На сайте ВГД собираются люди, увлеченные генеалогией, историей, геральдикой и т.д. Здесь вы найдете собеседников, экспертов, умелых помощников в поисках предков и родственников. Вам подскажут где искать документы о павших в боях и пропавших без вести, в какой архив обратиться при исследовании родословной своей семьи, помогут определить по старой фотографии принадлежность к воинским частям, ведомствам и чину. ВГД - поиск людей в прошлом, настоящем и будущем!
Киев Сообщений: 991 На сайте с 2021 г. Рейтинг: 510
Наверх##11 октября 2021 12:3411 октября 2021 12:50
Еще одиним важным и наиболее часто используемым инструментом является нахождение общих совпаденцев по ДНК.
Имеется дерево, в котором Александр и его двоюродная тетка Мария сдали тест ДНК. На Gedmatch есть возможность указать два набора ДНК и найти общих совпаденцев: Free Tools -> People who match both, or 1 of 2 kits
Получим таблицу "Kits that match both" в которой будут люди совпадающие по ДНК сразу обоим указанным наборам (т.е. Александру и его двоюродной тетке Марии).
Все эти общие совпаденцы "вылезли" точно через Петра Трофимовича или Феклу Карповну. Т.е. для Александра всех этих совпаденцев нужно точно искать по прадеду-прабабке по материнской линии. Поиск значительно сузился, что хорошо.
Киев Сообщений: 991 На сайте с 2021 г. Рейтинг: 510
Наверх##18 октября 2021 12:2318 октября 2021 12:51
Как было показано на рисунках ранее, при рождении сына и дочери им приходит разный набор половых хромосом. У девочки XX, мальчика XY.
Рассмотри половую X хромосому поподробнее.
Когда мы делаем аутосомный ДНК тест, то он также тестирует и X хромосому! На Gedmatch есть возможность сравнить X хромосому из вашего набора: Free Tools -> One-To-Many - Limited Version, выбрать Filter By: X (сравнить ваш набор со всеми наборами из базы Gedmatch) Free Tools -> One-to-One X-DNA Comparison (сравнить ваш набор с конкретным одним набором)
Мой результат сравнения представлен на рисунке. Проанализируем результаты. У меня и моей матери по X хромосоме совпадение 181.1 сМ Total, 98.5 cМ Largest. У меня и трех членов какой-то семьи по X хромосоме совпадение 22-30 сМ Total, 22-30 cМ Largest. Причем совпадения по Autosomal нет вообще!
Когда есть совпадение по X, но нет совпадения по аутосомным хромосомам - это означает, что связь достаточно далекая, в пределах 7-8 поколения, но дальше чем 3d cousin (четвероюродный). Т.е надо искать в пределах 5-6-7 юродного родства. Но это еще не все подсказки, X хромосама наследуется определенным образом: сын(XY) получает одну из Х хромосом (возможно рекомбинированную) от матери(XX). дочь(XX) получает одну из Х хромосом (возможно рекомбинированную) от матери(XX) И одну нетронутую Х хромосому от отца(XY). Есть два шаблона наследования X хромосам для девочек и мальчиков, построенные по вышеозначенному правилу. (см. два рисунка шаблонов)
Т.е. мы можем построть веерный график своего дерева и дерева совпаденца и позначить те ветви откуда могла прийти X хромосома. Это значительно сузит поиск!
Совпадения по X хромосоме меньше 15 cМ можно считать шумом.
Киев Сообщений: 991 На сайте с 2021 г. Рейтинг: 510
Наверх##22 октября 2021 11:5922 октября 2021 12:04
В ДНК человека 99% участков общие между всеми людьми. Отличия в 1%. Чтобы последить отличия между людьми нужно извлекать данные именно из этого 1%.
Как можно извлечь и проанализировать ДНК человека? Есть две основные технологии: -chipping (вычитывается 1% из 1% отличающихся между людьми кусков ДНК. Т.е. только отдельные SNP(снипы)) -sequencing (вычитывается весь 1% отличающихся между людьми кусков ДНК.)
Большинство компаний работают по технологии "chipping", так как это значительно дешевле. Стоит отметить, что разные компании могут использовать разное оборудование(разный chip), что ведет к вычитке разных SNP. Поэтому тесты разных компаний могут иметь лишь небольшое пересечение в SNP. Это стоит учитывать, т.е. сравнение двух тестов сделанных в одной компании будет более достоверно, чем сделанное в разных.
На рисунке показаны текущие цены на chipping (99$) и sequencing (999$).
Киев Сообщений: 991 На сайте с 2021 г. Рейтинг: 510
Наверх##23 октября 2021 16:4823 октября 2021 16:52
Заглянем "под капот" аутосомного теста ДНК. После обработки теста мы получаем обычний CSV-файл(таблица), который можем скачать на свой компьютер.
Для примера покажу результат от MyHeritage. Сам файл размером 25 Mb выглядит как длинная-длинная таблица. Вначале идет шапка(желтым), где указана дата и версия чипа на котором проводилось тестирование. Далее идет заголовок таблицы с четырьма колонками. После чего идет список всех протестированных SNP(снипов) который составляет 500-600 тысяч строк (разные фирмы тестируют разное колличество SNP).
Названия колонок означают следующее: RSID - resourse number, название SNP. Chromosome - номер хромосомы на которой расположен SNP. Position - позиция на хромосоме в которой расположен SNP. Result - само значение SNP, это две буковки (нуклеотиды) в (Allele 1 | Allele 2), т.е. один отцовский, другой материнский (какой из них чей неизвестно)
Поговорим о таком важном термине как Триангуляция (Triangulation).
Если "кусочек" ДНК на определенной позиции совпадает сразу у трех человек это и есть триангуляция. Все эти три человека будут иметь общего предка (за редким исключением). Если мы видим триангуляцию, то это подтверждает, что данный "кусочек" ДНК не ложное совпадение (false match), а достоверное и такому совпадению можно верить. На сайте MyHeritage триангуляция отображается в виде значка "пластырь". Например, на рисунке показано, что человек 1, совпадает с человеком 2 и одновременно совпадает с человеком 3, т.е. между ними имется триангуляция. На том же рисунке человек 1, совпадает с человеком 2 и одновременно совпадает с человеком 3*, т.е. между этой тройкой также есть триангуляция.
На сайте GedMatch в платной версии есть возможности найти все такие триангуляции. Tier 1 Tools -> Triangulation. Т.е. мы видим все группы "триангулированных" сегментов. Например, на рисунке все люди с красными кусочками будут иметь общего предка.
Как видно из хромосомного браузера, некоторые кусочки на хромосомах не протестированы (светятся заштрихованными). В данных областях таблицы SNP не проработаны достаточно хорошо для того чтобы извлечь их них достаточно полезной информации. Поэтому кусочки на хромохомах 13,14,15,21,22 игнорируются.
Наглядный пример сравнения ДНК наборов (только 1й хромосомы для простоты) одного и того же человека, но сделанного в разных компаниях. MyHeritage к MyHeritage = 32742 SNPs MyHeritage к LivingDNA = 28199 SNPs MyHeritage к 23andMe = 31999 SNPs MyHeritage к Ancestry = 14333 SNPs
Меньше всего пересекающихся снипов в наборах MyHeritage к Ancestry, что и видно по цвету (сероватый).
Как выглядит автокластер MyHeritage у евреев ашкенази. Вот почему намного сложнее искать родство в данной популяции. Все друг-другу дальние родственники.
