Управление Чугуевым происходило по трем направлениям: административному, военному и церковному.
Город Чугуев со времени его основания в военном и административном отношении подчинялся Белгородскому воеводе. Воеводы назначались Разрядным приказом в Москве после утверждения царём и боярской думой. В 1639 г. был назначен свой чугуевский воевода. Им стал кн. Петр Иванович Щетинин. Текущее управление производилось Белгородским столом Разрядного приказа.
Уезды существовали на Руси с 13 в., состояли из города и подчиненных ему станов и волостей. Первоначально уездами управляли княжеские наместники, с начала 17 в. - воеводы. В 18 в. уезды превратились в составную часть губерний. Учреждение станов, то есть мест пребывания должностных лиц феодальной администрации, где они взимали дань и осуществляли суд над окрестным населением, относится к середине 10 в. В 14 - 15 вв. станами стали называть и территорию, подсудную этим представителям власти, что превратило станы в административно-территориальную часть уездов с конца 15 в.
Указом Петра I от 18 декабря 1708 г. территория Российского государства была разделена на восемь губерний. Города Чугуев и Змиев вошли в Азовскую губернию . По переписным книгам 1710 – 1712 гг. Чугуевский уезд состоял из двух станов: 1. Удского с селами: Покровское (Старое), Веденское, Терновое, Шубино, Васищево, Каменная Яруга; 2) Верховского (или Верхнего) с сёлами: Кочеток, Пятницкое, Большая Бабка, Пещаное, Тетлега.
29 мая 1719 г. Чугуев отнесен к Белгородской провинции Киевской губернии , причем по переписи 1710 г. в Чугуеве было 528 дворовых мест, а расстояние до центра провинции Белгорода составляло 80 верст.
Конец 1726 г. – начало 1727 г. Из Киевской губернии выделена Белгородская губерния, состоящая из Белгородской провинции. В том же 1727 г. к ней присоединены Севская и Орловская провинции. В состав губернии включены также часть Украинской линии и в административном отношении пять полков слободских казаков Киевской губернии (Сумской, Ахтырский. Харьковский, Изюмский и Острогожский). Губернии стали делиться не только на провинции, но и на уезды, включая Чугуевский. Всего было восстановлено 166 уездов. В Полном Собрании Законов указ об образовании Белгородской губернии отсутствует, нет его и в сохранившихся материалах Верховного Тайного Совета. Примерная датировка указа принята по Викитеке . В Интернете можно встретить и точную дату 1 марта 1727 г., но подтверждения этой даты нами не было найдено.
Местный административный орган - Чугуевская приказная изба.
11 октября 1764 г. Определен "список городам и пригородам в штат положенным" по губерниям. Чугуев был зачислен в штат Белгородской провинции Белгородской губернии. Города Чугуев, Вольной и Алешня, Хотмыжск и Салтов были объединены в одно воеводство.
28 июля 1765 г. Из частей Белгородской и Воронежской губерний образована Слободско-Украинская губерния. Чугуевский уезд в нее не был включен, а оставлен в Белгородской губернии.
1779 г. – После расформирования Белгородской губернии Чугуевский уезд полностью был передан в Слободско-Украинскую губернию.
25 апреля 1780 г. – Указом императрицы Екатерины II образовано Харьковское наместничество c 15 уездами: Ахтырским, Белопольским, Богодуховским, Валковским, Волчанским, Золочевским, Изюмским, Краснокутским, Лебединским, Миропольским, Недригайловским, Сумским, Харьковским, Хотмыжским и Чугуевским. В названии указа вообще-то фигурирует Харьковская губерния.
В 1780 г. составлен новый большой Чугуевский уезд (округ) — из старого Чугуевского уезда, части Салтовского уезда с Салтовом, Хотомлянского комиссарства, Печенежского комиссарства и части Балаклейского комиссарства (без Балаклеи, со Змиевым).
12.12.1796 г. - вновь была возобновлена Слободско-Украинская губерния, разделённая по указу 31.12.1796 г. губернатором на 10 уездов: Ахтырский, Богодуховский, Валковский, Волчанский, Змиевский (центр слобода Змиев, Чугуев - заштатный город), Изюмский, Купянский, Лебединский, Сумской и Харьковский.
01.05.1797 г. - в высочайше утвержденном докладе Сената, изданном во исполнение указа от 12.12.1796 г., сообщается, что: 1) учрежденная в 1765 г. Слободско-Украинская губ. существовала до 1780 г. и делилась на 5 провинций (Харьковскую, Ахтырскую, Изюмскую, Острогожскую, Сумскую) и что затем, при учреждении Харьковского и смежных с ним наместничеств, Острогожская провинция была присоединена к Воронежской губ., от Изюмской провинции некоторые селения были отчислены к Воронежскому наместничеству и Новороссийской губ., а к Харьковскому наместничеству были приписаны города Чугуев, Салтов, Хотмыжск, Мирополье, Алешня и бывший г. Вольный с селениями; 2) Слободско-Украинская губ. при своем учреждении в 1765 г. «точных пределов не имела»; 3) слободско-украинский губернатор, согласно предписанию штата от 31.12.1796 о разделении губернии на 10 уездов, назначил уездными городами Харьков, Ахтырку, Богодухов, Богучар, Изюм, Купянск, Острогожск, Сумы и слободы Змиев (вместо Чугуева) и Старобельск (вместо Беловодска).
1835 г. – Слободско- Украинская губерния переименована в Харьковскую губернию по названию губернского города.
В составе губернии было 11 уездов: Ахтырский, Богодуховский, Валковский, Волчанский, Змиевской, Изюмский, Купянский, Лебединский, Старобельский, Сумской, Харьковский. Заштатный город Чугуев входил в Змиевский уезд.
Органом церковного управления было Чугуевское духовное правление (годы?, в ЦГКИАК. Ф. 2008. Чугуевское духовное правление отложились дела с 1763 г. Сначала, скорее всего, было Белгородское духовное правление Белгородской епархии (1780), с 1799 г. Харьковской епархии.
До 1799 г. церкви Слободской Украины находились под ведением Белогородского архипастыря, как и в гражданском отношении Слободская Украина находилась под ведением Белогородских воевод и Белогородской губернской канцелярии. Имя Слободско-Украинского архипастыря введено было в официальное употребление только с 1799 г.
Надобно, однако, заметить, что до открытия в 1667 г. Белогородской кафедры, переселенцы из-за Днепра с нуждами о храмах и священниках относились прямо в Москву, другие же в Киев.