НОВОСТИ геногеографии, популяционной генетики, археологии

МОСКВА, 3 мар – РИА Новости. Антропологи из Московского университета заявляют, что легендарные скифские племена, жившие в южных степях Украины и России, были коренным населением этих регионов, смешавшимся с небольшим числом мигрантов из Центральной Азии, говорится в статье, опубликованной в American Journal of Physical Anthropology.

https://ria.ru/science/20170303/1489196769.html

Несколько свежих статей о дДНК.

Mitochondrial DNA analysis of eneolithic trypillians from Ukraine reveals neolithic farming genetic roots
Alexey G. Nikitin, Inna Potekhina, Nadin Rohland, Swapan Mallick, David Reich, Malcolm Lillie
Published: February 24, 2017
http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0172952

Abstract

The agricultural revolution in Eastern Europe began in the Eneolithic with the Cucuteni-Trypillia culture complex. In Ukraine, the Trypillian culture (TC) existed for over two millennia (ca. 5,400–2,700 BCE) and left a wealth of artifacts. Yet, their burial rituals remain a mystery and to date almost nothing is known about the genetic composition of the TC population. One of the very few TC sites where human remains can be found is a cave called Verteba in western Ukraine. This report presents four partial and four complete mitochondrial genomes from nine TC individuals uncovered in the cave. The results of this analysis, combined with the data from previous reports, indicate that the Trypillian population at Verteba carried, for the most part, a typical Neolithic farmer package of mitochondrial DNA (mtDNA) lineages traced to Anatolian farmers and Neolithic farming groups of central Europe. At the same time, the find of two specimens belonging to haplogroup U8b1 at Verteba can be viewed as a connection of TC with the Upper Paleolithic European populations. At the level of mtDNA haplogroup frequencies, the TC population from Verteba demonstrates a close genetic relationship with population groups of the Funnel Beaker/ Trichterbecker cultural complex from central and northern Europe (ca. 3,950–2,500 BCE).


http://www.biorxiv.org/content/early/2017/03/02/112714

Extensive farming in Estonia started through a sex-biased migration from the Steppe

Lehti Saag, Liivi Varul, Christiana Lyn Scheib, Jesper Stenderup, Morten E Allentoft, Lauri Saag, Luca Pagani, Maere Reidla, Kristiina Tambets, Ene Metspalu, Aivar Kriiska, Eske Willerslev, Toomas Kivisild, Mait Metspalu

doi: https://doi.org/10.1101/112714

Abstract

Farming-based economies appear relatively late in Northeast Europe and the extent to which they involve genetic ancestry change is still poorly understood. Here we present the analyses of low coverage whole genome sequence data from five hunter-gatherers and five farmers of Estonia dated to 4,500 to 6,300 years before present. We find evidence of significant differences between the two groups in the composition of autosomal as well as mtDNA, X and Y chromosome ancestries. We find that Estonian hunter-gatherers of Comb Ceramic Culture are closest to Eastern hunter-gatherers. The Estonian first farmers of Corded Ware Culture show high similarity in their autosomes with Steppe Belt Late Neolithic/Bronze Age individuals, Caucasus hunter-gatherers and Iranian farmers while their X chromosomes are most closely related with the European Early Farmers of Anatolian descent. These findings suggest that the shift to intensive cultivation and animal husbandry in Estonia was triggered by the arrival of new people with predominantly Steppe ancestry, but whose ancestors had undergone sex-specific admixture with early farmers with Anatolian ancestry.

Ancestry and demography and descendants of Iron Age nomads of the Eurasian Steppe

Martina Unterländer, Friso Palstra, Iosif Lazaridis, Aleksandr Pilipenko, Zuzana Hofmanová, Melanie Groß, Christian Sell, Jens Blöcher, Karola Kirsanow, Nadin Rohland, Benjamin Rieger, Elke Kaiser, Wolfram Schier, Dimitri Pozdniakov, Aleksandr Khokhlov, Myriam Georges, Sandra Wilde, Adam Powell, Evelyne Heyer, Mathias Currat, David Reich, Zainolla Samashev, Hermann Parzinger, Vyacheslav I. Molodin & Joachim Burger

