НОВОСТИ геногеографии, популяционной генетики, археологии : ВГД

На сайте ВГД собираются люди, увлеченные генеалогией, историей, геральдикой и т.д. Здесь вы найдете собеседников, экспертов, умелых помощников в поисках предков и родственников. Вам подскажут где искать документы о павших в боях и пропавших без вести, в какой архив обратиться при исследовании родословной своей семьи, помогут определить по старой фотографии принадлежность к воинским частям, ведомствам и чину. ВГД - поиск людей в прошлом, настоящем и будущем!

ИИ проанализировал геном человека и нашел ранее неизвестных предков
Чтобы подтвердить это открытие, ученым нужно провести несколько исследований без участия машинного обучения.

Исследователи из Университета Тарту и Университета Помпеу Фабра использовали технологию машинного обучения для анализа восьми ведущих моделей происхождения и эволюции человека, после чего выявили свидетельства о «популяции призраков» его предков. Анализ показал, что уже вымершая группа гомининов скрещивалась с Homo Sapiens в Азии и Океании, оставив лишь фрагментарные следы в современной ДНК человека.

Исследование, опубликованное в Nature Communications, является одним из первых примеров того, как машинное обучение может помочь раскрыть предков человека. Проанализировав огромное количество геномных данных, оставшихся в окаменевших костях, и сравнив их с ДНК современных людей, ученые могут начать заполнять пробелы в эволюционной истории нашего вида.

Результаты совпадают с палеоантропологическими теориями, которые были разработаны в результате изучения окаменелостей человеческих предков. Новые данные позволяют предположить, что гоминины, вероятно, произошли от примеси неандертальцев и денисовцев, которые были идентифицированы как уникальный вид из родословной человека только в 2010 году.

Предыдущие исследования генома человека показали, что после того, как современные люди покинули Африку, они начали размножаться с такими видами, как неандертальцы и денисовцы, которые сосуществовали с ранними современными людьми, прежде чем вымерли. Но перерисовать родословное дерево, включив в него эти разнородные ветви, было непросто. Доказательств существования «призрачных» видов может быть немного, и существует множество конкурирующих теорий, объясняющих, когда, где и как часто Homo Sapiens могли спариваться с другими видами.

Следы этих древних межвидовых связей, называемых интрогрессиями, можно идентифицировать как места расхождений в геноме человека. Ученые наблюдают больше разделений между двумя хромосомами, чем можно было бы ожидать. К примеру, когда исследователи секвенировали геном неандертальцев в 2010 году, то поняли, что некоторые из этих расхождений представляют собой фракции нашего генома, происходящие от неандертальцев.

Ссылка на первоисточник:ссылка

Ученые раскритиковали статью о родине первых современных людей

Вчера в журнале Nature была опубликована статья, авторы которой называли родиной людей современного вида юг Африки. К такому выводу ученые пришли на основе анализа одной из древнейших митохондриальных линий L0. Однако с интерпретацией результатов исследования не согласны несколько авторитетных генетиков и археолог. Их возражения приводят портал New Scientist и сайт журнала Science.

Исследователи считают, что современные люди (Homo sapiens sapiens) произошли 200–300 тысяч лет назад. Местом происхождения людей современного вида (или неоантропов) называют Южную, Восточную и Северную Африку. В этих местах находили черепа древних людей, живших 130–315 тысяч лет назад (1, 2, 3, 4). Сравнив морфологию этих и других древних черепов, исследователи пришли к выводу, что неоантропы появились в Южной Африке результате скрещивания популяций с юга и востока континента 100–200 тысяч лет назад.

