 | Mikl1984Создайте аккаунт или войдите, чтобы отправить личное сообщение этому пользователю и увидеть его полные контактные данные |
Сообщения Mikl1984 (22)Тема: Тест помог!
9.11.2025, 7:51
Появилась реальная совпаденка со знакомой фамилией и местом в Genotek
Она молодец, не закрывалась, cделала маленькое, на 11 персон, но реальное дерево
По ее деду легко связал со своим на 1000
Сначала не отвечала, потом связались, послал ей фоток ее прадеда
Это первая находка на Генотек, до этого были только на MH
Теперь околонаучные заморочки
Она мне 5юродная сестра
Увидел ее сначала у дочки (MH) 32/21
У двоюродной сестры (MH) 38/18
У меня на тестах из 3 компаний показывает одинаково 28/18, похоже тоже уравнивают по своему тесту, как и число
совпаденцев
При этом их тест самый плохой по покрытию снипами, что характерно для 2025 года, поэтому дробятся совпадающие участки и растёт число лжесовпаденцев
|
Тема: Как отправить/получить тестовые наборы: почтовые хлопоты
7.11.2025, 17:51
Woopy написал:[q] В общем, моя посылка в Германию с тестом , отправленным почтой россии благополучно дошла и уже обрабатывается в главной лаборатории myheritage [/q]
Прямо в оригинальном конверте?
Как мелкий пакет?
Сколько стоило?
|
Тема: tellmeGen
5.11.2025, 21:21
Снова макс скидка
До 28 ноября
-15% на наши ДНК-тесты
Код BLACK15
https://shop.tellmegen.com/ru/collections/ultra
При покупке Duo цена за тест 242 Евро с бесплатными доставками туда-обратно внутри EU
Мои WGS тесты доехали до лабы, должны быть готовы от 27.11.2025 до 11.12.2025
|
Тема: Genotek
24.10.2025, 8:35
Gumanist написал:[q] >> Ответ на сообщение пользователя ol-turenko от 23 октября 2025 11:07
Я vcf скачал бесплатно, а вот v3 через промокод. Его и загрузил на Gedmatch, FTDNA и Familio .
Ftdna результаты дал сразу, остальные обрабатывают пока.
[/q]
Не лучший вариант выбрали, очень маленькое пересечение с vcf
Придумано больше 80%
На моем сентябрьском файле vcf c очень маленьким покрытием 493K снипов пересекается с V3 только 163K
С V5 получше - 470К
|
Тема: MyHeritage
18.10.2025, 13:04
>> Ответ на сообщение пользователя KoraCarrera от 18 октября 2025 8:56
У меня на руках есть один тест, вот сейчас дилемма, отослать на удачу и быть возможно одним из первых, кто получит WGS, либо подождать пару месяцев до офиц анонса о полном переходе
Решу ее просто: отошлю сейчас и куплю еще тестов в ноябре на чёрную пятницу и отошлю в январе
|
Тема: MyHeritage
15.10.2025, 13:37
>> Ответ на сообщение пользователя makaryin от 15 октября 2025 13:09
В планах проверить
К тому времени будут не только аутосомы из 3 компаний, но и нормальный 30x полногеном
|
Тема: MyHeritage
15.10.2025, 12:27
makaryin написал:[q]
Свежо предание да верится с трудом![/q]
Фома неверующий? 
Все очень просто, цена чипа уже выше, чем lowpass WGS
Welcome to the future
|
Тема: ДНК-генеалогия. Вопросы новичков
14.10.2025, 20:41
PedigreeResearcher написал:[q]
Mikl1984 написал:
[q]
Советую поиграться и понять, какой прогресс по российским генотипам
[/q]
Смысл? В чём смысл "поиграться"?
Типа, о, вот так "похоже". А так нет.
Ещё раз, в чём смысл "играния"? В выборе варианта, наиболее близкого к собственным установкам?
[/q]
имея дерево до 17 века, необычную гаплу для 100% русского, очень интересно было обнаружить новгородские корни
И фиг их подтвердишь документально
Сейчас заказал полный геном, посмотрим куда упадёт дальше моя итальяно-английская ветка https://discover.familytreedna.com/y-dna/R-BY1823/path
|
Тема: ДНК-генеалогия. Вопросы новичков
14.10.2025, 19:17
PedigreeResearcher написал:[q]
Mikl1984 написал:
[q]
G25 что говорит?
[/q]
Извиняюсь, но я это фигнёй уже 10 лет тому назад наигрался. Все эти К36 и пр. оракловские адмиксы.
[/q]
Сейчас другой уровень
Появились нормальные выборки по разным регионам России, например
Советую поиграться и понять, какой прогресс по российским генотипам
Сейчас лучшие выборки в телеграм боте Северного архива
|
Тема: ДНК-генеалогия. Вопросы новичков
14.10.2025, 19:09
PedigreeResearcher написал:[q] Посмотрев на американскую карту России, уже не спрашиваю, как так вышло при маме рязанке. Всё лучше, чем щедро отсыпанные МН 16% ирландско-шотландских корней.[/q]
G25 что говорит?
