Моя история для новичков
Заплатил на tellmegen за 2 полных генома в Россию 500.65 евро
Проверим, как работают
Доставка туда и обратно в Россию к анонсированной сумме (569) добавляет 20 евро (589), дальше код на 15% скидки
Фокус не удался
Tellmegen бодро берет заказ и неспешно его отменяет
Unfortunately, we do not ship to Russia, so we have had to cancel your order. Our Accounting Department has already been informed about the corresponding refund. You will receive your refund within 5 to 12 business days.
Будем заказывать на адрес в европе
Покупал на Словению, дальше оказии в Россию, доставка UPS по Европе бесплатно
Первые люди получили результаты с опозданием на пару дней от 6-недельного срока, конвертировали в BAM
Все хорошо
36x
MGI T7 v2.5. Same as FTDNA and YSEQ
Все есть в закрытой группе в FB /groups/personalwgs
Мне на день задержали
Итого 30.10-12.12
Суперская инструкция от Randy по созданию bam/cram из fastq
(a) install WGSE.bio
(b) download the FASTQ files
© open WGSE.bio and select an output directory (create it in the same folder as the FASTQs and name it "WGSEv4")
(d) go to third tab (analyze), and under FASTQ then select "Align"
(e1) select both FASTQ files, and then
(e2) choose your reference genome (hs37d5 is the best, human_g1k_v37 is what tellmeGen used to create the VCF, hs38 best if you want to also submit to yfull)
(e3) in a file select pop-up in the output directory, you need to type in the a final file name ending in ".cram" (or ".bam"). Often best to use the same base name in the FASTQ files -- your test id. So something like ULMEDCBA3296.cram and then hit "Save"
(f) wait 4 to 180+ hours; depending on the resources of your desktop
(g) when done, the ".cram" will be loaded
(h) hit the "Index" button (wait another hour)
(I) hit the "Stats" button just to confirm everything looks correct (another hour with CRAM unfortunately)
(j) on the second tab (Extract Data), hit the "microarray RAW" button to bring a new popup
(k) hit "Generate" and wait a few hours
(l) when done (status pop-up gone, program responsive again), you should find several zip'ped ".txt" files in the output directory you can use with sites that take microarray files. Try to use the CombinedKit if they take it. It is less than a minute to generate the others on that microarray pop-up if you need them (once the CombinedKit is generated and found again).
(m) Exit WGSE
( n ) I usually like to move the .cram and .crai file to the same place as the FASTQs and VCF. They are now source files you will use again and again. You can safely delete the FASTQ files if you are space constrained as they can be easily recreated from the CRAM. The CRAM is the same or smaller size than just one of the two FASTQs. 20-30 Gigabytes.
The source directory of the FASTQs, the "Temp" directory and the output directory can all be on different disks. "Temp" is the most important as it will need 500+ GB of free space and should be your fastest disk. Output will temporarily need 100 GB or so but only 25 GB once done. Lots more detail in the WGSE User Manual
Не ожидал такого поверхностного определения гаплогрупп
Ведь не все сумеют загрузиться в другие сервисы
Уровень мито на уровне Г...
Ваша субгаплогруппа по материнской линии
H2a1
Y получше
Ваша родительская субгаплогруппа
R1b1a1b1a1a2b3c
Но откуда народ должен узнать эту древнюю нотацию?
От китайцев
https://www.dnachron.com/en/isogg/R1b1a1b1a1a2b3c/Это достаточно глубокая R-PF6578
Реальные терминалки обсуждал здесь
https://forum.molgen.org/index.php/topic,16274.0.htmlЭтника у них была всегда никакая, но их убогий поиск совпаденцев сумел удивить
Он не нашел кучи мной загруженных родственников, хотя находит их по аутосомам
С медициной у них нормально, хотя глубокие анализы лучше делать не у них с их файлами
Так как 3 % процента ,в моем случае, можно проследить и найти общее пересечение. Вы не пытались со своими пересечениями связаться?