ДНК и прочая генетика

На сайте ВГД собираются люди, увлеченные генеалогией, историей, геральдикой и т.д. Здесь вы найдете собеседников, экспертов, умелых помощников в поисках предков и родственников. Вам подскажут где искать документы о павших в боях и пропавших без вести, в какой архив обратиться при исследовании родословной своей семьи, помогут определить по старой фотографии принадлежность к воинским частям, ведомствам и чину. ВГД - поиск людей в прошлом, настоящем и будущем!

ФТДНА - очень ответственная контора, поэтому выдаёт в списке только тех, с кем совпало много сегментов.
Посмотреть список тех, с кем совпал только один сегмент 17 сМ, например, там никак нельзя.
Поэтому, когда получите результат ФТДНА, Вам прямая дорога на бесплатный вспомогательный сайт
https://www.gedmatch.com
Существование этого сайта снимает многие споры на тему "в какой лаборатории тестироваться". Если лаборатория выдаёт файл, который заливается на ГедМатч, то кузенов из других лабораторий, которые реально заинтересованы в поиске, вы на ГедМатче непременно найдёте. Мы все там!
Сайт тоже англоязычный. После регистрации вы найдёте там инструкцию по тому, где взять на сайте вашей лаборатории исходный файл и как залить его на ГедМатч.
Вашему тесту присвоят номер, состоящий из буквы и 6 цифр. Буква указывает на лабораторию, где выполнялось тестирование. Значения букв такие:
T или в старой версии F - ФТДНА. Если человек присылает вам свой номер с F, то во всю аналитику так его и вбивайте. Новые букву и цифры программа вычислит сама.
A - ancestry.com Сайт, на котором тотально тестировались мои европейские совпаденцы. Там можно зарегиться и внести какой-то минимум инфы, потому что иностранцы смогут тогда для сверки фамилий и мест давать вам доступ к своему древу.
M - 23andMe . Вот отсюда подтянется ещё некоторое количество русскоязычных.
Есть пара других букв, но они пока представлены минимальным количеством тестов.
Ваш номер программа порекомендует записать. Запишите, он ещё не раз пригодится для сверки на форумах. Но вообще на личной странице он будет виден, но не сверху, а слева посреди страницы.
Данные на сайте обрабатываются несколько дней после загрузки. Почти сразу станет доступна только опция сравнения 2 тестов между собой, и то если знаете номер второго теста.
А вот после обработки данных сформируется список всех совпаденцев.
В таком списке будет неимоверное количество людей, но вам всегда будет показывать только 2000 лучших результатов. Если вдруг захотите покопаться в левых списках, где до общего предка 30 поколений, а совпадение ДНК 6,6 сМ и мелковато по СНИПам, то ограничение легко обойти. Поменяйте сортировку. Например, включите сортировку по Autosomal по Gen не по возрастанию, а по убыванию. :-) Программа пофурычит и выдаст вам нижнюю часть списка.
Делать с ней особо нечего. Рекомендую разве что просмотреть фамилии, а также на всякий пожарный связаться с русскоязычными фигурантами. С ними хотя бы быстро и легко можно свериться.
Если же у какого-то человека вот этот минимальный сегмент совпал с вами и с кем-то ещё, вы всё равно увидите это в другом списке, про который я расскажу позже.

Чтобы осознать полезность заливки данных на ГедМатч, оцените соотношение результатов моего ТОП-25:

8 из 25 совпаденцев - с ФТДНА, те, о ком я уже знала.

10 из 25 - с 23эндМи, что понятно. Некоторое время назад 23эндМи была более популярной лабораторией, чем ФТДНА, у русскоязычной аудитории.

7 из 10 - с Ancestry.

Т.е. в моём очень белорусском случае количество результатов пропорционально, и от заливки я получаю в три раза больше результатов, чем от одной базы ФТДНА. Если же предки были из Европы, то по А количество тестов будет значительно больше.
11 человек из ТОП-25 русскоязычные. Ancestry англоязычные, за одним исключением.

Вернусь к ФТДНА, не все полезности рассказала.
Данные с ФТДНА можно вытаскивать в виде удобных для работы таблиц Excel.

