ДНК и прочая генетика

А теперь самая главная страница, к которой вы и будете обращаться чаще всего.
По последовательным кликам на 1-2-3 с предыдущей страницы можно попасть на страницу со списком совпаденцев.
Matches
Это результат сравнения вашего теста с другими тестами из этой же лаборатории.

В таблице показаны имя, дата установления совпадения, предполагаемое родство, длина всех общих сегментов, длина самого большого сегмента, наличие совпадений по половой Х-хромосоме, установленное родство (если оно установлено) и фамилии предков.
В поле 4 будут указаны наиболее часто встретившиеся фамилии. Если это Андерсены, Миллеры и Смиты, то не обольщайтесь, мало ли в Бразилии Педров (с). Если это представители одной семьи (протестировались сестра, брат и его дочка), то для каких-то выводов это тоже не пригодится. А вот если это три совершенно разных Кюхельбекера, то есть смысл поискать их общего предка, а от него уже искать возможную связь с вашим предком.
Работает поиск, для него отведено поле 5. Поиск находит не только фамилию человека, но и фамилии из списка его предков. Поиск срабатывает даже по нескольким буквам, это очень удобно для изменчивых фамилий или, например, для Прибалтики, где Кенекене и Кенекайте - это две больших разницы.

Столбец поля 6 показывает степень родства. Не забывайте, что:
кузен - это по определению двоюродный брат/сестра, поэтому
2th cousin , кузен второго уровня - это уже более далёкий кузен, по-нашему - троюродный брат.
К каждой следующей степени надо также прибавлять 1, т.е. 5th cousin - это шестиюродный брат.
Это расчёт по средним величинам. Он примерный! Точно можно говорить только о связи родитель-ребёнок, т.к. мы получили от мамы и папы по 50% ДНК. Мама тоже получила 50% своей ДНК от своей мамы, а 50% от своего папы. НО! Вам-то она не обязательно передала всё пропорционально. Может, эти 50% и вправду взяли ровно 25% дедушкиных генов и 25% бабушкиных. Чаще бывает 20% от одного предка и 30% от второго. А если мамин организм соригинальничал и передал вам всё то, что мама получила от бабушки, то в Вас будет всё тех же 50% генов от мамы, и при этом ни одного гена от дедушки. Такая вот математика. К счастью, так не бывает. почти всегда выдерживается коридор 20 на 30%. Но это с бабушкой. А представьте, что с прабабушкой?! От неё нам при среднем раскладе достаётся 12,5% генов. А от прапрабабушки - всего 6%. И по этой же прапрабабушке у вас будет родственник, какой-нибудь 3th cousin. Ему тоже могло перепасть от прабабушки 6%. А могло и не перепасть. А могло перепасть, и даже 6%, но ДРУГИХ!
Поэтому любые находки дальше 2-3 поколений находятся в области математической вероятности. Т.е. скорее всего так, но может быть и -1 поколение, и +15...

Для оценки этой величины учёные используют 2 параметра: длина участка в снипах и в сантиморганах.
Снип, он же SNP - это такой однонуклеотидный полиморфизм. Если хотите получить много удовольствия, почитайте Википедию:
https://ru.wikipedia.org/wiki/...0%B7%D0%BC
Если сказать человеческим языком, то это маленький участок ДНК, на котором у разных людей может быть отличие в 1 нуклеотид. Участки, которые у всех людей одинаковые и определяют, что мы - люди, а не казюльки, как я понимаю, не будут считаться снипами, т.к. тут отклонение невозможно. Точное понимание вам вряд ли потребуется, поэтому запомните просто, что снип - это кусочек хромосомы, где у разных людей может быть разное значение.
СантиМорган (сМ) - это вообще такая выдуманная и условная величина. Это вероятность. 1сМ - это 1% вероятности, что цепочка ДНК (в которой много-много снипов) у следующего поколения разделится, прервётся, или по-научному рекомбинируется. И вот есть у вас участок хромосомы длиной 1000 снипов. Он может стоять в таком месте хромосомы, которое вообще не склонно рекомбинировать. Такое вот устойчивое место. Тогда вероятность разрыва этой цепочки из 1000 снипов будет, например, 3 сМ. То есть этот кусочек мог дойти вам от пра(20 раз)прабабушки и ни разу не измениться. А мог измениться у прабабушки, дойти до вас и пойдёт дальше ещё 500 лет, не меняясь. Возможно, длина этого участка вообще 2000 снипов, но если он не склонен к рекомбинации, то всё остальное для генеалогии не имеет значения. Раз этот участок не меняется веками, то спрогнозировать на его основании, сколько поколений до общего предка, невозможно. А в другом, более изменчивом месте, участок с таким же количеством снипов может иметь вероятность рекомбинации 18%, и это как бы длина 18 сМ. Уже лучше.
Точно так же со снипами. Достался Вам участок в 300 снипов в месте с высокой склонностью к рекомбинации. Математика говорит, что с вероятностью 20% этот кусочек перемешается. И 20 сМ - красивая такая величина... Но в снипах-то она никудышная! Поэтому такой показатель тоже не может служить для прогнозирования родства.
В общем, я очень постаралась перевести с русского научного на русский человеческий. Переводила так, как поняла сама после чтения очень умных статей. Товарищи учёные, если что не так, поправляйте :-)
Впрочем, эти слова важнее для чтения и понимания, чем для непосредственного поиска родственников.

