ChernoderevecПериодически поднимаемая тема... Крестьянская фамилия не аксиома, а теорема.
Требует исследования и анализа.
В Московской губернии долго не использовались фамилии, нельзя сказать, что их не было, но они были не нужны внутри компактного векового проживания на одной территории. В крайнем случае использовались клички, прозвища- уличные фамилии. Официальные фамилии появлялись тут же как только человек куда то перемещался.
Приведу пример, с Хатунской дворцовой волостью Серпуховского уезда. В 18 веке из дворцовой Хатунской волости крестьяне массово, тысячами вывозились в Воронежскую губернию для освоения земель на реке Битюг. И, если так можно сказать, с Родины они выезжали без фамилий, то на новое место прибывали уже каждый под своей выбранной фамилией. И это было необходимостью.
Приведенные вами Воронежская и Томская губернии, как раз и отличаются большим количеством переселенцев.
В Московской губернии в переписных книгах 17 века встречаются фамилии, однако большинство из них не использовались вообще и не закрепились в дальнейшем. С середины 19 века крестьянские фамилии стали "возвращаться" сначала, как правило, у тех кто проходил военную службу.
Чтобы "делать ставки" на фамилию, имейте в виду такой реальный пример из одной московской МК конца 19 века.
Родилась внебрачная дочь у крестьянки (NNN уезда, волости, деревни) Анны Петровой Сидоровой она же Угрюмова, но просит называть себя Смирновой. На какой фамилии остановится указанный персонаж в 1917 году ? Или это будет четвертый вариант, т.к. в первые годы советской власти многое писалось со слов ?
(ФИО вымышленные, но суть сохранена). 
Пожалуйста, по отдельным населённым пунктам и своим личным поискам