Genotek
| polarbear2 Участник
Сообщений: 82
На сайте с 2022 г.
Рейтинг: 62 | Наверх ##
25 мая 2022 22:31 brennda1974 написал: [q] Прошу совета) Получила свой первый тест от Генотек. Предлагают два файла с данными для скачивания, какой из них лучше Купить? И куда лучше загрузить?[/q]
скачайте бесплатный (VCF формат) и сконвертируйте с помощью DNA Kit Studio (https://dnagenics.com/dna-kit-studio) в какой надо. "куда загрузить" - обычно народ советует как можно больше и во все системы, т.е. MyHeritage, 23andme, GEDmatch, ftDNA ---
Ищу сведения о фамилиях: Юрков, Глумов, Пименов/Пиминов, Привалов, Бахарев, Железняк, Железняков, Мельников, Федоровский, Кочегаров, Мошкин, Теплинский, Лазарев | | Лайк (2) |
Максим Викторович Тула Сообщений: 2114 На сайте с 2017 г. Рейтинг: 1449 | Наверх ##
25 мая 2022 22:34 25 мая 2022 22:35 brennda1974, вот что писал в одном из чатов в телеге директор по продукту Генотека Александр Ракитько, комментируя отличие их услуги по подготовке файла в альтернативном формате от бесплатной конвертации сторонними приложениями: В Genotek услуга конвертации предполагает фазирование + импьютирование с большой референсной панелью . Благодаря этому удаётся из 600т получить , например, 900т для 23&meV3. Такие алгоритмы работают по 5-6 часов на 80тиядерных виртуальных машинах.
Представьте, что ваш геном -- это текст в книге. Например, Война и мир. Микрочипы, которые используют компании, не позволяют расшифровать все буквы во всех словах. Они расшифровывают, скажем, каждую третью букву. Это то, что содержится в исходных данных.
Но если вы достаточно начитаны, у вас богатый словарный запас, то в большинстве случаев, вам достаточно взглянуть на каждую третью букву, чтобы восстановить пропущенные буквы по контексту и получить предложение целиком. Так работает импьютинг. Приборы расшифровывают примерно 600 000 точек. Благодаря импьютингу количество расшифрованных + восстановленных из контекста точек возрастает до 8-10 млн. Затем по ним уже можно считать риски и определять происхождение, искать родственников.
Программа-конвертер берет исходные даные (каждую тертью букву) и может менять стиль написания: курсив, полужирный и тд. Когда мы генерируем файлы 23andme в Genotek, мы сначала восстанавливаем по контексту все 8-10 млн, затем вынимаем нужные буквы и сохраняем в файл. Именно поэтому набор мутаций в исходных данных, в 23andmeV3, в 23andmeV5 отличается.
Из-за того, что чипы, которые сейчас использует Генотек и чипы 23andmeV5 очень сильно похожи, у программы-конвертера получается неплохой результат. Но она не сможет сделать файл 23andmeV3 из сырых данных Генотека, потому что не использует восстановление по контексту. ---
Опочка; Кабардино-Балкария; Ленинград: ДОНДУКОВСКИЕ
Кудеверь Новоржев. у. Псковской губ.; Ленинград: БЕЛАВИНСКИЕ
Казачья слобода Чернского у. Тульской губ.: ШАТКОВЫ, ШАЦКИЕ/ШАДСКИЕ
Новосильский у. Тульской губ.: БРУСЕНЦЕВЫ (Полянки); ЗОЛОТУХИНЫ (Высокая; Мелынь; Нижняя Савина), АЛЕКСЕЕВЫ (Мелынь) | | Лайк (4) |
| brennda1974
Ульяновск
Сообщений: 202
На сайте с 2019 г.
Рейтинг: 428
| Наверх ##
26 мая 2022 11:02 brennda1974 написал: [q] Так какой лучше Купить - 23andmeV3 или 23andmeV5?
---
Устьянские волости, Яренский уезд, Енисейская губерния, Соликамский и Екатеринбургский уезды, Мордовия (Чеберчино), Татарстан (Спасский уезд), Белоруссия (Витебская) | | |
Максим ВикторовичТула Сообщений: 2114 На сайте с 2017 г. Рейтинг: 1449 | Наверх ##
26 мая 2022 11:20 brennda1974, думается, чем выше номер версии, тем лучше. это мое спекулятивное соображение ---
Опочка; Кабардино-Балкария; Ленинград: ДОНДУКОВСКИЕ
Кудеверь Новоржев. у. Псковской губ.; Ленинград: БЕЛАВИНСКИЕ
Казачья слобода Чернского у. Тульской губ.: ШАТКОВЫ, ШАЦКИЕ/ШАДСКИЕ
Новосильский у. Тульской губ.: БРУСЕНЦЕВЫ (Полянки); ЗОЛОТУХИНЫ (Высокая; Мелынь; Нижняя Савина), АЛЕКСЕЕВЫ (Мелынь) | | |
Gregarius Калуга Россия Сообщений: 176 На сайте с 2022 г. Рейтинг: 202 | Наверх ##
26 мая 2022 14:00 >> Ответ на сообщение пользователя Максим Викторович от 25 мая 2022 22:34 Чисто теоретическия понимаю как это работает. Такие алгоритмы известны и работают очень давно, еще с 80х вроде бы. Правильно ли я понял, что результаты тестов генотек уступают результатам 23andme по "разрешающей" способности? И если да, то насколько такая разница существенна? | | |
Максим ВикторовичТула Сообщений: 2114 На сайте с 2017 г. Рейтинг: 1449 | Наверх ##
26 мая 2022 14:12 Gregarius, я не настоящий сварщик, просто выступил в качестве посредника между форумом и генотековским чатом в телеге. Лучше всего там все вопросы и задать. ---
Опочка; Кабардино-Балкария; Ленинград: ДОНДУКОВСКИЕ
Кудеверь Новоржев. у. Псковской губ.; Ленинград: БЕЛАВИНСКИЕ
Казачья слобода Чернского у. Тульской губ.: ШАТКОВЫ, ШАЦКИЕ/ШАДСКИЕ
Новосильский у. Тульской губ.: БРУСЕНЦЕВЫ (Полянки); ЗОЛОТУХИНЫ (Высокая; Мелынь; Нижняя Савина), АЛЕКСЕЕВЫ (Мелынь) | | Лайк (2) |
| I_Sokka
Санкт-Петербург
Сообщений: 502
На сайте с 2019 г.