Генетики рассчитывают время происхождения вида в том числе анализируя митохондриальный геном и последовательность Y-хромосомы. Так они могут определить время жизни последнего общего предка современных людей по отцовской и материнской линии. Но это непостоянная величина и с появлением новых данных оценки меняются. Недавние исследования оценивают время жизни Y-хромосомного Адама, последнего общего предка людей по отцовской линии, в 140–300 тысяч лет (1, 2, 3). Носители одной из древнейших гаплогрупп Y-ДНК живут на западе Африки. Возраст последнего общего предка неоантропов по материнской линии, митохондриальной Евы, оценивается в 180–200 тысяч лет. Она была носительницей митохондриальной макро-группы L, которая позднее разделилась на две линии, L0 и L1'6, которые образовались 130–200 тысяч лет назад и около 170 тысяч лет назад соответственно. Со временем они тоже разделились на отдельные гаплогруппы. Носители гаплогрупп линии L0 живут в Тропической Африке.

Ванесса Хейс (Vanessa M. Hayes) и ее коллеги секвенировали 198 митохондриальных геномов африканцев-носителей гаплогрупп линии L0. Затем они проанализировали эти последовательности и плюс 1019 уже известных митохондриальных геномов линии L0. Расчеты ученых показали, что линия L0 возникла 200 тысяч лет на юге Африки. Позднее она разделилась на дочерние гаплогруппы. Носители древнейших из них живут в Ботсване, на месте плейстоценового озера Макгадикгади. Из этого авторы сделали вывод, что люди современного вида появились именно там.

С выводами Хейс и ее коллег согласны не все исследователи. По словам Марка Томаса (Mark Thomas) из Университетского колледжа Лондона, анализ митохондриальной ДНК позволяет сделать выводы об отдельных популяциях, а не о виде в целом. Такого же мнения придерживается и Сара Тишкофф (Sarah Tishkoff) из Пенсильванского университета, которая, в том числе, занимается вопросами происхождения людей современного вида. Она сомневается и в том, что древнейшая (по мнению группы Хейс) популяция не мигрировала и не менялась в течение десятков тысяч лет. Возможно, древнейшие носители митохондриальной гаплогруппы L0 переселились к озеру Макгадикгади из других мест или входили в состав крупной популяции, бóльшая часть которой вымерла.

Археолог Элеанор Скерри (Eleanor Scerri) из Института изучения истории человечества Общества Макса Планка в Йене замечает, что в статье игнорируется тот факт, что исследователи находили окаменелости людей современного вида старше 200 тысяч лет. На возражение о том, что череп из Марокко, возрастом 315 тысяч лет принадлежал, скорее архаичному, а не современному человеку, Скерри отвечает, что и окаменелости из Южной Африки тоже, вероятно, не принадлежали людям современного вида.

Популяции в Африке мигрировали и смешивались друг с другом в течение тысячелетий, поэтому изучение генома современных людей вряд ли поможет нам понять, что происходило с древними жителями континента 70–200 тысяч лет назад, считает Понтус Скогланд (Pontus Skoglund) из Института Фрэнсиса Крика в Лондоне. Для этого нам нужны древние геномы или хорошо датированные окаменелости.

Таким образом, сразу четверо авторитетных ученых (три генетика и один археолог) выступили с критикой работы группы Хейс.

Ранее ученые рассказали об окаменелостях Homo sapiens, жившего 177–194 тысячи лет назад на территории современного Израиля. Эта находка отодвигает выход людей современного типа из Африки на 50 тысяч лет в прошлое.

Екатерина Русакова

Первоисточник: https://nplus1.ru/news/2019/10/29/origin

Генетическая история финских женщин позволила установить разнообразие популяции

Новое генетическое исследование, проведенное в Университете Хельсинки и Университете Турку, показывает, что в конце Железного века Финляндия была населена отдельными и отличающимися друг от друга популяциями, все они влияли на генофонд современных финнов. Статья об этом была опубликована в журнале Scientific Reports.