1. Список кузенов с фамилиями.
Самая полезная для анализа и самая базовая таблица. Чтобы её получить, откройте лист кузенов, прокрутите в самый низ страницы. Там будет кнопка "Download Matches:" с выбором того формата таблицы, который можно использовать.
Вы получите таблицу, в которую внесена вся текстовая информация, которую видно в списке кузенов, в т.ч. список фамилий. В таблице не будет видно дерево, поэтому для людей, которые заполнили дерево, но не заполнили фамилии предков, вы сможете вручную внести фамилии в соответствующий столбец. Сразу предусмотрено поле примечаний.

Что я делаю с этой таблицей?
Вношу в неё фамилии из деревьев. Вношу в неё фамилии, рассказанные в переписке.
А потом по кнопке "in common with" собираю кузенов в группы, которые могут иметь общего предка, и в специальном столбце вношу номера групп, куда кто попал. Для удобства раскрашиваю разным цветом.
Русскоязычные фамилии дублирую по-русски для удобства поиска по фамилии.
По такой таблице лучше вести поиск по фамилии, т.к. информация тут будет полнее, чем на странице в ФТДНА.
По этой же причине удобно сравнивать людей группами, легче заметить совпадение фамилии.
Можно также наблюдать за географией. Если вы включаете фильтр по какой-то группе, то может быть видно, из каких краёв предки у людей из неё: сплошные финны, сплошные украинцы, поляки или какие-нибудь эксклюзивные венгры :-) Не всегда срабатывает, конечно, т.к. гены перемешаны, но как один из вариантов анализа результатов - почему бы и нет.

2. Список кузенов из определённой группы.
Если у вас уже есть раскрашенный по цветам групп полный список, эта кнопка менее интересна. Но вдруг пригодится?
Она находится там же, внизу списка матчей, называется Download Filtered Matches
Вероятно, может пригодиться, если хотите отправить список кузенов иностранцу, список большой и не умещается в скрин, а отправлять кусочек из своей доработанной таблицы опасаетесь, т.к. там содержатся непубличные данные других людей, которые вы внесли из личной переписки.

3. Структура вашей ДНК.
Это те самые файлы, которые загружаются на другие сайты.
Чтобы их найти, идёте по пути кнопок myFTDNA - Family Finder - Download Raw Data (кнопка myFTDNA, если вы вдруг забыли, находится вверху слева, под логотипом компании).
Например, для загрузки на ГедМатч сейчас используется вот этот файл:

Не аутосомный. Не по Х-хромосоме. А именно итоговый, в котором и то, и то.

Когда начнёте разбираться в тонкостях, именно в этой скачанной таблице можно будет посмотреть, какие именно азотистые основания находятся у вас в той или иной точке ДНК и на что в вашем организме они влияют, например.

4. Совпадения в структуре ДНК.
Это типа как хромосомный браузер, но не картинкой, а цифрами и в таблице.
Чтобы получить эту таблицу, отмечаете галочкой любого человека и заходите в хромосомный браузер со сравнением.
Вверху, над рисунком первой хромосомы, будет кнопка "Download All Matches to Excel (CSV Format)"
При её нахатии загрузится таблица, содержащая NAME, MATCHNAME, CHROMOSOME, START LOCATION, END LOCATION, CENTIMORGANS, MATCHING SNPS
Каждая строчка этой таблицы выглядит так:
Nina Furs,"Aleksey Nikolaevich Bobrinskiy",1,186533767,189431595,1.51,500
Такая запись означает, что у Нины с Алексеем на 1 хромосоме совпадает сегмент с точки 186533767 до точки 189431595, длина этого сегмента в сантиМорганах - всего 1,51 сМ, и он содержит 500 СНИПов.

Мне эта таблица пригодилась, когда я пыталась сравнивать людей с ГедМатча с людьми с ФТДНА. На сайте ФТДНА поиск по адресу снипа не делается, приходится вручную проверять каждого в хромосомном браузере. А так, если на ГедМатче видно, что совпадение на 8 хромосоме, начиная с 28345869, вбиваю в поиск Экселя "8,28" или "8,2" и среди результатов поиска довольно быстро нахожу подходящие. Но это для тех, кто с Экселем на "ты", наверное... Остальным придётся на сайте ФТДНА отмечать галочками людей, заходить в хромосомный браузер, наводить мышку на цветные квадратики и смотреть в появившейся подсказке адреса совпавших сегментов.