Abstract

During the 1st millennium before the Common Era (BCE), nomadic tribes associated with the Iron Age Scythian culture spread over the Eurasian Steppe, covering a territory of more than 3,500 km in breadth. To understand the demographic processes behind the spread of the Scythian culture, we analysed genomic data from eight individuals and a mitochondrial dataset of 96 individuals originating in eastern and western parts of the Eurasian Steppe. Genomic inference reveals that Scythians in the east and the west of the steppe zone can best be described as a mixture of Yamnaya-related ancestry and an East Asian component. Demographic modelling suggests independent origins for eastern and western groups with ongoing gene-flow between them, plausibly explaining the striking uniformity of their material culture. We also find evidence that significant gene-flow from east to west Eurasia must have occurred early during the Iron Age.

http://www.nature.com/articles/ncomms14615

пенелопа написал:

[q]

МОСКВА, 3 мар – РИА Новости. Антропологи из Московского университета заявляют, что легендарные скифские племена, жившие в южных степях Украины и России, были коренным населением этих регионов, смешавшимся с небольшим числом мигрантов из Центральной Азии, говорится в статье, опубликованной в American Journal of Physical Anthropology.
https://ria.ru/science/20170303/1489196769.html

[/q]

Там использовались данные краниологии, ДНК вообще не использовали по причине дороговизны. Честно говоря, я несколько предубеждён, но фраза "учёные из МГУ" звучит так, словно студенты написал диплом всего лишь. Выводы там сделаны серьёзные, а вот метод как-то не очень современен для таких выводов. Использовать краниологию для изучения этногенезиса - это прошлый век, по-моему.

http://генофонд.рф/?page_id=23975

Генофонд Передней Азии и загадка происхождения западноевропейцев по мужской линии.

..Почему сервисы ДНК-тестов — развлечение, а не медицина..

Десять лет назад, в 2006 году, Энн Воджиски создала компанию 23andMe, которая предлагала каждому желающему за $100 получить «генетический паспорт». В нём указывалась информация о способностях, происхождении и предрасположенности к заболеваниям. Компания начала быстро расти, а во многих странах, в том числе в России, начали появляться аналогичные сервисы. Но в 2013 году американский регулятор запретил 23andMe проводить ДНК-тесты на определение заболеваний из-за спорной интерпретации результатов. В России у компаний, проводящих генетическое тестирование, подобных проблем нет, они по-прежнему обещают предоставить пациенту всю информацию о его здоровье и предрасположенности к болезням. Основатель центра генетики и репродуктивной медицины Genetico Артур Исаев рассказал «Секрету», что не так с подобными генетическими тестами.

Современный рынок услуг генетической диагностики можно разделить на три направления: познавательную, медицинскую и развлекательную генетику. Познавательная генетика связана с происхождением, её используют для идентификации личности, для определения родства. К медицинской генетике можно отнести большой спектр услуг по выявлению генетических причин наследственных заболеваний и для предупреждения их передачи или развития, когда известно, что наличие изменений в генах со 100-процентной или с очень высокой степенью вероятности станет причиной болезни. Все помнят историю Анджелины Джоли, удалившей молочные железы, чтобы уменьшить риск развития рака груди. Вероятность её заболевания раком молочной железы оценивалась в 86%.

Предрасположенность человека к тому или иному заболеванию иногда связывают с полиморфизмами. Это некие изменения в генах, которыми люди отличаются друг от друга. Вероятность, с которой эти изменения приведут к тем или иным заболеваниям, по данным исследований, колеблется и в целом невысока. Доля вероятности, с которой определённые изменения в генах приведут к конкретным заболеваниям, называется пенетрантностью. Так вот, пенетрантность некоторых заболеваний составляет 80–90%, а других — 30% и меньше. Мы знаем около 6000 заболеваний с высокой пенетрантностью. Но связь наиболее распространённых социально-значимых заболеваний, таких как диабет, сердечно-сосудистые заболевания, аутоиммунные и другие, с определёнными генами и изменениями в них пока неочевидна и обсуждается. И здесь начинается разговор о развлекательной генетике.

Какие услуги предоставляют 23andMe и подобные организации, предлагающие генетические тесты по плевку? Они, с одной стороны, содержат данные о происхождении, то есть предоставляют услуги по познавательной генетике, когда можно определить, среди каких этнических групп была распространена часть генов, сходных с генами проходящего тест человека. Эта информация достаточно точная, однако что даёт это знание? Вот у меня, например, 4% генов, которые часто встречаются у индейцев, — как мне это интерпретировать?

