Йому підпорядковувалися козацькі підрозділи, які виникли в Острі, Новій Козарі, Козельці, Мрині, Моровську, Бобровиці, котрі на початку 1649 р. відійшли до Переяславського полку. На його території в окремі полки сформувалися бойові одиниці в Борзні та Сосниці, що відійшли до Чернігівського полку, а також в Ічні, яку у 1649 р. включили до Прилуцького полку.
Адміністративні землі полку розташовувалися на лівому березі р. Десни, починаючи від Остра та Козельця, і тяглися аж до кордону з Росією в районі Трубчевська. Сотні знаходилися в нижніх течіях рік Остра, Сейма та Клевені, лівих допливів Десни. Сейм розтинав полк навпіл, тому сотні на його правому березі називалися „засеймські”. У полк увійшли ще староруські міста Ніжин, Сиволож (літописний Всеволож), Глухів, Короп. Це була територія Чернігівського воєводства Речі Посполитої, створеного після Поляновського миру 1634 р. у 1635 році.
Юридично Ніжинський полк з полковим центром у м. Ніжині (тепер районний центр Чернігівської області) оформився 16 жовтня 1649 р., після Зборівської угоди Б. Хмельницького з королем Яном ІІ Казимиром. Кількість козаків та старшини у його складі у той час налічувала 991 особу, а територія поділялася на дев’ять сотень. Сім Ніжинських сотень, які мали сукупно 597 козаків: першої, або полкової (сотник Іван Борсук); другої (Фесько Мринський); третьої (Григорій Красножон); четвертої (Іван Нагорний); п’ятої (Іван Борсук); шостої (Григорій Василенко); сьомої (Григорій Кобилецький); Носівсько-Кобизької – 99 козаків, сотник Панас Єдута; Березанської (Березовської) – 95 козаків, сотник Яків Філоненко. У Зборівському реєстрі крім сотників записаний полковник Прокіп Шумейко, який у похилому віці (80 років) загинув під Берестечком у 1651 р., та козак Роман Ракушка (Романовський) – майбутній ніжинський сотник, генеральний підскарбій та ймовірний автор літопису Самовидця. Чисельно і територіально це був найменший полк Богдана Хмельницького.
Проте після Білоцерківської угоди 1651 р. територія полку зросла за рахунок повернутих з Чернігівського полку Батуринської, Бахмацької, Борзнянської, Івангородської сотень, створеної Стольненської, а також території Стародубського повіту Смоленського воєводства, де почалося формування нових козацьких військово-територіальних підрозділів за рахунок за рахунок втікачів з Правобережжя. Тут у 1653-1654 рр. навіть було сформовано і виділено в окремий Новгород-Сіверський полк, який після Переяславської угоди 1654 р. з царем знову включено до складу Ніжинського полку. Згідно з даними „Опису малоросійських міст і сіл Білоцерківського та Ніжинського полків...”, котрі присягнули цареві Олексію Михайловичу, на травень 1654 р. Ніжинський полк став найбільшим на Лівобережжі. Він складався з 37 сотень, в яких до присяжних списків потрапило 20 565 чоловік.
Це були сотні: Батуринська, Бахмацька, Березівська, Бобівська, Борзнянська, Волинська, Глухівська, Дівицька-Володькова, Дівицька-Салтикова, Дроківська, Івангородська, Киселівська, Кобизька, Конотопська, Кролевецька, Мглинська, Менська, Мринська, Ніжинська, Новгородська, Новомлинська, Носівська, Оленівська, Олишівська, Підлипненська, Понорненська, Попогорська, Почепська, Рождественська, Сиволозька, Синявська, Сосницька, Стародубська, Топальська, Шаповалівська, Шептаківська.
На кінець 1654 р. Ніжинський полк охопив території окремих повітів та волостей колишніх Київського, Чернігівського, Смоленського і навіть Мстиславського воєводств Речі Посполитої. Влітку 1654 р. зі складу полку виділено відновлений вдруге Борзнянський полк, який у 1655 р. швидко ліквідували і повернули його територію знову до Ніжинського полку.
Вперше полк радикально реформовано у 1663 р. після знаменитої Чорної ради в Ніжині, приходу до владу І. Брюховецького та страти його політичних опонентів – насамперед ніжинського полковника Василя Золотаренка. Того року полк втратив на користь новоствореного Стародубського 8 сотень, Чернігівського – 6 сотень, Київського – 2 сотні, 5 сотень розформовано у ході реорганізації. 1663 р. з Ніжинського полку виділено також Сосницький полк (1663-1668 рр.). Окрім того, тоді ж утворено окремий Глухівський полк із 6 „засеймських” ніжинських сотень. Щоправда, 1665 року Глухівський полк ліквідували, а територію знову включили під юрисдикцію ніжинських полковників. На короткий час, у 1668-1669 рр., з полку знову вилучали до складу відновленого Д. Дорошенком Новгородського полку „засеймські” сотні. Але, як і в історії з Глухівським, на початку 1669 р. Д. Многогрішний ліквідував цей полк, а сотні повернув до Ніжинського та Стародубського, із яких і формувалася нова адміністративна одиниця.