Зачем нужен ГедМатч?
Прежде всего, он позволяет сравнить результаты ФТДНА с результатами других лабораторий. Все, кто загрузил данные, сравниваются друг с другом.
А ещё ГедМатч проверяет точность прогноза ФТДНА. У сайтов разные методики сравнения данных. Бывает, что ФТДНА показал близкое родство. А ГедМатч - дальнее. Это означает, что прогноз ФТДНА не очень надёжный, не надо верить в обещание 2-4-кузенства. А вот если оба сайта прогнозируют хорошее - верить можно.

Какие возможности есть в ГедМатче?
Сравнение двух тестов по номерам.
Список совпаденцев, в т.ч. отбор от "50 лучших" до "10000 лучших"
Этнокалькуляторы от разных разработчиков, прогнозирующие национальный состав. Почему от разных? Потому что давнно уже не попадаются безупречно чистокровные французы, болгары, белорусы и уж тем более коренные американцы.
Поиск по фамилии или месту среди всех загруженных родословных древ.
Прогноз "Являются ли твои папа и мама родственниками между собой?"
Сравнение с ДНК древних людей.
Выбор из списка людей, имеющих совпадение с тобой и кем-то вторым. Например, если протестированы двое Хвойницких, пятиюродные братья между собой, можно составить список тех, кто потенциально родственник им обоим, т.е. мог тоже иметь предка Хвойницкого.

Загрузка результатов теста на ГедМатч

Данные на https://www.gedmatch.com загружаются в разделе
Upload your DNA files: --------> Generic Uploads (23andme, FTDNA, AncestryDNA, most others)
Они перешли на новый стандарт, поэтому брать с сайта, где вы тестировались, надо файл стандарта Build 37.
Затем надо заполнить все поля.
Обратите внимание, что для поисков полезнее всего поставить галочку
"This kit will be shown in match results for all other kits in the ..."
Без этой галочки ваш тест не покажет тем, с кем у вас совпадения.
В конце сначала нажмите обзор и выберите файл для загрузки. Только потом нажимайте кнопку "Upload".
Вас перебросит на следующую страницу. Это страница "Идёт загрузка". Пока не появятся надписи, говорящие, что загрузка завершена, не закрывайте её! Если не ошибаюсь, то как раз в конце загрузки внизу страницы появится номер, под которым тест внёсся в систему.

Через 1-2 суток тест пройдёт сравнение со всеми остальными тестами в базе. Тогда можно будет открыть раздел
One-To-Many Beta - give it a try

Это список совпаденцев. В поле, где нужно ввести Kit number, вводите номер своего теста, состоящий из букв и цифр.
В поле with this limit вводите то количество людей, которое вам хочется увидеть. Для самых близких достаточно 50. Для подстраховки можно посмотреть и 10000.
Евреям может быть полезно посмотреть 10000, если есть предок не еврейской национальности. Дело в том, что евреи жили замкнуто, женились в пределах общины, и у них много веков перемешивались и повторялись гены одних и тех же предков. Поэтому в верхней части списка совпаденцев у еврея будут сплошные евреи с прогнозом 3-3,5 поколения. А нормального пятиюродного славянского дядю придётся искать дааааалеко внизу.

Почему некоторые тесты отмечены зелёным?
Тесты, загруженные 1-30 дней назад, подкрашиваются оттенками зелёного. Самые яркие - самые свежие. Это сделано для старожилов ГедМатча. Они уже давно проанализировали все старые результаты и отслеживают только новые. Можно сделать сортировку по столбцу "Сколько дней на сайте?" (Age (days)) по возрастанию. А можно просто листать список раз в пару недель и смотреть, кто подсвечен ярко-зелёным.
Ваш тест в списках у ваших совпаденцев первые 30 дней тоже будет подсвечен зелёным. Это чтобы они вас тоже заметили.

