Genotek

vesmi написал:

[q]

убрали вкладку VCF tool для конвертации из VCF формата в 23andMeV5

[/q]

Я бы может написал конвертер, но одну вещь пока ещё не понимаю: как из колонок QUAL и FILTER в VCF получить простую пару аллелей. Если соберусь сделать, спрошу знакомого генетика.

Остальное понятно: из второй колонки VCF делается третья в CSV для 23andMe, из третьей в VCF первая в CSV.

У MyHeritage такой же порядок колонок, как у 23andMe, только разделители другие.

dearthfu написал:

[q]

У меня есть 2 теста от родственника который умер, который был протестирован в компаниях 23&me и ancestry.com, то можно ли собрать достаточно данных для сбора BAM файла для проекта yfull.com?

[/q]

Безусловно создать BAM-файл по результатам простых аутосомных тестов нельзя. BAM-файл - это полногенмный тест.


dearthfu написал:

[q]

eugrus написал:

[q]

Остальное понятно: из второй колонки VCF делается третья в CSV для 23andMe, из третьей в VCF первая в CSV.

У MyHeritage такой же порядок колонок, как у 23andMe, только разделители другие.

[/q]

Вы лучше напишите чем отличаются данные по мужской хромосоме от компаний Генотек, 23&me и ancestry.com?

[/q]

Сейчас они уже практически ничем не отличаются, так как делаются они все на стандартом чипе GSA. Если результаты старые, то могут отличаться по глубине определения Y-гаплогруппы, но в любом случае это где-то 4000-2000 лет.

I_Sokka написал:

[q]

Если результаты старые, то могут отличаться по глубине определения Y-гаплогруппы, но в любом случае это где-то 4000-2000 лет.

[/q]

А это тоже интересно.

23&me выдает мне Get the latest 23andMe experience with the V5 genotyping chip.
Предлагает мне обновить данные на 5ю версию.

Кстати, я загрузил данные 23&me в Генотек и мне он выдает мою мужскую гаплогруппу R1a1a1b1a2b. А у некоторых моих совпаденцев мужская гаплогруппа R1a1a1b1a2b3. Отличается что добавлена 3 в конце. Это ли не улучшенная глубина определения Y-гаплогруппы?

dearthfu написал:

[q]

Кстати, я загрузил данные 23&me в Генотек и мне он выдает мою мужскую гаплогруппу R1a1a1b1a2b. А у некоторых моих совпаденцев мужская гаплогруппа R1a1a1b1a2b3. Отличается что добавлена 3 в конце. Это ли не улучшенная глубина определения Y-гаплогруппы?

[/q]

Может быть, надо смотреть какой это снип. Обозначения типа R1a2b3c4d могли поменяться, ими больше не пользуются.

Если хотите более точного определения гаплогруппы, то не стоит тратиться на новые аутосомные тесты.
Делайте полногеномный тест (DanteLabs, Nebula Genomics, YSEQ, Sequencing, Генотек) и анализируйте данные в YFull. Как вариант BigY-700 в FTDNA. Это даст максимум информации о гаплогруппе сейчас, а со временем может и уточниться без дополнительных тестов.

dashoo написал:

[q]

Добрый день, генотек сильно затягивает результаты теста генетический паспорт. Прошло почти впритык 3 месяца. Писала в поддержку есть ли проблемы, ответили, что всё идёт в нормальном режиме. Подскажите, сколько у вас прошло времени с момента статуса расшифровали днк, осталось обработать результаты до готовности результата?

[/q]

У меня только происхождение, 11 ноября выделили ДНК и приступили к анализу, с тех пор статус не обновлялся — ничего не расшифровано. Уже больше двух месяцев, получается. А они ещё и на стадии «расшифровали результаты, осталось обработать» тянут, что ли? Я думал она быстро проходится.

Может они ещё до нового года всё расшифровали и обработали, просто не обновляют статусы? Ну скажем, технический сбой или сотрудники перед праздниками расслабились и накосячили.
Просто у кого-то результаты были готовы, причём быстро, значит проблема, скорее всего, не в оборудовании и расходниках.