Âîññîçäàíèå ÄÍÊ óìåðøåãî ïðåäêà íà áàçå àóòîñîìàëüíûõ òåñòîâ åãî ïîòîìêîâ.Êîëëåãè, ó ìåíÿ ñòîèò çàäà÷à íàéòè ìåñòî èñõîäà íà Êóáàíü èç Óêðàèíû ìîåãî ïðàäåäà:
Õàð÷åíêî Ïàíòåëåé Òðîôèìîâè÷, 1908 ãð. óñëîâèÿõ íóëåâîé ñîõðàííîñòè êàê ìåòðèê, òàê è çàïèñåé ÇÀÃÑ â ìåñòå åãî ïðîæèâàíèÿ íà Êóáàíè ñ 1922 ïî 1965 ãîä - ÄÍÊ ãåíåàëîãèÿ îñòàåòñÿ åäèíñòâåííûì ïóòåì äëÿ âûõîäà íà ðîäîâîå ãíåçäî.
Èìåÿ íà ðóêàõ íèæåóêàçàííûé îáúåì äàííûõ,
çàäóìàë èññëåäîâàòü âîçìîæíîñòü ñîçäàíèÿ èñêóññòâåííî ñêîìáèíèðîâàííîãî íîâîãî íàáîðà äàííûõ àóòîñîìàëüíîé ÄÍÊ, êîòîðûé áóäåò ñîäåðæàòü ìàêñèìàëüíîå êîëè÷åñòâî äàííûõ, îòíîñÿùèõñÿ èìåííî ê èñêîìîìó ÷åëîâåêó.
Íàëè÷èå òàêîãî íàáîðà äàííûõ íà ðóêàõ, ïîäãðóæåííîãî â áàçû äàííûõ MyHeritage, GedMatch, etc - ïîçâîëèò âûÿâèòü ñîâïàäåíöåâ ñ ìàêñèìàëüíî äëèííûìè îáùèìè öåïî÷êàìè ÄÍÊ = áëèæàéøèõ ê ïðàäåäó ïîòîìêîâ ðîäñòâåííèêîâ èç ìåñòà, ãäå îí ðîäèëñÿ.
×òî ìû èìååì íà ñåãîäíÿøíèé äåíü?- BIG Y - òåñò ïî ëèíèè Õàð÷åíêî, ãàïëîãðóïïà R-Y55469
- Äâà àóòîñîìàëüíûõ òåñòà âíóêîâ Õàð÷åíêî Ï. Ò. ïî ðàçíûì äåòÿì - Âåðà 1930, Àëåêñåé 1928 (îáâåäåíû ñèíèì íà ôðàãìåíòå äðåâà)
- Äâà àóòîñîìàëüíûõ òåñòà âíóêîâ Òðîÿí À.Ã. ïî ðàçíûì äåòÿì - Àëåêñàíäð 1915, Íèíà 1931 (îáâåäåíû ôèîëåòîâûì íà ôðàãìåíòå äðåâà) - ñäåëàííûå ñ öåëüþ îòñåêàòü ÄÍÊ ñîâïàäåíöåâ ïî âåòêå Òðîÿí-Íåëèíû äëÿ ïðîâåäåíèÿ èññëåäîâàíèé ïî ìåñòó èñõîäà/ðîæäåíèÿ Õàð÷åíêî Ï.Ò.
- Âñå òåñòû ïîäãðóæåíû âî âñå çíà÷èìûå áàçû äàííûõ ÄÍÊ (çà èñêëþ÷åíèåì 23andMe)[/li]
- Çà äâà ãîäà ðàáîòû íå îáíàðóæåíî ñîâïàäåíöåâ ñ äëèíîé îáùåé öåïî÷êè ÄÍÊ áîëåå 30 ñì, ÷òî ìû ìîæåì îòíåñòè ê ðîäñòâåííèêàì Õàð÷åíêî Ï.Ò.
Ñïîñîá ïðåäïîëàãàåìîãî ïîñòðîåíèÿ èñêóñòâåííîãî íàáîðà äàííûõ ÄÍÊ:1. Âçÿòü àóòîñîìàëüíûå àíàëèçû ÄÍÊ ó 3 èç 5 æèâûõ âíóêîâ Õàð÷åíêî Ï.Ò., ÷òîá ïîëó÷èòü ïî íàáîðó ÄÍÊ îò âíóêà êàæäîãî èç 5 äåòåé ïðàäåäà.