Как узнать, кто в списке тестов мои совпаденцы?
Если человек попал в ваш список One-To-Many, у него с вами точно совпал какой-то кусочек ДНК. Эта таблица - не список всех тестов подряд, а именно список совпаденцев.
Если ваш родственник не попал в список совпаденцев или попал на дальние позиции, а он вам троюродный, скорее всего, дело в семейной измене либо ваших, либо его предков. Тесты врут редко. Люди врут часто.
Можно запустить сравнение One-to-One Autosomal DNA Comparison и сравнить тесты 1 к 1. Тогда вы увидите, что сравнение работает и выдаёт много мелких совпадений. А крупных между вами действительно нету.

Как узнать, с чьей стороны у нас общий предок - с маминой или папиной?
Глядя на результат одного теста FF, невозможно это узнать. FF просто определяет, что в паре хромосом один кусочек отреагировал на реактив. Но на этом кусочке не подписано, от кого вы его получили, от мамы или от папы.
Что делать?
1. Тестировать маму и папу. Самый надёжный метод. Потом сравните и рассортируете: кто с маминой стороны, кто с папиной, кто с двух сразу, а кто ни с какой. Да, так бывает, это составные сегменты, о которых я писала выше.
2. Тестировать бабушек, дедушек, дядю, тётю, кузена, шестиюродного брата и т.д. Потом сравнивать через инструмент People who match both,
or 1 of 2 kits ваш и его тесты. После сравнения получите список, у кого ДНК совпало одновременно с вами и этим человеком. Это и будут потенциальные совпаденцы по линии интересующего вас предка.
3. Писать письма тем, с кем хорошее совпадение, отвечать на чужие письма, сравнивать факты, думать и включать дедуктивный метод.

Как выбрать из списка всех, с кем совпал определённый кусочек (сегмент)?
Ответ: в бесплатной версии никак. Максимально похожий результат - сравнение двух тестов инструментом People who match both, or 1 of 2 kits. А опция "выбрать кусочек и посмотреть всех, у кого есть такой же" - это опция платного сервиса, она доступна за 10 у.е. в месяц.

>> Ответ на сообщение пользователя hvojka от 28 ноября 2016 16:09

Здравствуйте! Скажите пожалуйста, как вы отправляли результаты из Беларуси? Я имею в виду вид почтового отправления. Я заказала киты родителям в Беларусь, и мне надо будет дать им подробное ЦУ, что и как. Заранее благодарю.

bedda написал:

[q]
>> Ответ на сообщение пользователя hvojka от 28 ноября 2016 16:09

Здравствуйте! Скажите пожалуйста, как вы отправляли результаты из Беларуси? Я имею в виду вид почтового отправления. Я заказала киты родителям в Беларусь, и мне надо будет дать им подробное ЦУ, что и как. Заранее благодарю.
[/q]

Перед отправкой перечитайте почтовые правила. Когда я отправляла, были запрещены к пересылке кровь и биологический материал животных и кровь человека. Т.е. отправлять слюну не запрещалось. Надеюсь, ничего не поменялось.
Из 5 тестов с 1 были проблемы, его не приняли на отправку. Я пошла в другое почтовое отделение, там приняли. Для заполнения бланка я просто взяла пакет, в котором пришёл тест, и списала все данные с него. Типа раз с таким бланком пришло в Беларусь, то меньше будет лишних вопросов, можно ли так же отправлять назад.

hvojka написал:

[q]
[/q]

Хороший ликбез для новичков у вас.
Спасибо.

Возможно вы знаете ответ.
Я подгрузил свой тест 19 июня 2021г. с MyHeritage™ через ссылку
https://www.familytreedna.com/autosomal-transfer
Прошла неделя, но я так ничего и не увидел.
Kit No. B773689
Меню myDNA неактивно.
Я где-то ошибся или я ничего и не увижу, а только увидят клиенты платной подписки?

tmaua написал:

[q]

Возможно вы знаете ответ.
Я подгрузил свой тест 19 июня 2021г. с MyHeritage™
Прошла неделя, но я так ничего и не увидел.
Меню myDNA неактивно.
Я где-то ошибся или я ничего и не увижу, а только увидят клиенты платной подписки?
[/q]

Кнопка должна активироваться. Срок 5 дней, но может колебаться.
Если появилась этническая принадлежность, то подтянется и всё остальное. Вроде будут проблемы с отражением контактных данных совпаденцев, но тут могу ошибаться, мой тест сразу на ФТДНА.

ФТДНА и с чем её едят. ГедМатч и "где у него кнопка".