Genotek

Добрый день!
Дублирую сюда свой вопрос с форума МолГен - может быть, будут мнения
http://forum.molgen.org/index....#msg499647

Планирую теститься в Генотеке (до этого никуда не сдавал). От техподдержки Генотека получил следующее:
"Данное исследование проводится методом генотипирования – с использованием микрочипа. В ходе данного исследования изучается порядка 650000 полимофизмов (snp-маркеров), из них (в соответствии с информацией, размещенной на сайте genotek.ru): 77000 маркеров этнического происхождения (в аутосомах), 1500 маркеров происхождения по отцовской линии (только снипы, STR не делают) и 600 маркеров происхождения по материнской линии"

Вопросы, кто получал от Генотека результаты:
1) по точности определения гаплогруппы/гаплотипа, как их анализ соотносится с Y37 FTDNA и тестом 23andMe? Я понимаю, что всё это базовый уровень, в дальнейшем планирую FTDNA или YSEQ
2) то же про аутосомный тест - как он соотносится с Family Finder и другими?
3) общее впечатление от качества анализа и в целом от взаимодействия? Речь идёт в первую очередь именно о физической части анализа - интерпретацию я в любом случае буду повторять сам, загружая в разные базы.

Есть сравнительный обзор компаний, где для каждой указано количество снипов в соответствии с базой данных SNPedia и Promethease:
https://www.snpedia.com/index.php/Testing
Здесь для FTDNA указано "It covers 14,610 of the SNPs in SNPedia". Что касается общего количество снипов, которое распознают чипы компании (693,733 autosomal SNP's and 17,691 X-chromosome SNP's for 711,424 total including no-calls and SNP's otherwise not recognized by Promethease). Как я понимаю, из этих 700 тысяч большая часть не имеют значения для генеалогии или популяционной генетики? Генотек общее количество определяемых снипов заявляет как 650 000, из которых для этнического происхождения значимы 77000.

Начало обсуждения было в другой ветке (http://forum.molgen.org/index.php/topic,7160.msg499533.html#msg499533) - там сильно не советуют Генотек, рекомендуют сразу делать три теста FTDNA. По цене это получается в два с лишним раза дороже (плюс пересылка). Вопрос в том, насколько базовые тесты FTDNA (в первую очередь, аутосомный), действительно превосходят по качеству Генотек

Тампио написал:

[q]

Ответ, думаю, прост, — использовать тест от Генотека для генеалогических целей нецелесообразно. Если же вы принципиально хотите поддержать "отечественного производителя" (что вряд ли, судя по вашему тексту), то почему бы и не потратить деньги... Но если вы хотите сейчас получить качественный инструмент для своих генеалогических исследований, то вам прямая дорога в ФТДНА

[/q]

Спасибо, но хочется всё-таки подробностей, конкретики. Недоверие к российской компании мне, в целом, понятно. Но так как я сам делаю биохимические анализы (в другой области) в российской компании - я знаю, что не всегда это недоверие оправдано. На МолГене ответили про аутосомный тест и различия между компаниями

[q]

Это устаревшая информация, сейчас и FTDNA, и 23andMe, и Генотек работают с версиями чипа GSA, т.е. примерно одно и то же

[/q]

Тампио написал:

[q]

Не устану повторять (как римский сенатор Катон): в ДНК нет никаких данных для поисков этнического происхождения.

[/q]

Это мне тоже понятно, спасибо. 5 лет занимался генетикой РНК-вирусов, немного в теме. Применительно к генетической генеалогии - разницу между этносом и популяцией понимаю, всю условность этнической идентификации по ДНК осознаю. Монографию Балановского по Европе читал, по России собираюсь.
Речь здесь о том, что не все аутосомные снп-маркеры, статус которых определяет чип (около 700 000), имеют значение при определении происхождения. То есть, только некоторые из них (скажем, 50 000 или 77 000) коррелируют с происхождением из определённой популяции (что для простоты называют "этническим происхождением").

Evgeny Kolchugin написал:

[q]

Результаты Генотека принимаются сторонними базами?

[/q]

За 1000 рублей они готовы дать результаты аутосомного теста для загрузки в ФТДНА или майхеритаж.




Evgeny Kolchugin написал:

[q]

Генотек готов за деньги принимать чужие результаты для поиска совпадений в своей базе.

[/q]

Понятно, что Генотек будут лишь россияне, но насколько они реально заинтересованы в генеалогии?

Да и наверняка четверть или треть протестированных в Генотеке загрузили свои данные в Гедматч. Если же нет, то они почти выкинули деньги на ветер.

Сомневаюсь, что есть реальная необходимость за деньги загружать данные в Генотек.
Сколько протестированных они имеют? 3000-5000?
Я больше имею совпаденцев в майхеритаже = 8,294 DNA Matches (а мой отец имеет 13,987):

Gilgamew написал:

[q]

Насколько эти данные будут внятно выглядеть в сторонних базах - другой вопрос. Я это, собственно, надеялся услышать от тех, кто уже делал в Генотеке за последний год. Думаю попробовать скачать их демо-данные и попробовать загрузить хотя бы на Гедматч. Хотя это витрина - не факт, что отражает реальность.

[/q]

Недавно протестировался в Генотеке, до этого был результат Family Finder от FTDNA.
Вот сравнение на GEDmatch:

Largest segment = 151.8 cM

Total Half-Match segments (HIR) = 3547.7 cM (98.922 Pct)
Estimated number of generations to MRCA = 1.0

45 shared segments found for this comparison.

421537 SNPs used for this comparison.

99.877 Pct SNPs are full identical

По совпадениям в базе Генотек пока результатов у меня нет.
Процесс поиска родственников по всей базе занимает до 14 дней.

>> Ответ на сообщение пользователя AfterLife от 13 октября 2020 9:58

Ох, я точно полный новичок... вот получу я всё это и кто сможет объяснить о чём это?
У меня есть тест Генотек и за 999 рублей я могу заказать формат для других компаний. И даже не вопрос денег, а что с этим дальше делать? И вообще можно ли с этим что-то делать? Сам Генотек мне нашёл 35 человек родственников по всей России на уровне 3-8 колено.