При нормальных выборках существенно правильнее коммерческих калькуляторов
|
Тема: tellmeGen
24.09.2025, 22:46
Появился полный геном
До 30.09 с 15% скидкой за 254 евро Код WGS15
Обещают результат за 4-6 недель
The raw data is provided in FasQ and VCF format
|
Тема: MyHeritage
23.09.2025, 15:55
MH в августе не только закрыл прием сторонних тестов, но и сменил список выдаваемых снипов
Вот сравнение с прежним форматом образца 2019 года в dnakitstudio
MH обрезал список SNPs в свежем тесте
Сравнение с июньским тестом (file 2)
SNPs file 1: 584 894
SNPs file 2: 609 346
SNPs in common: 584 894
SNPs that are present in File 1 but absent in File 2: 00
SNPs that are present in File 2 but absent in File 1: 24 452
No-Calls in File 1: 00
No-Calls in File 2: 948
The total number of SNPs that were not considered due to No-Calls: 948
Теперь убирают NoCalls
Эти 24K неравномерно распределены по хромосомам, но уменьшение на 5K в X заметно невооружённым взглядом
Следует признать, что на генеалогию это не сильно повлияло
Вот отчеты gedmatch на тесты июня и августа
Number of original snps is 609299
Usable SNPS is 492553
Usable SNPS (slim) is 387962
Slimmed by 21.2 Pct.
Number of original snps is 584894
Usable SNPS is 491466
Usable SNPS (slim) is 388482
Slimmed by 21 Pct.
Можно констатировать, что уменьшение количества снипов, в основном для здоровья, и исключение инфы по Y - это новая реальность :( , начиная с августа
|
Тема: Genotek
22.09.2025, 13:53
georgf написал:[q] >> Ответ на сообщение пользователя svetv от 15 сентября 2025 16:10
Слышал, что с мито последнее время ошибаются.
Переход на тестирование в новом месте и/или новая версия чипа.
Ориентируйтесь на аутосомы. Прогрузите в ftdna, Gedmatch, чтобы их инструментами посмотреть.
Конвертировать можно в программе DnaKitStudiov28 - именно версии 2.8
[/q]
Что то не то слышали 
По Y были ошибки из-за старых определений
А mito у них крутое в этом году, до середины года давали очень глубоко, вплоть до финальных уклада - набирали базу для коммерческого запуска Полное mtDNA
Все тесты этого года при самостоятельной конвертации не проходят QC у gedmatch https://forum.vgd.ru/post/527/104275/p5423752.htm#pp5423752
|
Тема: Gedmatch
20.09.2025, 20:20
sailormoon написал:[q] Столбец Overlap красным означает, что скорее всего это ложный родственник?
Купила родителям платные файлы v5 у генотека. Из 3000 человек у отца в Overlap почти все красным выделены, больше половины…У мамы меньше намного.[/q]
Вот инструкция, как смотреть совпаденцев в импьюте V5 от Генотек
Итак обращаем внимание на параметр Overlap Cutoff
По умолчанию он 45000
Обычно ставлю для бесплатной версии cM size 12 With this limit 3000
На моем тесте ftdna дает 693
Если увеличить Overlap до
56250 оно уменьшится до 668
72000 - 637
90000 - 573
100000 - 568
Совсем другая картина с тестом Genotek и дальнейшим заказом его импьюта в 23&me V5
На тех же установках имеем
45000 >3000
56250 - 1773
72000 - 804
90000 - 652
100000 - 652
Видно, что для этих файлов для достоверности надо ставить 72000-90000
Для оригинальных файлов от ftdna и MH можно ничего не трогать, там совпаденцев с красным Overlap почти нет
|
Тема: Gedmatch
15.09.2025, 21:15
sailormoon написал:[q] Столбец Overlap красным означает, что скорее всего это ложный родственник?
Купила родителям платные файлы v5 у генотека. Из 3000 человек у отца в Overlap почти все красным выделены, больше половины…У мамы меньше намного.[/q]
У меня тоже половина красного на V5
Выше объяснял почему
На нормальном тесте от ftdna красного нет
|
Тема: Gedmatch
14.09.2025, 21:20
>> Ответ на сообщение пользователя sailormoon от 9 сентября 2025 5:08
Бесполезно ждать
Качество у тестов генотека сильно упало и они сейчас выезжают только за счет импьюта в V5
Он тоже дает много туфтовых совпаденцев, но проходит тест качества
Вот кстати в цифрах, почему gedmatch бракует самостоятельно конвертированные vcf файлы
Это мой vcf, конвертированный в формат 23&me
Number of original snps is 493304
Usable SNPS is 447218
Usable SNPS (slim) is 365734
Slimmed by 18.2 Pct.
HeteroX: 0.012194
Total matches for all kits in Database: 4718681384768
Total matches with kit KH??????? = 736818 = 1.5614913148798E-5 Pct. of all matches in the entire GEDmatch database
A вот импьют в V5
Number of original snps is 628790
Usable SNPS is 493233
Usable SNPS (slim) is 395157
Slimmed by 19.9 Pct.
HeteroX: 0.033581
Total matches for all kits in Database: 4718681384768
Total matches with kit RJ???????? = 221630 = 4.6968629989604E-6 Pct. of all matches in the entire GEDmatch database
Совпаденцев уже в 3 с лишним раза меньше
Его приняли, но лжесовпаденцев все равно почти в 2 раза больше, чем дает файл ftdna
Number of original snps is 615633
Usable SNPS is 487926
Usable SNPS (slim) is 382150
Slimmed by 21.7 Pct.
HeteroX: 0
Total matches for all kits in Database: 4827639210496
Total matches with kit NZ????????= 125082 = 2.5909558387887E-6 Pct. of all matches in the entire GEDmatch database
Итак 736818-221630-125082 лжесовпаденцев, так как все реальные родственники загружены мной (4)
|
|
|