В ходе исследования ученые исследовали гены из археологических образцов костей более чем ста человек, живших между IV и XIX веками нашей эры. Большая часть образцов относится к железному веку и Средневековью. Из них была выделена митохондриальная ДНК, которая передается матерями всем своим потомкам, что позволило выявить популяционную историю финских женщин.
В результате исследователи выяснили, что люди, населявшие Финляндию в Железном веке (приблизительно до 300 г. н. э.) и Средневековье (приблизительно 1200-1500 гг. н. э.), разделяли митохондриальные линии с современными финнами. Однако в геноме особей, захороненных в разных местах, в частности в Железном веке, наблюдались существенные различия. Так, линии мтДНК, типичные для охотников-собирателей каменного века, были распространены среди тех, кто похоронен в Луистари (Юго-Западная Финляндия) и Кирккайланмаки (Южная Финляндия).

В одной из областей Республики Карелия и недалеко от города Миккели (Восточная Финляндия) наиболее распространенными оказались родословные, характерные для древнеевропейских земледельческих популяций. Пятое захоронение железного века, включенное в исследование, было расположено в Леванлухте, западная Финляндия. Многие из погребенных там людей представляли собой линии мтДНК, связанные с народом саамов.

«Все вышеперечисленные первоначально независимые линии остаются общими в Финляндии и по сей день. Это свидетельствует о том, что изученные популяции железного века оказали влияние на генофонд современных финнов», — говорит докторант Санни Оверсти из факультета биологических и экологических наук Университета Хельсинки.

Первоисточник: https://indicator.ru/biology/g...1-2019.htm

Анализ ДНК показал «генетическую историю» Древнего Рима

Генетики впервые проследили историю жителей Рима от эпохи охотников и собирателей до распада древней империи.

Большая команда ученых из Италии и США провела беспрецедентную работу, выделив и проанализировав ДНК останков людей, живших на территории Древнего Рима вплоть до 12 тысяч лет назад. Исследование показало, что все это время, до самого раннего периода, Рим оставался значимым центром, космополитическим «плавильным котлом» европейских народов. Об этом стэнфордский генетик Джонатан Притчард (Jonathan Pritchard) и его коллеги пишут в статье, опубликованной в журнале Science.
По словам ученых, обычно главное внимание исследователей древней ДНК привлекают более старые образцы, относящиеся к периоду ранних охотников и собирателей, либо более поздние — из Античности и Средневековья. На этот раз генетики отобрали материал на 29 различных археологических раскопах. Была извлечена ДНК у 127 людей, а самый старый образец датирован приблизительно 10 тысячами лет до нашей эры.
Секвенировав геномы и выстроив их в хронологическом порядке, авторы смогли рассмотреть изменения римского населения в длительной исторической перспективе. В целом они оказались такими же, как и в большинстве других регионов Европы в соответствующее время.

Так, древнейшая ДНК указывает на близость местных жителей к широкой группе европейских охотников и собирателей. Значительный демографический переход состоялся около 5000 лет до нашей эры, с началом земледелия и приходом сюда ранних фермеров из Междуречья. Следующий переход относится к началу железного века — примерно 1000-500 годы до нашей эры — и появлению переселенцев из восточно-европейских степей. Постепенно Рим становился все более значительным космополитическим центром, где проживали и смешивались представители множества разных народов. Имперский период характеризуется притоком мигрантов с Ближнего Востока.

Лишь около 1700 лет назад, с распадом империи и ее разделением на Западную и Восточную, состоялся еще один существенный демографический переход. Оставшись столицей Западной империи, Рим принялся активнее торговать и взаимодействовать с провинциями Западной и Северной Европы. Представители этих племен оседали в городе, привнося в него все больше своей ДНК. «Генетические изменения отражают геополитические», — заключают ученые.

