ДНК-генеалогия
Генетические методы реконструкции родословного дерева
| Mich_Glitch | Вверх #28 мая 2009 8:17 28 мая 2009 8:24 javax написал: [q] Ребята, может переключитесь на более продуктивные темы?
Я переделал свои скрипты так что никаких знаноий кроме умения работать с csv файлами в Экселе и никаких инсталяций кроме Руби не надо.
Так что если есть желающие анализировать кластеры и считать TMRCA - я вышлю последнюю версию [/q]
javax, у меня размеры выборок не превышают сотни сэмплов. Да и считаю я только многомаркерные близкосидящие гаплотипы. А на генетических дистанциях не больше 2-3 все попарно обсчитываю. Невооруженным глазом видно, что сделали Вы мощную вещь. Надо информацию о ней донести до широких масс. Хотя бы для нормального бета тестирования. Могу предложить Вас следующее, подготовьте небольшое описание и руководства пользователя на английском. А мы всё это вместе со скриптами тиснем в свободно распространяемом Russian Journal of Genetic Genealogy (ссылка на описание издания). | | |
Vitaliy SavchukДолгожитель форума  Украина, Киев, Бердичев Сообщений: 739 На сайте с 2003 г. Рейтинг: 108 | Коллеги,
Вопрос для тех кто тестировал свои родителей. На сколько правильно утверждение, что в большинстве случаев родители имеют различные ДНК (противоположности притягиваются)?
Сегодня в газете про это вычитал...
Спасибо.
---
https://nebokrai.com.ua/surnames.php
Работаю с фамилиями: Савчук, Ярошевец, Таргонский, Пикульский, Ростоцкий, Гадомский, Меден, Ляховский, Костянюк Юргенс, Реперьяш, Костржицкий. | | |
| javax Долгожитель форума
רחובו—
Сообщений: 580
На сайте с 2004 г.
Рейтинг: 134 | Mich_Glitch
Sources скриптов печатать? Не думаю что это метод. Давайте подождем начального тестирования, и когда всё заработает, можно тиснуть информацию о скриптах с линком на сайт, где их можно скачать.
Кроме исправления багов, до того, как всем показывать, мне хотелосьбы изменить подсчет TMRCA на более интеллигентый - должно быт ьучтено, что для некоторых маркеров бесконечная модель мутаций, учесть возвратные мутации, может быть разную скорость для маркеров | | |
| javax Долгожитель форума
רחובו—
Сообщений: 580
На сайте с 2004 г.
Рейтинг: 134 | Vitaliy Savchuk
Описание как строть филогенетическое дерево по намору гаплотипов есть на форуме rodstvo.ru посмотрите там. Если не найдете - я попробую найти.
Строят не для себя, а дла большой группы - чтобы понять своё место в этой группе, понять как эта группа, когда и где возникла | | |
| Mich_Glitch | javax написал: [q] Mich_Glitch
Sources скриптов печатать? Не думаю что это метод. [/q]
Кто сказал про код скриптов? Вы думаете - это подходящий материал для журнала? Речь идёт о том, что Вы коротенько расскажете о проблематике и своих решениях. Дадите инструкцию пользователя и разместите бета версию для тестирования. Вы ведь и так её раздаёте всем желающим? А так, по крайней мере будет закреплен приоритет Вашей разработки. Ну, и можно будет найти гораздо больше квалифицированных тестеров. | | |
| Mich_Glitch | Vitaliy Savchuk написал: [q] javax
Я себе сделал исследование по 67 маркерам. На самом сайт ТриДНА есть поиск, но мне сложно понять, какие там выставлять параметры поиска.
По поводу вашего опыта исследования, что значит строю дерево? как оно выглядит? с чем его сравнивать? [/q]
javax написал: [q] Vitaliy Savchuk
Описание как строть филогенетическое дерево по намору гаплотипов есть на форуме rodstvo.ru посмотрите там. Если не найдете - я попробую найти.
Строят не для себя, а дла большой группы - чтобы понять своё место в этой группе, понять как эта группа, когда и где возникла [/q]
Да, действительно, на родстве есть перепечатки инструкций от remsy, который был первопроходцем и объяснил остальным способ построения деревьев. И от Grigoriev, который потом метод разжевывал для широкой публики. Ну, а с полной инструкцией самостоятельного построения деревьев для новичков, включая очень подробную иллюстрированную, можно ознакомиться тут (ссылка). | | |
| Vadim Verenich Долгожитель форума
Сообщений: 441
На сайте с 2005 г.
Рейтинг: 70 | Виталий, на самом деле кладостроительство - или построение филогенетических древ - очень трудоемкая задача.
Я рекомендую Вам использовать Мурку. ---
Ищу информацию о родах фамилии Стаховских (всех сословий, вероисповеданий и национальной принадлежности).
Интересуют любые сведения, в первую очередь о урожденых Стаховских (придомка Веренич, Комар и Некрашевич) | | |
Vitaliy SavchukДолгожитель форума Украина, Киев, Бердичев Сообщений: 739 На сайте с 2003 г. Рейтинг: 108 | Mich_Glitch - спасибо за ссылку Vadim Verenich - посадите лучше ее к себе на колени  ---
https://nebokrai.com.ua/surnames.php
Работаю с фамилиями: Савчук, Ярошевец, Таргонский, Пикульский, Ростоцкий, Гадомский, Меден, Ляховский, Костянюк Юргенс, Реперьяш, Костржицкий. | | |
| Vadim Verenich Долгожитель форума
Сообщений: 441
На сайте с 2005 г.
Рейтинг: 70 | ---
Ищу информацию о родах фамилии Стаховских (всех сословий, вероисповеданий и национальной принадлежности).
Интересуют любые сведения, в первую очередь о урожденых Стаховских (придомка Веренич, Комар и Некрашевич) | | |
mouglleyНовичок  Москва Сообщений: 4 На сайте с 2008 г. Рейтинг: 4 | Vadim Verenich написал: [q] Я подразумевал вот этот программный пакет - самое лучшое из того, с чем мне довелось поработать.
http://sourceforge.net/projects/phylomurka/ [/q]
Подтерждаю: ничего лучше на данный момент не найти. ---
Y-DNA: N1с
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620 | | |
|
