Указ М.Д.К.

Процесс образования фамилий шел до сер.19 века, в нек. случаях и дольше. Вообще, тогда фамилий в современном понимании не существовало, это были семейные прозвания.  Часто происходила их смена в связи с изменением жизненных обстоятельств. В документах могла быть одна фамилия, а в быту другая. Могло быть и три фамилии. Способы образования фамилий были различны. Поищите в И-нете, на этом сайте, про это много написано.
Соответственно если у сына написали другую фамилию, отличную от написанной отцовой, так называемую уличную,  то и у последнего ее отметили.

Не поймите буквально последний пример, он взят из воздуха. Причин "смены фамилии" и "внесении изменений" могло быть множество, но суть одна - постоянной фамилии не было, но процесс ее становления и документального закрепления шел.

А сам указ в том же ф. 203 в ЦИАМ, там он будет не отдельно, естественно, а в общем деле с журналами МДК за такой-то год(они еще делились по разным столам и делопроизводствам, тк что придется немного попотеть) будет объяснение... Так что есть смысл его поискать... Помнится, там эти материалы в отдельную семьсот какую-то опись выделены...

ну если возникали какие-то вопросы, допустим, связанные с дказательством родства, а у объекта доказывания(помершего брата, допустим), фамилия была № 1, а у другого родного брата укрепилась явочным порядком фамилия № 2...

IrinaFM, я тоже не однажды встречала внесение изменений в метрические книги. В частности, после усыновления моим дедом сыновей своей супруги. т.е. моей бабушки от первого брака в метрическую книгу были внесены изменения фамилии мальчиков. Видимо, к Метрическим книгам относились, как к первоисточнику сведений о человеке.