При открытии курсов на них поступило 468 постоянных слушательниц и 346 вольнослушательниц.
В первое время на курсы принимались женщины от 21 года со средним образованием, позднее — окончившие курс гимназии без ограничения в возрасте. Желающие попасть на курсы должны были подать заявление, приложив к нему метрическое свидетельство, аттестат о полном среднем образовании и свидетельство о политической благонадёжности (если просительница поступала в вуз не в год окончания среднего учебного заведения). Когда количество заявлений превышало число вакансий, приём производили по конкурсу аттестатов. Вступительные экзамены не сдавали.Обучение было платным.
Курс преподавания, первоначально рассчитанный на три года, уже в 1881 году сделан был четырёхлетним. Курсы имели три отделения: словесно-историческое, физико-математическое и специально-математическое (последние два изначально различались только со второго курса и впоследствии были объединены), а в 1906 году было открыто юридическое отделение.
В 1886 году, в связи с обеспокоенностью правительства политической неблагонадёжностью слушательниц, приём на курсы был прекращён. Была создана комиссия под руководством С. М. Волконского, которая работала три года, изучая состав слушательниц и их политические настроения. К началу 1889 года на курсах оставался только четвёртый (выпускной) курс, насчитывавший 140 человек. Наконец, 3 (15) июня 1889 года было опубликовано «Временное положение о Санкт-Петербургских Высших женских курсах», резко усиливавшее контроль за деятельностью учебного заведения, которое действовало до 1918 года