Ой, прям поэма!
Можно к Вам в друзья?
Или в возможные родственники, типа 5th cousin?

Понятно, что самый логичный вариант - это начать поиск по той линии, по которой есть какие-то идеи или зацепки. Как правило, это линия какого-либо очень близкого совпаденца, т.к. чем ближе, тем проще искать.

Если у Вас с кем-то сразу нашлось совпадение фамилии или хотя бы местности, то именно по этой фамилии и местности начинайте искать.

И подключите к поиску тех, у кого есть/предполагается такой же общий предок. Как это определить?
Воспользуйтесь кнопкой "In Common With" (поле 2 на белой картинке). Если вы поставите галочку на человеке, с которым предполагаете связь по определённой фамилии, и нажмёте эту кнопку, то ФТДНА выдаст список людей, которые являются вашими с этим человеком общими кузенами. Выделите людей в этом списке галочками - и проверьте их на хромосомном браузере. В первую очередь обратите внимание на тех, у кого с вами и со вторым человеком совпадает один и тот же участок ДНК. (Не у всех и не всегда он есть, но это уже тонкости, сами со временем увидите на примерах)

Если у вас есть еврейские корни, а хочется вычленить не-евреев, то можно воспользоваться соседней кнопкой: "не в родстве с".

С помощью всех этих функций вы можете вести поиск по данным ФТДНА. Я очень много переписывалась с людьми, сделавшими аутосомный тест. В общем, мне не попалось вообще никого, кто вот так, просто по данным с сайта взял и нашёл пятиюродного кузена. Были такие, кто подозревал родство и с помощью теста просто его подтвердил (у дворян так, несколько носителей фамилии и так считают себя потомками одного князя, а после теста просто убеждаются в этом).

А вот те несколько человек, которые сделали находки, делали их не по данным сайта. Они вели друг с другом активную переписку, а потом начали совместный поиск, обмен данными, чтобы идти к общему предку по двум разным веткам и в итоге "встретиться на середине сосиски". Они рассказывали друг другу, где хранятся те или иные документы по их сёлам. В поездках по архивам они искали для себя и для того парня. Ещё раз опросили всех возможных родственников. В общем, они рыли, копались и искали, а не сидели на попе ровно и не ждали, что молекула ДНК заговорит...

ФТДНА - очень ответственная контора, поэтому выдаёт в списке только тех, с кем совпало много сегментов.
Посмотреть список тех, с кем совпал только один сегмент 17 сМ, например, там никак нельзя.
Поэтому, когда получите результат ФТДНА, Вам прямая дорога на бесплатный вспомогательный сайт
https://www.gedmatch.com
Существование этого сайта снимает многие споры на тему "в какой лаборатории тестироваться". Если лаборатория выдаёт файл, который заливается на ГедМатч, то кузенов из других лабораторий, которые реально заинтересованы в поиске, вы на ГедМатче непременно найдёте. Мы все там!
Сайт тоже англоязычный. После регистрации вы найдёте там инструкцию по тому, где взять на сайте вашей лаборатории исходный файл и как залить его на ГедМатч.
Вашему тесту присвоят номер, состоящий из буквы и 6 цифр. Буква указывает на лабораторию, где выполнялось тестирование. Значения букв такие:
T или в старой версии F - ФТДНА. Если человек присылает вам свой номер с F, то во всю аналитику так его и вбивайте. Новые букву и цифры программа вычислит сама.
A - ancestry.com Сайт, на котором тотально тестировались мои европейские совпаденцы. Там можно зарегиться и внести какой-то минимум инфы, потому что иностранцы смогут тогда для сверки фамилий и мест давать вам доступ к своему древу.
M - 23andMe . Вот отсюда подтянется ещё некоторое количество русскоязычных.
Есть пара других букв, но они пока представлены минимальным количеством тестов.
Ваш номер программа порекомендует записать. Запишите, он ещё не раз пригодится для сверки на форумах. Но вообще на личной странице он будет виден, но не сверху, а слева посреди страницы.
Данные на сайте обрабатываются несколько дней после загрузки. Почти сразу станет доступна только опция сравнения 2 тестов между собой, и то если знаете номер второго теста.
А вот после обработки данных сформируется список всех совпаденцев.
В таком списке будет неимоверное количество людей, но вам всегда будет показывать только 2000 лучших результатов. Если вдруг захотите покопаться в левых списках, где до общего предка 30 поколений, а совпадение ДНК 6,6 сМ и мелковато по СНИПам, то ограничение легко обойти. Поменяйте сортировку. Например, включите сортировку по Autosomal по Gen не по возрастанию, а по убыванию. :-) Программа пофурычит и выдаст вам нижнюю часть списка.
Делать с ней особо нечего. Рекомендую разве что просмотреть фамилии, а также на всякий пожарный связаться с русскоязычными фигурантами. С ними хотя бы быстро и легко можно свериться.
Если же у какого-то человека вот этот минимальный сегмент совпал с вами и с кем-то ещё, вы всё равно увидите это в другом списке, про который я расскажу позже.

