ДНК-генеалогия

napobo3 написал:

[q]

теперь нас четверо вгд-шников в 23andMe.

[/q]

Trish написал:

[q]

Я что-то пропустила, а кто был 3-м?

[/q]

Я тоже думал, что нас с ВГД только двое с napobo3.
Trish третьей будет.

А кто четвертый? (Если вопрос приватный, то ответить можно по емэйл, или в личку.)

Вот очень интересный случай.
Два человека имеют одинаковую фамилию и одинаковый Y-субклад:


А вот участков половинного совпадения (УПС) на их хромосомах не наблюдается.


Сей факт означает только одно, фамилия у этих двух господ появилась ранее 1550-1650 годов, так как последним на сегодня данным 23эндМи детектирует общих предков на максимальной глубине 12-14 поколений.

nmash написал:

[q]

Пока смогла выяснить, что у девочки гаплогруппа U4.
гаплотип 16086-16356-16519
Кто-то что-то мне, профану, рассказать об этом может??

[/q]

Начнем по порядку.
С описания гаплогруппы U4. Она древняя (около 14000-25000 лет) и очень распространенная на территории России:


Теперь по гаплотипу. Что означают 16086-16356-16519?
А означают они что в позициях митоДНК 16086, 16356 и 16519 значения Вашей приемной дочери отличаются от референтных, так называемой Кембриджской референтной последовательности - Cambridge Reference Sequence (CRS).

Судя по всему, для Вашей дочери протестировали только один быстроизменяемый регион митоДНК. Так называемый HVR1. Увы, даже полное совпадение с кем-то по этому региону дает основание предположить, что Ваша дочь имела с совпаденцем общего матриарха 1000-3000 лет тому назад.

Если бы был протестирован и регион HVR2, то случай полного совпадения означал бы общего матриарха лет 600 тому назад.

Точность, начиная с поколения, дает только тест (если мы говорим о мито) FGS (full genome sequence), это если мы говорим только о митоДНК.

Вот так выглядят, например, мои результаты:

Haplogroup - H6a1

HVR1 differences from CRS:
16362C, 16482G

HVR2 differences from CRS:
239C, 263G, 309.1C, 309.2C, 315.1C, 524.1C, 524.2A

CR differences from CRS
750G, 1438G, 3915A, 4727G, 4769G, 5302C

Наверно Вы обратили внимание, что следом за номером позиции следует именование нуклеотида A, C, G, или T.

Вам названия нуклеотидов скорее всего не дали (хотя возможно Вы их просто проигнорировали).
Ох, уж эта снобисткая научная небрежность высоколобых (надеюсь, Вы поняли о ком я сейчас?).

Понятно, что по большинству позиций возможно чередование только двух значений. Скажем, только А, или Т. Или же только А, или С.
Но для того, чтобы занести Ваши данные в базы (SMGF, mtSearch, Ancestry) для поиска приближенцев, придется просматривать по позициям все снипы на CRS и смотреть, какие же буковки у Вас имеются.

Но тест - некоммерческий, а даренному коню в зубы не смотрят. Если у Вас буковок нет, то к вечеру буду их восстанавливать и поввожу их в базы. Хотя и не вижу особого смысла с такой низкой точностью.

Ну, а если буковки имеются, то выложите их - это значительно упростит мою работу.

Ладно, не беда. Дам Вам буковки:
Position (rCRS) Versions Genotypes Ваше значение
16086..................C or T.......С.................Т
16356..................C or T.......С.................Т
16519..................C or T.......Т.................С

Итак, для Вашей дочери Вы можете писать следующее:

Haplogroup - U4

HVR1 differences from CRS:
16086Т, 16356Т, 16519С

Сейчас проверю Вас по Соренсону и митоСёч.

Итак.
Соренсон не дал ни одного полного совпаденца.
С разницей в один шаг 20 человек:

Оно и понятно. У Соренсона - сплошь американы. Ну, а россияне пока тестируются.
Если мы в калькулятор расчета времени до общего предка введем 565 (количество рассматриваемых снипов в HVR1), далее 564 (количество совпавших значений с одношаговыми приближенцами) и 0.00002 (скорость мутаций для HVR1), то для 90% вероятности (эту вероятность я использую при отсутствии совпадения географического и именного факторов) имеем:
Tr. Event. Probability Cumulative
344 0.00090 0.900

То есть 344 переходных события. Или 344 / 2 = 172 поколения. (Каждое поколение условно состоит из двух переходных событий - зачатия и рождения. То есть таких событий, когда возможны мутации.)

Простым русским языком. С 90% вероятностью Ваша приемная дочь имела общего предка с каждым лицом из приведенного списка не ранее 4300 лет тому назад.
Кх-кх...
Даже если бы они были полными совпаденцами по HVR1 (565 из 565) и россиянами (взяли бы вероятность 75%), то и тогда расстояние до общего предка было более 1500 лет.

Вывод: тест по одной только HVR1 для генеалогических нужд не пригоден.

Увы.

Минимальная точность - это HVR1 + HVR2.