https://forum.vgd.ru/5105/123655/ Попытка кратко изложить теорию ДНК-генеалогии. Записки самообучения. ru https://forum.vgd.ru/5105/123655/p5016003.htm#pp5016003 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p5016003.htm#pp5016003 Пример реальных (по документам) полнокровных 3-юродных братьев и сестер. Все тесты сделаны в МН.<br><br>Показателен пример 239сМ и 154 сМ. Это две родные сестры и их полнокровный троюродный брат.<br>У одной 239сМ с троюродным братом, у второй 154 сМ с троюродным братом. Разброс приличный может быть. tmaua Sun, 28 Jul 2024 12:31:58 +0300 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p4928241.htm#pp4928241 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p4928241.htm#pp4928241 <br>HelenAnt написал:<blockquote><div style="height:1px;width:1px;overflow:hidden">[q]</div>А если к кусочкам 7-11 сМ добавляется много мелких кусков по 3-6 сМ, и ищется глубокое, не близкое родство, их можно учитывать? <div style="height:1px;width:1px;overflow:hidden">[/q]</div></blockquote><br>Все что меньше дефолтных 7 сМ я рассматриваю только в случаях наличия множества поверочных тестов и наличия обших локаций с совпаденцем или уже построенного дерева указывающего на кровное родство. <br>Во всех других случаях это поиск иголки в стоге сена. tmaua Mon, 15 Apr 2024 15:30:54 +0300 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p4928203.htm#pp4928203 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p4928203.htm#pp4928203 &gt;&gt; Ответ на <script type='text/javascript'>document.write('<a href="https://forum.vgd.ru/5105/123655/p3936460.htm#pp3936460">сообщение</a>');</script> пользователя [note=tmaua] от 3 октября 2021 11:46<br><br>А если к кусочкам 7-11 сМ добавляется много мелких кусков по 3-6 сМ, и ищется глубокое, не близкое родство, их можно учитывать? HelenAnt Mon, 15 Apr 2024 14:56:42 +0300 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p4678895.htm#pp4678895 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p4678895.htm#pp4678895 Почему при сравнении на разных площадках мы видим разные результаты. Первое, каждая компания использует свой проприетарный алгоритм. Второе Imputation/Импутация. <br><br>"<b>Imputation</b> in genetics refers to the statistical inference of unobserved genotypes."<br><br>"Мы создаем расширенный отчет, заполняя пробелы типичных тестов генотипирования ДНК на основе микрочипов с помощью статистических моделей. Этот процесс известен как <b>импутация </b>генотипа."<br><br>В данном примере, MyHeritage методом импутации добавила часть снипов в ДНК тест. В частности, снипа RS980712 нет в ДНК-тесте и он был импутирован. tmaua Sun, 20 Aug 2023 12:27:24 +0300 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p4677103.htm#pp4677103 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p4677103.htm#pp4677103 Как выглядит автокластер MyHeritage у евреев ашкенази. Вот почему намного сложнее искать родство в данной популяции. Все друг-другу дальние родственники. tmaua Fri, 18 Aug 2023 11:22:11 +0300 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p4676236.htm#pp4676236 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p4676236.htm#pp4676236 Пример наследования по X-хромосоме. Часто привидит к недопониманию. tmaua Thu, 17 Aug 2023 11:41:22 +0300 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p4675268.htm#pp4675268 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p4675268.htm#pp4675268 Наглядный пример сравнения ДНК наборов (только 1й хромосомы для простоты) одного и того же человека, но сделанного в разных компаниях.<br>MyHeritage к MyHeritage = 32742 SNPs<br>MyHeritage к LivingDNA = 28199 SNPs<br>MyHeritage к 23andMe = 31999 SNPs<br>MyHeritage к Ancestry = 14333 SNPs<br><br>Меньше всего пересекающихся снипов в наборах MyHeritage к Ancestry, что и видно по цвету (сероватый). tmaua Wed, 16 Aug 2023 11:43:16 +0300 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p4083664.htm#pp4083664 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p4083664.htm#pp4083664 Терминология.<br><br><b>SNP</b> - это тот же SNV, но который более часто встречается, >=1%.<br><b>SNV</b> может встречаться очень-очень редко.<br><script type='text/javascript'>document.write('<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/" rel="noopener" target=_blank>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/</a>');</script> NCBI, тут смотрим Sequence Viewer.<br><script type='text/javascript'>document.write('<a href="https://www.snpedia.com/" rel="noopener" target=_blank>https://www.snpedia.com/</a>');</script> SNPedia tmaua Mon, 07 Feb 2022 22:14:59 +0300 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p4083279.htm#pp4083279 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p4083279.htm#pp4083279 Как видно из хромосомного браузера, некоторые кусочки на хромосомах не протестированы (светятся заштрихованными).<br>В данных областях таблицы SNP не проработаны достаточно хорошо для того чтобы извлечь их них достаточно полезной информации. Поэтому кусочки на хромохомах 13,14,15,21,22 игнорируются. tmaua Mon, 07 Feb 2022 17:53:24 +0300 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p3988385.htm#pp3988385 https://forum.vgd.ru/5105/123655/p3988385.htm#pp3988385 Поговорим о таком важном термине как <b>Триангуляция (Triangulation).</b> <br><br>Если "кусочек" ДНК на определенной позиции совпадает сразу у трех человек это и есть триангуляция.<br>Все эти три человека будут иметь общего предка (за редким исключением).<br>Если мы видим триангуляцию, то это подтверждает, что данный "кусочек" ДНК не ложное совпадение (false match), а достоверное и такому совпадению можно верить.<br>На сайте MyHeritage триангуляция отображается в виде значка "пластырь".<br>Например, на рисунке показано, что человек 1, совпадает с человеком 2 и одновременно совпадает с человеком 3, т.е. между ними имется триангуляция.<br>На том же рисунке человек 1, совпадает с человеком 2 и одновременно совпадает с человеком 3*, т.е. между этой тройкой также есть триангуляция.<br><br>На сайте GedMatch в платной версии есть возможности найти все такие триангуляции. <br>Tier 1 Tools -> Triangulation.<br>Т.е. мы видим все группы "триангулированных" сегментов.<br>Например, на рисунке все люди с красными кусочками будут иметь общего предка.<br><br><iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/ceYGv6RNfDE" title="YouTube video player" frameborder="0" allow="accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture" allowfullscreen></iframe><br><br> tmaua Mon, 22 Nov 2021 22:51:03 +0300