Вернусь к ФТДНА, не все полезности рассказала.
Данные с ФТДНА можно вытаскивать в виде удобных для работы таблиц Excel.

1. Список кузенов с фамилиями.
Самая полезная для анализа и самая базовая таблица. Чтобы её получить, откройте лист кузенов, прокрутите в самый низ страницы. Там будет кнопка "Download Matches:" с выбором того формата таблицы, который можно использовать.
Вы получите таблицу, в которую внесена вся текстовая информация, которую видно в списке кузенов, в т.ч. список фамилий. В таблице не будет видно дерево, поэтому для людей, которые заполнили дерево, но не заполнили фамилии предков, вы сможете вручную внести фамилии в соответствующий столбец. Сразу предусмотрено поле примечаний.

Что я делаю с этой таблицей?
Вношу в неё фамилии из деревьев. Вношу в неё фамилии, рассказанные в переписке.
А потом по кнопке "in common with" собираю кузенов в группы, которые могут иметь общего предка, и в специальном столбце вношу номера групп, куда кто попал. Для удобства раскрашиваю разным цветом.
Русскоязычные фамилии дублирую по-русски для удобства поиска по фамилии.
По такой таблице лучше вести поиск по фамилии, т.к. информация тут будет полнее, чем на странице в ФТДНА.
По этой же причине удобно сравнивать людей группами, легче заметить совпадение фамилии.
Можно также наблюдать за географией. Если вы включаете фильтр по какой-то группе, то может быть видно, из каких краёв предки у людей из неё: сплошные финны, сплошные украинцы, поляки или какие-нибудь эксклюзивные венгры :-) Не всегда срабатывает, конечно, т.к. гены перемешаны, но как один из вариантов анализа результатов - почему бы и нет.

2. Список кузенов из определённой группы.
Если у вас уже есть раскрашенный по цветам групп полный список, эта кнопка менее интересна. Но вдруг пригодится?
Она находится там же, внизу списка матчей, называется Download Filtered Matches
Вероятно, может пригодиться, если хотите отправить список кузенов иностранцу, список большой и не умещается в скрин, а отправлять кусочек из своей доработанной таблицы опасаетесь, т.к. там содержатся непубличные данные других людей, которые вы внесли из личной переписки.

3. Структура вашей ДНК.
Это те самые файлы, которые загружаются на другие сайты.
Чтобы их найти, идёте по пути кнопок myFTDNA - Family Finder - Download Raw Data (кнопка myFTDNA, если вы вдруг забыли, находится вверху слева, под логотипом компании).
Например, для загрузки на ГедМатч сейчас используется вот этот файл:

Не аутосомный. Не по Х-хромосоме. А именно итоговый, в котором и то, и то.

Когда начнёте разбираться в тонкостях, именно в этой скачанной таблице можно будет посмотреть, какие именно азотистые основания находятся у вас в той или иной точке ДНК и на что в вашем организме они влияют, например.

4. Совпадения в структуре ДНК.
Это типа как хромосомный браузер, но не картинкой, а цифрами и в таблице.
Чтобы получить эту таблицу, отмечаете галочкой любого человека и заходите в хромосомный браузер со сравнением.
Вверху, над рисунком первой хромосомы, будет кнопка "Download All Matches to Excel (CSV Format)"
При её нахатии загрузится таблица, содержащая NAME, MATCHNAME, CHROMOSOME, START LOCATION, END LOCATION, CENTIMORGANS, MATCHING SNPS
Каждая строчка этой таблицы выглядит так:
Nina Furs,"Aleksey Nikolaevich Bobrinskiy",1,186533767,189431595,1.51,500
Такая запись означает, что у Нины с Алексеем на 1 хромосоме совпадает сегмент с точки 186533767 до точки 189431595, длина этого сегмента в сантиМорганах - всего 1,51 сМ, и он содержит 500 СНИПов.

Мне эта таблица пригодилась, когда я пыталась сравнивать людей с ГедМатча с людьми с ФТДНА. На сайте ФТДНА поиск по адресу снипа не делается, приходится вручную проверять каждого в хромосомном браузере. А так, если на ГедМатче видно, что совпадение на 8 хромосоме, начиная с 28345869, вбиваю в поиск Экселя "8,28" или "8,2" и среди результатов поиска довольно быстро нахожу подходящие. Но это для тех, кто с Экселем на "ты", наверное... Остальным придётся на сайте ФТДНА отмечать галочками людей, заходить в хромосомный браузер, наводить мышку на цветные квадратики и смотреть в появившейся подсказке адреса совпавших сегментов.