Рейтинг: 462
| Наверх ##
26 мая 2022 14:40 Gregarius написал: [q] Правильно ли я понял, что результаты тестов генотек уступают результатам 23andme по "разрешающей" способности? [/q]
Нет, тесты практически идентичные - оба делаются на чипе GSA и могут отличаться небольшим количеством снипов, которые можно подогнать под требования клиента. Максим Викторович написал: [q] восстановить пропущенные буквы по контексту и получить предложение целиком. Так работает импьютинг. Приборы расшифровывают примерно 600 000 точек. ... Когда мы генерируем файлы 23andme в Genotek, мы сначала восстанавливаем по контексту все 8-10 млн, затем вынимаем нужные буквы и сохраняем в файл. Именно поэтому набор мутаций в исходных данных, в 23andmeV3, в 23andmeV5 отличается.[/q]
Исходя из этого большая часть данных в V3 будут импутированы, что увеличивает количество и вероятность ложных совпаденцев по ДНК. Так как 23andme тоже делает сейчас тесты на чипе GSA, то берите V5 - это будут на > 99% исходные данные теста и качество совпадений будет лучше. Грузить: MyHeritage https://www.myheritage.com/?lang=RUFamilyTreeDNA https://www.familytreedna.com/autosomal-transferGEDmatch https://www.gedmatch.com/LivingDNA https://livingdna.com/int?geom=l ---
Ищу Сокка или Сокко (Печенкин), Катала (Бондарев), Метсо (Семёнов), Тузберг. приход, и деревня, Марково (Markkova, Markowa), Мгинский или Кировский район Лен. Обл.
Ищу Никитинские, Мартыновы, Бобины, Онучины - Ракуло-Кокшенский погост, Вельский уезд, Вологодская губерния. | | Лайк (3) |
Tusya84 Москва Сообщений: 895 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 311 | Наверх ##
27 мая 2022 19:40 27 мая 2022 19:41 Списывалась с компанией генотек и получила информацию, что в конце 2022 года, будет обновление их биоинформатических алгоритмов просчета данных. Они планируют добавить Поляков в список анализируемых этносов. После обновления все результаты будет пересчитаны с учетом новых, добавленных этносов.
Может кому то будет полезна данная информация. ---
Фоменковы, Фименковы (Саратов), Аверины (Кострома), Кудрявцевы, Зеленцовы, Логиновы (Тверь), Демины (Рязань), Сизовы, Лаврушины, Рубцовы, Тихомировы, Кабановы (Рязань) | | Лайк (4) |
Nana Санкт-Петербург Сообщений: 1108 На сайте с 2004 г. Рейтинг: 5386 | Наверх ##
27 мая 2022 20:30 Tusya84
Здравствуйте! Большое спасибо за информацию! Я как раз-таки размышляла, почему среди анализируемых этносов нет поляков. Значит, будут) ---
http://freepages.rootsweb.com/~mozhayski/genealogy/
Сайт Анджея Байера, об истории рода Можай(Можайских)-Можаровских.
Помнить-значит знать.... | | Жалоба (1) |
Tusya84Москва Сообщений: 895 На сайте с 2020 г. Рейтинг: 311 | Наверх ##
27 мая 2022 20:59 Nana написал: [q] Tusya84
Здравствуйте! Большое спасибо за информацию! Я как раз-таки размышляла, почему среди анализируемых этносов нет поляков. Значит, будут)[/q]
Да, я к ним как раз и обратилась с тем, что у меня в другой лаборатории они есть, а у них нет. Они подтвердили, что сейчас их лаборатория не показывает поляков. Но в этом году они обещают их ввести, что радует. ---
Фоменковы, Фименковы (Саратов), Аверины (Кострома), Кудрявцевы, Зеленцовы, Логиновы (Тверь), Демины (Рязань), Сизовы, Лаврушины, Рубцовы, Тихомировы, Кабановы (Рязань) | | Лайк (1) |
|