Здесь есть и часть медицинской генетики. Однако большая часть данных о генетике, которые они предоставляют, — это полиморфизмы, предрасположенности, на интерпретацию которых у врача нет достаточных оснований. Главная проблема 23andMe и других подобных сервисов в том, что вероятность проявления большинства рассматриваемых ими генетических изменений не очень высока.

Целый ряд заболеваний, в том числе диабет и сосудисто-сердечные заболевания, связаны не с одним геном, а с группой генов, поэтому изменения только одного из генов может как серьёзно повлиять на здоровье человека, так и не повлиять вообще. У исследователей пока очень мало научной информации о том, как именно изменения в генах связаны с распространёнными заболеваниями. Проанализировав, например, 1000 пациентов с диабетом, авторы генетических тестов нашли у большинства из них общую генетическую особенность, в отличие от общей популяции, и на этом основании сделали вывод, что люди с подобной особенностью больше склонны к диабету. Но биологически она может быть не связана с диабетом, возможно, это случайная связь. При этом разные генетические стартапы в мире по-разному интерпретируют одни и те же полиморфизмы — и, если кто-то выявил, что определённая особенность увеличивает риски заболевания, кто-то про ту же особенность скажет, что она уменьшает риски. Это то же, что связывать количество лосося, выходящего на нерест на Дальнем Востоке, с погодой в Африке. Взаимосвязь между этими факторами может выявиться, но будет ли она иметь осмысленность в реальности, — это ещё вопрос. Интерпретировать полиморфизмы с высокой пенетрантностью, как у Анджелины Джоли, важно, но 23andMe по большей части интерпретировал полиморфизмы, достоверность и возможность медицинской интерпретации которых вызывает вопросы.

На то, чтобы у врачей появилась возможность с определённостью говорить о предрасположенности человека к болезням, развитие которых связанно с несколькими генами, уйдут годы — нам только предстоит это исследовать и накопить знания. Из-за того что врач не может достоверно интерпретировать такие данные, он не может выдать пациенту конкретные рекомендации. В результате, чтобы снизить риск развития диабета и сердечно-сосудистых заболеваний, пациенту советуют то, что понятно и без генетического теста: ешьте меньше жирной и калорийной пищи, ведите активный образ жизни.

Медицинское сообщество не воспринимает всерьёз развлекательную генетику. Но в целом в развлекательной генетике нет ничего плохого. Что вредно, так это оставлять человека наедине со своими анализами. Почему 23andMe было запрещено предоставлять свои услуги? Не потому, что они делали тесты, а потому, что они вываливали огромный объём информации, в том числе медицинской, на человека, который в этом ничего не смыслит, и оставляли его с ней один на один.

Интерпретацию генетической диагностики пациенту должен предоставлять врач-генетик, на котором лежит ответственность за рекомендации. Человек не может принимать решения по поводу своего здоровья, интерпретируя анализы самостоятельно. Если вы отметили галочкой в интернете, что готовы получить информацию о своей генетике, склонностях к заболеваниям и узнать, от чего умрёте, это ещё не значит, что вы к этому действительно готовы. Получив такую информацию, вы можете неправильно её интерпретировать, принять неверное решение и начать заниматься самолечением. Коллеги из 23andMe или подобных компаний могут указывать в анализах, есть у человека изменения в гене или нет, но не имеют права ставить диагнозы и говорить об уровне риска заболеть, например, болезнью Альцгеймера.

В ряде стран это строго регулируется: например, в Германии запрещено рекламировать подобные тесты, давая информацию «вы можете пройти тест и узнать всё о своём здоровье». Если вы действительно хотите узнать всё о своём здоровье, идите к врачу. В 23andMe больше не показывают и не выдают у себя медицинскую интерпретацию. У них остались вещи, связанные с происхождением, и минимум вещей, связанных с интерпретацией вроде «в таком-то возрасте у вас увеличится риск заболеть тем-то».

Современные сервисы, проводящие ДНК-тесты, пытаются приблизить будущее и начать предоставлять услуги, время для которых ещё не пришло. Конечно, я уверен, что медицина будет развиваться в этом направлении. Основные знания о генетике накопились в последние 15-20 лет. Медицинская генетика пока мало распространена в широкой медицинской практике. По нашим данным, в РФ всего около 500 генетиков. Если у нас появится возможность подсчитывать риски и моделировать здоровье будущих детей, можно будет решить много проблем.

Ученые реконструировали ход «мужской» волны миграции индоевропейцев
Первоисточник: ссылка