2. Ðàçìåñòèòü èõ â áàçàõ äàííûõ MyHeritage, ïîñëå ÷åãî:
- âûäåëèòü â ñîâïàäåíöàõ ÄÍÊ äëÿ ýòèõ âíóêîâ òåõ ïåðñîíàëèé, êòî èìåþò îáùèå ó÷àñòêè ÄÍÊ ñðàçó ñ îäíèì è áîëåå äðóãèõ âíóêîâ îäíîâðåìåííî.
- óäàëèì èç âûáîðêè òåõ ñîâïàäåíöåâ, ó êîãî ìåñòà ïðîæèâàíèÿ îòíîñÿòñÿ ê Êóáàíè, à íå Óêðàèíå è èìåþò áîëüøîå ÷èñëî ñîâïàäåíöåâ òàì.
Ñ î÷åíü âûñîêîé äîëåé âåðîÿòíîñòè ýòî ðîäñòâåííèêè æåíû Õàð÷åíêî Ï.Ò., Ñòàñþê Åëèçàâåòû Ìèõàéëîâíû 1906, êîðåííîé êàçà÷êå ñ Êóáàíè, à íå åãî. - òðèàíãóëèðîâàííûå ó÷àñòêè ñîâïàäàþùèõ ÄÍÊ - ïîìåñòèòü â ïðîñòðàíñòâî äàííûõ íîâîé èñêóñòâåííîé ÄÍÊ
- ó÷àñòêè ÄÍÊ îò 6 ñì äëèíîé, ñîâïàäàþùèå ó ñîâïàäåíöà ñ îäíèì èç âíóêîâ, íî íå ñîâïàäàþùèå ó äðóãîãî äëÿ âûäåëåííîé ãðóïïû ñîâïàäåíöåâ - òàêæå ïîìåùàåì â ïðîñòðàíñòâî ñîçäàâàåìîé èñêóñòâåííîé ÄÍÊ.
Íà ýòîì ýòàïå ó íàñ ïîëó÷èòñÿ ÄÍÊ ñ ïîäãðóæåííûìè ó÷àñòêàìè, îòíîñÿùèìèñÿ òîëüêî ê Õàð÷åíêî Ï.Ò., íî ñ ïóñòûìè ó÷àñòêàìè (ñì âèçóàëüíûé ïðèìåð òàêîé ÄÍÊ íà ôîòî èç DNA Painter).
.png)
Ïîñëå ýòîãî ïåðåõîäèì ê øàãàì 3 è 4:
3. Çàïîëíÿåì ïóñòûå ó÷àñòêè äàííûìè àóòîñîìàëüíûõ ÄÍÊ îò âíóêîâ Õàð÷åíêî Ï.Ã., èñêëþ÷àÿ ó÷àñòêè, êîòîðûå îòíîñÿòñÿ ê ÄÍÊ ðîäèòåëþ íå ïî ëèíèè èõ äåäà Õàð÷åíêî Ï.Ò.
4. Ïîäãðóæàåì ïîëó÷èâøèéñÿ èñêóññòâåííûé îáðàçåö raw data àóòîñîìàëüíîé ÄÍÊ â áàçû áàçû äàííûõ MH, Ãåíîòåê, GedMatch.
5. Âíèìàòåëüíî èçó÷àåì ðîäîñëîâíóþ/ìåñòà ïðîæèâàíèÿ ïðåäêîâ - ñîâïàäåíöåâ ñ ýòèì ÄÍÊ ïðîôèëåì, èìåþùèìè 50+ ñì îáùåé ÄÍÊ.
 ñëó÷àå óñïåõà - âûõîäèì íà òî÷íîå ìåñòî ðîæäåíèÿ ìîåãî äåäà.
[!] Ãîòîâ âûñëóøàòü Âàøó êðèòèêó òàêîé ìîäåëè âûõîäà íà ðåçóëüòàò.
[?] Ïîçâîëþ
ñïðîñèòü Âàñ, çíàåòå ëè âû èíñòðóìåíò èëè ñïåöèàëèñòà, êîìïàíèþ, ñ ïîìîùüþ êîòîðûõ ìîæíî áûëî áû ñèíòåçèðîâàòü îïèñàííûé èñêóññòâåííûé ÄÍÊ ïðîôèëü ïðàäåäà íà îñíîâå äàííûõ èç àóòîñîìàëüíûõ òåñòîâ åãî ïîòîìêîâ
.png)