, тестируйте дальше, читайте больше про генетику, ... ---
Y гаплогруппа I1-Y132166/BY35301 Мито U5b2a | | Лайк (2) |
|