На Конотопській раді (в Козачій Діброві) 25 травня 1672 року Ніжинський полк репрезентували: полковник Пилип Уманець; обозний Матвій Матвійович (Шендюх); писар Павло Михайленко; суддя Федір Завадський; хорунжий Василь Ігуменський; осавул Гнат Парпура. А також 20 сотників (...).
Певних змін зазнавала територія Ніжинського полку у 1687, 1709 рр. У середині ХVІІІ ст. до Київського полку перейшли Олишівська та Мринська сотні. Відтак, за реєстром 1723 р. полк мав 19 сотень, 6525 кінних і 3379 піших козаків. За даними реєстрів 1750-х рр. полк мав 18 сотень, а в 1769 р. – 22 сотні.
В цілому ж за час існування до Ніжинського полку входило 55 сотень. А саме:
Батуринська (1654-1782),
Бахмацька (1654-1782),
Березанківська (1648-1654),
Березнянська (1654-1672),
Бобівська (1654-1663),
Борзнянські дві (1654-1782),
Веркіївська (1654-1782),
Волинська (1654-1663),
Воронізька (1654-1663; 1665-1668; 1669-1782),
Глухівська (1654-1663; 1665-1782),
Дівицька-Володькова (1654-1658),
Дівицька-Салтикова (1654-1782),
Дроківська (1654-1663),
Заньківська (1758-1782),
Івангородська (1654-1782),
Киселівська (1654-1663),
Кобижчанська (1654-1663),
Конотопська (1654-1782),
Коропська (1654-1663; 1665-1668; 1669-1782),
Кролевецька (1654-1663; 1665-1668; 1669-1782),
Кустівська (1654),
Мглинська (1654-1663),
Менська (1654-1663),
Мринська (1654-1744),
Ніжинська перша (полкова) (1648-1672),
Ніжинська друга (1648-1654; 1716-1782),
Ніжинська третя (1649-1654; 1672-1687; 1736-1782),
Ніжинська четверта (1649-1654; 1764-1782),
Ніжинська п’ята (1649-1654; 1764-1782),
Ніжинська шоста (1649-1651),
Ніжинська сьома (1649-1651)
Новгородські дві (1654-1663),
Новоміська (1654),
Новомлинська (1654-1663; 1665-1668; 1669-1782),
Носівська (1654-1663),
Оленівська (1654-1663),
Олишівська (1654-1756),
Підлипненська (1654-1663),
Погарська (1654-1663),
Понорницька (1654-1663),
Попівська (1758-1782),
Поповогірська (1654-1663),
Почепська (1654-1663),
Прохорівська (1672-1782),
Рождественська (1654-1672),
Сиволозька (1654-1663),
Синявська (1654-1663),
Сосницька (1654-1663),
Стародубська (1654-1663),
Стольненська (1651-1655),
Топальська (1654-1663),
Хорошеозерська (1663-1672),
Шаповалівська (1651-1782),
Шептаківська (1654-1663),
Ямпільська (1672-1709; 1722-1782).
Сотенними центрами були: Батурин, Бахмач, Березанка, Березна (Березна, Березина), Бобовиця (Бобів), Борзна, Веркіївка, Волинка (Волинь), Вороніж, Глухів, Дівиця Володькова, Дівиця Салтикова, Дроків, Заньки, Івангород, Киселівка (Кисилівка), Кобижча, Конотоп, Короп, Кролевець, Мглин, Мена, Мрин, Ніжин, Новгородок (Новгородка, Новгород-Сіверський), Нові Млини, Носівка, Оленівка, Олишівка, Підлипне, Погар (Погари), Понорниця (Понирне, Понурниця), Попівка, Попова Гора, Почеп, Прохори, Рождественське (Рождественне), Сиволож, Синявка, Сосниця, Стародуб, Топаль, Хороше Озеро, Шаповалівка, Шептаки, Ямпіль. Всього – 46 міст, містечок та сіл (Шаповалівка, Підлипне, Бобів).
Протягом певного часу низка сотень (Воронізька, Коропська, Кролевецька, Ямпільська, частково Глухівська) вважалися гетьманськими або підпорядкованими генеральній старшині. З них формували охорону гетьмана – жолдаків. На території полку знаходилися дві гетьманські столиці: Батурин (1669-1709, 1750-1764) і Глухів (1708-1750, 1764-1782). В період судової реформи Кирила Розумовського 1763 року полк розділено на три судові повіти – Ніжинський, Батуринський та Глухівський. А у 1766 р. в ньому створено три фіскальні установи – Ніжинська, Батуринське та Глухівське комісарства.
За указом Катерини ІІ від 16 (27) вересня 1781 р. про скасування полково-сотенного адміністративного устрою Лівобережної України Ніжинський поле і його сотні ліквідовано до початку січня 1782 року. Територію полку розділено між Київським намісництвом (перша Ніжинська сотня), Новгород-Сіверським намісництвом (Бахмацька, Шаповалівська, Попівська, Батуринська, Конотопська, Новомлинська, Коропська, Кролевецька, Глухівська, Воронізька, Ямпільська) та Чернігівським намісництвом (Ніжинські 2-5, Веркіївська, Дівоцька, Заньківська, Борзнянська, Прохорівська, Івангородська).