Первоисточник: https://naked-science.ru/artic...vnego-rima

Жевательная резинка из березовой смолы помогла ученым воссоздать облик девочки, жившей на территории современной Дании 5700 лет назад...
Расшифровав геном, исследователи смогли выяснить, что у девочки были голубые глаза, темная кожа и черные волосы. Последним ее обедом были фундук и утка.
news.mail.ru/society/39912171/
www.sciencemag.org/news/2019/1...cient-girl

История
ДНК Романовых: чем она удивила исследователей
Автор: Тарас Репин | 2020-11-02 15:09:38

https://cyrillitsa.ru/history/...sledo.html

Два этапа генетических исследований фактически доказали принадлежность
«екатеринбургских останков» членам расстрелянной семьи последнего российского императора.
Ученые также смогли наглядно продемонстрировать некоторые специфические особенности, свойственные ДНК Романовых.

Сегодня Международный день ДНК

Вчера трагически погиб Олег Балановский. Вечная память

Запущен новый проект ExpertDNA в области интерпретации тестов ДНК на этническое происхождение - www.expertdna.ru

Основная идея следующая - сейчас все большую популярность набирает массовое тестирование ДНК в генеалогических целях. Это тесты в таких компаниях как MyHeritage, Генотек, 23andme, Атлас, FamilyTreeDNA, Ancestry (из них Генотек и Атлас - российские). В западных странах подобных тестов сделано уже десятки миллионов, интерес в России и сопредельных странах также с каждым годом все выше. По результатам тестов люди узнают о наличии близких и дальних родственниках (близкие попадаются редко, но бывает) среди сделавших тесты, а также получают интерпретацию теста на этническое происхождение.

Проблема в том, что в интерпретации люди чаще всего видят примерно такую картинку (см ниже), где у человека, например, с татаро-башкирскими корнями, показывает 52% Восточные славяне, 17% Западные славяне, 5% Ирландия, и так далее. Подобный результат вызывает удивление, способствует формированию фантастических гипотез о ирландской прапрабабушке, попавшей случайно на Урал в 19 веке и тому подобное.
249356693_2895685404018088_7674062099289495726_n.jpg?_nc_cat=111&ccb=1-5&_nc_sid=730e14&_nc_ohc=jxePVF6NYOUAX80x-IA&_nc_ht=scontent.fnic2-2.fna&oh=3145c60f178f1b8525ef464252fa62b6&oe=619FE2E4

249356693_2895685404018088_7674062099289495726_n.jpg?_nc_cat=111&ccb=1-5&_nc_sid=730e14&_nc_ohc=jxePVF6NYOUAX80x-IA&_nc_ht=scontent.fnic2-2.fna&oh=3145c60f178f1b8525ef464252fa62b6&oe=619FE2E4

Причина подобных результатов в том, что каждая компания использует свои математические модели и базы данных. Необычный результат может оказаться ошибкой интерпретации или проявлением каких-то особенностей алгоритма. К примеру, многие западные компании не ориентированы на восточноевропейцев и не выделяют специфические для нашего региона группы.

Инструментарий и результаты интерпретации от компании ExpertDNA позволят увидеть отчёты о вероятном происхождении гораздо более точно отражающими реальность. На сайте можно посмотреть примеры базового (990 рублей) и расширенного (2990 рублей) отчётов.

Расширенный отчет рекомендуется тем, у кого происхождение более сложное и требуется более углубленный анализ.
Для получения услуги необходимо загрузить файл с данными (сырые данные), который можно скачать с личного кабинета в любой из перечисленных мною ранее лабораторий. То есть услуга для тех у кого уже есть результаты теста.

За 9 лет экспертами компании проведены более 1400 интерпретаций, в том числе 60 в формате расширенных отчетов. Руководитель экспертной группы в компании - Сергей Козлов (Новосибирск), информацию о нем можно посмотреть на известном форуме Молген (ник srkz) или просто загуглить его статьи.

Будем рады любой обратной связи и, конечно, ждем желающих получить интерпретацию.

Глава «Роснефти» Сечин заявил, что в России будет создана база геномов 100 тысяч россиян
... Он отметил, что для этой цели в стране проведут масштабное добровольное популяционное исследование ...
Источник: https://russian.rt.com/science...baza-genom

НОВОСТИ геногеографии, популяционной генетики, археологии

из СМИ