Поздравляю со старым новым годом!
Как сказал один человек, "у нас и старый год, и новый год, и старый новый год... лишь бы не работать!" 
И в чём-то он прав.
Во-первых, хотелось бы отметить сразу одну деталь.
Когда мы говорим о генеалогии, то мы, по сути, говорим не о "деревьях", а о "паутине". Это разные вещи.
Как показала практика, с точки зрения реализации в структуре базы данных эти два представления данных не сильно отличаются и, более того, реализовать их не представляет большой сложности.
Но вот с точки зрения отображения результирующей информации различия весьма существенны.
Если типичное "древо" имеет один корень и его ветви не пересекаются, то в "паутине" эти правила не действуют.
В данной ситуации нужно использовать методы прогнозирования для того, чтобы построить схему, которая нам интересна, вокруг личности, места, года или чего-то ещё, что нам интересно.
В случае паутины мы должны увидеть, из чего элемент получился и что он за собой повлёк (движение сверху вниз).
Людмила! Как Вы справедливо заметили, программа, реализующая построение "паутинки" (а Вас интересует именно она, т.к. "древо" - это частный случай паутинки, не являющийся универсальным, так вот, эта программа может быть универсальной.
В принципе, ей безразлично, с каким контентом (набором данных) работать и что это будет: люди, горы или самолёты. Она просто строит "паутину" и указывает связи между узлами этой "паутины".
Метод, предложенный Вами для обеспечения иерархии, несостоятелен по нескольким причинам, хотя он и используется в некоторых промышленных системах стоимостью в десятки тысяч долларов.
Одна из причин заключается в том, что Вы не сможете эффективно и средствами DBMS произвести выборку данных. Например, Вы не сможете узнать, сколько человек с фамилией N* проживало в городе N* в X* году.
Кроме того, чтобы использовать иерархическую структуру данных, гораздо проще и эффективнее воспользоваться штатными средствами DBMS (например, композитные индексы).
Проблема, связанная с медленной работой сайта, связанного с DB МГТС, заключается, по всей вероятности, в недостаточной производительности сервера, неэффективных запросах или неподходящей DBMS или...
Причин может быть масса и той информации, что Вы предоставили, недостаточно для адекватного и правильного ответа.
Совершенно понятно, что если Вы задались целью - создать глобальную (в масштабе страны) базу данных, учитывающую вещи, которые Вы описали, то вряд ли её эффективная работа может быть обеспечена домашним настольным компьютером.
Принципиальной разницы в том, сколько баз данных будет использоваться (одна или 20) в принципе тоже нет. Просто если баз данных будет 20, то Вы сможете распределить нагрузку между несколькими серверами, в то же время усложнится задача разработчика, который будет поддерживать такую систему.
Что же касаемо времени ответа на запрос, то нормально, если оно не превышает времени, необходимого на загрузку страницы (если мы говорим о web-системе) + 5 - 10 секунд.
Собственно, при достаточниых аппаратных ресурсах (мощность сервера) любая DBMS выполняет запросы достаточно быстро. Гораздо больше времени тратится на обработку данных.
Сложность при наличии нескольких баз данных заключается ещё и в том, что возникнут некоторые издержки на обеспечение синхронизации данных.
Кроме того, базой данных определяется самодостаточная система информации. То есть, не должна возникнуть ситуация, когда в записи из одной базы данных, содержащей информацию о человеке, присутствует ссылка на запись в другой базе данных, содержащей запись о географии.
Это так, галопом по Европам (по Вашим постингам в этой теме).
С уважением,
Александр.
